BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-020H12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 77,185,399 - 77,326,349
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtnna2, Lrrtm1
Upstream geneLOC100042952, LOC668153, EG668155, LOC100042956
Downstream geneLOC668169, EG434050, Pap, Reg3d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-020H12.bB6Ng01-020H12.g
ACCDH853258DH853259
length436437
definitionDH853258|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020H12, 5' end.DH853259|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020H12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,325,959 - 77,326,349)(77,185,399 - 77,185,841)
sequence
catcactatacatacatacatacatacatacatacatacatacatacata
catgcatacatacaaacatacatacatgcatacatacaaacatatacaca
cacacacacacacagagagagagagagagagagagagagaggatacagat
agacagaataaaaacattcttgtttaaaaaagaaaaatagcctttctgac
ctaggtaagcaaacctctggtctcttcccttgctcctctgtaagtattat
gccatagttcttcaaacttgactcaagtacatctccccacatgatttctc
aataccatgttagaacatagctactgaaatgtttgtttggtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
atggaatggatgggggcaaggaaatccatacaaagtagatctgtgaaagg
aatccatgctcatggcataagccagtatgaatccatctggaaatggttgg
gccttccttatttctgactatccttcaatataatatgattagttttctat
ggaatattgattagataaataatcaaatcagttaataaactcaacaagag
tgaaccagtaagtatgctagactttcctaagaaagattcaggaacattac
cagtattatgtggtaatccatattccatgtatgtagggttcctcatatct
tatcttttatgtgtacaggtagaaggtagaggatcttaaaatcagaaaat
taataggtttgttcttgaggaatttcattttcttacatcatctatttatg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgagagagagagagagagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_77325959_77326349
seq2: B6Ng01-020H12.b_47_437 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCAAA  50

seq1  CAAACATTTCAGTAGCTATGTTCTAACATGGTATTGAGAAATCATGTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATTTCAGTAGCTATGTTCTAACATGGTATTGAGAAATCATGTGGG  100

seq1  GAGATGTACTTGAGTCAAGTTTGAAGAACTATGGCATAATACTTACAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGTACTTGAGTCAAGTTTGAAGAACTATGGCATAATACTTACAGAG  150

seq1  GAGCAAGGGAAGAGACCAGAGGTTTGCTTACCTAGGTCAGAAAGGCTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGGGAAGAGACCAGAGGTTTGCTTACCTAGGTCAGAAAGGCTATT  200

seq1  TTTCTTTTTTAAACAAGAATGTTTTTATTCTGTCTATCTGTATCCTCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTTTAAACAAGAATGTTTTTATTCTGTCTATCTGTATCCTCTCT  250

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATGTTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATGTTTGT  300

seq1  ATGTATGCATGTATGTATGTTTGTATGTATGCATGTATGTATGTATGTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGCATGTATGTATGTTTGTATGTATGCATGTATGTATGTATGTAT  350

seq1  GTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATAGTGATGGAATTC  391
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATAGTGATGGAATTC  391

seq1: chr6_77185399_77185841
seq2: B6Ng01-020H12.g_66_508

seq1  GAATTCATGGAATGGATGGGGGCAAGGAAATCCATACAAAGTAGATCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGAATGGATGGGGGCAAGGAAATCCATACAAAGTAGATCTGT  50

seq1  GAAAGGAATCCATGCTCATGGCATAAGCCAGTATGAATCCATCTGGAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAATCCATGCTCATGGCATAAGCCAGTATGAATCCATCTGGAAAT  100

seq1  GGTTGGGCCTTCCTTATTTCTGACTATCCTTCAATATAATATGATTAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGGCCTTCCTTATTTCTGACTATCCTTCAATATAATATGATTAGTT  150

seq1  TTCTATGGAATATTGATTAGATAAATAATCAAATCAGTTAATAAACTCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATGGAATATTGATTAGATAAATAATCAAATCAGTTAATAAACTCAA  200

seq1  CAAGAGTGAACCAGTAAGTATGCTAGACTTTCCTAAGAAAGATTCAGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGTGAACCAGTAAGTATGCTAGACTTTCCTAAGAAAGATTCAGGAA  250

seq1  CATTACCAGTATTATGTGGTAATCCATATTCCATGTATGTAGGGTTCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACCAGTATTATGTGGTAATCCATATTCCATGTATGTAGGGTTCCTC  300

seq1  ATATCTTATCTTTTATGTGTACAGGTAGAAGGTAGAGGATCTTAAAATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTTATCTTTTATGTGTACAGGTAGAAGGTAGAGGATCTTAAAATCA  350

seq1  GAAAATTAATAGGTTTGTTCTTGAGGAATTTCATTTTCTTACATCATCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTAATAGGTTTGTTCTTGAGGAATTTCATTTTCTTACATCATCTA  400

seq1  TTTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  443
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  443