BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-020L14
Chromosome6 (Build37)
Map Location 116,284,390 - 116,488,730
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMarch8, Alox5, LOC100043432, Olfr211, Olfr212
Upstream genePparg, Tsen2, 2510049J12Rik, Mkrn2, Raf1, LOC100043759, D830050J10Rik, Tmem40, EG620848, Cand2, Rpl32, BC060267, Mbd4, Ift122, Rho, H1foo, Plxnd1, Tmcc1, LOC100043425, EG666634, EG666648, D6Wsu116e, Anubl1
Downstream geneOlfr213, EG434080, Olfr214, Olfr215, Zfp422, Rassf4, 8430408G22Rik, C230095G01Rik, LOC100043439, Cxcl12, LOC213422, EG640142, LOC100043777, LOC621462
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-020L14.bB6Ng01-020L14.g
ACCDH853440DH853441
length1,1321,139
definitionDH853440|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020L14, 5' end.DH853441|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020L14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,284,390 - 116,285,548)(116,487,575 - 116,488,730)
sequence
gaattcattccacaatattccactattgtccccacaaattcatattgtta
tgtgcaaatgtaaatggaaaattattttttgccccacagccccacagccc
cacagccccacagtcccacactctcaatttgtttcatgagacctgataga
tagtccattctatcttaaatgccatctatagcaggtgtaggtaagactga
gtctgattcaacctgaagcaaaatctcttcaccagctggaaacctgtgaa
atcaaaaaatgttatgcttccacaatccaacaatggtcataacataactg
ctgcagaagggaaaagcagtgagggatgagagttcctaaagtgagtccca
agcctagcaaggcaaatctattagaccttactgtgcaagagatacccttt
gtattcatcccatatacagtcaccaaacccagacaggagcctgatatagc
tctcctgagaggctttgccagtgcctgacaagtacagtggcctatgcttg
cagccaatcattggactgagcacagggtccctaatggaggagttagagaa
aggactgaagaacctgaagggatttgcaaccccataggaagaacaacaaa
atcaaccaaccagaccatcccccagagctcccagggactaaaccaccaac
caaagagtacacatgaggggacccatggcttcatatcttcctagtcttcc
tgatttccctctgaaccttaagtgcctcagaaggtggaggctccatctgt
taaagtttctttagacttactacggatgttgagcatatctactaacatca
aaagagtcttagcctgtctggactaaggggatgtcttttctattcctgca
caaacatcatgaccaagaagcaagttgtggaggaaagggtttattcagct
tacactttcatactgctgttcatcaccaaggaagtctggactggactcag
cagtcatgaagcagagcaaagcccacgagatgttactgcttgctcagtgt
gtttcctgtagaatcagacagccaggattgcaccactcacaatgggcctc
ctaccttgatcactattgagaaatgccttacagctggatctattgacatt
ccacaaggagtccttttcctgatactccagct
gaattcctaaaaagctctggtaagtctccaggtcccccacacttcatcct
gataccttgcatatgccagcatcaacatgaaaccccactgctagaaacat
agtacagccaggagagaagtaggagactcttcactcaatatgacatacta
gatatttttcacattgatagtgtttctttaaaatgctttccaaggcaccg
aattttcacctcttaccaccaccaccaaagcatgcatgttcagacctaga
agacttgtaccaccaggagcagaaatgacagggacatgaatttgttccaa
catatatttcctagtggactgtctcttgatactaatcaggatttaccagg
tccagtgggcagcaccaagagacactaagtatcattattggatgtcaatc
taggatcccttatgattggtaatttaacaatactgtgaatggaatatcat
ttgactaatgataataatgataacaagtaatgattagataatataatggt
tgccctttcattgtgtacaaaaatatgagttcccaaatgtcttcatgaaa
atatttaaaattggaatacatataatctctcaaggttcataaattcccaa
atagcataatattgttaatgtaggcctgaaagatcaaatgaaggtaggta
atatgacacatgcctatagtccatgcgttcatatgactaaggcaggagga
ttcccatgagtttgagattggcctggaattcacaatgactaccacgacag
ccagaactgaagagctaacttgatctatttttttaaagttacatagagaa
ttggaactctgagccactatataagtcaagttttctctagagaaagacaa
gtaatagaatgaacacatgtttacaaagagaattcactagattggcttac
atagtatgtaattaagtggtctaagattttctggtgcacactgtagaggc
tgagacccagttctcagttcacagactgcttgctttgaagtctattctgg
tgctgaaaggctgatgattctggaggcctgtgatcttcatcccactggga
ggctgtgaactgattctatgtcaactccctttaacaggttgatgcaccta
cagcataaagtggaagaagtctgacaaaagaaccttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_116284390_116285548
seq2: B6Ng01-020L14.b_40_1171

seq1  GAATTCATTCCACAATATTCCACTATTGTCCCCACAAATTCATATTGTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCCACAATATTCCACTATTGTCCCCACAAATTCATATTGTTA  50

seq1  TGTGCAAATGTAAATGGAAAATTATTTTTTGCCCCACAGCCCCACAGCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAAATGTAAATGGAAAATTATTTTTTGCCCCACAGCCCCACAGCCC  100

seq1  CACAGCCCCACAGTCCCACACTCTCAATTTGTTTCATGAGACCTGATAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCCCACAGTCCCACACTCTCAATTTGTTTCATGAGACCTGATAGA  150

seq1  TAGTCCATTCTATCTTAAATGCCATCTATAGCAGGTGTAGGTAAGACTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCATTCTATCTTAAATGCCATCTATAGCAGGTGTAGGTAAGACTGA  200

seq1  GTCTGATTCAACCTGAAGCAAAATCTCTTCACCAGCTGGAAACCTGTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGATTCAACCTGAAGCAAAATCTCTTCACCAGCTGGAAACCTGTGAA  250

seq1  ATCAAAAAATGTTATGCTTCCACAATCCAACAATGGTCATAACATAACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAAAATGTTATGCTTCCACAATCCAACAATGGTCATAACATAACTG  300

seq1  CTGCAGAAGGGAAAAGCAGTGAGGGATGAGAGTTCCTAAAGTGAGTCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGAAGGGAAAAGCAGTGAGGGATGAGAGTTCCTAAAGTGAGTCCCA  350

seq1  AGCCTAGCAAGGCAAATCTATTAGACCTTACTGTGCAAGAGATACCCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAGCAAGGCAAATCTATTAGACCTTACTGTGCAAGAGATACCCTTT  400

seq1  GTATTCATCCCATATACAGTCACCAAACCCAGACAGGAGCCTGATATAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCATCCCATATACAGTCACCAAACCCAGACAGGAGCCTGATATAGC  450

seq1  TCTCCTGAGAGGCTTTGCCAGTGCCTGACAAGTACAGTGGCCTATGCTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGAGAGGCTTTGCCAGTGCCTGACAAGTACAGTGGCCTATGCTTG  500

seq1  CAGCCAATCATTGGACTGAGCACAGGGTCCCTAATGGAGGAGTTAGAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAATCATTGGACTGAGCACAGGGTCCCTAATGGAGGAGTTAGAGAA  550

seq1  AGGACTGAAGAACCTGAAGGGATTTGCAACCCCATAGGAAGAACAACAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTGAAGAACCTGAAGGGATTTGCAACCCCATAGGAAGAACAACAAA  600

seq1  ATCAACCAACCAGACCATCCCCCAGAGCTCCCAGGGACTAAACCACCAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACCAACCAGACCATCCCCCAGAGCTCCCAGGGACTAAACCACCAAC  650

seq1  CAAAGAGTACACATGAGGGGACCCATGGCTTCATATCTTCCTAGTCTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGTACACATGAGGGGACCCATGGCTTCATATCTTCCTAGTCTTCC  700

seq1  TGATTTCCCTCTGAACCTTAAGTGCCTCAGAAGGTGGAGGCTCCATCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTCCCTCTGAACCTTAAGTGCCTCAGAAGGTGGAGGCTCCATCTGT  750

seq1  TAAAGTTTCTTTAGACTTACTACGGATGTTGAGCATATCTACTAACATCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTTCTTTAGACTTACTACGGATGTTGAGCATATCTACTAACATCA  800

seq1  AAAGAGTCTTAGCCTGTCTGGACTAAGGGGATGTCTTTTCTATTCCTGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTCTTAGCCTGTCTGGACTAAGGGGATGTCTTTTCTATTCCTGCA  850

seq1  CAAACATCATGACCAAGAAGCAAGTTGTGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATCATGACCAAGAAGCAAGTTGTGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCT  900

seq1  TACACTTCCATACTGCTGTTCATCACCAAGGAAGTCTGGACTGGAACTCA  950
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| 
seq2  TACACTTTCATACTGCTGTTCATCACCAAGGAAGTCTGGACTGG-ACTC-  948

seq1  AGCAGGTCAGGAAGCAGGAGCAAAGCCCACGGAGGAATGTTACTGGCTTG  1000
      |||| |||| |||||| ||||||||||||| |||  |||||||| |||||
seq2  AGCA-GTCATGAAGCA-GAGCAAAGCCCAC-GAG--ATGTTACT-GCTTG  992

seq1  CTCAGTGTGTTTTCCTGTAGAATCCAGAACAGCCCAGGAATGGCACCACT  1050
      ||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||| || ||||||||
seq2  CTCAGTGTG-TTTCCTGTAGAAT-CAG-ACAG-CCAGG-ATTGCACCACT  1037

seq1  CACAATGGGCCCTCCTACCCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTACAG  1100
      ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  CACAATGGG-CCTCCTA-CCTTGATCACT-ATTGAG-AAATGCCTTACAG  1083

seq1  CTGGATCTCATGGACACATTTCCACAAGGGAGGCTCCTTTTTCTGTGATA  1150
      |||||||| || ||||   |||||||| ||||  ||||||| |  |||| 
seq2  CTGGATCT-ATTGACA---TTCCACAA-GGAG--TCCTTTTCC--TGAT-  1123

seq1  ACTCCAGCT  1159
      |||||||||
seq2  ACTCCAGCT  1132

seq1: chr6_116487575_116488730
seq2: B6Ng01-020L14.g_69_1207 (reverse)

seq1  AAAAACAGTTCTTTTGTCAGACTTCCTCCACTTATTGCTGGTAGGTGCAT  50
       ||||  |||||||||||||||||| |||||||  |||| ||||||||||
seq2  -AAAAAGGTTCTTTTGTCAGACTTCTTCCACTTTATGCT-GTAGGTGCAT  48

seq1  CAACTCTGTTGTAAAAGAGAGTTGACATTAGAACTCAGCTTCATCAGCCT  100
      |||| |||||   |||| ||||||||| ||||| |||| |||| ||||||
seq2  CAAC-CTGTT---AAAGGGAGTTGACA-TAGAA-TCAG-TTCA-CAGCCT  90

seq1  CCCAGTGTGGACTGAAGATCAACAGGCCTCCAGGAATCACTCAGCCTTTC  150
      ||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  CCCAGTG-GGA-TGAAGATC-ACAGGCCTCCA-GAATCA-TCAGCCTTTC  135

seq1  AGCACCAGATTAGAACTTCAAAGCCAGCATGTCTGGTGAACTGAGAACTG  200
      ||||||||| ||| |||||||||| |||| |||| |||||||||||||||
seq2  AGCACCAGAATAG-ACTTCAAAGCAAGCA-GTCT-GTGAACTGAGAACTG  182

seq1  GGTTCTCAGCCTCTACAGTGTGCACCAGAAATTCTTAGACCACTTATATA  250
      || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||
seq2  GG-TCTCAGCCTCTACAGTGTGCACCAGAAAATCTTAGACCACTTAATTA  231

seq1  CATACTATGTAAGCCAATCTAGTGAATTCTCTTTGT-AACATGTGTTCAT  299
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CATACTATGTAAGCCAATCTAGTGAATTCTCTTTGTAAACATGTGTTCAT  281

seq1  TCTATTACTTGTCTTTCTCTAGAG-AAACTTGACTTATATAGTGGCTCAG  348
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTACTTGTCTTTCTCTAGAGAAAACTTGACTTATATAGTGGCTCAG  331

seq1  AGTTCCAATTCTCTATGTAACTTTAAAAAAATAGATCAAGTTAGCTCTTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCAATTCTCTATGTAACTTTAAAAAAATAGATCAAGTTAGCTCTTC  381

seq1  AGTTCTGGCTGTCGTGGTAGTCATTGTGAATTCCAGGCCAATCTCAAACT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGGCTGTCGTGGTAGTCATTGTGAATTCCAGGCCAATCTCAAACT  431

seq1  CATGGGAATCCTCCTGCCTTAGTCATATGAACGCATGGACTATAGGCATG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGAATCCTCCTGCCTTAGTCATATGAACGCATGGACTATAGGCATG  481

seq1  TGTCATATTACCTACCTTCATTTGATCTTTCAGGCCTACATTAACAATAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATATTACCTACCTTCATTTGATCTTTCAGGCCTACATTAACAATAT  531

seq1  TATGCTATTTGGGAATTTATGAACCTTGAGAGATTATATGTATTCCAATT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTATTTGGGAATTTATGAACCTTGAGAGATTATATGTATTCCAATT  581

seq1  TTAAATATTTTCATGAAGACATTTGGGAACTCATATTTTTGTACACAATG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATATTTTCATGAAGACATTTGGGAACTCATATTTTTGTACACAATG  631

seq1  AAAGGGCAACCATTATATTATCTAATCATTACTTGTTATCATTATTATCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGCAACCATTATATTATCTAATCATTACTTGTTATCATTATTATCA  681

seq1  TTAGTCAAATGATATTCCATTCACAGTATTGTTAAATTACCAATCATAAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCAAATGATATTCCATTCACAGTATTGTTAAATTACCAATCATAAG  731

seq1  GGATCCTAGATTGACATCCAATAATGATACTTAGTGTCTCTTGGTGCTGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCTAGATTGACATCCAATAATGATACTTAGTGTCTCTTGGTGCTGC  781

seq1  CCACTGGACCTGGTAAATCCTGATTAGTATCAAGAGACAGTCCACTAGGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGGACCTGGTAAATCCTGATTAGTATCAAGAGACAGTCCACTAGGA  831

seq1  AATATATGTTGGAACAAATTCATGTCCCTGTCATTTCTGCTCCTGGTGGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATGTTGGAACAAATTCATGTCCCTGTCATTTCTGCTCCTGGTGGT  881

seq1  ACAAGTCTTCTAGGTCTGAACATGCATGCTTTGGTGGTGGTGGTAAGAGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTCTTCTAGGTCTGAACATGCATGCTTTGGTGGTGGTGGTAAGAGG  931

seq1  TGAAAATTCGGTGCCTTGGAAAGCATTTTAAAGAAACACTATCAATGTGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATTCGGTGCCTTGGAAAGCATTTTAAAGAAACACTATCAATGTGA  981

seq1  AAAATATCTAGTATGTCATATTGAGTGAAGAGTCTCCTACTTCTCTCCTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATCTAGTATGTCATATTGAGTGAAGAGTCTCCTACTTCTCTCCTG  1031

seq1  GCTGTACTATGTTTCTAGCAGTGGGGTTTCATGTTGATGCTGGCATATGC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTACTATGTTTCTAGCAGTGGGGTTTCATGTTGATGCTGGCATATGC  1081

seq1  AAGGTATCAGGATGAAGTGTGGGGGACCTGGAGACTTACCAGAGCTTTTT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTATCAGGATGAAGTGTGGGGGACCTGGAGACTTACCAGAGCTTTTT  1131

seq1  AGGAATTC  1156
      ||||||||
seq2  AGGAATTC  1139