BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-020O12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 24,636,072 - 24,744,448
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4932701A20Rik, Hyal4, Spam1
Upstream geneCadps2, Tas2r118, LOC100041082, Slc13a1, LOC100041094, Iqub, Ndufa5, Asb15, EG626715, Lmod2, Wasl
Downstream geneHyal5, 6332401O19Rik, LOC384358, Gpr37, Pot1a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-020O12.bB6Ng01-020O12.g
ACCDH853571DH853572
length1,1581,222
definitionDH853571|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020O12, 5' end.DH853572|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020O12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,743,254 - 24,744,448)(24,636,072 - 24,637,343)
sequence
gaattctacaacattgactaggtattctcaaatccaatgtaactctgacc
tgatcctcatagacacagagctcatgagctgacagctcagtacaatattt
ctctttcccatatcaagaggccatcattgagtccagcagattttgatcag
ctgggtaaacattaagtttcccccagccctctcttcgggctttattactt
tccttaaacacagaatttctggagacaggtttagcagattgttgtaatcg
atgctgcaaattacaagagtagggagatacataggatcagtttgtaagag
aagctagttaaagcttcaaaccttccccaggtgaacctcgatccagaaat
cttcacaagatctatgacctgagaattccttaattctttcaaggttttat
agtgactttattgcataggcatggtggaagcattgataataactatgtaa
aatgagaacagacaaaaaatacctaaaaattgtctatgaactggtggcaa
ggcctgacactcccctttatctcttggtggaactcattcccatcatactt
ggtatggaacaacacctttggaaaaaagagttatctttctctatcaaaga
aggggaattctggggatatatgacatattcaaaagcaaaatccagaaaaa
tgaaagtttctatgactttcaagaaggaatagaaaattttgataccaggg
aaaaattatgaaccaggaacaaaagtttgaaaaataacaatttatgtaca
acaatgtcatatttatatattaatttgtttatactgagtataagtgaatg
tatattcagtataaaccagcttggtatatcaaactgtataaaccagtttg
atagacaatatttttggtaccagaaacatttgaatttgaattaaaaaaaa
gccactgtaattaataattcacaggaaggtattatgtcttcacttaatct
ctttacacagaaatactctgcctagtattcttactaatatctataattcc
tgtactgtactagcagtgattttctagagatcagaaacatatagtggact
cattctcaagtcagctaccatacttttcacttgctgcattacaaatgttt
cctacatctggaactacaaaattgagccatgggtgcacacaccttatctc
cgcacttg
gaattccatcactgggacccacctggtagatggagagaattagctcctgc
aagctgtttgttgatctctagttgtaggccttggtacacatgaacccaca
cacagacacacatgtaagtaaatgtcacaaagaactttactatagttaag
ttccactcattttttcatatctcattcttcctctaagatagtgaggaaga
cactattttctaaggagttacttctatactgaaatgatattgtatttata
tgctgttaggatggaaagaacagctaacatggcaccagaaatgacttgac
atgttgacccaattcttatgtaatgatgggatggatacagatacacatgt
ttgacaagacaaatatcactctgtggtagtttggatagaaatggccctca
tagactcatgtatttgggcattattaggaggagtggccttgttggaggat
gagctttgagttctcctctactcaaactatgcccaacatgtcccacagac
tctccttgctgcctggagaacaagctgtagagctaccagctctctttcca
ccaccttgtcagcctgcatgctcccatgcttcctgccatgacattgacgg
actaaacctctgaaaccgtaagccactctaattaaatgttttcctttata
agcattaccatagtcatggtgtctcttaaaagcaatggaaccctaagaca
cactttgacaattttctgttttaggtcaagcccctgctactgtccaagtg
ccatagatttaccatgtcttcggggacattaacagaccacattaatgtaa
ggccttattatgttctagcctccactgctagatagtttggtaatcgttgg
ataaacaggttgaagcataataacctattgccatacctatcaaaagagct
gcatgtatttttatgcacctcaaaaactggcctctagaaatgctaggagg
tactgagtccatatctattctttttatagtacattgctatgaatcatcta
tatgatagaactatttacactttctgctttaaagctattcatcatcatat
gttatttagcggggatgccagaatgaaatgctctatttagatgacctctg
ccataaaatgacctgactgtgagccttagaactttcaaaattccctacct
agtactggatacggtccagttacgcggtattaaggtctcggaaattcctc
gcctatgcataacaaatatcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_24743254_24744448
seq2: B6Ng01-020O12.b_46_1203 (reverse)

seq1  CAAGTGCTGAGATTAAAGGTGTGTGCCACCATTGCTCAATATTTTGTAGT  50
      ||||||| |||||  |||||||||||  |||| |||||  ||||||||||
seq2  CAAGTGCGGAGAT--AAGGTGTGTGCACCCATGGCTCA--ATTTTGTAGT  46

seq1  TCAAGATGTAAGTGAAAACATTTGTAAAATGCAGCAAAGTTGAAAAGTAT  100
      || |||||||   | ||||||||||  ||||||||||   ||||||||||
seq2  TCCAGATGTA---GGAAACATTTGT--AATGCAGCAA--GTGAAAAGTAT  89

seq1  GGGTAAGCTGACTTTGAGAATTGAGTCCAACTATATGTTTCTTGATTCTT  150
      ||   ||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| ||| ||| 
seq2  GG--TAGCTGAC-TTGAGAA-TGAGTCC-ACTATATGTTTC-TGA-TCT-  131

seq1  CCTAGAAAATTCAACTGCTTAGTACAGTACAGGAATTATAGATATTAGTT  200
       |||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  -CTAGAAAAT--CACTGC-TAGTACAGTACAGGAATTATAGATATTAGT-  176

seq1  AAGGAATACTTAGGCAAGAGTTATTTTCTTGTTGTTAAAGAGATTAAGTT  250
       | |||||| ||||| |||| |||||   ||    ||||||||||||| |
seq2  -AAGAATAC-TAGGC-AGAG-TATTTCTGTG----TAAAGAGATTAAG-T  217

seq1  GAAGACAATAAATAACCTTCCTGTGAATTATTAATTACAGTGGCTTTTTT  300
      |||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GAAGAC-ATAA--TACCTTCCTGTGAATTATTAATTACAGTGGC-TTTTT  263

seq1  TTTAATTCAAATTCAAATGTTTCTGGTACCAAAAATATTGTCTATCAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTCAAATTCAAATGTTTCTGGTACCAAAAATATTGTCTATCAAAC  313

seq1  TGGTTTATACAGTTTGATATACCAAGCTGGTTTATACTGAATATACATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTATACAGTTTGATATACCAAGCTGGTTTATACTGAATATACATTC  363

seq1  ACTTATACTCAGTATAAACAAATTAATATATAAATATGACATTGTTGTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATACTCAGTATAAACAAATTAATATATAAATATGACATTGTTGTAC  413

seq1  ATAAATTGTTATTTTTCAAACTTTTGTTCCTGGTTCATAATTTTTCCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTGTTATTTTTCAAACTTTTGTTCCTGGTTCATAATTTTTCCCTG  463

seq1  GTATCAAAATTTTCTATTCCTTCTTGAAAGTCATAGAAACTTTCATTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAAAATTTTCTATTCCTTCTTGAAAGTCATAGAAACTTTCATTTTT  513

seq1  CTGGATTTTGCTTTTGAATATGTCATATATCCCCAGAATTCCCCTTCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATTTTGCTTTTGAATATGTCATATATCCCCAGAATTCCCCTTCTTT  563

seq1  GATAGAGAAAGATAACTCTTTTTTCCAAAGGTGTTGTTCCATACCAAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAGAAAGATAACTCTTTTTTCCAAAGGTGTTGTTCCATACCAAGTA  613

seq1  TGATGGGAATGAGTTCCACCAAGAGATAAAGGGGAGTGTCAGGCCTTGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGGAATGAGTTCCACCAAGAGATAAAGGGGAGTGTCAGGCCTTGCC  663

seq1  ACCAGTTCATAGACAATTTTTAGGTATTTTTTGTCTGTTCTCATTTTACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTTCATAGACAATTTTTAGGTATTTTTTGTCTGTTCTCATTTTACA  713

seq1  TAGTTATTATCAATGCTTCCACCATGCCTATGCAATAAAGTCACTATAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTATTATCAATGCTTCCACCATGCCTATGCAATAAAGTCACTATAAA  763

seq1  ACCTTGAAAGAATTAAGGAATTCTCAGGTCATAGATCTTGTGAAGATTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGAAAGAATTAAGGAATTCTCAGGTCATAGATCTTGTGAAGATTTC  813

seq1  TGGATCGAGGTTCACCTGGGGAAGGTTTGAAGCTTTAACTAGCTTCTCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCGAGGTTCACCTGGGGAAGGTTTGAAGCTTTAACTAGCTTCTCTT  863

seq1  ACAAACTGATCCTATGTATCTCCCTACTCTTGTAATTTGCAGCATCGATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACTGATCCTATGTATCTCCCTACTCTTGTAATTTGCAGCATCGATT  913

seq1  ACAACAATCTGCTAAACCTGTCTCCAGAAATTCTGTGTTTAAGGAAAGTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAATCTGCTAAACCTGTCTCCAGAAATTCTGTGTTTAAGGAAAGTA  963

seq1  ATAAAGCCCGAAGAGAGGGCTGGGGGAAACTTAATGTTTACCCAGCTGAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGCCCGAAGAGAGGGCTGGGGGAAACTTAATGTTTACCCAGCTGAT  1013

seq1  CAAAATCTGCTGGACTCAATGATGGCCTCTTGATATGGGAAAGAGAAATA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATCTGCTGGACTCAATGATGGCCTCTTGATATGGGAAAGAGAAATA  1063

seq1  TTGTACTGAGCTGTCAGCTCATGAGCTCTGTGTCTATGAGGATCAGGTCA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACTGAGCTGTCAGCTCATGAGCTCTGTGTCTATGAGGATCAGGTCA  1113

seq1  GAGTTACATTGGATTTGAGAATACCTAGTCAATGTTGTAGAATTC  1195
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTACATTGGATTTGAGAATACCTAGTCAATGTTGTAGAATTC  1158

seq1: chr6_24636072_24637343
seq2: B6Ng01-020O12.g_67_1288

seq1  GAATTCCATCACTGGGACCCACCTGGTAGATGGAGAGAATTAGCTCCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCACTGGGACCCACCTGGTAGATGGAGAGAATTAGCTCCTGC  50

seq1  AAGCTGTTTGTTGATCTCTAGTTGTAGGCCTTGGTACACATGAACCCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTTTGTTGATCTCTAGTTGTAGGCCTTGGTACACATGAACCCACA  100

seq1  CACAGACACACATGTAAGTAAATGTCACAAAGAACTTTACTATAGTTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACACACATGTAAGTAAATGTCACAAAGAACTTTACTATAGTTAAG  150

seq1  TTCCACTCATTTTTTCATATCTCATTCTTCCTCTAAGATAGTGAGGAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTCATTTTTTCATATCTCATTCTTCCTCTAAGATAGTGAGGAAGA  200

seq1  CACTATTTTCTAAGGAGTTACTTCTATACTGAAATGATATTGTATTTATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATTTTCTAAGGAGTTACTTCTATACTGAAATGATATTGTATTTATA  250

seq1  TGCTGTTAGGATGGAAAGAACAGCTAACATGGCACCAGAAATGACTTGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTAGGATGGAAAGAACAGCTAACATGGCACCAGAAATGACTTGAC  300

seq1  ATGTTGACCCAATTCTTATGTAATGATGGGATGGATACAGATACACATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGACCCAATTCTTATGTAATGATGGGATGGATACAGATACACATGT  350

seq1  TTGACAAGACAAATATCACTCTGTGGTAGTTTGGATAGAAATGGCCCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAAGACAAATATCACTCTGTGGTAGTTTGGATAGAAATGGCCCTCA  400

seq1  TAGACTCATGTATTTGGGCATTATTAGGAGGAGTGGCCTTGTTGGAGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTCATGTATTTGGGCATTATTAGGAGGAGTGGCCTTGTTGGAGGAT  450

seq1  GAGCTTTGAGTTCTCCTCTACTCAAACTATGCCCAACATGTCCCACAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTTGAGTTCTCCTCTACTCAAACTATGCCCAACATGTCCCACAGAC  500

seq1  TCTCCTTGCTGCCTGGAGAACAAGCTGTAGAGCTACCAGCTCTCTTTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTGCTGCCTGGAGAACAAGCTGTAGAGCTACCAGCTCTCTTTCCA  550

seq1  CCACCTTGTCAGCCTGCATGCTCCCATGCTTCCTGCCATGACATTGACGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTTGTCAGCCTGCATGCTCCCATGCTTCCTGCCATGACATTGACGG  600

seq1  ACTAAACCTCTGAAACCGTAAGCCACTCTAATTAAATGTTTTCCTTTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAACCTCTGAAACCGTAAGCCACTCTAATTAAATGTTTTCCTTTATA  650

seq1  AGCATTACCATAGTCATGGTGTCTCTTAAAAGCAATGGAACCCTAAGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTACCATAGTCATGGTGTCTCTTAAAAGCAATGGAACCCTAAGACA  700

seq1  CACTTTGACAATTTTCTGTTTTAGGTCAAGCCCCTGCTACTGTCCAAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTGACAATTTTCTGTTTTAGGTCAAGCCCCTGCTACTGTCCAAGTG  750

seq1  CCATAGATTTACCATGTCTTCGGGGACATTAACAGACCACATTAATGTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGATTTACCATGTCTTCGGGGACATTAACAGACCACATTAATGTAA  800

seq1  GGCCTTATTATGTTCTAGCCTCCACTGCTAGATAGTTTGGTAATCGTTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTATTATGTTCTAGCCTCCACTGCTAGATAGTTTGGTAATCGTTGG  850

seq1  ATAAACAGGTTGAAGCATAATAACCTATTGCCATACCTATCAAAAGAGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACAGGTTGAAGCATAATAACCTATTGCCATACCTATCAAAAGAGCT  900

seq1  GCATGTATTTTTATGCACCTCAAAAAACTGGCCCTCTAGAAATGCTTAGG  950
      ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  GCATGTATTTTTATGCACCTC-AAAAACTGG-CCTCTAGAAATGC-TAGG  947

seq1  AGGTACCTGAGTCCCATATCTATTCTTTTTATAGTACATTGCCTATGAAA  1000
      ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  AGGTA-CTGAGT-CCATATCTATTCTTTTTATAGTACATTG-CTATG-AA  993

seq1  TCATCTATATGATTAAGAACATATTTACCACTTCCTGCTTTAAAGCTTAT  1050
      |||||||||||||  ||||| |||||| ||||| |||||||||||||   
seq2  TCATCTATATGAT--AGAAC-TATTTA-CACTTTCTGCTTTAAAGCT--A  1037

seq1  TTCATCATTCATTATGTTATTTTAGCGGGGATGCCAAGATGAAAGATGCT  1100
      ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||  |||||  |||||
seq2  TTCATCA-TCA-TATGTTA-TTTAGCGGGGATGCCAGAATGAA--ATGCT  1082

seq1  CTATTATAGATGACCTCTGCACTAAAATGAGCTGACCTGTGAGTCTTATA  1150
      ||||| ||||||||||||||  |||||||| |||| ||||||| ||||  
seq2  CTATT-TAGATGACCTCTGCCATAAAATGACCTGA-CTGTGAGCCTTA--  1128

seq1  GTATCTTTCCAATAAATTCCCCTTTACCCTAGTTACCTTGGATCAGTTTC  1200
        | |||||    ||||||||   || ||||| |||  ||||| |   ||
seq2  -GAACTTTC---AAAATTCCC---TA-CCTAG-TAC--TGGAT-ACGGTC  1166

seq1  CATAGTTTTCAGCTGTATTTTTTTATGGTCTCTGAAATATATCTGCATAT  1250
      ||     ||  || |||     ||| |||||| |||||   ||  |   |
seq2  CA----GTTACGCGGTA-----TTAAGGTCTCGGAAAT---TCCTCGCCT  1204

seq1  ATGCATATACTACAAATATCAC  1272
      |||||||    |||||||||||
seq2  ATGCATA----ACAAATATCAC  1222