BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-021B20
Chromosome6 (Build37)
Map Location 35,596,214 - 35,753,314
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039184, Cald1, Agbl3, Tmem140, 3110062M04Rik, 9530020G05Rik, Stra8, 2010107G12Rik, Cnot4, Nup205, 1810058I24Rik, Slc13a4, BC064033, 1700065J11Rik, Mtpn, LOC100039312
Downstream geneLOC100039327, 9330158H04Rik, Chrm2, EG620863, LOC100039370, Ptn, LOC100039514
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-021B20.bB6Ng01-021B20.g
ACCDH853715DH853716
length957783
definitionDH853715|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021B20, 5' end.DH853716|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021B20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,752,368 - 35,753,314)(35,596,214 - 35,596,994)
sequence
gaattcttacactctagctcccagacctatatttattttccaattgcacc
aagcctctgcctttcccaggagataaggaacaattaagaaacaaatcaag
cagccttttacatcaatcttcatgctatgtgtggttccaggcaatgtatt
taacttctctacacatcatctactttttttatgcacattggtgttctgcc
ttcatattggtctatgtgagaatgtcagatttgagacctcatcataataa
tgggaatagttaaataggactatatatactaaatattgataaaagcaggc
atcctaaaatataacatagccaatattgttactatgtccttcaattacaa
tgctcaattaaactatgtggtggtgtctgggtggctcatattcacttgac
ttttaatttagtttttatttggggacatggcactcatgacatgacaccat
gtggaggtgatagaacaaggtctgggcattggtacccacttcaccttgtt
gaggcagagtctctagttcctgccgtttcacatgatctgtcaggtggctc
ttggggcttcaggtaattatcatatctctgtctcccaccttttcatagga
atgctgggattgcaggtgcatgacacatcatcaagattgtttttattata
gttttaaagtccagtttgttatccccctttctacactgccctctgattgt
tcctcattcccactcctcctctcccgggctccaagaggatttccccaccc
cttaccccaccagacctctccactctcttgagcctcaagtctcttgagag
ttaggtgcctcttctctcactgaggccagaccaggcagtcctctgctgaa
tacatgctgggggcctcatatcagctagtgcttgcttgtctggttggtgt
tcattggctgatagactctgggtccaggttaattaagacggctagtcttc
ctatggg
gaattcttaggttgttagattagtagattagattactgccttcactaata
tgggaggctgaggaggagttgcagggtcccgtaaggagtgaaaatgtatg
ttccagtcatatgactaatattattccataggaaaaagtcatgtagagga
aaagtttggtgtggtactcatgtgctgttttttaaattttttaattagat
attttctttatatacatttcaaatgctatcctgaaagttccctataccct
tcccctgccctgcttccctgcacacccactctcacttcttgcccctggca
ttaccctgtactggggcatataaagtttgtaataccaaggggcctctctt
cccagtgatggttttttatctggtatgtttacaccaatttataactctgt
taaatgtgtttgagtcggtttcattactcacaccaggatgagaagcacta
tttgttggactatttggactctggggagtgagtgcttctgtctcttcact
cccagcctctggaacatgggaccgtggttctgcatccttggcagtgggac
tttgcatgtatggttaagctaaagatcctgacatgagaaaattgtcttgg
attatcactgtaggcaaagtctaatcacagtggaaaaacctttgtctttg
tgatcagaaagagatgtgatatggaaaataggtcagagaagtgctgtctc
attgcacggaagacagcggaggtggaacacaaaccaagacctctgagagg
ttctttgggatggaggaggcaggaaagtaaact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_35752368_35753314
seq2: B6Ng01-021B20.b_39_987 (reverse)

seq1  AAGACTAGCAGTCTAAACTAACCTGGACCCCAGAGTTCTCTCAGCCACTG  50
      ||||||||| |||| || ||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||
seq2  AAGACTAGCCGTCTTAATTAACCTGGA-CCCAGAG-TCTATCAGCCAATG  48

seq1  AACCACCAACCAGAC-AGCATGCACTAGCTGATATGAGGCCCCCAGCATG  99
      || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AA-CACCAACCAGACAAGCAAGCACTAGCTGATATGAGGCCCCCAGCATG  97

seq1  TATTCAGCAGAGGACTGCCTGGTCTGGCCTCAGTGAGAGAAGAGGCACCT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAGCAGAGGACTGCCTGGTCTGGCCTCAGTGAGAGAAGAGGCACCT  147

seq1  AACTCTCAAGAGACTTGAGGCTCCAGGGAGTGGAGAGGTCTGGTGGGGTA  199
      ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTCAAGAGACTTGAGGCTCAAGAGAGTGGAGAGGTCTGGTGGGGTA  197

seq1  AGGGGTGGGGAAATCCTCTTGGAG-CCGGGAGAGGAGGAGTGGG-ATGAG  247
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGGGGTGGGGAAATCCTCTTGGAGCCCGGGAGAGGAGGAGTGGGAATGAG  247

seq1  GAACAATCAGAGGGCAGTGTAG-AAGGGGGATAAC-AACTGGACTTTAAA  295
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAACAATCAGAGGGCAGTGTAGAAAGGGGGATAACAAACTGGACTTTAAA  297

seq1  ACTATAATAAAAACAATCTTGATGATGTGTCATGCACCTGCAATCCCAGC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAATAAAAACAATCTTGATGATGTGTCATGCACCTGCAATCCCAGC  347

seq1  ATTCCTATGAAAAGGTGGGAGACAGAGATATGATAATTACCTGAAGCCCC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTATGAAAAGGTGGGAGACAGAGATATGATAATTACCTGAAGCCCC  397

seq1  AAGAGCCACCTGACAGATCATGTGAAACGGCAGGAACTAGAGACTCTGCC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCCACCTGACAGATCATGTGAAACGGCAGGAACTAGAGACTCTGCC  447

seq1  TCAACAAGGTGAAGTGGGTACCAATGCCCAGACCTTGTTCTATCACCTCC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAAGGTGAAGTGGGTACCAATGCCCAGACCTTGTTCTATCACCTCC  497

seq1  ACATGGTGTCATGTCATGAGTGCCATGTCCCCAAATAAAAACTAAATTAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTGTCATGTCATGAGTGCCATGTCCCCAAATAAAAACTAAATTAA  547

seq1  AAGTCAAGTGAATATGAGCCACCCAGACACCACCACATAGTTTAATTGAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAAGTGAATATGAGCCACCCAGACACCACCACATAGTTTAATTGAG  597

seq1  CATTGTAATTGAAGGACATAGTAACAATATTGGCTATGTTATATTTTAGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTAATTGAAGGACATAGTAACAATATTGGCTATGTTATATTTTAGG  647

seq1  ATGCCTGCTTTTATCAATATTTAGTATATATAGTCCTATTTAACTATTCC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTGCTTTTATCAATATTTAGTATATATAGTCCTATTTAACTATTCC  697

seq1  CATTATTATGATGAGGTCTCAAATCTGACATTCTCACATAGACCAATATG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATTATGATGAGGTCTCAAATCTGACATTCTCACATAGACCAATATG  747

seq1  AAGGCAGAACACCAATGTGCATAAAAAAAGTAGATGATGTGTAGAGAAGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGAACACCAATGTGCATAAAAAAAGTAGATGATGTGTAGAGAAGT  797

seq1  TAAATACATTGCCTGGAACCACACATAGCATGAAGATTGATGTAAAAGGC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATACATTGCCTGGAACCACACATAGCATGAAGATTGATGTAAAAGGC  847

seq1  TGCTTGATTTGTTTCTTAATTGTTCCTTATCTCCTGGGAAAGGCAGAGGC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGATTTGTTTCTTAATTGTTCCTTATCTCCTGGGAAAGGCAGAGGC  897

seq1  TTGGTGCAATTGGAAAATAAATATAGGTCTGGGAGCTAGAGTGTAAGAAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGCAATTGGAAAATAAATATAGGTCTGGGAGCTAGAGTGTAAGAAT  947

seq1  TC  947
      ||
seq2  TC  949

seq1: chr6_35596214_35596994
seq2: B6Ng01-021B20.g_70_851

seq1  GAATTCTTAGGTTGTTAGATTAGTAGATTAGATTACTGCCTTCACTAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAGGTTGTTAGATTAGTAGATTAGATTACTGCCTTCACTAATA  50

seq1  TGGGAGGCTGAGGAGGAGTTGCAGGGTCCCGTAAGGAGTGAAAATGTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGGCTGAGGAGGAGTTGCAGGGTCCCGTAAGGAGTGAAAATGTATG  100

seq1  TTCCAGTCATATGACTAATATTATTCCATAGGAAAAAGTCATGTAGAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTCATATGACTAATATTATTCCATAGGAAAAAGTCATGTAGAGGA  150

seq1  AAAGTTTGGTGTGGTACTCATGTGCTGTTTTTTAAATTTTTTAATTAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTGGTGTGGTACTCATGTGCTGTTTTTTAAATTTTTTAATTAGAT  200

seq1  ATTTTCTTTATATACATTTCAAATGCTATCCTGAAAGTTCCCTATACCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTTTATATACATTTCAAATGCTATCCTGAAAGTTCCCTATACCCT  250

seq1  TCCCCTGCCCTGCTTCCCTGCACACCCACTCTCACTTCTTGCCCCTGGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTGCCCTGCTTCCCTGCACACCCACTCTCACTTCTTGCCCCTGGCA  300

seq1  TTACCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGTAATACCAAGGGGCCTCTCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGTAATACCAAGGGGCCTCTCTT  350

seq1  CCCAGTGATGGTTTTTTATCTGGTATGTTTACACCAATTTATAACTCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGATGGTTTTTTATCTGGTATGTTTACACCAATTTATAACTCTGT  400

seq1  TAAATGTGTTTGAGTCGGTTTCATTACTCACACCAGGATGAGAAGCACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTGTTTGAGTCGGTTTCATTACTCACACCAGGATGAGAAGCACTA  450

seq1  TTTGTTGGACTATTTGGACTCTGGGGAGTGAGTGCTTCTGTCTCTTCACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGGACTATTTGGACTCTGGGGAGTGAGTGCTTCTGTCTCTTCACT  500

seq1  CCCAGCCTCTGGAACATGGGACCGTGGTTCTGCATCCTTGGCAGTGGGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCCTCTGGAACATGGGACCGTGGTTCTGCATCCTTGGCAGTGGGAC  550

seq1  TTTGCATGTATGGTTAAGCTAAAGATCCTGACATGAGAAAATTGTCTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATGTATGGTTAAGCTAAAGATCCTGACATGAGAAAATTGTCTTGG  600

seq1  ATTATCACTGTAGGCAAAGTCTAATCACAGTGG-AAAACCTTTGGC-TTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||
seq2  ATTATCACTGTAGGCAAAGTCTAATCACAGTGGAAAAACCTTTGTCTTTG  650

seq1  TGATCAGAAAGAGATGTGATGATGGAAGATAGGTCAGAGAAGTGCTGTCT  698
      |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAGAAAGAGATGTGAT-ATGGAAAATAGGTCAGAGAAGTGCTGTCT  699

seq1  CATTGCACGGAAGACAGCGGAGGTGGAACACAAACCAAGACCTCTGAGAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCACGGAAGACAGCGGAGGTGGAACACAAACCAAGACCTCTGAGAG  749

seq1  GCTCTTAGGGATGGAGGAGGCAGGAAAGCAAAC  781
      | |||| ||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTTCTTTGGGATGGAGGAGGCAGGAAAGTAAAC  782