BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-023A04
Chromosome6 (Build37)
Map Location 16,098,899 - 16,240,313
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041116
Upstream geneFoxp2, Mdfic
Downstream geneTcfec, EG435881, Tes, EG232599, Cav2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-023A04.bB6Ng01-023A04.g
ACCDH855053DH855054
length9491,171
definitionDH855053|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023A04, 5' end.DH855054|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023A04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,239,352 - 16,240,313)(16,098,899 - 16,100,088)
sequence
gaattcaactgttgaaataacaatgtgctattatttagtaattatgtcaa
tatacgaagagattcgtagacaagtactcaggatggataggtttagtgag
tttcaataccacttttagtccaatagcattttcattgaagcaatgtctta
aattctatcatatttgttatatgccagtattcataatgataaacttcaaa
ctacaaaatcagtcctttcaaagaattttatgttgttaagtaaataatat
aaagtttatctattgccatatataattgtcattacttgttttagtgacta
aaaagaaataatctgttcatataaatgttaacagttactactgcttcaag
ggcttcccttccttgaatttgagtccagtgtataaaatcacagatacata
gtagtggctctgtgccgtggttctgaggccagacccatctattggaatct
tgactctttggattcctttgtgacttttgacaagtaacttaacttccatt
tattttgctgtgtctttcatatataaaaataagataacaatgctattttc
tttagagcattatccagggtcttccataaaaccacataaaatgaaaaaaa
aaaaaaagccaaaacagcatgttgcatagtgtattctcaattgtgttcac
tcttatccgtaagtaccactatcattgatgaaaaaacaccaattgattga
tactttcatatatacccactgaaacagttaaggtttcttggcggttgaat
aggattggttcccttcgaactcctgtgttggaggcttgcctcagggagtg
ttaagattggaggcgtggctttgtggataggtgttgccttgctagaggaa
gtgtgtactgtggggcggactttgtgtatccgactccggtcagttctctc
tctgctgcctgagatctagatgtgaactctcagctctttctcaccacct
gaattcttgagttattcaccgaaaactgaactatgagagcaaatacaggg
tcatgttattggaaatatgcggtattattttagtaagtgctcaacacaga
tgatagcattcaaagctgtaggttttatcttctgtgataaagataggcaa
aagcatatgacacataggcaaatgatattacagcagtctctgtgccctag
tccccagagactagaattgtgtgagtctgtaaagcaatgggaaattaagg
ttgcaggaagaattaaatacgctaataatgtaaccttaaaataagcactc
tgagaagctactcatgctctgccttcatggatatactggtagcactaaat
agagtctgtgtttttcaaaaagagtacgttaagttaggagcagatagtca
tagaggaaataagagaggaatctctgtgaagagaatacaggataattggt
caaaacatgtgcacatctgcaattctcaaacaataacaattattattaca
aaagatattgtcttggattgtcggggttggtcccgtgtaatcatgaatgt
ctaaaagagagacagtaggagggggaagggcaattgtggaacagttcaat
gtgagacaggatctgtgaagcagctgtccatgttcactcaagctcttgta
agcagaccaataagcctgtttgtttacaaagctctacttggcagaatctt
cctttgatctgttaatcccttcctgatttgagatgatagacttttcttat
acatttatccaggaaagacaaacaagaggaacagagtatttcacaactag
gaaaatacagaatgataatctttagtgaacacagccaacatcaacacgaa
ggcaacagtttatacctttacaatgagcataagtacagcaagataaaact
gaggctgagaccagaaatctgctcaaggccaggttggactactagacttc
accctcctcctccaaaataagttaaaagcacattgccagataaattacaa
taagtataactgatcttaacagaacttgtaaaaccatagtcaatcatcaa
tgtgcaattttcctttcaattctattggacgcctatagctccttcttcgc
ataccaactacctggagatctctggttttcaaatgacaccttggaccaaa
tttatgaatgtctagtaatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_16239352_16240313
seq2: B6Ng01-023A04.b_35_983 (reverse)

seq1  AGGTGGTGGAGAAGGAGCTGAGAGTTCCACATCTAGATCTCCAGGCAGCA  50
      ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
seq2  AGGTGGT-GAGAAAGAGCTGAGAGTT-CACATCTAGATCT-CAGGCAGCA  47

seq1  GGGAGAGAACTGACCGGAAGTTCGGATACACCAAAGTCCGCCCCCACAGT  100
      | ||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  GAGAGAGAACTGACCGGA--GTCGGATACA-CAAAGTCCG-CCCCACAGT  93

seq1  GACACACTTCCTCTAGCAAGGCCACACCTATTCCAACAAAGCCACGCCTC  150
       ||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||
seq2  -ACACACTTCCTCTAGCAAGGCAACACCTAT--CCACAAAGCCACGCCTC  140

seq1  CAAATCTTAACACTCCCTGAGGCAAGCCTTCCAACACAGGAGTTCGAAGG  200
      | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  C-AATCTTAACACTCCCTGAGGCAAGCC-TCCAACACAGGAGTTCGAAGG  188

seq1  GAACCAATCCTATTCAAACCGCCAAGAAACCTTAACTGTTTCAGTGGGTA  250
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAATCCTATTC-AACCGCCAAGAAACCTTAACTGTTTCAGTGGGTA  237

seq1  TATATGAAAGTATCAATCAATTGGTGTTTTTTCATCAATGATAGTGGTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGAAAGTATCAATCAATTGGTGTTTTTTCATCAATGATAGTGGTAC  287

seq1  TTACGGATAAGAGTGAACACAATTGAGAATACACTATGCAACATGCTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACGGATAAGAGTGAACACAATTGAGAATACACTATGCAACATGCTGTT  337

seq1  TTGGCTTTTTTTTTTTTTTCATTTTATGTGGTTTTATGGAAGACCCTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTTTTTTTTTTTTTCATTTTATGTGGTTTTATGGAAGACCCTGGA  387

seq1  TAATGCTCTAAAGAAAATAGCATTGTTATCTTATTTTTATATATGAAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCTCTAAAGAAAATAGCATTGTTATCTTATTTTTATATATGAAAGA  437

seq1  CACAGCAAAATAAATGGAAGTTAAGTTACTTGTCAAAAGTCACAAAGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAAAATAAATGGAAGTTAAGTTACTTGTCAAAAGTCACAAAGGAA  487

seq1  TCCAAAGAGTCAAGATTCCAATAGATGGGTCTGGCCTCAGAACCACGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGAGTCAAGATTCCAATAGATGGGTCTGGCCTCAGAACCACGGCA  537

seq1  CAGAGCCACTACTATGTATCTGTGATTTTATACACTGGACTCAAATTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCACTACTATGTATCTGTGATTTTATACACTGGACTCAAATTCAA  587

seq1  GGAAGGGAAGCCCTTGAAGCAGTAGTAACTGTTAACATTTATATGAACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGAAGCCCTTGAAGCAGTAGTAACTGTTAACATTTATATGAACAG  637

seq1  ATTATTTCTTTTTAGTCACTAAAACAAGTAATGACAATTATATATGGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTCTTTTTAGTCACTAAAACAAGTAATGACAATTATATATGGCAA  687

seq1  TAGATAAACTTTATATTATTTACTTAACAACATAAAATTCTTTGAAAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAAACTTTATATTATTTACTTAACAACATAAAATTCTTTGAAAGGA  737

seq1  CTGATTTTGTAGTTTGAAGTTTATCATTATGAATACTGGCATATAACAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTTTGTAGTTTGAAGTTTATCATTATGAATACTGGCATATAACAAA  787

seq1  TATGATAGAATTTAAGACATTGCTTCAATGAAAATGCTATTGGACTAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATAGAATTTAAGACATTGCTTCAATGAAAATGCTATTGGACTAAAA  837

seq1  GTGGTATTGAAACTCACTAAACCTATCCATCCTGAGTACTTGTCTACGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTATTGAAACTCACTAAACCTATCCATCCTGAGTACTTGTCTACGAA  887

seq1  TCTCTTCGTATATTGACATAATTACTAAATAATAGCACATTGTTATTTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCGTATATTGACATAATTACTAAATAATAGCACATTGTTATTTCA  937

seq1  ACAGTTGAATTC  962
      ||||||||||||
seq2  ACAGTTGAATTC  949

seq1: chr6_16098899_16100088
seq2: B6Ng01-023A04.g_67_1237

seq1  GAATTCTTGAGTTATTCACCGAAAACTGAACTATGAGAGCAAATACAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAGTTATTCACCGAAAACTGAACTATGAGAGCAAATACAGGG  50

seq1  TCATGTTATTGGAAATATGCGGTATTATTTTAGTAAGTGCTCAACACAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTATTGGAAATATGCGGTATTATTTTAGTAAGTGCTCAACACAGA  100

seq1  TGATAGCATTCAAAGCTGTAGGTTTTATCTTCTGTGATAAAGATAGGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGCATTCAAAGCTGTAGGTTTTATCTTCTGTGATAAAGATAGGCAA  150

seq1  AAGCATATGACACATAGGCAAATGATATTACAGCAGTCTCTGTGCCCTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATATGACACATAGGCAAATGATATTACAGCAGTCTCTGTGCCCTAG  200

seq1  TCCCCAGAGACTAGAATTGTGTGAGTCTGTAAAGCAATGGGAAATTAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAGAGACTAGAATTGTGTGAGTCTGTAAAGCAATGGGAAATTAAGG  250

seq1  TTGCAGGAAGAATTAAATACGCTAATAATGTAACCTTAAAATAAGCACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGGAAGAATTAAATACGCTAATAATGTAACCTTAAAATAAGCACTC  300

seq1  TGAGAAGCTACTCATGCTCTGCCTTCATGGATATACTGGTAGCACTAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGCTACTCATGCTCTGCCTTCATGGATATACTGGTAGCACTAAAT  350

seq1  AGAGTCTGTGTTTTTCAAAAAGAGTACGTTAAGTTAGGAGCAGATAGTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTGTGTTTTTCAAAAAGAGTACGTTAAGTTAGGAGCAGATAGTCA  400

seq1  TAGAGGAAATAAGAGAGGAATCTCTGTGAAGAGAATACAGGATAATTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGAAATAAGAGAGGAATCTCTGTGAAGAGAATACAGGATAATTGGT  450

seq1  CAAAACATGTGCACATCTGCAATTCTCAAACAATAACAATTATTATTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACATGTGCACATCTGCAATTCTCAAACAATAACAATTATTATTACA  500

seq1  AAAGATATTGTCTTGGATTGTCGGGGTTGGTCCCGTGTAATCATGAATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATATTGTCTTGGATTGTCGGGGTTGGTCCCGTGTAATCATGAATGT  550

seq1  CTAAAAGAGAGACAGTAGGAGGGGGAAGGGCAATTGTGGAACAGTTCAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAGAGAGACAGTAGGAGGGGGAAGGGCAATTGTGGAACAGTTCAAT  600

seq1  GTGAGACAGGATCTGTGAAGCAGCTGTCCATGTTCACTCAAGCTCTTGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGACAGGATCTGTGAAGCAGCTGTCCATGTTCACTCAAGCTCTTGTA  650

seq1  AGCAGACCAATAAGCCTGTTTGTTTACAAAGCTCTACTTGGCAGAATCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGACCAATAAGCCTGTTTGTTTACAAAGCTCTACTTGGCAGAATCTT  700

seq1  CCTTTGATCTGTTAATCCCTTCCTGATTTGAGATGATAGACTTTTCTTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGATCTGTTAATCCCTTCCTGATTTGAGATGATAGACTTTTCTTAT  750

seq1  ACATTTATCCAGGAAAGACAAACAAGAGGAACAGAGTATTTCACAACTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTATCCAGGAAAGACAAACAAGAGGAACAGAGTATTTCACAACTAG  800

seq1  GAAAATACAGAATGATAATCTTTAGTGAACACAGCCAACATCAACACGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATACAGAATGATAATCTTTAGTGAACACAGCCAACATCAACACGAA  850

seq1  GGCAACAGTTTATACCTTTACAATGAGCATAAGTACAGCAAGATAAAAAC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGCAACAGTTTATACCTTTACAATGAGCATAAGTACAGCAAGAT-AAAAC  899

seq1  TGAGGCTGAGACCAGAAATCTGCTCAAGGCCAGGTTGGACTACTAGACTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCTGAGACCAGAAATCTGCTCAAGGCCAGGTTGGACTACTAGACTT  949

seq1  CACCCTCCTCCTCCAAAAATAAGTTAAAAAGCAACATTGCCAGATAAATT  1000
      |||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  CACCCTCCTCCTCC-AAAATAAGTT-AAAAGC-ACATTGCCAGATAAATT  996

seq1  ACAAATAAGTATAAACTGATC-TAACAGAAACTTGTAAAAACCAATAGTC  1049
      || ||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||  | ||||||
seq2  AC-AATAAGTAT-AACTGATCTTAACAG-AACTTGTAAAA--CCATAGTC  1041

seq1  AATCATCAAATGTGCAATTTTCCCTTTCATATTCATATTGACAGCTTTAT  1099
      ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||||   ||  |||
seq2  AATCATC-AATGTGCAATTTT-CCTTTCA-ATTC-TATTGGACGC-CTAT  1086

seq1  AGCCTCCTCTTCGCAATACCAACTACTGAGAGATCCTCT-GTTTTCAAAT  1148
      |||  | ||||||| |||||||||||   ||||| |||| ||||||||| 
seq2  AGCTCCTTCTTCGC-ATACCAACTACCTGGAGAT-CTCTGGTTTTCAAA-  1133

seq1  TGACATCTTGGACCAAATATTTATGATTGTCTATGATAATGT  1190
      ||||| ||||||||||  |||||||| ||||||   ||||||
seq2  TGACACCTTGGACCAA--ATTTATGAATGTCTA--GTAATGT  1171