BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-024C18
Chromosome6 (Build37)
Map Location 36,618,926 - 36,759,612
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtn, LOC100039514
Upstream geneLOC100039327, 9330158H04Rik, Chrm2, EG620863, LOC100039370
Downstream geneDgki, EG665024, Creb3l2, Akr1d1, LOC665046, Ybx1-ps2, LOC100039636
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-024C18.bB6Ng01-024C18.g
ACCDH855889DH855890
length1,068899
definitionDH855889|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-024C18, 5' end.DH855890|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-024C18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,618,926 - 36,620,001)(36,758,683 - 36,759,612)
sequence
gaattccagagagccagtgaaggatggggaataggaggaaccattagaaa
gtcttggatactagggattccaggggctcctaggacccaaaggggataac
tttagccaaaatgcctaatagtggaaaatagaacctgaagaaactgctcc
cagtagataggcatggcccatcttgggatccaacccatctacagacacca
aaccccaacactattgctgatgccaagatgtgcttgcagacaggagcctg
gtatggctctcctctgagagactttgccagcaccagactaagacagatgc
agatattcacatccctctgtttgactctgcctcaccacaatgaccagcaa
gaatgttcattgctattacatgattctgttgccaggtaaactagaagtct
tactgaaattttcatccaattctaggtgacataatgaggagatgttagtg
gagagagcagattagctgtaccttttaatgcaacatagactaaaacagcc
aaaaatatcaccacaaaatatgtaaactagattctagcatgtgatacaaa
agccagaagaccactaaagtgagaagtggagaggattagaaacacaaacc
aagaaagagggggtggaaacaggattaacaagattatgactttatgatta
atacgtcagacactgaaaccttcatgatcatggacaaaaatggagaagta
tccattttaaaggggtgaattttgacaacgttgcttatattaaagagcag
catgtgggtaactggccccagtgtactgtacccagtgtatgtttgatgga
atattctttcttgcttaagtgaacctacatgagtgctgttattttgacct
ggaaacctttatgtgaatacaaagtgctggaatggagggcagagtgttgg
gatatttgatttaacacttgaatatctgaattagccaaccatcaatgttc
aagccaaatccttttccatttcagtcttggtttctaccttactccatagc
ttctcttatgacctggaattattctcgtagtactttaaagtccactattg
ttcttattacctgttttt
gaattcctgctacctgccagagcatgcaaagcgcgggagagggcacattt
gtgctctttgtaaaacctggagctttggtgggtgtgtctggcccagtagg
catgagagagaagaaagggtgtatcagtagacaggtctcatttcctacct
ccacttctcaggttgccctagagcttgccaactgccaattgctgcccgct
ctaggtgtggtacatgcctggcagcctgcccctcctgtgtctgctgatgg
agaaacatctccgccagagcagcctgcactccctagcctgcccacgagcc
cagaaacgcttctagaaacagttcagtccaaagtttcaaaggcacacttt
ggagtctacctttgcttggttgggatgccaactggcatagaagcacttac
gttttcagttgtatccaaataagccagggttgtggtaaagacgagtttgg
cagacacccggaatttctgaggtgatattccagttgtttccataatatat
tttgagaagaaaagtcacttcttttgtgcataaaacataacctttcctct
cttctaaaatatgtgtgtgtgcatgcgcacacacacatgcacacacacac
gcacacacacacacacacacacacacttctatgggatctgatgtggcata
taaatacaagagcacacatgtaactcacatacagattgctaactagttct
tgtctccttagtaataaggactttggagctgtaggagcagagcgagactt
cagaagtagagtgggtgcctcacagaaggaatgcacacttcaggggagaa
caaagtaacagagttctagtgggtcagcatctttcctcttgaaactacca
ggcatagtttaaaaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgtgtgtgttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_36618926_36620001
seq2: B6Ng01-024C18.b_47_1114

seq1  GAATTCCAGAGAGCCAGTGAAGGATGGGGAATAGGAGGAACCATTAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAGAGCCAGTGAAGGATGGGGAATAGGAGGAACCATTAGAAA  50

seq1  GTCTTGGATACTAGGGATTCCAGGGGCTCCTAGGACCCAAAGGGGATAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGATACTAGGGATTCCAGGGGCTCCTAGGACCCAAAGGGGATAAC  100

seq1  TTTAGCCAAAATGCCTAATAGTGGAAAATAGAACCTGAAGAAACTGCTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCCAAAATGCCTAATAGTGGAAAATAGAACCTGAAGAAACTGCTCC  150

seq1  CAGTAGATAGGCATGGCCCATCTTGGGATCCAACCCATCTACAGACACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGATAGGCATGGCCCATCTTGGGATCCAACCCATCTACAGACACCA  200

seq1  AACCCCAACACTATTGCTGATGCCAAGATGTGCTTGCAGACAGGAGCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCAACACTATTGCTGATGCCAAGATGTGCTTGCAGACAGGAGCCTG  250

seq1  GTATGGCTCTCCTCTGAGAGACTTTGCCAGCACCAGACTAAGACAGATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGCTCTCCTCTGAGAGACTTTGCCAGCACCAGACTAAGACAGATGC  300

seq1  AGATATTCACATCCCTCTGTTTGACTCTGCCTCACCACAATGACCAGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTCACATCCCTCTGTTTGACTCTGCCTCACCACAATGACCAGCAA  350

seq1  GAATGTTCATTGCTATTACATGATTCTGTTGCCAGGTAAACTAGAAGTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTTCATTGCTATTACATGATTCTGTTGCCAGGTAAACTAGAAGTCT  400

seq1  TACTGAAATTTTCATCCAATTCTAGGTGACATAATGAGGAGATGTTAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAAATTTTCATCCAATTCTAGGTGACATAATGAGGAGATGTTAGTG  450

seq1  GAGAGAGCAGATTAGCTGTACCTTTTAATGCAACATAGACTAAAACAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGCAGATTAGCTGTACCTTTTAATGCAACATAGACTAAAACAGCC  500

seq1  AAAAATATCACCACAAAATATGTAAACTAGATTCTAGCATGTGATACAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATATCACCACAAAATATGTAAACTAGATTCTAGCATGTGATACAAA  550

seq1  AGCCAGAAGACCACTAAAGTGAGAAGTGGAGAGGATTAGAAACACAAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGAAGACCACTAAAGTGAGAAGTGGAGAGGATTAGAAACACAAACC  600

seq1  AAGAAAGAGGGGGTGGAAACAGGATTAACAAGATTATGACTTTATGATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGAGGGGGTGGAAACAGGATTAACAAGATTATGACTTTATGATTA  650

seq1  ATACGTCAGACACTGAAACCTTCATGATCATGGACAAAAATGGAGAAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGTCAGACACTGAAACCTTCATGATCATGGACAAAAATGGAGAAGTA  700

seq1  TCCATTTTAAAGGGGTGAATTTTGACAACGTTGCTTATATTAAAGAGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTTAAAGGGGTGAATTTTGACAACGTTGCTTATATTAAAGAGCAG  750

seq1  CATGTGGGTAACTGGCCCCAGTGTACTGTACCCAGTGTATGTTTGATGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGGTAACTGGCCCCAGTGTACTGTACCCAGTGTATGTTTGATGGA  800

seq1  ATATTCTTTCTTGCTTAAGTGAACCTACATGAGTGCTGTTATTTTGAACC  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATATTCTTTCTTGCTTAAGTGAACCTACATGAGTGCTGTTATTTTG-ACC  849

seq1  TGGAAACCTTTATGTGAATACAAAGTGCTGGAATGGAGGGCAGAGTGTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACCTTTATGTGAATACAAAGTGCTGGAATGGAGGGCAGAGTGTTG  899

seq1  GGATATTTGAATTAAACACTTGAATATCTGAATTAGCCAACCATCAATGT  950
      ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATTTG-ATTTAACACTTGAATATCTGAATTAGCCAACCATCAATGT  948

seq1  TCAAGCCAAATCCTTTTTCCATTTCAGTCTTGGTTTCTACCTTACTCCAT  1000
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCCAAATCC-TTTTCCATTTCAGTCTTGGTTTCTACCTTACTCCAT  997

seq1  AGCTTCTCTTATGACCTTGAATTATTCTTGGTAGTACTTTAAAAGTCCCA  1050
      ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| ||||| |||
seq2  AGCTTCTCTTATGACCTGGAATTATTC-TCGTAGTACTTT-AAAGT-CCA  1044

seq1  CTATTTGTTCTTATTTACCTGTTTTT  1076
      ||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  CTA-TTGTTCTTA-TTACCTGTTTTT  1068

seq1: chr6_36758683_36759612
seq2: B6Ng01-024C18.g_68_966 (reverse)

seq1  CAACACACACACACCACACACACACACACACACACACACACACACACACA  50
                                    || ||||||||| |||||||
seq2  ------------------------------CA-ACACACACAAACACACA  19

seq1  CACACACACACACACTTTTTAAACTATGCCTGGTAGTTTCAAGAGGAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACTTTTTAAACTATGCCTGGTAGTTTCAAGAGGAAAG  69

seq1  ATGCTGACCCACTAGAACTCTGTTACTTTGTTCTCCCCTGAAGTGTGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGACCCACTAGAACTCTGTTACTTTGTTCTCCCCTGAAGTGTGCAT  119

seq1  TCCTTCTGTGAGGCACCCACTCTACTTCTGAAGTCTCGCTCTGCTCCTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTGTGAGGCACCCACTCTACTTCTGAAGTCTCGCTCTGCTCCTAC  169

seq1  AGCTCCAAAGTCCTTATTACTAAGGAGACAAGAACTAGTTAGCAATCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCAAAGTCCTTATTACTAAGGAGACAAGAACTAGTTAGCAATCTGT  219

seq1  ATGTGAGTTACATGTGTGCTCTTGTATTTATATGCCACATCAGATCCCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAGTTACATGTGTGCTCTTGTATTTATATGCCACATCAGATCCCAT  269

seq1  AGAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGCATGTGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGCATGTGTGT  319

seq1  GTGCGCATGCACACACACATATTTTAGAAGAGAGGAAAGGTTATGTTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGCATGCACACACACATATTTTAGAAGAGAGGAAAGGTTATGTTTTA  369

seq1  TGCACAAAAGAAGTGACTTTTCTTCTCAAAATATATTATGGAAACAACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAAAAGAAGTGACTTTTCTTCTCAAAATATATTATGGAAACAACTG  419

seq1  GAATATCACCTCAGAAATTCCGGGTGTCTGCCAAACTCGTCTTTACCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATCACCTCAGAAATTCCGGGTGTCTGCCAAACTCGTCTTTACCACA  469

seq1  ACCCTGGCTTATTTGGATACAACTGAAAACGTAAGTGCTTCTATGCCAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGGCTTATTTGGATACAACTGAAAACGTAAGTGCTTCTATGCCAGT  519

seq1  TGGCATCCCAACCAAGCAAAGGTAGACTCCAAAGTGTGCCTTTGAAACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATCCCAACCAAGCAAAGGTAGACTCCAAAGTGTGCCTTTGAAACTT  569

seq1  TGGACTGAACTGTTTCTAGAAGCGTTTCTGGGCTCGTGGGCAGGCTAGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTGAACTGTTTCTAGAAGCGTTTCTGGGCTCGTGGGCAGGCTAGGG  619

seq1  AGTGCAGGCTGCTCTGGCGGAGATGTTTCTCCATCAGCAGACACAGGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCAGGCTGCTCTGGCGGAGATGTTTCTCCATCAGCAGACACAGGAGG  669

seq1  GGCAGGCTGCCAGGCATGTACCACACCTAGAGCGGGCAGCAATTGGCAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGCTGCCAGGCATGTACCACACCTAGAGCGGGCAGCAATTGGCAGT  719

seq1  TGGCAAGCTCTAGGGCAACCTGAGAAGTGGAGGTAGGAAATGAGACCTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAGCTCTAGGGCAACCTGAGAAGTGGAGGTAGGAAATGAGACCTGT  769

seq1  CTACTGATACACCCTTTCTTCTCTCTCATGCCTACTGGGCCAGACACACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGATACACCCTTTCTTCTCTCTCATGCCTACTGGGCCAGACACACC  819

seq1  CACCAAAGCTCCAGGTTTTACAAAGAGCACAAATGTGCCCTCTCCCGCGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAAGCTCCAGGTTTTACAAAGAGCACAAATGTGCCCTCTCCCGCGC  869

seq1  TTTGCATGCTCTGGCAGGTAGCAGGAATTC  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATGCTCTGGCAGGTAGCAGGAATTC  899