BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-026H04
Chromosome6 (Build37)
Map Location 111,263,452 - 111,400,730
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrm7
Upstream genenone
Downstream gene1700054K19Rik, Lmcd1, D630042P16Rik, LOC619975
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-026H04.bB6Ng01-026H04.g
ACCDH857488DH857489
length1,0961,074
definitionDH857488|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-026H04, 5' end.DH857489|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-026H04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,263,452 - 111,264,568)(111,399,645 - 111,400,730)
sequence
gaattccagtgcttcatttaacctttcagagttctaaaaaacggattcgg
ttttctttttctcattagtcccttttattaaggatctacagtgaaccatg
aatggtacacagttctaaagagaacacacaactgaacctacaaccctgta
ctgactagtttatagctttatttaagcaacatagtcaatagaaacaaggc
atagcagtccagatggacatgctgactgcaagcaacagtgcctactgctt
tcttgagtaatgagaagatgtcctgtcttaagaaatgaagacactaaatg
atttgagggctaccatgaaatgaaccactcagcaacattaaatgcatatt
tgggcttcttttcagtctttgtattgttattgtccccaaacttatcactc
ttgccactatagacctatacatgtccttgttataaaggatatgatactat
tttccttcatgtttatttttctaagtaaggaaatcgttctgcagattaac
atgagtacttggtcagaactccctaattccagtcctacaaatcacccatt
ttaggaaagaagaactccataactgacttagagaactcctaaacagagcc
aagacaatgtaaaggagtggctatctgatgactagaattcagtgaggtga
aatattggtgaaagtacaaagaacatgaatgagtcacccaagagtgttgc
tgtaggaatgaaagccactctaggaactcgctatggtaatctctgttgga
tgcaggactaagagttaagaacatgtccacgaaaaactcagcagtgcttt
cattttctggtctcaggatgttgatggataggctgagtccattgaaagat
gacatcttaaacatggagtttcagtttcttgccttcatagtgtcatcagg
atactgaaaattcagacccttccctccccatacccaagatgagcacatat
acagatacactttttttttacatccaagaacatagaaatatctattagat
tttttttctcatagtactgcataagtggtcagcaccaaggtccaaggttt
gaccaccccccatgtttgctggctgtggctagcctcctgctatgac
gaattcaaaggaggataagtagtctctggcacaaacaggaatgcttttca
ctgttttgtagagatcagccctttattgaagaggggaatcttggcagtgg
tgtagatatggagtgttatcccagcaggtaacaatatagtgtgccaaaag
tcctaaatcgagagcatgtctaatatgtgaagaattcccttgttccattt
tacagatagaatggaaccatacatgacgatacgtacttttacatcctcag
gctgttgtttaatggaaagggctcactgagactacatgtcaacatattag
tacagttgatctcaaaggacactcagattctaaactgcacaagacttgct
ttttcccataatcttacagttgactgttaagttgagtagacttgagtgtt
tgcattaaaatgacctataggacccagtagactcccatcagctccattct
tcacagaatcatttccctgccagggagccttaaaagacaagctataattt
tggatacatattgctgcttgaaagtgagatgtccatcccaggatcacatg
tttgaatacttggtagccaggccgaggagttgtttgggaaaattgtggac
cttttaggaactgagacctagatggagaaactaggtgtctgagaggttgg
ccctggggcttacaatctggcctcactgtgggtctcgtctctctctgtgt
cttgattgttgctgtgattcattaagcagcatgcactcccagcaagcacc
gcaaggccttccctgataaagatgtgtctcaagcatcacacaaaataatg
gctctcttaaatttcatcttgtcctgtatttactcattcctgttttccct
tcacattcaaatatgtgtcagtatgctgggctgtgtgatcatttgagtaa
aactgttcctttgttttagaaaaagccacttgcccttcttcaattggcta
actgtatgctctgaaggaattatgtttccgttgttttcacccccaaaaaa
ggtgagtcagatgatcaggtagacttggttggcattacagaagatgtggc
agggaaaagtagatggtgagctca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_111263452_111264568
seq2: B6Ng01-026H04.b_41_1136

seq1  GAATTCCAGTGCTTCATTTAACCTTTCAGAGTTCTAAAAAACGGATTCGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTGCTTCATTTAACCTTTCAGAGTTCTAAAAAACGGATTCGG  50

seq1  TTTTCTTTTTCTCATTAGTCCCTTTTATTAAGGATCTACAGTGAACCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTTTCTCATTAGTCCCTTTTATTAAGGATCTACAGTGAACCATG  100

seq1  AATGGTACACAGTTCTAAAGAGAACACACAACTGAACCTACAACCCTGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTACACAGTTCTAAAGAGAACACACAACTGAACCTACAACCCTGTA  150

seq1  CTGACTAGTTTATAGCTTTATTTAAGCAACATAGTCAATAGAAACAAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTAGTTTATAGCTTTATTTAAGCAACATAGTCAATAGAAACAAGGC  200

seq1  ATAGCAGTCCAGATGGACATGCTGACTGCAAGCAACAGTGCCTACTGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAGTCCAGATGGACATGCTGACTGCAAGCAACAGTGCCTACTGCTT  250

seq1  TCTTGAGTAATGAGAAGATGTCCTGTCTTAAGAAATGAAGACACTAAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGTAATGAGAAGATGTCCTGTCTTAAGAAATGAAGACACTAAATG  300

seq1  ATTTGAGGGCTACCATGAAATGAACCACTCAGCAACATTAAATGCATATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAGGGCTACCATGAAATGAACCACTCAGCAACATTAAATGCATATT  350

seq1  TGGGCTTCTTTTCAGTCTTTGTATTGTTATTGTCCCCAAACTTATCACTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTTCTTTTCAGTCTTTGTATTGTTATTGTCCCCAAACTTATCACTC  400

seq1  TTGCCACTATAGACCTATACATGTCCTTGTTATAAAGGATATGATACTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCACTATAGACCTATACATGTCCTTGTTATAAAGGATATGATACTAT  450

seq1  TTTCCTTCATGTTTATTTTTCTAAGTAAGGAAATCGTTCTGCAGATTAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTCATGTTTATTTTTCTAAGTAAGGAAATCGTTCTGCAGATTAAC  500

seq1  ATGAGTACTTGGTCAGAACTCCCTAATTCCAGTCCTACAAATCACCCATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTACTTGGTCAGAACTCCCTAATTCCAGTCCTACAAATCACCCATT  550

seq1  TTAGGAAAGAAGAACTCCATAACTGACTTAGAGAACTCCTAAACAGAGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAAAGAAGAACTCCATAACTGACTTAGAGAACTCCTAAACAGAGCC  600

seq1  AAGACAATGTAAAGGAGTGGCTATCTGATGACTAGAATTCAGTGAGGTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAATGTAAAGGAGTGGCTATCTGATGACTAGAATTCAGTGAGGTGA  650

seq1  AATATTGGTGAAAGTACAAAGAACATGAATGAGTCACCCAAGAGTGTTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTGGTGAAAGTACAAAGAACATGAATGAGTCACCCAAGAGTGTTGC  700

seq1  TGTAGGAATGAAAGCCACTCTAGGAACTCGCTATGGTAATCTCTGTTGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGAATGAAAGCCACTCTAGGAACTCGCTATGGTAATCTCTGTTGGA  750

seq1  TGCAGGACTAAGAGTTAAGAACATGTCCACGAAAAACTCAGGCAGTGCTT  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGCAGGACTAAGAGTTAAGAACATGTCCACGAAAAACTCA-GCAGTGCTT  799

seq1  TCATTTTCTGGTCTCAGGATGTTGATGGATAGGCTGAGTCCATTGAAGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCATTTTCTGGTCTCAGGATGTTGATGGATAGGCTGAGTCCATTGAAAGA  849

seq1  TGACATCTTAAACATGGAGTTTCAGTTTCCTTGCCTTCATAGTGTCATCA  900
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCTTAAACATGGAGTTTCAGTTT-CTTGCCTTCATAGTGTCATCA  898

seq1  GGATACTGAAAATTCAGACCCTTCCCTCCCCATACCCAAGATGAGCAACA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
seq2  GGATACTGAAAATTCAGACCCTTCCCTCCCCATACCCAAGATGAGCA--C  946

seq1  ATATACAAGATACACTTTTTTTTTTTACCATCCAAGAACATAGAAAATAT  1000
      |||||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||| ||||||
seq2  ATATAC-AGATACACTTTTTTTTT---ACATCCAAGAACATAG-AAATAT  991

seq1  CTATTAGATTTTTTTTTCCTCAATAAAGGTACTGCATAAAGTTGGTCAAG  1050
      ||||||||||||||||  ||| |||   |||||||||||   ||||| ||
seq2  CTATTAGATTTTTTTT--CTC-ATA---GTACTGCATAA--GTGGTC-AG  1032

seq1  CACCAGGGTCCAAGGTTTGACACACACCCCATGTTTTGCTGGCTGTGGCT  1100
      ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  CACCAAGGTCCAAGGTTTGAC-CACCCCCCATG-TTTGCTGGCTGTGGCT  1080

seq1  AAGCCTCCTGCTATGAC  1117
       ||||||||||||||||
seq2  -AGCCTCCTGCTATGAC  1096

seq1: chr6_111399645_111400730
seq2: B6Ng01-026H04.g_66_1139 (reverse)

seq1  TGAGTCTCA-CATCTACTTTTTCCCCTGCCACATTCTCTTGTAATTGC-A  48
      |||| |||| |||||||||||  |||||||||| |||  ||||||  | |
seq2  TGAG-CTCACCATCTACTTTT--CCCTGCCACA-TCTTCTGTAATGCCAA  46

seq1  CACAGTCTTACCTGATCATTCTGACTCACCTTTTTTTGGGGGTGAAAACA  98
      |  |||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTC-TACCTGATCA-TCTGACTCACC-TTTTTTGGGGGTGAAAACA  93

seq1  ACGGAAACATAATTTCCTTCAGAGGCATACAGTTAGCCAATTGAAAGAAG  148
      |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACGGAAACATAA-TTCCTTCAGA-GCATACAGTTAGCCAATTG-AAGAAG  140

seq1  GGCAAGTGGCTTTTTCTAAATATCAAAGGAACAGTTTTACCTCAAATGAT  198
      |||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGCAAGTGGCTTTTTCTAA--AACAAAGGAACAGTTTTA-CTCAAATGAT  187

seq1  CACACAGCCCAGCATACTGACACATATTTGAATGTGAAGGGAAAACAGGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGCCCAGCATACTGACACATATTTGAATGTGAAGGGAAAACAGGA  237

seq1  ATGAGTAAATACAGGACAAGATGAAATTTAAGAGAGCCATTATTTTGTGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTAAATACAGGACAAGATGAAATTTAAGAGAGCCATTATTTTGTGT  287

seq1  GATGCTTTGAGACACATCTTTATCAGGGAAGGCCTTGCGGTGCTTGCTGG  348
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGC-TTGAGACACATCTTTATCAGGGAAGGCCTTGCGGTGCTTGCTGG  336

seq1  GAGTGCATGCTGCTTAATGAATCACAGCAACAATCAAGACACAGAGAGAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCATGCTGCTTAATGAATCACAGCAACAATCAAGACACAGAGAGAG  386

seq1  ACGAGACCCACAGTGAGGCCAGATTGTAAGCCCCAGGGCCAACCTCTCAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGACCCACAGTGAGGCCAGATTGTAAGCCCCAGGGCCAACCTCTCAG  436

seq1  ACACCTAGTTTCTCCATCTAGGTCTCAGTTCCTAAAAGGTCCACAATTTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTAGTTTCTCCATCTAGGTCTCAGTTCCTAAAAGGTCCACAATTTT  486

seq1  CCCAAACAACTCCTCGGCCTGGCTACCAAGTATTCAAACATGTGATCCTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAACAACTCCTCGGCCTGGCTACCAAGTATTCAAACATGTGATCCTG  536

seq1  GGATGGACATCTCACTTTCAAGCAGCAATATGTATCCAAAATTATAGCTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGACATCTCACTTTCAAGCAGCAATATGTATCCAAAATTATAGCTT  586

seq1  GTCTTTTAAGGCTCCCTGGCAGGGAAATGATTCTGTGAAGAATGGAGCTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTTAAGGCTCCCTGGCAGGGAAATGATTCTGTGAAGAATGGAGCTG  636

seq1  ATGGGAGTCTACTGGGTCCTATAGGTCATTTTAATGCAAACACTCAAGTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAGTCTACTGGGTCCTATAGGTCATTTTAATGCAAACACTCAAGTC  686

seq1  TACTCAACTTAACAGTCAACTGTAAGATTATGGGAAAAAGCAAGTCTTGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAACTTAACAGTCAACTGTAAGATTATGGGAAAAAGCAAGTCTTGT  736

seq1  GCAGTTTAGAATCTGAGTGTCCTTTGAGATCAACTGTACTAATATGTTGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTTAGAATCTGAGTGTCCTTTGAGATCAACTGTACTAATATGTTGA  786

seq1  CATGTAGTCTCAGTGAGCCCTTTCCATTAAACAACAGCCTGAGGATGTAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAGTCTCAGTGAGCCCTTTCCATTAAACAACAGCCTGAGGATGTAA  836

seq1  AAGTACGTATCGTCATGTATGGTTCCATTCTATCTGTAAAATGGAACAAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACGTATCGTCATGTATGGTTCCATTCTATCTGTAAAATGGAACAAG  886

seq1  GGAATTCTTCACATATTAGACATGCTCTCGATTTAGGACTTTTGGCACAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCTTCACATATTAGACATGCTCTCGATTTAGGACTTTTGGCACAC  936

seq1  TATATTGTTACCTGCTGGGATAACACTCCATATCTACACCACTGCCAAGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTGTTACCTGCTGGGATAACACTCCATATCTACACCACTGCCAAGA  986

seq1  TTCCCCTCTTCAATAAAGGGCTGATCTCTACAAAACAGTGAAAAGCATTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTCTTCAATAAAGGGCTGATCTCTACAAAACAGTGAAAAGCATTC  1036

seq1  CTGTTTGTGCCAGAGACTACTTATCCTCCTTTGAATTC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGTGCCAGAGACTACTTATCCTCCTTTGAATTC  1074