BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-028P13
Chromosome6 (Build37)
Map Location 15,749,656 - 15,916,581
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMdfic
Upstream geneFoxp2, LOC100040568
Downstream geneLOC100041116, Tcfec, EG435881
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028P13.bB6Ng01-028P13.g
ACCDH859303DH859304
length1,1451,083
definitionDH859303|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028P13, 5' end.DH859304|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028P13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,749,656 - 15,750,812)(15,915,488 - 15,916,581)
sequence
gaattcctgaccctctgcaacattgtcctgggacaagcttcgtgtggcat
ctgcacctccgaagcctgctgctgttgctgtggcgatgagatgggtgatg
actgtagctgcccctgtgacatggactgcggcatcatggatgcctgttgt
gaatcgtcagactgtctagaaatctgcatggaatgctgtggcatctgttt
tccttcataaaagatttatctcttgtttttactaaaactggagacaactt
tacaatatttcttgtaggggaaagaaaggcgcatggtaagactcccatga
aacaactcagtatttgcactgttttttgtagacccattccttctaagtaa
gctctgaaattcttcctttcgccggatgtatgtggtttaatatgtgaagt
tttgactgtctaattggttttttgaaacttcttcatagatgacaataatt
ggaagacattttgacacacacagcctaaaatgttaaatgtcttctttctc
ttgacatgtctgttttcgctaaccattctgagcagctctttgctctaaac
acaacattgctcagtatgtatttaagccagatcactttgatgtttatcta
ttggaggttaaaagcaaacttttttttaattctaagtaagcacaaacatt
gggcagagccgtaaacagatgtgggactctccgtgttggtctcctctggg
cttttcagctctcttgttctgccagagtgctctgaagaagatcacattgc
tctcatccagagcggcaggaagtgtaatggaagcaagcaggatgggagct
gtaaaggatgaaccaggtttcaaagcatgctggcttcaagactgtaaagg
caagaggccataggaacatacagaagtgaataacacgttacagaagaacg
cctggaggaagatatggcactgtggatgctctaggaccagctacttgaat
ttaacgaaagttggaggtacacagcctagactgtcagtgctttggacaag
tgaaaaggatttggccttgtatatcgcagcaccccagctttcttagactg
gtaaatctcactaatgccaatcgcactttcttacatgtaatttagtggtt
aaatttatgaaacatatacctggtaacatactatatttaccaaaa
gaattctctagatatctgcaatttaagaaaaacagtattaagccgtctaa
catcgcatgctgatcctaaattactaagaccatcacagcatttgcccagc
agtcattctttgagcaaactcattttaaagccagaatttaagcaggaaat
tgaatctgtaaaaggaagaatcaatgaagcattgtgtcttgtaatgcttt
cagatgaatgagtaagtattcaaggataaggagtcatcaaatttgtagaa
ataatgggtgagagagaagggtctacaaagaaactcacaaatgtcttctt
agcattactttatctctaatatagttctcaaaacaagtgaccaaaacgcc
tagcatgtcaggcacccatgtctgaagaatacataatttgtaagttctac
tccaatactaaacactaacttccatgttaggggcacattataaatataat
agatatggtagtttggacttgttactgaaaatcttttcttgtcctttcag
agctaaagcatccatttcctaagtaagatgctaggatttgtcagaaaata
gctaatattttccttttgacatttgcaaagatgtttgttgttttcaaaca
ggcaatataccctcaaggtatagacactagagttaagctagtatatgtgg
aggtctttttaattctatcagctactatttatcatcagaaatattttatc
aataacttctagcatataaacttcttaagtaatacagaaatgtaatcctc
cagacaagaacatctggaccataagctccatgctctttgatgtaaagaga
tgtgttgtcaagatttgagagactttcatgtctttggacatcacagatca
gagattcatgacaacagaatgtggtttcctaagtcatttaaaagccttta
ctgaggtcaaactatctacctatgagtgaccatgaattcccaaagggttg
ctccagcagcttgttcacaggaaatgctttgctcaaaagtaacaaggaca
catgttccactatgggcatagcagtcttatttttactatccggagccaaa
agactcgatgtctcacgaagaatggatacagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_15749656_15750812
seq2: B6Ng01-028P13.b_43_1187

seq1  GAATTCCTGACCCTCTGCAACATTGTCCTGGGACAAGCTTCGTGTGGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGACCCTCTGCAACATTGTCCTGGGACAAGCTTCGTGTGGCAT  50

seq1  CTGCACCTCCGAAGCCTGCTGCTGTTGCTGTGGCGATGAGATGGGTGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACCTCCGAAGCCTGCTGCTGTTGCTGTGGCGATGAGATGGGTGATG  100

seq1  ACTGTAGCTGCCCCTGTGACATGGACTGCGGCATCATGGATGCCTGTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAGCTGCCCCTGTGACATGGACTGCGGCATCATGGATGCCTGTTGT  150

seq1  GAATCGTCAGACTGTCTAGAAATCTGCATGGAATGCTGTGGCATCTGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCGTCAGACTGTCTAGAAATCTGCATGGAATGCTGTGGCATCTGTTT  200

seq1  TCCTTCATAAAAGATTTATCTCTTGTTTTTACTAAAACTGGAGACAACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCATAAAAGATTTATCTCTTGTTTTTACTAAAACTGGAGACAACTT  250

seq1  TACAATATTTCTTGTAGGGGAAAGAAAGGCGCATGGTAAGACTCCCATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATATTTCTTGTAGGGGAAAGAAAGGCGCATGGTAAGACTCCCATGA  300

seq1  AACAACTCAGTATTTGCACTGTTTTTTGTAGACCCATTCCTTCTAAGTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACTCAGTATTTGCACTGTTTTTTGTAGACCCATTCCTTCTAAGTAA  350

seq1  GCTCTGAAATTCTTCCTTTCGCCGGATGTATGTGGTTTAATATGTGAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGAAATTCTTCCTTTCGCCGGATGTATGTGGTTTAATATGTGAAGT  400

seq1  TTTGACTGTCTAATTGGTTTTTTGAAACTTCTTCATAGATGACAATAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTGTCTAATTGGTTTTTTGAAACTTCTTCATAGATGACAATAATT  450

seq1  GGAAGACATTTTGACACACACAGCCTAAAATGTTAAATGTCTTCTTTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGACATTTTGACACACACAGCCTAAAATGTTAAATGTCTTCTTTCTC  500

seq1  TTGACATGTCTGTTTTCGCTAACCATTCTGAGCAGCTCTTTGCTCTAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACATGTCTGTTTTCGCTAACCATTCTGAGCAGCTCTTTGCTCTAAAC  550

seq1  ACAACATTGCTCAGTATGTATTTAAGCCAGATCACTTTGATGTTTATCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACATTGCTCAGTATGTATTTAAGCCAGATCACTTTGATGTTTATCTA  600

seq1  TTGGAGGTTAAAAGCAAACTTTTTTTTAATTCTAAGTAAGCACAAACATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGGTTAAAAGCAAACTTTTTTTTAATTCTAAGTAAGCACAAACATT  650

seq1  GGGCAGAGCCGTAAACAGATGTGGGACTCTCCGTGTTGGTCTCCTCTGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGAGCCGTAAACAGATGTGGGACTCTCCGTGTTGGTCTCCTCTGGG  700

seq1  CTTTTCAGCTCTCTTGTTCTGCCAGAGTGCTCTGAAGAAGATCACATTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCAGCTCTCTTGTTCTGCCAGAGTGCTCTGAAGAAGATCACATTGC  750

seq1  TCTCATCCAGAGCGGCAGGAAGTGTAATGGAAGCAAGCAGGATGGGAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATCCAGAGCGGCAGGAAGTGTAATGGAAGCAAGCAGGATGGGAGCT  800

seq1  GTAAAGGATGAACCAGGTTTCAAAGCATGCTGGCTTCAAGACTGTAAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGGATGAACCAGGTTTCAAAGCATGCTGGCTTCAAGACTGTAAAGG  850

seq1  CAAGAGGCCATAGGAACATACAGAAGTGAATAACAGGTTACAGAAGAAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  CAAGAGGCCATAGGAACATACAGAAGTGAATAACACGTTACAGAAGAACG  900

seq1  CCTGGAGGAAGATATGGCACTGTGGATGCTCTAGGACCAGCTACTTGAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGGAAGATATGGCACTGTGGATGCTCTAGGACCAGCTACTTGAAT  950

seq1  TTAAGGAAATGTTGAAGGTACACAGCCTAGACTGTCAGTGCTTTGGACAA  1000
      |||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACGAAA-GTTGGAGGTACACAGCCTAGACTGTCAGTGCTTTGGACAA  999

seq1  GTGAAAAGGATTT-GCCTTGTATATCGCAGCAACACAGCTTTCTTAGAAC  1049
      ||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| ||
seq2  GTGAAAAGGATTTGGCCTTGTATATCGCAGCACCCCAGCTTTCTTAG-AC  1048

seq1  TGTAAAATCTCAACTAATGCAAATACGCACTTTCCTACATGTAATTTAAG  1099
      ||  ||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| ||
seq2  TGGTAAATCTC-ACTAATGCCAAT-CGCACTTTCTTACATGTAATTT-AG  1095

seq1  TGTTATAAATTTTAATGAAAACATAATACCTTGTTAACATAACTATATTT  1149
      || | |||||||  ||| |||||| ||||| || |||||| |||||| ||
seq2  TGGT-TAAATTT--ATG-AAACAT-ATACC-TGGTAACAT-ACTATA-TT  1137

seq1  TACCAAAA  1157
      ||||||||
seq2  TACCAAAA  1145

seq1: chr6_15915488_15916581
seq2: B6Ng01-028P13.g_67_1149 (reverse)

seq1  TTCTGTATCCATTCTTCTGTTGAAAGACATCGAGGTTCTTTTTTGCTTCT  50
      |||||||||||||||||    |  ||||||||||    | |||||  || 
seq2  TTCTGTATCCATTCTTC----GTGAGACATCGAG----TCTTTTGGCTCC  42

seq1  GGATAGTATAAATAAGACTGCTATGGCCATAGTGGAACATGTGTCCTTGT  100
      |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGTAAAAATAAGACTGCTATGCCCATAGTGGAACATGTGTCCTTGT  92

seq1  TACTTTTGGAGCAAAGCATTTCCTGTGAACAAGCTGCTGGAGCAAACCTT  150
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
seq2  TACTTTT-GAGCAAAGCATTTCCTGTGAACAAGCTGCTGGAGC-AACCCT  140

seq1  TTGGGAATTCATGGTCACTCATAGGTAGATAGTTTGACCTCAGTAAAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAATTCATGGTCACTCATAGGTAGATAGTTTGACCTCAGTAAAGGC  190

seq1  TTTTAAATGACTTAGGAAACCACATTCTGTTGTCATGAATCTCTGATCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAATGACTTAGGAAACCACATTCTGTTGTCATGAATCTCTGATCTG  240

seq1  TGATGTCCAAAGACCTGAAAGTCTCTCAAATCTTGACAACACATCTCTTT  300
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCCAAAGACATGAAAGTCTCTCAAATCTTGACAACACATCTCTTT  290

seq1  ACATCAAAGAGCATGGAGCTTATGGTCCAGATGTTCTTGTCTGGAGGATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAAAGAGCATGGAGCTTATGGTCCAGATGTTCTTGTCTGGAGGATT  340

seq1  ACATTTTCTGTATTACTTAAGAAGTTTATATGCTAGAAGTTATTGATAAA  400
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACA-TTTCTGTATTACTTAAGAAGTTTATATGCTAGAAGTTATTGATAAA  389

seq1  ATATTTCTGATGATAAATAGTAGCTGATAGAATTAAAAAGACCTCCACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCTGATGATAAATAGTAGCTGATAGAATTAAAAAGACCTCCACAT  439

seq1  ATACTAGCTTAACTCTAGTGTCTATACCTTGAGGGTATATTGCCTGTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTAGCTTAACTCTAGTGTCTATACCTTGAGGGTATATTGCCTGTTTG  489

seq1  AAAACAACAAACATCTTTGCAAATGTCAAAAGGAAAATATTAGCTATTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAACAAACATCTTTGCAAATGTCAAAAGGAAAATATTAGCTATTTT  539

seq1  CTGACAAATCCTAGCATCTTACTTAGGAAATGGATGCTTTAGCTCTGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAAATCCTAGCATCTTACTTAGGAAATGGATGCTTTAGCTCTGAAA  589

seq1  GGACAAGAAAAGATTTTCAGTAACAAGTCCAAACTACCATATCTATTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAGAAAAGATTTTCAGTAACAAGTCCAAACTACCATATCTATTATA  639

seq1  TTTATAATGTGCCCCTAACATGGAAGTTAGTGTTTAGTATTGGAGTAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAATGTGCCCCTAACATGGAAGTTAGTGTTTAGTATTGGAGTAGAA  689

seq1  CTTACAAATTATGTATTCTTCAGACATGGGTGCCTGACATGCTAGGCGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAAATTATGTATTCTTCAGACATGGGTGCCTGACATGCTAGGCGTT  739

seq1  TTGGTCACTTGTTTTGAGAACTATATTAGAGATAAAGTAATGCTAAGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCACTTGTTTTGAGAACTATATTAGAGATAAAGTAATGCTAAGAAG  789

seq1  ACATTTGTGAGTTTCTTTGTAGACCCTTCTCTCTCACCCATTATTTCTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGTGAGTTTCTTTGTAGACCCTTCTCTCTCACCCATTATTTCTAC  839

seq1  AAATTTGATGACTCCTTATCCTTGAATACTTACTCATTCATCTGAAAGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGATGACTCCTTATCCTTGAATACTTACTCATTCATCTGAAAGCA  889

seq1  TTACAAGACACAATGCTTCATTGATTCTTCCTTTTACAGATTCAATTTCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAGACACAATGCTTCATTGATTCTTCCTTTTACAGATTCAATTTCC  939

seq1  TGCTTAAATTCTGGCTTTAAAATGAGTTTGCTCAAAGAATGACTGCTGGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAAATTCTGGCTTTAAAATGAGTTTGCTCAAAGAATGACTGCTGGG  989

seq1  CAAATGCTGTGATGGTCTTAGTAATTTAGGATCAGCATGCGATGTTAGAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCTGTGATGGTCTTAGTAATTTAGGATCAGCATGCGATGTTAGAC  1039

seq1  GGCTTAATACTGTTTTTCTTAAATTGCAGATATCTAGAGAATTC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTAATACTGTTTTTCTTAAATTGCAGATATCTAGAGAATTC  1083