BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-032M02
Chromosome6 (Build37)
Map Location 113,612,393 - 113,745,054
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIrak2, Tatdn2, Ghrl, Sec13, Atp2b2
Upstream geneRad18, Srgap3, EG666387, EG620161, LOC666397, Thumpd3, EG434078, Setd5, Lhfpl4, Mtmr14, Cpne9, Brpf1, Ogg1, Camk1, Tada3l, Arpc4, Ttll3, Rpusd3, Cidec, Jagn1, Il17re, Il17rc, Creld1, Prrt3, Tmem111, Fancd2, 4931417G12Rik, 6720456B07Rik, Vhlh
Downstream geneSlc6a11, LOC666491, Slc6a1, Hrh1, Atg7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-032M02.bB6Ng01-032M02.g
ACCDH861996DH861997
length941809
definitionDH861996|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032M02, 5' end.DH861997|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032M02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,612,393 - 113,613,336)(113,744,251 - 113,745,054)
sequence
gaattcttgaaagtcctcagactagctaccctgctatacacagaagataa
acaacaaagcgactgtctcaaactctatccactctctatgatagtctcat
tgtccatatttacacacacacacacacacacacacacacacacaaatgct
ggcgtgtacatattgtgtacatacacaacgataaatacaaaatgtaaaag
aaacattatatgctggacccaggagcaatgtgggggcaggtggggtatca
tttcctactgttgtgggcatggcttcaacctgaagtcacagttgggggtt
ctctaccaggaagcgacctctgtccttctgcttcacacacctgtctggag
ttgctgctgtatgtctggtgaggaccatgggatttctactctaggctctc
tggagagagaggaacaacacaagaaaggcagtgcccctggcccagtggag
gctgggtaagagatgtatggaacagcctgcctcctggggacatgtttagc
atctgcttttggtcactccctgtttgggcagcttggtggcaggtatgctt
atgaattggcagttacctcagcaaatggtttttgttgacattttgttaca
aagactgtctgttcccttccagggcttcagagccagcctggtctacaagg
cacagactgtgtggtttggctgcagtggggaagtggctggcttagagact
acattccaggtggcatgatgccaacaaaaaaacaaaaacaagaattacac
ggtgctggttagatggcccaggggttaagaatacttcttggaggacctga
gttcagttcccagcacccacattggtggctcacagctgtctgtcattcca
gctccaggggatctgatgccctcttctggttctgtgggcattgcatacat
gtggcagctcgcgtgcgtgcgtgcgtgcgtgcttgtgtgtg
gaattcctagtctttgcttcatctcatggaacccctagatcacaagctac
atgacagagcacacccactatgcagagctgcctgggccttgagacctgta
catcagccaagggatcatgggcatctggggaggttgtacccacaggccct
tactatcacccctcctccatcagagaatgctggtaggcacagtcccaaga
acatctttgtgggcaactgaggcaggtcaggtatagacacactgatctga
caggagggatcccaagaacaaagtgtatctcttgagctccagcattgccc
tagccagtcatttccctagctgagcctctgttcccttcacctgggacacg
ctccctgagaacaacacacgtgcctgatgccttttcaaatagcacctcct
ggtcatgctagctacagcagccgtatcttcagccacgacttcctgggatt
tttcctcagagtatcaattcgtgtctataatggtggcacatacacactgt
ctctgttactgctagatctgtacacaaggaatcaccatgcacctgccata
ttgcaggtgctcaaaggtgcttgttcagtgaatgagtaaaagattccacc
ttacctctttatagggtggcatctgtatagaggtggctcttttttttttt
agagatttgttttgtttgtttgttttgtttgttgtttaatatatatgagt
acactgttgctctcttcagacacaccagaagaaggcatcagatccccatt
acagatggttgtgagccacccttgcatttgctgggaaattgaactcatgg
acctctgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_113612393_113613336
seq2: B6Ng01-032M02.b_44_984

seq1  GAATTCTTGAAAGTCCTCAGACTAGCTACCCTGCTATACACAGAAGATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAAAGTCCTCAGACTAGCTACCCTGCTATACACAGAAGATAA  50

seq1  ACAACAAAGCGACTGTCTCAAACTCTATCCACTCTCTATGATAGTCTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAAAGCGACTGTCTCAAACTCTATCCACTCTCTATGATAGTCTCAT  100

seq1  TGTCCATATTTACACACACACACACACACACACACACACACACAAATGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATATTTACACACACACACACACACACACACACACACACAAATGCT  150

seq1  GGCGTGTACATATTGTGTACATACACAACGATAAATACAAAATGTAAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTGTACATATTGTGTACATACACAACGATAAATACAAAATGTAAAAG  200

seq1  AAACATTATATGCTGGACCCAGGAGCAATGTGGGGGCAGGTGGGGTATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTATATGCTGGACCCAGGAGCAATGTGGGGGCAGGTGGGGTATCA  250

seq1  TTTCCTACTGTTGTGGGCATGGCTTCAACCTGAAGTCACAGTTGGGGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTACTGTTGTGGGCATGGCTTCAACCTGAAGTCACAGTTGGGGGTT  300

seq1  CTCTACCAGGAAGCGACCTCTGTCCTTCTGCTTCACACACCTGTCTGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACCAGGAAGCGACCTCTGTCCTTCTGCTTCACACACCTGTCTGGAG  350

seq1  TTGCTGCTGTATGTCTGGTGAGGACCATGGGATTTCTACTCTAGGCTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCTGTATGTCTGGTGAGGACCATGGGATTTCTACTCTAGGCTCTC  400

seq1  TGGAGAGAGAGGAACAACACAAGAAAGGCAGTGCCCCTGGCCCAGTGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGAGAGGAACAACACAAGAAAGGCAGTGCCCCTGGCCCAGTGGAG  450

seq1  GCTGGGTAAGAGATGTATGGAACAGCCTGCCTCCTGGGGACATGTTTAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTAAGAGATGTATGGAACAGCCTGCCTCCTGGGGACATGTTTAGC  500

seq1  ATCTGCTTTTGGTCACTCCCTGTTTGGGCAGCTTGGTGGCAGGTATGCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCTTTTGGTCACTCCCTGTTTGGGCAGCTTGGTGGCAGGTATGCTT  550

seq1  ATGAATTGGCAGTTACCTCAGCAAATGGTTTTTGTTGACATTTTGTTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTGGCAGTTACCTCAGCAAATGGTTTTTGTTGACATTTTGTTACA  600

seq1  AAGACTGTCTGTTCCCTTCCAGGGCTTCAGAGCCAGCCTGGTCTACAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTGTCTGTTCCCTTCCAGGGCTTCAGAGCCAGCCTGGTCTACAAGG  650

seq1  CACAGACTGTGTGGTTTGGCTGCAGTGGGGAAGTGGCTGGCTTAGAGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACTGTGTGGTTTGGCTGCAGTGGGGAAGTGGCTGGCTTAGAGACT  700

seq1  ACATTCCAGGTGGCATGATGCCAACAAAAAAACAAAAACAAGAATTACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCCAGGTGGCATGATGCCAACAAAAAAACAAAAACAAGAATTACAC  750

seq1  GGTGCTGGTTAGATGGCCCAGGGGTTAAGAATACTTCTTGGAGGACCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTGGTTAGATGGCCCAGGGGTTAAGAATACTTCTTGGAGGACCTGA  800

seq1  GTTCAGTTCCCAGCACCCACATTGGGTGGCTCACAGCTGTCTGTCATTCC  850
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGTTCCCAGCACCCACATT-GGTGGCTCACAGCTGTCTGTCATTCC  849

seq1  AGCTCCAGGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGTTTCTGTGGGCATTGCATAC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCAGGGGATCTGATGCCCTCTTCTGG-TTCTGTGGGCATTGCATAC  898

seq1  ATGTGGCAGGCTCGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCTTGTGTGTG  944
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGCA-GCTCGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCTTGTGTGTG  941

seq1: chr6_113744251_113745054
seq2: B6Ng01-032M02.g_70_878 (reverse)

seq1  TTCAGAGGTCC-TGAGTTCAA-TTCCCAGCAACTGC-ATGGTGGCTCACA  47
      ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||||
seq2  TTCAGAGGTCCATGAGTTCAATTTCCCAGCAAATGCAAGGGTGGCTCACA  50

seq1  ACCATCTGTAAT-GGGATCTGATGCCTTCTTCTGGTGTGTCTGAAGAGAG  96
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCTGTAATGGGGATCTGATGCCTTCTTCTGGTGTGTCTGAAGAGAG  100

seq1  CAACAGTGTACTCATATATATTAAACAAACAAAC-AAACAAACAAAC-AA  144
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||
seq2  CAACAGTGTACTCATATATATTAAAC-AACAAACAAAACAAACAAACAAA  149

seq1  ACAAATCTCTAAAAAAAAAAAGAGCCACCTCTATACAGATGCCACCCTAT  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATCTCTAAAAAAAAAAAGAGCCACCTCTATACAGATGCCACCCTAT  199

seq1  AAAGAGGTAAGGTGGAATCTTTTACTCATTCACTGAACAAGCACCTTTGA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGGTAAGGTGGAATCTTTTACTCATTCACTGAACAAGCACCTTTGA  249

seq1  GCACCTGCAATATGGCAGGTGCATGGTGATTCCTTGTGTACAGATCTAGC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTGCAATATGGCAGGTGCATGGTGATTCCTTGTGTACAGATCTAGC  299

seq1  AGTAACAGAGACAGTGTGTATGTGCCACCATTATAGACACGAATTGATAC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACAGAGACAGTGTGTATGTGCCACCATTATAGACACGAATTGATAC  349

seq1  TCTGAGGAAAAATCCCAGGAAGTCGTGGCTGAAGATACGGCTGCTGTAGC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGGAAAAATCCCAGGAAGTCGTGGCTGAAGATACGGCTGCTGTAGC  399

seq1  TAGCATGACCAGGAGGTGCTATTTGAAAAGGCATCAGGCACGTGTGTTGT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATGACCAGGAGGTGCTATTTGAAAAGGCATCAGGCACGTGTGTTGT  449

seq1  TCTCAGGGAGCGTGTCCCAGGTGAAGGGAACAGAGGCTCAGCTAGGGAAA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGGGAGCGTGTCCCAGGTGAAGGGAACAGAGGCTCAGCTAGGGAAA  499

seq1  TGACTGGCTAGGGCAATGCTGGAGCTCAAGAGATACACTTTGTTCTTGGG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGGCTAGGGCAATGCTGGAGCTCAAGAGATACACTTTGTTCTTGGG  549

seq1  ATCCCTCCTGTCAGATCAGTGTGTCTATACCTGACCTGCCTCAGTTGCCC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTCCTGTCAGATCAGTGTGTCTATACCTGACCTGCCTCAGTTGCCC  599

seq1  ACAAAGATGTTCTTGGGACTGTGCCTACCAGCATTCTCTGATGGAGGAGG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGATGTTCTTGGGACTGTGCCTACCAGCATTCTCTGATGGAGGAGG  649

seq1  GGTGATAGTAAGGGCCTGTGGGTACAACCTCCCCAGATGCCCATGATCCC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATAGTAAGGGCCTGTGGGTACAACCTCCCCAGATGCCCATGATCCC  699

seq1  TTGGCTGATGTACAGGTCTCAAGGCCCAGGCAGCTCTGCATAGTGGGTGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTGATGTACAGGTCTCAAGGCCCAGGCAGCTCTGCATAGTGGGTGT  749

seq1  GCTCTGTCATGTAGCTTGTGATCTAGGGGTTCCATGAGATGAAGCAAAGA  794
      ||||                  ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAGGGGTTCCATGAGATGAAGCAAAGA  799

seq1  CTAGGAATTC  804
      ||||||||||
seq2  CTAGGAATTC  809