BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-032O24
Chromosome6 (Build37)
Map Location 40,965,583 - 41,084,745
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2210010C04Rik, LOC100039790, Tcrb-V8.2
Upstream geneEG434008, Agk, E330009J07Rik, BC052883, Ssbp1, Tas2r137, Tas2r108, 1700016G05Rik, LOC669661, Olfr461, Olfr460, Clec5a, Tas2r138, Mgam, EG638904, Moxd2, LOC621968, BC048599, 1700074P13Rik, LOC194360, 1810009J06Rik, LOC100040208
Downstream geneLOC100040359, LOC100040333, Try4, 1810049H19Rik, Try10, Prss3, EG436523, EG386551, LOC100040233, Prss1, Prss2, Tcrb-V13, Ephb6, Trpv6, Trpv5, 1700034O15Rik, Kel, Olfr459, Pip, Sval2, Sval1, Sval3, Sva
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-032O24.bB6Ng01-032O24.g
ACCDH862132DH862133
length1,1101,117
definitionDH862132|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032O24, 5' end.DH862133|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032O24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,965,583 - 40,966,702)(41,083,602 - 41,084,745)
sequence
gaattcctatataaggaattaatttataaggaattaatttgtgtttttag
gctggagtctactgaattattgtcatggcatcctgagtgtcctaaaacaa
taatgctttcgttccttatctctgaggatagttttcatttttagaactct
ttcatttgctccactatgcttgagacaatcccattataaatttagtagtc
attagtcattccagacaatatgggaaagcattggtaggatcttctataac
aaatgcttagtttgcttatctatgaacgaatggtgtgtggtggaaagcag
ctggaaaatcatggttgtctcattctttgtgctgagaaaagagtaagtgg
ctgctgtgtggtcagcagaatatgacaacagtagagtacaactatattct
gaaaatttacatgatatagttttttaaaatatagcttagatttttataca
atcctgtgttgataatagggctggttagggtaagtgacacagaagccaat
aatactgggggaaaaatataaaatttgtatttaaaaagaaatccttcaag
ggtcagagtcttggctcagatgtttagagcacataaggttcttgcaaaat
atcagaacttgatttgcagcacacatgtcagagagctcacagtgcactgt
aactgcaatacaagtatatcagacatctctaatcattgcatgcacctttc
ttatatgcaaaaacctccatacaggaacgcacatataagtaatcacaaac
aaaagtagttcctaaaatcttcttcactgacagttttcagttactcatcc
ctatgaaaattccgtgctctgagtactaaaggcaaacaaaacaaaacaaa
aaacaaaacaaattccaagtccatgcctatcttcaacttctgtgacaaaa
acaaagtaatatgcttaccccccttatggttagtgactaaggaagaatac
ttgtcagagaatcaggaatcaggaatcaggactgcgcatgctgattactt
tattattgctgtacaaggtacacttgagatgtggtgagtggtaataccgc
agtttcatggttcctacataagaatggggtacatccacacttagagccat
ctgaacatgt
gaattcatgacatcttctttaattattatggtacacataaatgaaattat
ttttcttctggtattattttacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacatgagccacaggttgatgagag
agagagagatgagcctctcaatatgttaccaaatcccagcttgttggtcc
taaacacatacacaaggcagttgcatactctaaattaccagctccctccc
cactgaattattgttttttatggctctaagtatagagcagaattacttta
attatgtacatggatcactacctagtgttgggtattttttagtttttaat
aatttatttaattttattttctgtacattagtgatttgactgcatatatg
tctgtgaggatgttggatttcctggaacaggagttccagacacttttcat
ctgccatgtgggtgctgggaattgaacccaggagcagccagcgttttcaa
ctgctaagccaactctacagcccacacacactacctaatgttaaataagt
agagtgatgatagacgcaagccctatgagatgaatatagtgccaggctct
ggaaaagtcacctgtgtatgtgcatatggtctcttcccataagaaagttt
tctaatctcagccaacaaaatgaagtgatgttgtctaaaatctgaaggtg
tatatttttgtttctacttaccctcatcctagtaaaactcttaataatct
aagggccatattaatctttaaaacacatctgacaacaaacaatattcacc
caaagaaaacacacatatgtgccatgaacaataagtagatgcttgacctt
gctggttccaagtagtttaaagggcacagtgagatatcacttcacacaca
gacagccacaacatagtaatacatgaatgtgagaaataatggaaagactg
gaaaactggaactctcatacattgatgtttgggagtgaaaatggtgcagc
tctccttaacaactttgacagaaattgaaatatcaacagattactgcatg
ctcacatctcctggtaactcccacaacacaaacaaggactaaaaaaacca
ataataaacctcagact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_40965583_40966702
seq2: B6Ng01-032O24.b_44_1153

seq1  GAATTCCTATATAAGGAATTAATTTATAAGGAATTAATTTGTGTTTTTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATATAAGGAATTAATTTATAAGGAATTAATTTGTGTTTTTAG  50

seq1  GCTGGAGTCTACTGAATTATTGTCATGGCATCCTGAGTGTCCTAAAACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGTCTACTGAATTATTGTCATGGCATCCTGAGTGTCCTAAAACAA  100

seq1  TAATGCTTTCGTTCCTTATCTCTGAGGATAGTTTTCATTTTTAGAACTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCTTTCGTTCCTTATCTCTGAGGATAGTTTTCATTTTTAGAACTCT  150

seq1  TTCATTTGCTCCACTATGCTTGAGACAATCCCATTATAAATTTAGTAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTGCTCCACTATGCTTGAGACAATCCCATTATAAATTTAGTAGTC  200

seq1  ATTAGTCATTCCAGACAATATGGGAAAGCATTGGTAGGATCTTCTATAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTCATTCCAGACAATATGGGAAAGCATTGGTAGGATCTTCTATAAC  250

seq1  AAATGCTTAGTTTGCTTATCTATGAACGAATGGTGTGTGGTGGAAAGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTTAGTTTGCTTATCTATGAACGAATGGTGTGTGGTGGAAAGCAG  300

seq1  CTGGAAAATCATGGTTGTCTCATTCTTTGTGCTGAGAAAAGAGTAAGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAAATCATGGTTGTCTCATTCTTTGTGCTGAGAAAAGAGTAAGTGG  350

seq1  CTGCTGTGTGGTCAGCAGAATATGACAACAGTAGAGTACAACTATATTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTGTGGTCAGCAGAATATGACAACAGTAGAGTACAACTATATTCT  400

seq1  GAAAATTTACATGATATAGTTTTTTAAAATATAGCTTAGATTTTTATACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTTACATGATATAGTTTTTTAAAATATAGCTTAGATTTTTATACA  450

seq1  ATCCTGTGTTGATAATAGGGCTGGTTAGGGTAAGTGACACAGAAGCCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGTGTTGATAATAGGGCTGGTTAGGGTAAGTGACACAGAAGCCAAT  500

seq1  AATACTGGGGGAAAAATATAAAATTTGTATTTAAAAAGAAATCCTTCAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTGGGGGAAAAATATAAAATTTGTATTTAAAAAGAAATCCTTCAAG  550

seq1  GGTCAGAGTCTTGGCTCAGATGTTTAGAGCACATAAGGTTCTTGCAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGAGTCTTGGCTCAGATGTTTAGAGCACATAAGGTTCTTGCAAAAT  600

seq1  ATCAGAACTTGATTTGCAGCACACATGTCAGAGAGCTCACAGTGCACTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAACTTGATTTGCAGCACACATGTCAGAGAGCTCACAGTGCACTGT  650

seq1  AACTGCAATACAAGTATATCAGACATCTCTAATCATTGCATGCACCTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCAATACAAGTATATCAGACATCTCTAATCATTGCATGCACCTTTC  700

seq1  TTATATGCAAAAACCTCCATACAGGAACGCACATATAAGTAATCACAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATGCAAAAACCTCCATACAGGAACGCACATATAAGTAATCACAAAC  750

seq1  AAAAGTAGTTCCTAAAATCTTCTTCACTGACAGTTTTCAGTTACTCATCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTAGTTCCTAAAATCTTCTTCACTGACAGTTTTCAGTTACTCATCC  800

seq1  CTATGAAAATTCCGTGCTCTGAGTACTAAAGGCAAACAAAACAAAACAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAAAATTCCGTGCTCTGAGTACTAAAGGCAAACAAAACAAAACAAA  850

seq1  AAACAAAACAAATTCCAAGTCCATGCCTATCTTCAACTTCTGTGACAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAACAAATTCCAAGTCCATGCCTATCTTCAACTTCTGTGACAAAA  900

seq1  ACAAAGTAATATGCTTACCCCCCTTATGGTTAGTGACTAAGGAAGAATAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTAATATGCTTACCCCCCTTATGGTTAGTGACTAAGGAAGAATAC  950

seq1  TTGTCAGAGAATCAGGAATCAGGAATCAGGACTGCGCATGCTGAATTACT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTGTCAGAGAATCAGGAATCAGGAATCAGGACTGCGCATGCTG-ATTACT  999

seq1  TTAATTATTGCTGTACAAGGTAACACTTGTAGATGTTGGTGAGTGGTAAT  1050
      || |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  TT-ATTATTGCTGTACAAGGT-ACACTTG-AGATG-TGGTGAGTGGTAAT  1045

seq1  ACCTGCAGTTTCATGTGTCCTACCATAAGATATGGGTGTACAATCTAC-C  1099
      ||| |||||||||||  ||||| ||||||| ||||| |||| ||| || |
seq2  ACC-GCAGTTTCATGGTTCCTA-CATAAGA-ATGGG-GTAC-ATCCACAC  1090

seq1  ATTGAGCCAGTCTGAACATGT  1120
       | |||||| |||||||||||
seq2  TTAGAGCCA-TCTGAACATGT  1110

seq1: chr6_41083602_41084745
seq2: B6Ng01-032O24.g_68_1184 (reverse)

seq1  AGTCTTGAGGTTTTTTATTTATTTTGGGTTTTTTTTTGTTCTTTTGTTTT  50
      |||| |||||||| |||||       ||||||         ||| ||  |
seq2  AGTC-TGAGGTTTATTATT-------GGTTTT---------TTTAGTCCT  33

seq1  TGTTTGT-TTGTTGGAGTATACAGGAGATTGTGAAGTCATGCAGTAATTC  99
      ||||||| |||| |||||   ||||||| |||||   |||||||||| ||
seq2  TGTTTGTGTTGTGGGAGTTACCAGGAGA-TGTGA--GCATGCAGTAA-TC  79

seq1  TGTTTGATATTTTCAATATCTGTCAAAGTTTTGTTAAGG-GAGCTGCACC  148
      || |||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||||
seq2  TG-TTGATA-TTTCAATTTCTGTCAAAG--TTGTTAAGGAGAGCTGCACC  125

seq1  ATTTTACACT-CCAAACATCAATGTATGAGAGTTCCAGTTTTTCCAGTCT  197
      ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATTTT-CACTCCCAAACATCAATGTATGAGAGTTCCAG-TTTTCCAGTCT  173

seq1  TTCCAATATTTTCTCACATTCATGTATTACTATTGTTGTGGCTGTCTGTG  247
      ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTCCATTA-TTTCTCACATTCATGTATTACTA-TGTTGTGGCTGTCTGTG  221

seq1  TGTGAAGTGATATCTCACTGTGCCCTTTTAAACTACTTGGAACCAGCAAG  297
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAGTGATATCTCACTGTGCCC-TTTAAACTACTTGGAACCAGCAAG  270

seq1  GTCAAGCATCTACTTATTGTTCATGGCACATATGTGTGTTTTCTTTGGGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGCATCTACTTATTGTTCATGGCACATATGTGTGTTTTCTTTGGGT  320

seq1  GAATATTGTTTGTTGTCAGATGTGTTTTAAAGATTAATATGGCCCTTAGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTGTTTGTTGTCAGATGTGTTTTAAAGATTAATATGGCCCTTAGA  370

seq1  TTATTAAGAGTTTTACTAGGATGAGGGTAAGTAGAAACAAAAATATACAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAAGAGTTTTACTAGGATGAGGGTAAGTAGAAACAAAAATATACAC  420

seq1  CTTCAGATTTTAGACAACATCACTTCATTTTGTTGGCTGAGATTAGAAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGATTTTAGACAACATCACTTCATTTTGTTGGCTGAGATTAGAAAA  470

seq1  CTTTCTTATGGGAAGAGACCATATGCACATACACAGGTGACTTTTCCAGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTATGGGAAGAGACCATATGCACATACACAGGTGACTTTTCCAGA  520

seq1  GCCTGGCACTATATTCATCTCATAGGGCTTGCGTCTATCATCACTCTACT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGCACTATATTCATCTCATAGGGCTTGCGTCTATCATCACTCTACT  570

seq1  TATTTAACATTAGGTAGTGTGTGTGGGCTGTAGAGTTGGCTTAGCAGTTG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAACATTAGGTAGTGTGTGTGGGCTGTAGAGTTGGCTTAGCAGTTG  620

seq1  AAAACGCTGGCTGCTCCTGGGTTCAATTCCCAGCACCCACATGGCAGATG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACGCTGGCTGCTCCTGGGTTCAATTCCCAGCACCCACATGGCAGATG  670

seq1  AAAAGTGTCTGGAACTCCTGTTCCAGGAAATCCAACATCCTCACAGACAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTGTCTGGAACTCCTGTTCCAGGAAATCCAACATCCTCACAGACAT  720

seq1  ATATGCAGTCAAATCACTAATGTACAGAAAATAAAATTAAATAAATTATT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCAGTCAAATCACTAATGTACAGAAAATAAAATTAAATAAATTATT  770

seq1  AAAAACTAAAAAATACCCAACACTAGGTAGTGATCCATGTACATAATTAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTAAAAAATACCCAACACTAGGTAGTGATCCATGTACATAATTAA  820

seq1  AGTAATTCTGCTCTATACTTAGAGCCATAAAAAACAATAATTCAGTGGGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATTCTGCTCTATACTTAGAGCCATAAAAAACAATAATTCAGTGGGG  870

seq1  AGGGAGCTGGTAATTTAGAGTATGCAACTGCCTTGTGTATGTGTTTAGGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGCTGGTAATTTAGAGTATGCAACTGCCTTGTGTATGTGTTTAGGA  920

seq1  CCAACAAGCTGGGATTTGGTAACATATTGAGAGGCTCATCTCTCTCTCTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAAGCTGGGATTTGGTAACATATTGAGAGGCTCATCTCTCTCTCTC  970

seq1  TCATCAACCTGTGGCTCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAACCTGTGGCTCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1020

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAAATAATACCAGAAGAAAAATA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAAATAATACCAGAAGAAAAATA  1070

seq1  ATTTCATTTATGTGTACCATAATAATTAAAGAAGATGTCATGAATTC  1144
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATTTATGTGTACCATAATAATTAAAGAAGATGTCATGAATTC  1117