BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-034A12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 107,667,319 - 107,814,113
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneIl5ra, Trnt1, Crbn, Ppia-ps6_1128.1, Lrrn1
Downstream geneSetmar, Sumf1, LOC100043718, Itpr1, LOC677205, Bhlhb2, Arl8b, Edem1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-034A12.bB6Ng01-034A12.g
ACCDH862908DH862909
length883998
definitionDH862908|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-034A12, 5' end.DH862909|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-034A12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,667,319 - 107,668,199)(107,813,130 - 107,814,113)
sequence
gaattccagcctgaaaattactccaggggagagttgcatagtagttggag
cacaaatgctgagtcagcagtacagggtaccatgccgctatatcctgggt
ggctcctgactatattaaagaggaatctatatttccctaaaaattccatc
taaaagtcccaaagcctaagaatggaaatctcccaaccaaatctgacttc
tagatatggtgaattgctgtgtgttatttgccttggtttatataatactt
atgttgcttagatttttcatcactattgtgagaaaacaacttaatgaagc
atggatgtgtcccccaaaggcatgcttccagtgatacaatgtctccagat
aagccctatttcctgttattctataaattcccaataatcactttctaaat
ccatcaaggagtaaatccactagtcagacctcttcgaatcaaatcacttc
aagacagcctcaattgctgggaaccaagatttttcagaacgagcttctga
gggtgattttggatccaagtcacagtggtacctgtactagtagatagcat
tacaagctgaggagtgacaaggctaccaaaataggaccataagattaaaa
atacataattttaaggtataaatttgtatatacttactttataactttta
atatctctcttcctacatagataatctctcaaaaatatatgggaaaatta
tgtgtatatatgcatgtatatgtgtttataaatacattcacatatattcc
acatatttcaaatgactcctgggtatatatgtatgtagtttgtatgtatg
tgtgcgcctgtgtgttaataaatgaatacttaatgtttctggccacaaaa
tccagtgttttgtaagaatggttgccctcaaag
gaattcatgtgatatgaaagaagaattgcaaatattgggagttaaaggat
tgagcaaggataaggataaggagatggggtatagaggtgtagaggggagg
taaaccacactcaagaatctgggaaaaggtaaaccctttaaaccccgcta
gttaatatgcttattgaaaatggaacttcaaaatgattccaatggaatta
ccctgtacgtgtgaacaactcaactcccagaggacatgggttattaaatt
aagatctcaatgaaagatatgggatacctcctatgtttttaaagtcagga
agaccccagatagctccaaaacacacaggtgtttgccattgttcttgact
gcccaccataattcatggcaagccatgaaggtgtacctcatgaccaaatc
atagtagtcagtgtggctactcctcacagatagaccatggaccatgatga
agagacaggtggtgcagatggagaggcgatgggcaacccttcctataaaa
attacagtttttataacaaacatcacttaggaagtttctgattttaaaaa
ctgtggctatgtttctgacccctatgcaataaataatgattgtgtttaca
aaatccaactggatgagaataacatgtataatttttgttctcaggaccca
ttatgactgcatacaaatctctcacaaataaagatgttgcttttctaaaa
ttccaagtctaaataagtgaaagaaaaaattattcccttgatgaggtcac
tccaaatcatctttcatgctcagaactaggaaaaccactttcagaaacat
aaggaagtaaacatgatataattcatgcctgtgggttttctgtctccttt
atgaaatgactgtgtattatgtaaatgcagagttttttgcttaaagtttc
cttgctttgttcttggaccttctctttctggctctatctaacacggaaat
gatgatgttgacattgcacattagcacattattgctgtcccccggaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_107667319_107668199
seq2: B6Ng01-034A12.b_45_927

seq1  GAATTCCAGCCTGAAAATTACTCCAGGGGAGAGTTGCATAGTAGTTGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCCTGAAAATTACTCCAGGGGAGAGTTGCATAGTAGTTGGAG  50

seq1  CACAAATGCTGAGTCAGCAGTACAGGGTACCATGCCGCTATATCCTGGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATGCTGAGTCAGCAGTACAGGGTACCATGCCGCTATATCCTGGGT  100

seq1  GGCTCCTGACTATATTAAAGAGGAATCTATATTTCCCTAAAAATTCCATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCTGACTATATTAAAGAGGAATCTATATTTCCCTAAAAATTCCATC  150

seq1  TAAAAGTCCCAAAGCCTAAGAATGGAAATCTCCCAACCAAATCTGACTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTCCCAAAGCCTAAGAATGGAAATCTCCCAACCAAATCTGACTTC  200

seq1  TAGATATGGTGAATTGCTGTGTGTTATTTGCCTTGGTTTATATAATACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATATGGTGAATTGCTGTGTGTTATTTGCCTTGGTTTATATAATACTT  250

seq1  ATGTTGCTTAGATTTTTCATCACTATTGTGAGAAAACAACTTAATGAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGCTTAGATTTTTCATCACTATTGTGAGAAAACAACTTAATGAAGC  300

seq1  ATGGATGTGTCCCCCAAAGGCATGCTTCCAGTGATACAATGTCTCCAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGTGTCCCCCAAAGGCATGCTTCCAGTGATACAATGTCTCCAGAT  350

seq1  AAGCCCTATTTCCTGTTATTCTATAAATTCCCAATAATCACTTTCTAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCTATTTCCTGTTATTCTATAAATTCCCAATAATCACTTTCTAAAT  400

seq1  CCATCAAGGAGTAAATCCACTAGTCAGACCTCTTCGAATCAAATCACTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAAGGAGTAAATCCACTAGTCAGACCTCTTCGAATCAAATCACTTC  450

seq1  AAGACAGCCTCAATTGCTGGGAACCAAGATTTTTCAGAACGAGCTTCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGCCTCAATTGCTGGGAACCAAGATTTTTCAGAACGAGCTTCTGA  500

seq1  GGGTGATTTTGGATCCAAGTCACAGTGGTACCTGTACTAGTAGATAGCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGATTTTGGATCCAAGTCACAGTGGTACCTGTACTAGTAGATAGCAT  550

seq1  TACAAGCTGAGGAGTGACAAGGCTACCAAAATAGGACCATAAGATTAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGCTGAGGAGTGACAAGGCTACCAAAATAGGACCATAAGATTAAAA  600

seq1  ATACATAATTTTAAGGTATAAATTTGTATATACTTACTTTATAACTTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATAATTTTAAGGTATAAATTTGTATATACTTACTTTATAACTTTTA  650

seq1  ATATCTCTCTTCCTACATAGATAATCTCTCAAAAATATATGGGAAAATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTCTCTTCCTACATAGATAATCTCTCAAAAATATATGGGAAAATTA  700

seq1  TGTGTATATATGCATGTATATGTGTTTATAAATACATTCACATATATTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATATATGCATGTATATGTGTTTATAAATACATTCACATATATTCC  750

seq1  ACATATTTCAAATGACCCCTGGGTATATATGTATGTAGTTTGTATGTATG  800
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTTCAAATGACTCCTGGGTATATATGTATGTAGTTTGTATGTATG  800

seq1  TGTGCGCCTGTGTGTTAATAAATGTATACTT-ATGTTTCTGGCCACAAAA  849
      |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGTGCGCCTGTGTGTTAATAAATGAATACTTAATGTTTCTGGCCACAAAA  850

seq1  TCCAGTGGTTTGTAAG-ATGGATGCCCTCAAAG  881
      ||||||| |||||||| |||| |||||||||||
seq2  TCCAGTGTTTTGTAAGAATGGTTGCCCTCAAAG  883

seq1: chr6_107813130_107814113
seq2: B6Ng01-034A12.g_68_1056 (reverse)

seq1  GACAGCAATATGGTGCTCATGTGCAATTGTCAACATCATCATCTCCGTG-  49
      ||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||| 
seq2  GACAGCAATAATGTGCTAATGTGCAA-TGTCAACATCATCATTTCCGTGT  49

seq1  TCGATAGAAGCAAGAAGAGAAGGTCCAAGAACAAAGCCAGGAAACTTTAA  99
      | ||||||  ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAGATAGAGCCAGAAAGAGAAGGTCCAAGAACAAAGCAAGGAAACTTTAA  99

seq1  GCAAATAACTCTGCATTTACATAATACACAGTTCATTTCACTAAAGGAGA  149
      ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  GCAAAAAACTCTGCATTTACATAATACACAG-TCATTTCA-TAAAGGAGA  147

seq1  CAGAAAACCCACAGGCATGAATTATATCATGTTTACTTCCTTATGTTTCT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAACCCACAGGCATGAATTATATCATGTTTACTTCCTTATGTTTCT  197

seq1  G-AAGTGGTTTTCCTAGTTCTGAGCATG-AAGATGATTTGGAGTGACCTC  247
      | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTGGTTTTCCTAGTTCTGAGCATGAAAGATGATTTGGAGTGACCTC  247

seq1  ATCAAGGGAATAA-TTTTTCTTTCACTTA-TTAGACTTGGAATTTTAG-A  294
      ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  ATCAAGGGAATAATTTTTTCTTTCACTTATTTAGACTTGGAATTTTAGAA  297

seq1  AAGCAACATC-TTATTTGTGAGAGATTTGTATGCAGTCATAATGGGTCCT  343
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAACATCTTTATTTGTGAGAGATTTGTATGCAGTCATAATGGGTCCT  347

seq1  GAGAAC-AAAATTATACATGTTATTCTCATCCAGTTGGATTTTGTAAACA  392
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACAAAAATTATACATGTTATTCTCATCCAGTTGGATTTTGTAAACA  397

seq1  CAATCATTATTTATTGCATAGGGGTCAGAAACATAGCCACAGTTTTTAAA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCATTATTTATTGCATAGGGGTCAGAAACATAGCCACAGTTTTTAAA  447

seq1  ATCAGAAACTTCCTAAGTGATGTTTGTTATAAAAACTGTAATTTTTATAG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAAACTTCCTAAGTGATGTTTGTTATAAAAACTGTAATTTTTATAG  497

seq1  GAAGGGTTGCCCATCGCCTCTCCATCTGCACCACCTGTCTCTTCATCATG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGTTGCCCATCGCCTCTCCATCTGCACCACCTGTCTCTTCATCATG  547

seq1  GTCCATGGTCTATCTGTGAGGAGTAGCCACACTGACTACTATGATTTGGT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATGGTCTATCTGTGAGGAGTAGCCACACTGACTACTATGATTTGGT  597

seq1  CATGAGGTACACCTTCATGGCTTGCCATGAATTATGGTGGGCAGTCAAGA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGGTACACCTTCATGGCTTGCCATGAATTATGGTGGGCAGTCAAGA  647

seq1  ACAATGGCAAACACCTGTGTGTTTTGGAGCTATCTGGGGTCTTCCTGACT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGGCAAACACCTGTGTGTTTTGGAGCTATCTGGGGTCTTCCTGACT  697

seq1  TTAAAAACATAGGAGGTATCCCATATCTTTCATTGAGATCTTAATTTAAT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAACATAGGAGGTATCCCATATCTTTCATTGAGATCTTAATTTAAT  747

seq1  AACCCATGTCCTCTGGGAGTTGAGTTGTTCACACGTACAGGGTAATTCCA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCATGTCCTCTGGGAGTTGAGTTGTTCACACGTACAGGGTAATTCCA  797

seq1  TTGGAATCATTTTGAAGTTCCATTTTCAATAAGCATATTAACTAGCGGGG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAATCATTTTGAAGTTCCATTTTCAATAAGCATATTAACTAGCGGGG  847

seq1  TTTAAAGGGTTTACCTTTTCCCAGATTCTTGAGTGTGGTTTACCTCCCCT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGGGTTTACCTTTTCCCAGATTCTTGAGTGTGGTTTACCTCCCCT  897

seq1  CTACACCTCTATACCCCATCTCCTTATCCTTATCCTTGCTCAATCCTTTA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACCTCTATACCCCATCTCCTTATCCTTATCCTTGCTCAATCCTTTA  947

seq1  ACTCCCAATATTTGCAATTCTTCTTTCATATCACATGAATTC  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCAATATTTGCAATTCTTCTTTCATATCACATGAATTC  989