BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-037E10
Chromosome6 (Build37)
Map Location 83,581,183 - 83,762,627
singlet/doubletdoublet
Overlap geneClec4f, Cd207, Vax2os2, Vax2os1, Vax2, Atp6v1b1, 1700124L16Rik, Ankrd53, Tex261, LOC665004, Nagk, Paip2b
Upstream genePole4, LOC100043412, Hk2, EG622318, Sema4f, D6Mm5e, Dok1, Loxl3, Htra2, Aup1, Dqx1, Tlx2, Pcgf1, Lbx2, A230058J24Rik, Mrpl53, Gcs1, Wbp1, Znhit4, Rtkn, Wdr54, 1700003E16Rik, Dctn1, C330016K18Rik, Mthfd2, Mobk1b, Bola3, D230004J03Rik, Dguok, Actg2, Stambp, LOC664956
Downstream geneLOC384450, LOC622683, LOC380687, LOC665098, LOC676366, Zfml, Dysf, LOC665114, 4930504D19Rik, Cyp26b1, Exoc6b, LOC665129
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-037E10.bB6Ng01-037E10.g
ACCDH865203DH865204
length884926
definitionDH865203|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-037E10, 5' end.DH865204|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-037E10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,581,183 - 83,582,060)(83,761,689 - 83,762,627)
sequence
gaattctggtcctcatgcctgcatagtgggtgctcttaagcaccaaacct
tctcttcatcccagaattctgtttaagtattctaaatgtctgtttccatt
ggtttccaccttatgctgatgtgaagtctggtcttctttcatgggtgact
ttgatagggaaactcatgttttccctaattccatggtttttgcttgctat
ctcaaatgaaggttaggattttgagactgagacaggaggatcctgagttc
agagccagcctaagctatataatgaaggctttgggggtggggaacagaga
tggggagatagctaagacaataaagttcttatacagttcagggaggaggt
ccgggtcagtcagagacacttgactcaaaaaataaggtggatagctcctg
agggaggacactcaaggttgaccatcagtctttacatgtatgtgtgcaca
ccagcgtgcacaccagcacatgcacatgcatgtgtgcacacaagggcatg
tacatgcttgtgtacacaacagcacatgcacatgtatgtgtgcataccaa
catatgcacatgcatgtgtgcacaccagcacatgcatatgcttgtgtaca
caccagcacatgcatgtgtacacaccagtgcatgtacatgcatgcactca
caagatggtgtagacacaaacagatgttggagagaggaatgaaagtgtaa
tgtttactcattgtgcctaagtacagtccctgctcctcaagtgaccttct
atagcattgttctctttccgtctccaggaccagtcccctagttaacctct
gacttctttagacattctgtggttgagtgagtgaatcacaccaagcaagc
tctgagggttccctgaggatcttttcccctggcg
gaattcttgtaaaaaacacattagttatatttgtgaacgatttatattca
tattccgataattttaatattaaagagaaaagggactcagttctgctaag
caggaggcaaataccaattctctgcaacttggaggtattgtcactggcga
gacatgacataggatgtagaagacactgctcagttgtgtgttaggggtct
tttacattcctgttttctaactggaggaattttttttcttaagctcctat
catttccccatgcgtgtctaataactgaactcagagcaggcataatgctc
attcatgcctcagagctgagactcacagtcttttgttggtttttcttttt
cttttatgttctaagtgcaaatctcccaacttttatgcaaagaaaatgga
atactgctataataagagaaagatttacagcttggcagtggttgcgcaca
cctttaatcccagcacttgggaggcagaggcaggtagatttctgagttcg
aggccagcctggtctacggagtgagttccaggacagccagggctatacag
agaaaccttgtctcaaaaaacaaaagagagagagagacagacagacagac
agacatgggcaaggtcctaaacgaaacagctatggtaaaatattttgagc
aagggaatatgtaagagaatggagagcagaaatgtggttctaagacttgg
taggctgagacaggagggtcgatgtgagttcatagccagcttcagctgta
tacatagtggagtccagccttgtcacaagagagaaaaatggatagagaaa
ataaatgcagacttttcaaatacatagctatgacttagaatacttatttg
ggggctggaagatggtcagagttaagacacgactactcttcctaggtctg
attcaatccaacaccacatggtggct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_83581183_83582060
seq2: B6Ng01-037E10.b_49_932

seq1  GAATTCTGGTCCTCATGCCTGCATAGTGGGTGCTCTTAAGCACCAAACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGTCCTCATGCCTGCATAGTGGGTGCTCTTAAGCACCAAACCT  50

seq1  TCTCTTCATCCCAGAATTCTGTTTAAGTATTCTAAATGTCTGTTTCCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCATCCCAGAATTCTGTTTAAGTATTCTAAATGTCTGTTTCCATT  100

seq1  GGTTTCCACCTTATGCTGATGTGAAGTCTGGTCTTCTTTCATGGGTGACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCCACCTTATGCTGATGTGAAGTCTGGTCTTCTTTCATGGGTGACT  150

seq1  TTGATAGGGAAACTCATGTTTTCCCTAATTCCATGGTTTTTGCTTGCTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAGGGAAACTCATGTTTTCCCTAATTCCATGGTTTTTGCTTGCTAT  200

seq1  CTCAAATGAAGGTTAGGATTTTGAGACTGAGACAGGAGGATCCTGAGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAATGAAGGTTAGGATTTTGAGACTGAGACAGGAGGATCCTGAGTTC  250

seq1  AGAGCCAGCCTAAGCTATATAATGAAGGCTTTGGGGGTGGGGAACAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCAGCCTAAGCTATATAATGAAGGCTTTGGGGGTGGGGAACAGAGA  300

seq1  TGGGGAGATAGCTAAGACAATAAAGTTCTTATACAGTTCAGGGAGGAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGATAGCTAAGACAATAAAGTTCTTATACAGTTCAGGGAGGAGGT  350

seq1  CCGGGTCAGTCAGAGACACTTGACTCAAAAAATAAGGTGGATAGCTCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGGTCAGTCAGAGACACTTGACTCAAAAAATAAGGTGGATAGCTCCTG  400

seq1  AGGGAGGACACTCAAGGTTGACCATCAGTCTTTACATGTATGTGTGCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGACACTCAAGGTTGACCATCAGTCTTTACATGTATGTGTGCACA  450

seq1  CCAGCGTGCACACCAGCACATGCACATGCATGTGTGCACACAAGGGCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCGTGCACACCAGCACATGCACATGCATGTGTGCACACAAGGGCATG  500

seq1  TACATGCTTGTGTACACAACAGCACATGCACATGTATGTGTGCATACCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCTTGTGTACACAACAGCACATGCACATGTATGTGTGCATACCAA  550

seq1  CATATGCACATGCATGTGTGCACACCAGCACATGCATATGCTTGTGTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCACATGCATGTGTGCACACCAGCACATGCATATGCTTGTGTACA  600

seq1  CACCAGCACATGCATGTGTACACACCAGTGCATGTACATGCATGCACTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGCACATGCATGTGTACACACCAGTGCATGTACATGCATGCACTCA  650

seq1  CAAGATGGTGTAGACACAAACAGATGTTGGAGAGAGGAATGAAAGTGTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATGGTGTAGACACAAACAGATGTTGGAGAGAGGAATGAAAGTGTAA  700

seq1  TGTTTACTCATTGTGCCTAAGTACAGTCCCTGCTCCTCAAGTGACCTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTACTCATTGTGCCTAAGTACAGTCCCTGCTCCTCAAGTGACCTTCT  750

seq1  ATAAGCATTGTTCTC-TTCCGTCTCCAGGACCAGT-CCCTAG-TAACCTC  797
      || |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  AT-AGCATTGTTCTCTTTCCGTCTCCAGGACCAGTCCCCTAGTTAACCTC  799

seq1  TGACT--CTTAGACATTCTGT-GTTGAGTGAGTGAATCACACCAAGCAAG  844
      |||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTCTTTAGACATTCTGTGGTTGAGTGAGTGAATCACACCAAGCAAG  849

seq1  CTCTGAGGGTT-CCTGAGGATTCTTTCCCCTGGCG  878
      ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||
seq2  CTCTGAGGGTTCCCTGAGGATCTTTTCCCCTGGCG  884

seq1: chr6_83761689_83762627
seq2: B6Ng01-037E10.g_72_997 (reverse)

seq1  AGCCACCATGTGGTTGTTGGGATTTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGTAG  50
      ||||||||||||| ||||||   ||||| ||| |||||  ||||||||||
seq2  AGCCACCATGTGG-TGTTGG--ATTGAA-TCA-GACCT-AGGAAGAGTAG  44

seq1  TCGGTGTTCTTAACTGCTGAGCCATCTTTCCAGCCCCAAAATAAAGTATT  100
      || ||| |||||||| |||| ||||| |||||||||| |||| ||||| |
seq2  TC-GTG-TCTTAACT-CTGA-CCATC-TTCCAGCCCCCAAAT-AAGTA-T  87

seq1  TCTAAGTCATAGCTTTGTATTTGAAATGTCTTGCATTTATTTTCTCTATC  150
      |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGTCATAGCTATGTATTTGAAAAGTC-TGCATTTATTTTCTCTATC  136

seq1  CATTTTTCTCTCTTTGTGACAGGGCTGGACT-CACTATGTATACAGCTGA  199
      |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTCTCTC-TTGTGACAAGGCTGGACTCCACTATGTATACAGCTGA  185

seq1  AGCTGGCTATGAACTCACATCGACCCTCCTGTCTCAGCCTACCAAGTCTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGCTATGAACTCACATCGACCCTCCTGTCTCAGCCTACCAAGTCTT  235

seq1  AGAACCACATTTCTGCTCTCCATTCTCTTACATATTCCCTTGCTC-AAAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGAACCACATTTCTGCTCTCCATTCTCTTACATATTCCCTTGCTCAAAAT  285

seq1  ATTTTACCATAGCTGTTTCGTTTAGGACCTTGCCCATGTCTGTCTGTCTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTACCATAGCTGTTTCGTTTAGGACCTTGCCCATGTCTGTCTGTCTG  335

seq1  TCTGTCTCTCTCTCTCTTTTGTTTTTTGAGACAAGGTTTCTCTGTATAGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCTCTCTCTCTTTTGTTTTTTGAGACAAGGTTTCTCTGTATAGC  385

seq1  CCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCCGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCCGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAG  435

seq1  AAATCTACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCGCAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCGCAA  485

seq1  CCACTGCCAAGCTGTAAATCTTTCTCTTATTATAGCAGTATTCCATTTTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGCCAAGCTGTAAATCTTTCTCTTATTATAGCAGTATTCCATTTTC  535

seq1  TTTGCATAAAAGTTGGGAGATTTGCACTTAGAACATAAAAGAAAAAGAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATAAAAGTTGGGAGATTTGCACTTAGAACATAAAAGAAAAAGAAA  585

seq1  AACCAACAAAAGACTGTGAGTCTCAGCTCTGAGGCATGAATGAGCATTAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAACAAAAGACTGTGAGTCTCAGCTCTGAGGCATGAATGAGCATTAT  635

seq1  GCCTGCTCTGAGTTCAGTTATTAGACACGCATGGGGAAATGATAGGAGCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCTCTGAGTTCAGTTATTAGACACGCATGGGGAAATGATAGGAGCT  685

seq1  TAAGAAAAAAAATTCCTCCAGTTAGAAAACAGGAATGTAAAAGACCCCTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAAAAAATTCCTCCAGTTAGAAAACAGGAATGTAAAAGACCCCTA  735

seq1  ACACACAACTGAGCAGTGTCTTCTACATCCTATGTCATGTCTCGCCAGTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAACTGAGCAGTGTCTTCTACATCCTATGTCATGTCTCGCCAGTG  785

seq1  ACAATACCTCCAAGTTGCAGAGAATTGGTATTTGCCTCCTGCTTAGCAGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATACCTCCAAGTTGCAGAGAATTGGTATTTGCCTCCTGCTTAGCAGA  835

seq1  ACTGAGTCCCTTTTCTCTTTAATATTAAAATTATCGGAATATGAATATAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGTCCCTTTTCTCTTTAATATTAAAATTATCGGAATATGAATATAA  885

seq1  ATCGTTCACAAATATAACTAATGTGTTTTTTACAAGAATTC  939
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGTTCACAAATATAACTAATGTGTTTTTTACAAGAATTC  926