BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-039O23
Chromosome6 (Build37)
Map Location 20,982,670 - 21,106,323
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040838
Downstream geneKcnd2, LOC100041343, Tspan12, LOC100041358, Ing3, A430107O13Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-039O23.bB6Ng01-039O23.g
ACCDH867059DH867060
length1,1231,020
definitionDH867059|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039O23, 5' end.DH867060|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039O23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,982,670 - 20,983,809)(21,105,295 - 21,106,323)
sequence
gaattcacagtgcatacaccaggacagagtataacctttggcattagtaa
atgatcattaacttcaattaaatggcaaaggcatctcttcccagacagat
tgtatattgtcgtattgttactacacattggtgacatatctagggaattt
gatttagaatctgataatatctatacttgtttcacgagtcctcatagcac
agaatttagatgttgttttatcctaaaatcaaatatttccaaacacaaat
tttaagagaaactaagtccagaccagctctttgtatgtaagttagaaata
gtatacaacatcataaagacctgtccaaacaatcttgctagtgcatgcat
taactataaaagaaataaaaataaatggatgaactcagatgcatcattat
aactgaaaaaaaaattaaaaatattgtatacctgaccaatatactcactc
aggtgatcaacaatcaaaactaaaattgcttatatgacagagcccagaaa
ccttatttctggtacctaactcatggtacctaaatgataacaccatataa
tagaaaacagtttccactctgattgcaggacattaaggaattattctgaa
actgtccaagaaactcttttaaggctgtgtaactttcatcatgctggaag
ctgatgtgaacggtagtggggacaataagcctaccactgcgctctatatg
ttgtaatagtaactctccaggttctttttacccactggtccaatagtagc
atgaactggagaaactaacttcagtctgattgcagatgatactggccaca
tacagctgtcccttgcctgatactctaaacctggtcaaagtcacagtgct
gggaatagaggtcctatgggaaaacctacagatgtttcactaaattctca
tgttgtcaaattgtctcactattatacccaaatgagctgtctcgaccttc
atcagcaaagctgctatcacaggcaatagcataacatggtggttgaaaca
gctcatcatctattgtcccaccactggagtttcattgactggaggatgaa
tataataggaacatatgagaatgtctgttatgattccctgatgttattcg
aagctactccatgttcttgaaac
gaattcctggccagatgcaaagctggggagggaaaaaaagccaagcttga
gttgtagcaattagctaaatagtattgcgtagcaaaagcctaataagtaa
atggatactaataaataaatagatagtgatcatacttgaaacaattatat
ttagtctaatttcaagtacaatcagtaatttaaaagttgtaaattatatt
catagattatattcataaattatattcataatatttcagatcccaatcag
ccattttagtaaataatgcatttttgagctactgggtttttttttaatat
aatacatagatattttggaagtctgttaattcttttaaggttgttattgg
ctgttgtttttaattattattttcatcattgttgtttctattattgtttt
tatcattttatcataaattagatttttcaacacaatttaactagttgcta
caactcaaactttagtctcattcccttacacagggacatatacaagcaaa
gtaaatatcgattatatggtgataagtttatacatacttaagattattca
aatataaagtgcatttgtaaaatttagaaaatattgggttgagcatctga
gagctattggtttattaaatagcctctactgagatctccttttggggata
aagggggccagttcagatatgggaggagagaggggagaagtacagatggt
caggaatttgaaagtaggtatgcagcagtaggggagggggaactcagggt
agccactagaaagtcccagatgccagggacccaagagtttcccaggaccc
aacagggaggacatttgctgaaatactgaacaaaggggagagaaaactca
tagagacccatagctagtggctaggcaccgccctcagttgagggatgggg
caacccacccacccacctcaaaaatattaatccagaattcctcctgtcaa
aggaaatgcaggacaagagtggagcaagaatgacggaaagccgtccagac
tgctcacctaggacccttct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_20982670_20983809
seq2: B6Ng01-039O23.b_45_1167

seq1  GAATTCACAGTGCATACACCAGGACAGAGTATAACCTTTGGCATTAGTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGTGCATACACCAGGACAGAGTATAACCTTTGGCATTAGTAA  50

seq1  ATGATCATTAACTTCAATTAAATGGCAAAGGCATCTCTTCCCAGACAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCATTAACTTCAATTAAATGGCAAAGGCATCTCTTCCCAGACAGAT  100

seq1  TGTATATTGTCGTATTGTTACTACACATTGGTGACATATCTAGGGAATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATTGTCGTATTGTTACTACACATTGGTGACATATCTAGGGAATTT  150

seq1  GATTTAGAATCTGATAATATCTATACTTGTTTCACGAGTCCTCATAGCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAGAATCTGATAATATCTATACTTGTTTCACGAGTCCTCATAGCAC  200

seq1  AGAATTTAGATGTTGTTTTATCCTAAAATCAAATATTTCCAAACACAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTAGATGTTGTTTTATCCTAAAATCAAATATTTCCAAACACAAAT  250

seq1  TTTAAGAGAAACTAAGTCCAGACCAGCTCTTTGTATGTAAGTTAGAAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGAGAAACTAAGTCCAGACCAGCTCTTTGTATGTAAGTTAGAAATA  300

seq1  GTATACAACATCATAAAGACCTGTCCAAACAATCTTGCTAGTGCATGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACAACATCATAAAGACCTGTCCAAACAATCTTGCTAGTGCATGCAT  350

seq1  TAACTATAAAAGAAATAAAAATAAATGGATGAACTCAGATGCATCATTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTATAAAAGAAATAAAAATAAATGGATGAACTCAGATGCATCATTAT  400

seq1  AACTGAAAAAAAAATTAAAAATATTGTATACCTGACCAATATACTCACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAAAAAAAAATTAAAAATATTGTATACCTGACCAATATACTCACTC  450

seq1  AGGTGATCAACAATCAAAACTAAAATTGCTTATATGACAGAGCCCAGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGATCAACAATCAAAACTAAAATTGCTTATATGACAGAGCCCAGAAA  500

seq1  CCTTATTTCTGGTACCTAACTCATGGTACCTAAATGATAACACCATATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATTTCTGGTACCTAACTCATGGTACCTAAATGATAACACCATATAA  550

seq1  TAGAAAACAGTTTCCACTCTGATTGCAGGACATTAAGGAATTATTCTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAACAGTTTCCACTCTGATTGCAGGACATTAAGGAATTATTCTGAA  600

seq1  ACTGTCCAAGAAACTCTTTTAAGGCTGTGTAACTTTCATCATGCTGGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCCAAGAAACTCTTTTAAGGCTGTGTAACTTTCATCATGCTGGAAG  650

seq1  CTGATGTGAACGGTAGTGGGGACAATAAGCCTACCACTGCGCTCTATATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGTGAACGGTAGTGGGGACAATAAGCCTACCACTGCGCTCTATATG  700

seq1  TTGTAATAGTAACTCTCCAGGTTCTTTTTACCCACTGGTCCAATAGTAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATAGTAACTCTCCAGGTTCTTTTTACCCACTGGTCCAATAGTAGC  750

seq1  ATGAACTGGAGAAACTAACTTCAGTCTGATTGCAGATGATACTGGCCACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACTGGAGAAACTAACTTCAGTCTGATTGCAGATGATACTGGCCACA  800

seq1  TACAGCTGTCCCTTGCCTGATACTCTAAACCTGGTCAAAGTCACAGTGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCTGTCCCTTGCCTGATACTCTAAACCTGGTCAAAGTCACAGTGCT  850

seq1  GGGAATAGAGGTCCTATGGGAAAACCTACAGATGTTTCACTAAATTCTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATAGAGGTCCTATGGGAAAACCTACAGATGTTTCACTAAATTCTCA  900

seq1  TGTTGTCAAATTGTCTCACTATTATACCCAAATGAGCTGTTCTCGACCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGTTGTCAAATTGTCTCACTATTATACCCAAATGAGCTG-TCTCGACCTT  949

seq1  CATCAGCAAAGCTGCTATCACAGGGCAATAGCATAACATGGTGGTTGATA  1000
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CATCAGCAAAGCTGCTATCACA-GGCAATAGCATAACATGGTGGTTGAAA  998

seq1  CAGCTCATCAATCTA-TGTCCACAACCACTGGAGTTTCCATTGAACTGAG  1049
      ||||||||| ||||| ||||  | ||||||||||||| ||||||   |||
seq2  CAGCTCATC-ATCTATTGTC--CCACCACTGGAGTTT-CATTGACTGGAG  1044

seq1  GATG-ATATAATAGGGAACATAGTGAG-ATGTCGTGTTTAATGAATACCC  1097
      |||| |||||||| |||||||| |||| ||||| ||||  ||| || |||
seq2  GATGAATATAATA-GGAACATA-TGAGAATGTC-TGTT--ATG-ATTCCC  1088

seq1  TGATTGTATATTTCAGAAAGCTACTCCATGTTTCATATGAAAC  1140
      ||||  ||   |||   |||||||||||||||     ||||||
seq2  TGATGTTA---TTC--GAAGCTACTCCATGTT---CTTGAAAC  1123

seq1: chr6_21105295_21106323
seq2: B6Ng01-039O23.g_65_1084 (reverse)

seq1  AGAAGGGTCCCTAGGTGGGGCAGTCTCTGGACGGCCTTTCCGTCAGTCTC  50
      |||||||| ||||||| | ||||  ||||||||| |||||||||| ||| 
seq2  AGAAGGGT-CCTAGGT-GAGCAG--TCTGGACGG-CTTTCCGTCATTCT-  44

seq1  TGCTCCACTCTTTGTCCTTGCATTTCCTTTTGACAGGAGGAATTCTGGAT  100
      |||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCACTC-TTGTCC-TGCATTTCC-TTTGACAGGAGGAATTCTGGAT  91

seq1  TAATATTTTTGAGGTGGGTGGGTGGGTTGCCCCATCCCTCAACTGAGGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTTTTGAGGTGGGTGGGTGGGTTGCCCCATCCCTCAACTGAGGGC  141

seq1  GGTGCCTAGCCACTAGCTATGGGTCTCTATGAGTTTTCTCTCCCCTTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCTAGCCACTAGCTATGGGTCTCTATGAGTTTTCTCTCCCCTTTGT  191

seq1  TCAGTATTTCAGCAAATGTCCTCCCTGTTGGGTCCTGGGAAACTCTTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTATTTCAGCAAATGTCCTCCCTGTTGGGTCCTGGGAAACTCTTGGG  241

seq1  TCCCTGGCATCTGGGACTTTCTAGTGGCTACCCTGAGTTCCCCCTCCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGGCATCTGGGACTTTCTAGTGGCTACCCTGAGTTCCCCCTCCCCT  291

seq1  ACTGCTGCATACCTACTTTCAAATTCCTGACCATCTGTACTTCTCCCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGCATACCTACTTTCAAATTCCTGACCATCTGTACTTCTCCCCTC  341

seq1  TCTCCTCCCATATCTGAACTGGCCCCCTTTATCCCCAAAAGGAGATCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCCCATATCTGAACTGGCCCCCTTTATCCCCAAAAGGAGATCTCA  391

seq1  GTAGAGGCTATTTAATAAACCAATAGCTCTCAGATGCTCAACCCAATATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGGCTATTTAATAAACCAATAGCTCTCAGATGCTCAACCCAATATT  441

seq1  TTCTAAATTTTACAAATGCACTTTATATTTGAATAATCTTAAGTATGTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAATTTTACAAATGCACTTTATATTTGAATAATCTTAAGTATGTAT  491

seq1  AAACTTATCACCATATAATCGATATTTACTTTGCTTGTATATGTCCCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTATCACCATATAATCGATATTTACTTTGCTTGTATATGTCCCTGT  541

seq1  GTAAGGGAATGAGACTAAAGTTTGAGTTGTAGCAACTAGTTAAATTGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGGAATGAGACTAAAGTTTGAGTTGTAGCAACTAGTTAAATTGTGT  591

seq1  TGAAAAATCTAATTTATGATAAAATGATAAAAACAATAATAGAAACAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAATCTAATTTATGATAAAATGATAAAAACAATAATAGAAACAACA  641

seq1  ATGATGAAAATAATAATTAAAAACAACAGCCAATAACAACCTTAAAAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGAAAATAATAATTAAAAACAACAGCCAATAACAACCTTAAAAGAA  691

seq1  TTAACAGACTTCCAAAATATCTATGTATTATATTAAAAAAAAACCCAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAGACTTCCAAAATATCTATGTATTATATTAAAAAAAAACCCAGTA  741

seq1  GCTCAAAAATGCATTATTTACTAAAATGGCTGATTGGGATCTGAAATATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAAAATGCATTATTTACTAAAATGGCTGATTGGGATCTGAAATATT  791

seq1  ATGAATATAATTTATGAATATAATCTATGAATATAATTTACAACTTTTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATATAATTTATGAATATAATCTATGAATATAATTTACAACTTTTAA  841

seq1  ATTACTGATTGTACTTGAAATTAGACTAAATATAATTGTTTCAAGTATGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTGATTGTACTTGAAATTAGACTAAATATAATTGTTTCAAGTATGA  891

seq1  TCACTATCTATTTATTTATTAGTATCCATTTACTTATTAGGCTTTTGCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTATCTATTTATTTATTAGTATCCATTTACTTATTAGGCTTTTGCTA  941

seq1  CGCAATACTATTTAGCTAATTGCTACAACTCAAGCTTGGCTTTTTTTCCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAATACTATTTAGCTAATTGCTACAACTCAAGCTTGGCTTTTTTTCCC  991

seq1  TCCCCAGCTTTGCATCTGGCCAGGAATTC  1029
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAGCTTTGCATCTGGCCAGGAATTC  1020