BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-041E22
Chromosome6 (Build37)
Map Location 83,878,997 - 84,004,076
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfml, Dysf, LOC665114
Upstream geneSema4f, D6Mm5e, Dok1, Loxl3, Htra2, Aup1, Dqx1, Tlx2, Pcgf1, Lbx2, A230058J24Rik, Mrpl53, Gcs1, Wbp1, Znhit4, Rtkn, Wdr54, 1700003E16Rik, Dctn1, C330016K18Rik, Mthfd2, Mobk1b, Bola3, D230004J03Rik, Dguok, Actg2, Stambp, LOC664956, Clec4f, Cd207, Vax2os2, Vax2os1, Vax2, Atp6v1b1, 1700124L16Rik, Ankrd53, Tex261, LOC665004, Nagk, Paip2b, LOC384450, LOC622683, LOC380687, LOC665098, LOC676366
Downstream gene4930504D19Rik, Cyp26b1, Exoc6b, LOC665129
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-041E22.bB6Ng01-041E22.g
ACCDH868005DH868006
length1,0541,134
definitionDH868005|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-041E22, 5' end.DH868006|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-041E22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,003,023 - 84,004,076)(83,878,997 - 83,880,135)
sequence
gaattccaggaagtggggtggtgaacaatggcaggaaatgcagaaggaaa
tgccggctccacctctgccagccctagcccttccggctgcccccagagct
gcctaggagtgactgctatttcctccctgatacccccttgggggccatca
aatgtaccccctgaggaacagggactagtctctccaaggtaccaggttgt
cctatatcctgaggaagaagggctggaggccacctgtccaaagacccaag
tgggaggctgtggtgacgagtcaaagagacagagcctcccatctgcacga
gtgatgtaaaagcatagcccagcgggaaggggcaagttgcagagacttat
ggaggttaatgaggtctgaggctccatcacaggttgtggagaaaaccaca
aattcatccatttcaatctgtaaaggaaataggacattaaagcccctccc
caaattccatttccctgtaactttattcaagggacccaatcttgaaagcc
caaaccctggtctgtcccatctgaagacagacaccgaaataaaagctcta
gggccaggtgtctgctaagcaaggttctatgggcaccaatcggtggtctg
acaggtgccctgtggcatcaacaagactccagtgagtcaaggagggacct
ggaaccctgcaagggccaaggctgtggaagccagcagggtgtggcagagc
ctacctagtcagtagcaccagaagcggccctgtgggcctggccccacctt
tacagcacaggccctccagccttccctctctggccagttctcttagcttc
attgtttcagaaacactgttacatgggagtagaagtgtgggggctgaaag
aggctcggccatcctagagaaagagaaggcaagatgggcatggggaaaga
gagcagctgagatttgacagacacacatctcccccaggaagaaagagttt
attccctaattcacccatgagttgtcagtgccctgtcagacagatgccga
gtgggagcctccagctgggtttgagccatgtgtgtggaggcgaggggggg
tggg
gaattccacacagatttcctggccacggatcttatcagaacatgggacca
caaagaatgaatgttcaggtaactcaacaccgaaccgatccaagattaac
caaagaaaaattggattttcctgaagcacaacaaaagaaggggaagcctc
atggtagtcggtgggatgatgagtctcatataactccaccggtagaagtg
aaacagagctctgtaacccaggttacagagcaaagtcctaaagtacagag
ccgctacacaaaagagagtgcttcaagtattttagcaagttttggattat
caaatgaagatctagaagaacttagccgctatcctgatgaacagctaact
cctgaaaatatgccattaatattgagggatataagaatgcgaaaaatgag
ccgccgattacctaatttaccttctcacagcagaaataaggaaacactta
gtaatgaaacagtttcaagtaatgtgattgattatgggcatgcaagcaaa
tatggttatacagaagatccacttgaagtacgtatttatgatcctgaaat
tccaactgatgaagtaaagaatgaatttcagccccagcagagcatttctg
caactgtttcaactccaaatgtgatatgtaattctgtgtttcctggtgga
gatatgtttcgtcagatggacttccctggtgagtcctccagtcagtcttt
tttcccagttgagagtggaaccaagatgtcaggcttacacatttcaggac
agtcagtccttgaacctgtaaaatccatcagccagtctattagccaaaca
gttagccagacaacgagccagtctctgaatcctccatctatgaaccaggt
accctttacatttgaattagatgcagttttacgccaacaagagcgggatc
tcacagaagtctgtgatcagttcagctgatgcacatggtggacctaaaga
aagtaaaaaggattaccaatcagaggctgacttgctaattcggtcctcct
ttgggattgtggaagcttcgtggctaccaaggtttaaccaggctggtgcc
agaaaatgaagaagatggccacctcttcttgatgatgatatctatgcagc
attccagaaatattccacatttgtgttctcgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_84003023_84004076
seq2: B6Ng01-041E22.b_45_1098 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCCTTCGCCTTCACACACACTGCTCAAACCCAGCTTGGAGGCT  50
      ||| |||||| |||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||
seq2  CCCACCCCCCCTCGCCTCCACACACATGGCTCAAACCCAGC-TGGAGGCT  49

seq1  CCCACTCGGCATCTGTCTGACAGGGCACTGAC-ACTCATGGGTGAATTAG  99
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CCCACTCGGCATCTGTCTGACAGGGCACTGACAACTCATGGGTGAATTAG  99

seq1  GGAATAAACTCTTTCTTCCTGGGGGAGATGTGTGTCTGTCAAATCTCAGC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAAACTCTTTCTTCCTGGGGGAGATGTGTGTCTGTCAAATCTCAGC  149

seq1  TGCTCTCCTTCCCCATGCCCATCTTGCCTTCTCTTTCTCTGGGATGGCCG  199
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGCTCTCTTTCCCCATGCCCATCTTGCCTTCTCTTTCTCTAGGATGGCCG  199

seq1  AGCCTCTTTCAGCCCCCACACTTCTACTCCCATGTAACAGTGTTTCTGAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCTTTCAGCCCCCACACTTCTACTCCCATGTAACAGTGTTTCTGAA  249

seq1  ACAATGAAGCTAAGAGAACTGGCCAGAGAGGGAAGGCTGGAGGGCCTGTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGAAGCTAAGAGAACTGGCCAGAGAGGGAAGGCTGGAGGGCCTGTG  299

seq1  CTGTAAAGGTGGGGCCAGGCCCACAGGGCCGCTTCTGGTGCTACTGACTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAAGGTGGGGCCAGGCCCACAGGGCCGCTTCTGGTGCTACTGACTA  349

seq1  GGTAGGCTCTGCCACACCCTGCTGGCTTCCACAGCCTTGGCCCTTGCAGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGCTCTGCCACACCCTGCTGGCTTCCACAGCCTTGGCCCTTGCAGG  399

seq1  GTTCCAGGTCCCTCCTTGACTCACTGGAGTCTTGTTGATGCCACAGGGCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGGTCCCTCCTTGACTCACTGGAGTCTTGTTGATGCCACAGGGCA  449

seq1  CCTGTCAGACCACCGATTGGTGCCCATAGAACCTTGCTTAGCAGACACCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCAGACCACCGATTGGTGCCCATAGAACCTTGCTTAGCAGACACCT  499

seq1  GGCCCTAGAGCTTTTATTTCGGTGTCTGTCTTCAGATGGGACAGACCAGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTAGAGCTTTTATTTCGGTGTCTGTCTTCAGATGGGACAGACCAGG  549

seq1  GTTTGGGCTTTCAAGATTGGGTCCCTTGAATAAAGTTACAGGGAAATGGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGGCTTTCAAGATTGGGTCCCTTGAATAAAGTTACAGGGAAATGGA  599

seq1  ATTTGGGGAGGGGCTTTAATGTCCTATTTCCTTTACAGATTGAAATGGAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGGGAGGGGCTTTAATGTCCTATTTCCTTTACAGATTGAAATGGAT  649

seq1  GAATTTGTGGTTTTCTCCACAACCTGTGATGGAGCCTCAGACCTCATTAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTGTGGTTTTCTCCACAACCTGTGATGGAGCCTCAGACCTCATTAA  699

seq1  CCTCCATAAGTCTCTGCAACTTGCCCCTTCCCGCTGGGCTATGCTTTTAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATAAGTCTCTGCAACTTGCCCCTTCCCGCTGGGCTATGCTTTTAC  749

seq1  ATCACTCGTGCAGATGGGAGGCTCTGTCTCTTTGACTCGTCACCACAGCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTCGTGCAGATGGGAGGCTCTGTCTCTTTGACTCGTCACCACAGCC  799

seq1  TCCCACTTGGGTCTTTGGACAGGTGGCCTCCAGCCCTTCTTCCTCAGGAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACTTGGGTCTTTGGACAGGTGGCCTCCAGCCCTTCTTCCTCAGGAT  849

seq1  ATAGGACAACCTGGTACCTTGGAGAGACTAGTCCCTGTTCCTCAGGGGGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGACAACCTGGTACCTTGGAGAGACTAGTCCCTGTTCCTCAGGGGGT  899

seq1  ACATTTGATGGCCCCCAAGGGGGTATCAGGGAGGAAATAGCAGTCACTCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGATGGCCCCCAAGGGGGTATCAGGGAGGAAATAGCAGTCACTCC  949

seq1  TAGGCAGCTCTGGGGGCAGCCGGAAGGGCTAGGGCTGGCAGAGGTGGAGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCAGCTCTGGGGGCAGCCGGAAGGGCTAGGGCTGGCAGAGGTGGAGC  999

seq1  CGGCATTTCCTTCTGCATTTCCTGCCATTGTTCACCACCCCACTTCCTGG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCATTTCCTTCTGCATTTCCTGCCATTGTTCACCACCCCACTTCCTGG  1049

seq1  AATTC  1054
      |||||
seq2  AATTC  1054

seq1: chr6_83878997_83880135
seq2: B6Ng01-041E22.g_67_1200

seq1  GAATTCCACACAGATTTCCTGGCCACGGATCTTATCAGAACATGGGACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACACAGATTTCCTGGCCACGGATCTTATCAGAACATGGGACCA  50

seq1  CAAAGAATGAATGTTCAGGTAACTCAACACCGAACCGATCCAAGATTAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAATGAATGTTCAGGTAACTCAACACCGAACCGATCCAAGATTAAC  100

seq1  CAAAGAAAAATTGGATTTTCCTGAAGCACAACAAAAGAAGGGGAAGCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAAAAATTGGATTTTCCTGAAGCACAACAAAAGAAGGGGAAGCCTC  150

seq1  ATGGTAGTCGGTGGGATGATGAGTCTCATATAACTCCACCGGTAGAAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAGTCGGTGGGATGATGAGTCTCATATAACTCCACCGGTAGAAGTG  200

seq1  AAACAGAGCTCTGTAACCCAGGTTACAGAGCAAAGTCCTAAAGTACAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAGCTCTGTAACCCAGGTTACAGAGCAAAGTCCTAAAGTACAGAG  250

seq1  CCGCTACACAAAAGAGAGTGCTTCAAGTATTTTAGCAAGTTTTGGATTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCTACACAAAAGAGAGTGCTTCAAGTATTTTAGCAAGTTTTGGATTAT  300

seq1  CAAATGAAGATCTAGAAGAACTTAGCCGCTATCCTGATGAACAGCTAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGAAGATCTAGAAGAACTTAGCCGCTATCCTGATGAACAGCTAACT  350

seq1  CCTGAAAATATGCCATTAATATTGAGGGATATAAGAATGCGAAAAATGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAAATATGCCATTAATATTGAGGGATATAAGAATGCGAAAAATGAG  400

seq1  CCGCCGATTACCTAATTTACCTTCTCACAGCAGAAATAAGGAAACACTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCCGATTACCTAATTTACCTTCTCACAGCAGAAATAAGGAAACACTTA  450

seq1  GTAATGAAACAGTTTCAAGTAATGTGATTGATTATGGGCATGCAAGCAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGAAACAGTTTCAAGTAATGTGATTGATTATGGGCATGCAAGCAAA  500

seq1  TATGGTTATACAGAAGATCCACTTGAAGTACGTATTTATGATCCTGAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTTATACAGAAGATCCACTTGAAGTACGTATTTATGATCCTGAAAT  550

seq1  TCCAACTGATGAAGTAAAGAATGAATTTCAGCCCCAGCAGAGCATTTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACTGATGAAGTAAAGAATGAATTTCAGCCCCAGCAGAGCATTTCTG  600

seq1  CAACTGTTTCAACTCCAAATGTGATATGTAATTCTGTGTTTCCTGGTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGTTTCAACTCCAAATGTGATATGTAATTCTGTGTTTCCTGGTGGA  650

seq1  GATATGTTTCGTCAGATGGACTTCCCTGGTGAGTCCTCCAGTCAGTCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGTTTCGTCAGATGGACTTCCCTGGTGAGTCCTCCAGTCAGTCTTT  700

seq1  TTTCCCAGTTGAGAGTGGAACCAAGATGTCAGGCTTACACATTTCAGGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAGTTGAGAGTGGAACCAAGATGTCAGGCTTACACATTTCAGGAC  750

seq1  AGTCAGTCCTTGAACCTGTAAAATCCATCAGCCAGTCTATTAGCCAAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGTCCTTGAACCTGTAAAATCCATCAGCCAGTCTATTAGCCAAACA  800

seq1  GTTAGCCAGACAACGAGCCAGTCTCTGAATCCTCCATCTATGAACCAGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCCAGACAACGAGCCAGTCTCTGAATCCTCCATCTATGAACCAGGT  850

seq1  ACCCTTTACATTTGAATTAGATGCAGTTTTACGCCAACAAGAGC-GGATC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACCCTTTACATTTGAATTAGATGCAGTTTTACGCCAACAAGAGCGGGATC  900

seq1  TCACAGAAGTCTGTGATCAGTTCAGCTGATGCACATGGTGGACCTACAGA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCACAGAAGTCTGTGATCAGTTCAGCTGATGCACATGGTGGACCTAAAGA  950

seq1  AAGTAAAAAGGATTACCAATCAGAGGCTGACTTGCCTATTCGGTCTCCCT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  |||
seq2  AAGTAAAAAGGATTACCAATCAGAGGCTGACTTGCTAATTCGGTCCTCCT  1000

seq1  TTGGGATTGTGAAAGCTTCGTGGCTACCAAAGTTTACACAAGCTGGTGCC  1049
      ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||  || ||||||| |
seq2  TTGGGATTGTGGAAGCTTCGTGGCTACCAAGGTTTAACCAGGCTGGTG-C  1049

seq1  CAGAAAATGAAGAGACTGCCAACCCCTTCTATGATGAATGATTATTATGC  1099
      |||||||||||||   || | ||| ||||| ||||| |||||   |||||
seq2  CAGAAAATGAAGAAGATGGCCACCTCTTCT-TGATG-ATGATATCTATGC  1097

seq1  AGCATCTCCAAGAATATTTCCACATTTGTGTTCTCTGTGT  1139
      ||||| ||||  |||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  AGCAT-TCCAGAAATA-TTCCACATTTGTGTTCTC-GTGT  1134