BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042G10
Chromosome6 (Build37)
Map Location 52,524,999 - 52,725,751
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHibadh, Tax1bp1, Jazf1
Upstream geneSnx10, LOC100041820, Skap2, LOC666391, Hoxa1, Hoxa2, Hoxa3, Hoxa4, Hoxa5, Hoxa6, Hoxa7, Hoxa9, Hoxa10, Hoxa11, Hoxa13, Evx1, EG666487, 1700094M24Rik, EG545841
Downstream geneLOC666259, LOC666516, D430007I03, Creb5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042G10.bB6Ng01-042G10.g
ACCDH868791DH868792
length1,1601,165
definitionDH868791|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042G10, 5' end.DH868792|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042G10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,524,999 - 52,526,165)(52,724,580 - 52,725,751)
sequence
gaattcatcatgttaccaatacacattagagtgtgtttacatgtaaatgt
gcatgcataaacacacacagaaacaaaaagatcaactcgttgggaaaatg
aagtcaatagaatggtagagggaaccagacagtaatggggtaatgggggt
aaatgtgatcaaaacacattatatatatgcacaaaaatatcataattgtg
taagcaagctagctcagctgagcaagcctgaagacctgagttagacccac
agggcaggtgggaatggctcctataagttgtctatctgacatctgcacac
atgctgtggcacacactcacgaatgtacacacttacacaagataaacaca
taataaaattagtttaagtcattaacattattaggtacaactagtatatg
ctaataaagtctctaaaaaatgtatttggggatcagtgagactggtcatc
agttaaatacacttgctgtgcacagctgacaacctgagcttaaaacccag
atggaggcaggagaatagagttatcctctaccttcatgtgcatgccatga
cacatgattcatcgactataaatatcatgtgcacacacaatgacaggcaa
cattaaatagtttttatctgttttgttttgagacacggtctcactgtgga
gccctagctggcctggaatgctctatgaaaaacagcctggcctccaactt
ggaaatccacttgtctctgactcctgaaggtatatactacattgcatacc
agtttttattttaagtcattaaaactattaggtacaactaatatatgcta
ctaaaagatgataaaaattatctttatttgatgtttgtttgttgttgttg
aacactattaatttttgacttggcctaccacactgctaacagcagcactg
agctttgtgaaggaacaggatgggctctttggtgtcaaacaaaacctggc
ttcccttactctacactagatattttttccttttgataataaacaagctt
catcttttaccataaggaccacatcaatttaaaccttcccaatgaatgct
ttcttttatggtgctactttcaacgagatcagaaattgctccctactaga
cacatctgtcatccatttaatgtatgactttctttggttctaaaagaaaa
aaaagatatg
gaattcactcaccttcactgtgcataggcccctgacatggtggataacct
cagaaccaagaaaagggtagtacctagagaagggggtaccaggctctctg
caccccagacaccctggcctgtcatggcaggatgttttgttggcggtggc
agctgtgtgggcagtggctttggtggtgtctgtccaaatccctcctgtgt
gcttcctgcctccctgacgcctccctcccctctgggcagcttccactctt
ctgctttggagggagctcaagagcagagccccaccccctaccccagctca
ctgcagcctcttccatggaaaactttccatggaaaaaaagcaagtctaag
tgctcagtgttcccctgtgatgagtcgctcttcacaggtgtctctgctga
gaccacagcagacagacagaccagcatgggctccactccactccacttct
tggggtattcccacaagaggcggggggctcccagatggatccagtttcct
ttgaagccctcatggagtgacaggaggtctgcagttaactcaggagcctt
cagtgtgctccttcaacccgtgttccacttgaaatgtgtcctgggcttag
atggtggctctttgcctggccttgcctagtgtgtgcagtgggcctgggtg
ctgtccggagctccacaagaactctttcctaacgtctcttaaaacctagg
aaatactaagctctaagagtaggggaacagagtcaaatcctgccaacaga
ctcttactctttagaaatatttgacactgaggaaatctcataaagtatct
ttgtgtatgaaaaggagacgtgtttgatactcatacattcaagtacagtg
cctcctctgatgtgagtagcgagcccgtcccaccacagtccctcggtact
ttccacagaacggtgtggacacaagcacgtgacccatggcggagtggtgt
gcttctgattgcctggctcttagtggtgtagcgctgtggaggcaggagca
cacacctccagatgctctctctgtaaccggcggctctcctttcctttcct
cacaaactcccccagaaaccttcactgtgtcttctcttcaacacctgaag
acttcaagggctgatttccagcttcctattcaggggctaggactggctaa
tctggcactctcatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_52524999_52526165
seq2: B6Ng01-042G10.b_44_1203

seq1  GAATTCATCATGTTACCAATACACATTAGAGTGTGTTTACATGTAAATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCATGTTACCAATACACATTAGAGTGTGTTTACATGTAAATGT  50

seq1  GCATGCATAAACACACACAGAAACAAAAAGATCAACTCGTTGGGAAAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCATAAACACACACAGAAACAAAAAGATCAACTCGTTGGGAAAATG  100

seq1  AAGTCAATAGAATGGTAGAGGGAACCAGACAGTAATGGGGTAATGGGGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAATAGAATGGTAGAGGGAACCAGACAGTAATGGGGTAATGGGGGT  150

seq1  AAATGTGATCAAAACACATTATATATATGCACAAAAATATCATAATTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGATCAAAACACATTATATATATGCACAAAAATATCATAATTGTG  200

seq1  TAAGCAAGCTAGCTCAGCTGAGCAAGCCTGAAGACCTGAGTTAGACCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAAGCTAGCTCAGCTGAGCAAGCCTGAAGACCTGAGTTAGACCCAC  250

seq1  AGGGCAGGTGGGAATGGCTCCTATAAGTTGTCTATCTGACATCTGCACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGGTGGGAATGGCTCCTATAAGTTGTCTATCTGACATCTGCACAC  300

seq1  ATGCTGTGGCACACACTCACGAATGTACACACTTACACAAGATAAACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTGGCACACACTCACGAATGTACACACTTACACAAGATAAACACA  350

seq1  TAATAAAATTAGTTTAAGTCATTAACATTATTAGGTACAACTAGTATATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAATTAGTTTAAGTCATTAACATTATTAGGTACAACTAGTATATG  400

seq1  CTAATAAAGTCTCTAAAAAATGTATTTGGGGATCAGTGAGACTGGTCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAAAGTCTCTAAAAAATGTATTTGGGGATCAGTGAGACTGGTCATC  450

seq1  AGTTAAATACACTTGCTGTGCACAGCTGACAACCTGAGCTTAAAACCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAATACACTTGCTGTGCACAGCTGACAACCTGAGCTTAAAACCCAG  500

seq1  ATGGAGGCAGGAGAATAGAGTTATCCTCTACCTTCATGTGCATGCCATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGGCAGGAGAATAGAGTTATCCTCTACCTTCATGTGCATGCCATGA  550

seq1  CACATGATTCATCGACTATAAATATCATGTGCACACACAATGACAGGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGATTCATCGACTATAAATATCATGTGCACACACAATGACAGGCAA  600

seq1  CATTAAATAGTTTTTATCTGTTTTGTTTTGAGACACGGTCTCACTGTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAATAGTTTTTATCTGTTTTGTTTTGAGACACGGTCTCACTGTGGA  650

seq1  GCCCTAGCTGGCCTGGAATGCTCTATGAAAAACAGCCTGGCCTCCAACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAGCTGGCCTGGAATGCTCTATGAAAAACAGCCTGGCCTCCAACTT  700

seq1  GGAAATCCACTTGTCTCTGACTCCTGAAGGTATATACTACATTGCATACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATCCACTTGTCTCTGACTCCTGAAGGTATATACTACATTGCATACC  750

seq1  AGTTTTTATTTTAAGTCATTAAAACTATTAGGTACAACTAATATATGCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTATTTTAAGTCATTAAAACTATTAGGTACAACTAATATATGCTA  800

seq1  CT-AAAGATGATAAAAATTATCTTTATTTGATGTTTGTTTGTTGTTGTTG  849
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAGATGATAAAAATTATCTTTATTTGATGTTTGTTTGTTGTTGTTG  850

seq1  AACACTATTAATTTTTGACTTGGCCTACCACACTGCTAACAGCAGCACTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTATTAATTTTTGACTTGGCCTACCACACTGCTAACAGCAGCACTG  900

seq1  AGCTTTGTGAAGGAACAGGATGGGCTCTTTGGTGTCAAACAAAAGCCTGG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGCTTTGTGAAGGAACAGGATGGGCTCTTTGGTGTCAAACAAAA-CCTGG  949

seq1  CTTCCCTTACTCTTACACTAGGATATTTTTTCCTTTTTGATAATAAAACA  999
      |||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  CTTCCCTTACTC-TACACTA-GATATTTTTTCC-TTTTGATAAT-AAACA  995

seq1  AGCTTCATC-TTTACCATTAGGACCAACATCAATCTAAACCTTCACAAAT  1048
      ||||||||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||||| | |||
seq2  AGCTTCATCTTTTACCATAAGGACC-ACATCAATTTAAACCTTC-CCAAT  1043

seq1  GAATGC-TTCTTTTATGGTTGCTACTTCAAACGAAATCAAGAAATTTCAC  1097
      |||||| ||||||||||| ||||||||  ||||| ||| ||||||| | |
seq2  GAATGCTTTCTTTTATGG-TGCTACTTTCAACGAGATC-AGAAATTGCTC  1091

seq1  CCAACTAGACACAGCAGTCAATCAATTTAATG-ATGACTTTCTATGGATC  1146
      || |||||||||| | ||| ||| |||||||| |||||||||| ||| ||
seq2  CCTACTAGACACATCTGTC-ATCCATTTAATGTATGACTTTCTTTGGTTC  1140

seq1  AAAAAAGAAAAAAATGATATG  1167
        |||||||||||| ||||||
seq2  -TAAAAGAAAAAAAAGATATG  1160

seq1: chr6_52724580_52725751
seq2: B6Ng01-042G10.g_67_1231 (reverse)

seq1  CATG-GAGTGGCCAGATATAGCCAGTACATGCCACCCTGGATAGGAAAGC  49
      |||| |||| ||||||| |||||||| |  ||  ||||| ||||| ||||
seq2  CATGAGAGT-GCCAGAT-TAGCCAGTCCTAGC--CCCTGAATAGG-AAGC  45

seq1  TGGAAATCAGGCCCTTGAGGTCTTC-GGTGTTTGATGGAAAGGACACAGT  98
      ||||||||| |||||||| |||||| ||||||  |  || | ||||||||
seq2  TGGAAATCA-GCCCTTGAAGTCTTCAGGTGTTGAA--GAGAAGACACAGT  92

seq1  GAGGGTTTCTGGGGGAGTTTGGTGAGG-AAGGAGAGGAGAGCCG-CGGTT  146
      || ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||
seq2  GAAGGTTTCTGGGGGAGTTT-GTGAGGAAAGGAAAGGAGAGCCGCCGGTT  141

seq1  ACAGGGAGAGCATCTGGAGGTGTGTGCCTCCTGCCTCCACAGCGCCAACA  196
      |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |   
seq2  ACAGAGAGAGCATCTGGAGGTGTGTG-CTCCTGCCTCCACAGCGCTACAC  190

seq1  CACTAAGAGCCAGGCAGTCAGAAGCACACCACTCCGCCATGGGTCACGTG  246
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAGAGCCAGGCAATCAGAAGCACACCACTCCGCCATGGGTCACGTG  240

seq1  CTTGGTGTCCACACCGTTCTGTGGAAGGTACCGAGGGACTGTGGTGGGAC  296
      ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTT-GTGTCCACACCGTTCTGTGGAAAGTACCGAGGGACTGTGGTGGGAC  289

seq1  GGGCTCGCTACTCACATCAGAGGAGGCACTGTACTTGAATGTATGAGTAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCGCTACTCACATCAGAGGAGGCACTGTACTTGAATGTATGAGTAT  339

seq1  CAAACACGTCTCCTTTTCATACACAAAGATACTTTATGAGATTTCCTCAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACGTCTCCTTTTCATACACAAAGATACTTTATGAGATTTCCTCAG  389

seq1  TGTCAAATATTTCTAAAGAGTAAGAGTCTGTTGGCAGGATTTGACTCTGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAATATTTCTAAAGAGTAAGAGTCTGTTGGCAGGATTTGACTCTGT  439

seq1  TCCCCTACTCTTAGAGCTTAGTATTTCCTAGGTTTTAAGAGACGTTAGGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTACTCTTAGAGCTTAGTATTTCCTAGGTTTTAAGAGACGTTAGGA  489

seq1  AAGAGTTCTTGTGGAGCTCCGGACAGCACCCAGGCCCACTGCACACACTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTCTTGTGGAGCTCCGGACAGCACCCAGGCCCACTGCACACACTA  539

seq1  GGCAAGGCCAGGCAAAGAGCCACCATCTAAGCCCAGGACACATTTCAAGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGGCCAGGCAAAGAGCCACCATCTAAGCCCAGGACACATTTCAAGT  589

seq1  GGAACACGGGTTGAAGGAGCACACTGAAGGCTCCTGAGTTAACTGCAGAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACACGGGTTGAAGGAGCACACTGAAGGCTCCTGAGTTAACTGCAGAC  639

seq1  CTCCTGTCACTCCATGAGGGCTTCAAAGGAAACTGGATCCATCTGGGAGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTCACTCCATGAGGGCTTCAAAGGAAACTGGATCCATCTGGGAGC  689

seq1  CCCCCGCCTCTTGTGGGAATACCCCAAGAAGTGGAGTGGAGTGGAGCCCA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCGCCTCTTGTGGGAATACCCCAAGAAGTGGAGTGGAGTGGAGCCCA  739

seq1  TGCTGGTCTGTCTGTCTGCTGTGGTCTCAGCAGAGACACCTGTGAAGAGC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGTCTGTCTGTCTGCTGTGGTCTCAGCAGAGACACCTGTGAAGAGC  789

seq1  GACTCATCACAGGGGAACACTGAGCACTTAGACTTGCTTTTTTTCCATGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCATCACAGGGGAACACTGAGCACTTAGACTTGCTTTTTTTCCATGG  839

seq1  AAAGTTTTCCATGGAAGAGGCTGCAGTGAGCTGGGGTAGGGGGTGGGGCT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTTCCATGGAAGAGGCTGCAGTGAGCTGGGGTAGGGGGTGGGGCT  889

seq1  CTGCTCTTGAGCTCCCTCCAAAGCAGAAGAGTGGAAGCTGCCCAGAGGGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTTGAGCTCCCTCCAAAGCAGAAGAGTGGAAGCTGCCCAGAGGGG  939

seq1  AGGGAGGCGTCAGGGAGGCAGGAAGCACACAGGAGGGATTTGGACAGACA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGCGTCAGGGAGGCAGGAAGCACACAGGAGGGATTTGGACAGACA  989

seq1  CCACCAAAGCCACTGCCCACACAGCTGCCACCGCCAACAAAACATCCTGC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAAAGCCACTGCCCACACAGCTGCCACCGCCAACAAAACATCCTGC  1039

seq1  CATGACAGGCCAGGGTGTCTGGGGTGCAGAGAGCCTGGTACCCCCTTCTC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACAGGCCAGGGTGTCTGGGGTGCAGAGAGCCTGGTACCCCCTTCTC  1089

seq1  TAGGTACTACCCTTTTCTTGGTTCTGAGGTTATCCACCATGTCAGGGGCC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTACTACCCTTTTCTTGGTTCTGAGGTTATCCACCATGTCAGGGGCC  1139

seq1  TATGCACAGTGAAGGTGAGTGAATTC  1172
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCACAGTGAAGGTGAGTGAATTC  1165