BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042G20
Chromosome6 (Build37)
Map Location 94,197,010 - 94,366,536
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMagi1, LOC100043262
Upstream geneLOC100043253, LOC665831
Downstream geneLOC665856, Slc25a26, Lrig1, LOC625941, EG665865, LOC100043276, LOC100043680, Kbtbd8, LOC435912
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042G20.bB6Ng01-042G20.g
ACCDH868809DH868810
length1,063679
definitionDH868809|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042G20, 5' end.DH868810|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042G20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,197,010 - 94,198,073)(94,365,858 - 94,366,536)
sequence
gaattctctaagctaccattttaatcacttgacattttgtttccttttaa
tgcaaatatacagaagacaagctccaacctgacgcctaaggatacggctg
gtaggcaggagctggagcctatttttaagatgtttcagagagcaaaagaa
gatctgtgagataactttgtgctgattaagattcacatgtcctgggtggg
ctcttttttcaaactcagtgcttttgattcactacctttgatactggatc
cttgatactcacggaaacaaggagcacaggaagagccatttacccagcca
ggtaaattgcatccaacgactggcacttgcagggaaattaagacagcatg
gaatcactccacacgcaaacttatactactcaaccagcaatcagtccaca
ttcacatgtttaagagaagcaccttgaacaccctgagcatgagagacaaa
taaccagctggttgaacattatagcatcagtcagagtggacggagctcag
ggttcaagcataaacaccaaatgtaaggggcatggatggtctgcttgatt
tccgtgaacctgacacaaactaaagtcatctaggaacatggaccctcaac
tgaggaagtgtctttgtaagagtggtctacgagtgtgtctgtgggacatt
ttcgagatgactcatgtgagcagtgccccctgggctgtacaggcaaacag
gggaagcaagccagtaagcagctttctcccatggtgtctacttcaagttc
ttcccttgacttcttcaacgagggactgtgaactttaagctgaaataaat
ccttcctttcccaagttggttttggtctgtgttttatcatgggaacagaa
agcaaatctttctggggtggggggggtgaatgtcatcaaaacactatgca
cacaacccgtgaagaaaaaaatattgtagaacaaaacaaagaaacaaaag
gagagaaaacgaactgataagtgcatgttctactgcacaagactggtcat
tggtgctatccatttttccatgggaaacggggagttcccaagtgggccct
ccccggcccattc
gaattcaaacatatgagactgttgaggccattctcattcaaaccaccata
aagtgggtaatcagacatgggtcattcagggctggaaagatggctcagca
ggtaagggcactgctatgcttccaagtgtcctgaattcaattcccagcat
gcacatggtggctctaactgtagtcccatgagatccaatgccttcttctg
gtgtacagatgcacatatagacaaaacacccatatacataaaatgcatac
ataaatccttaaagtagagctggagagatggcttgtccagtgaaggctag
gctcacaactaaaactataagagatgggtccttcagcatggagtccatga
ctccactcctgttgtcctctcttctccctgtccaccgtgaggcaaagagt
cttctcctttacatgtgtctgctgctgtggtggttggtcgacctctccac
aggccccaaatcagtgggtcccagcaggactattaatcgagccgtttgaa
gcagcggtcccaaagaaactcttccttgtataaattgttctctctgatac
tattgctacagttacataaaagaaattaatacagggaccctataaagctc
caagtaggattcttagcaccaaaaatagtaataatggtgctgctggtggt
ggtgatgatgatgatggtgctggtggtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_94197010_94198073
seq2: B6Ng01-042G20.b_42_1104

seq1  GAATTCTCTAAGCTACCATTTTAATCACTTGACATTTTGTTTCCTTTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAAGCTACCATTTTAATCACTTGACATTTTGTTTCCTTTTAA  50

seq1  TGCAAATATACAGAAGACAAGCTCCAACCTGACGCCTAAGGATACGGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAATATACAGAAGACAAGCTCCAACCTGACGCCTAAGGATACGGCTG  100

seq1  GTAGGCAGGAGCTGGAGCCTATTTTTAAGATGTTTCAGAGAGCAAAAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCAGGAGCTGGAGCCTATTTTTAAGATGTTTCAGAGAGCAAAAGAA  150

seq1  GATCTGTGAGATAACTTTGTGCTGATTAAGATTCACATGTCCTGGGTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGTGAGATAACTTTGTGCTGATTAAGATTCACATGTCCTGGGTGGG  200

seq1  CTCTTTTTTCAAACTCAGTGCTTTTGATTCACTACCTTTGATACTGGATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTTTCAAACTCAGTGCTTTTGATTCACTACCTTTGATACTGGATC  250

seq1  CTTGATACTCACGGAAACAAGGAGCACAGGAAGAGCCATTTACCCAGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATACTCACGGAAACAAGGAGCACAGGAAGAGCCATTTACCCAGCCA  300

seq1  GGTAAATTGCATCCAACGACTGGCACTTGCAGGGAAATTAAGACAGCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAATTGCATCCAACGACTGGCACTTGCAGGGAAATTAAGACAGCATG  350

seq1  GAATCACTCCACACGCAAACTTATACTACTCAACCAGCAATCAGTCCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCACTCCACACGCAAACTTATACTACTCAACCAGCAATCAGTCCACA  400

seq1  TTCACATGTTTAAGAGAAGCACCTTGAACACCCTGAGCATGAGAGACAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATGTTTAAGAGAAGCACCTTGAACACCCTGAGCATGAGAGACAAA  450

seq1  TAACCAGCTGGTTGAACATTATAGCATCAGTCAGAGTGGACGGAGCTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAGCTGGTTGAACATTATAGCATCAGTCAGAGTGGACGGAGCTCAG  500

seq1  GGTTCAAGCATAAACACCAAATGTAAGGGGCATGGATGGTCTGCTTGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCAAGCATAAACACCAAATGTAAGGGGCATGGATGGTCTGCTTGATT  550

seq1  TCCGTGAACCTGACACAAACTAAAGTCATCTAGGAACATGGACCCTCAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTGAACCTGACACAAACTAAAGTCATCTAGGAACATGGACCCTCAAC  600

seq1  TGAGGAAGTGTCTTTGTAAGAGTGGTCTACGAGTGTGTCTGTGGGACATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAAGTGTCTTTGTAAGAGTGGTCTACGAGTGTGTCTGTGGGACATT  650

seq1  TTCGAGATGACTCATGTGAGCAGTGCCCCCTGGGCTGTACAGGCAAACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGAGATGACTCATGTGAGCAGTGCCCCCTGGGCTGTACAGGCAAACAG  700

seq1  GGGAAGCAAGCCAGTAAGCAGCTTTCTCCCATGGTGTCTACTTCAAGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGCAAGCCAGTAAGCAGCTTTCTCCCATGGTGTCTACTTCAAGTTC  750

seq1  TTCCCTTGACTTCTTCAACGAGGGACTGTGAACTTTAAGCTGAAATAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTGACTTCTTCAACGAGGGACTGTGAACTTTAAGCTGAAATAAAT  800

seq1  CCTTCCTTTCCCAAGTTGGTTTTGGTCTGTGTTTTATCATGGGAACAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTTTCCCAAGTTGGTTTTGGTCTGTGTTTTATCATGGGAACAGAA  850

seq1  AGCAAATCTTTCTGGGGT-GGGGGGGTGAATGTCATCAAAACACTATGCA  899
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATCTTTCTGGGGTGGGGGGGGTGAATGTCATCAAAACACTATGCA  900

seq1  CACAACCCGTGAAGAATAAAAATATTGTAGAACAAAAACAAAGAAACAAA  949
      |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CACAACCCGTGAAGAA-AAAAATATTGTAGAAC-AAAACAAAGAAACAAA  948

seq1  AGGAGAAGAAAACGAACTGATAAAGTGCATG-TCTACTGCAC-AGACTGG  997
      ||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||
seq2  AGGAG-AGAAAACGAACTGAT-AAGTGCATGTTCTACTGCACAAGACTGG  996

seq1  GCATTTGTTGCTAATTCCATTTTTCCAT-GGAAAC-GGGAGTTACCCAAG  1045
       || ||| |||||  ||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||
seq2  TCA-TTGGTGCTA--TCCATTTTTCCATGGGAAACGGGGAGTT-CCCAAG  1042

seq1  T-GGCCCT-CACTGCCCATTC  1064
      | |||||| | | ||||||||
seq2  TGGGCCCTCCCCGGCCCATTC  1063

seq1: chr6_94365858_94366536
seq2: B6Ng01-042G20.g_67_745 (reverse)

seq1  TCACCACCAGCACCATCATCATCATCACCACCACCAGCAGCACCATTATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCACCAGCACCATCATCATCATCACCACCACCAGCAGCACCATTATT  50

seq1  ACTATTTTTGGTGCTAAGAATCCTACTTGGAGCTTTATAGGGTCCCTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTTTTGGTGCTAAGAATCCTACTTGGAGCTTTATAGGGTCCCTGTA  100

seq1  TTAATTTCTTTTATGTAACTGTAGCAATAGTATCAGAGAGAACAATTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTCTTTTATGTAACTGTAGCAATAGTATCAGAGAGAACAATTTAT  150

seq1  ACAAGGAAGAGTTTCTTTGGGACCGCTGCTTCAAACGGCTCGATTAATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGAAGAGTTTCTTTGGGACCGCTGCTTCAAACGGCTCGATTAATAG  200

seq1  TCCTGCTGGGACCCACTGATTTGGGGCCTGTGGAGAGGTCGACCAACCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTGGGACCCACTGATTTGGGGCCTGTGGAGAGGTCGACCAACCAC  250

seq1  CACAGCAGCAGACACATGTAAAGGAGAAGACTCTTTGCCTCACGGTGGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAGCAGACACATGTAAAGGAGAAGACTCTTTGCCTCACGGTGGAC  300

seq1  AGGGAGAAGAGAGGACAACAGGAGTGGAGTCATGGACTCCATGCTGAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGAAGAGAGGACAACAGGAGTGGAGTCATGGACTCCATGCTGAAGG  350

seq1  ACCCATCTCTTATAGTTTTAGTTGTGAGCCTAGCCTTCACTGGACAAGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATCTCTTATAGTTTTAGTTGTGAGCCTAGCCTTCACTGGACAAGCC  400

seq1  ATCTCTCCAGCTCTACTTTAAGGATTTATGTATGCATTTTATGTATATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCCAGCTCTACTTTAAGGATTTATGTATGCATTTTATGTATATGG  450

seq1  GTGTTTTGTCTATATGTGCATCTGTACACCAGAAGAAGGCATTGGATCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTGTCTATATGTGCATCTGTACACCAGAAGAAGGCATTGGATCTC  500

seq1  ATGGGACTACAGTTAGAGCCACCATGTGCATGCTGGGAATTGAATTCAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGACTACAGTTAGAGCCACCATGTGCATGCTGGGAATTGAATTCAGG  550

seq1  ACACTTGGAAGCATAGCAGTGCCCTTACCTGCTGAGCCATCTTTCCAGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTGGAAGCATAGCAGTGCCCTTACCTGCTGAGCCATCTTTCCAGCC  600

seq1  CTGAATGACCCATGTCTGATTACCCACTTTATGGTGGTTTGAATGAGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATGACCCATGTCTGATTACCCACTTTATGGTGGTTTGAATGAGAAT  650

seq1  GGCCTCAACAGTCTCATATGTTTGAATTC  679
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCAACAGTCTCATATGTTTGAATTC  679