BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-043M02
Chromosome6 (Build37)
Map Location 14,715,214 - 14,869,805
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFoxp2
Upstream geneGpr85, 2610001J05Rik, LOC100041043, LOC100040513, LOC667797, Ppp1r3a
Downstream geneLOC100040568, Mdfic
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-043M02.bB6Ng01-043M02.g
ACCDH869721DH869722
length1,1631,030
definitionDH869721|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043M02, 5' end.DH869722|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043M02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,868,624 - 14,869,805)(14,715,214 - 14,716,245)
sequence
gaattcccaattctaactagcaaacaaacaaacttgagaaagcattttaa
actttaaatgaattttattcaaaatacctagtgaaattctcagggaaaaa
aacctgcaacgttcaattcatttttatataaggttaaatcaatcactgtg
atcatccattcagtaagaatcatggatatggtgactttaaaaaaagtcat
tgactttgtttctgggagatcattttacagaaactagcacaaagtaaaat
gttccacctttaaacacactgacagcataactatctttctctcagtctct
cttatttctgtttcctcaactctgtcctacttaaagaactctagtaatat
ccctttatgtaaattgttctctatacgtgaacttgcatgtttctgttcta
ctcaattgaggaactgaaaaccaggaaaatccagatcagacttggtaatc
agccttgtaacagtttctcccaaattattcctgtgaacagcaaaaatatc
acagtgaaatttttttatttaaattgtagccaagacaattcctcaatagc
atgaggtttaaaattttagaagcatatcatgttcaaaacatattagagca
ttttgttgagtaaattctgttatatcttagcaacaaaagatgattgatcc
ctgcaactaatggtatatttatcttggtattacataattgacttaggcat
tgttttatttggggtttctattgcttcaatgaaacactatgagcaacaac
aacaacaaacaacttgggaagaagggattcatttggctagtacctctata
tcagagtccatcactgaaggaagtcaggactgtaaggaaccagaggcaga
agctgatgcagaggccctggaggagtgctgcttacaggcttgctccccat
ggcttgcttagcctgcttccttataaagccaggaccaccagcccagagat
ggcactatggaaaatgggctcagtcctccccttatcaccaccaattattt
aaaatatcatatagttttactacacccagttcttacagaggaatttctta
atgtgtgcctcctctcaccactttggtctggtgtcaggatgaataaaata
gccaggacagtgttttgttataagtgcaaataatctaatccgaaacacat
aattgcttacgtt
gaattcctccttggcatattaataaataaacaaatgaataaatgagtaag
ttgctctctggtctagtcaccctttgctagggttaaaacaccggagatga
ttctgatctgagcattttttgatgggatggttatacacaggagccaagga
ggctccacttccttgctggtagcagcatagtcagcccacaactacagctg
gtggatcctgggaggagaaggaaggcaggaagacaaggagcagaagagac
cacagagagtgatgagctgagtgaaagcagactgtcaggaggcaggttca
gggagacagcttgtttaatcagatgaacaaggggttcttaaatatttggg
ggaagagtaggtcttttaggtgagtgtacattattaactggggccagggt
gctggtgttgcctcagtgcacaatgaggactttcaggtgctgtcagacat
ggttataagggagaggaagtttagcctggctactgggttacttgacctcc
tgctttggggtaaacatggggcacaggaatatgagaactggggcacatag
gcctagaataaagaggggaaagagatgttactcctactgatctcagaatg
agatttccttgggtttggacaagccttgaccccatttttgatctaggctt
gctctctagggttccacagatctctagatcacacccaggtatataaattt
ccattaagtttttctaagacatgtttcactgggacacaagaatgtatata
ttcaatgctagaggcaactaccagttttctgaagaagtcaaaattacacc
cctacaaaaccaaaatgtatcaaagactcatctacctcctgtgctttcgg
cacttaagttgtgctctttctttgaccatttgtatggctatttaagctat
caaccaagagtactcgtggcttcagctgcatatgtggcagataatggctt
gtcagcatcaatggaacgagaggtccttgttccttatgaaggctccaata
gatgcctcagtgttaggggaatcaagggca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_14868624_14869805
seq2: B6Ng01-043M02.b_40_1202 (reverse)

seq1  AACGTAAAAGCAAATTTAATGTGTTTTCTGATATGATTATTTTGCACTTA  50
      |||||  ||||||   | ||||| |||| |||  ||||| ||||||||||
seq2  AACGT--AAGCAA---TTATGTG-TTTCGGATTAGATTA-TTTGCACTTA  43

seq1  T-ACAAAACACCTGTCCTGGCTAATTTTATGTCATCCTGACA-CAGACCA  98
      | |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||
seq2  TAACAAAACA-CTGTCCTGGCT-ATTTTAT-TCATCCTGACACCAGACCA  90

seq1  AAGTTGTGTGAGAGGAGGCAACCACAATTAAAGAAAATTCCTCTGTAAGA  148
      ||||   |||||||||||||  ||| |||||   ||||||||||||||||
seq2  AAGT--GGTGAGAGGAGGCA--CAC-ATTAA--GAAATTCCTCTGTAAGA  133

seq1  ACTGGGTGTAGTTAAAACTATATGATATTTTAAAATAAATTGGTGGTTGA  198
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||
seq2  ACTGGGTGTAG-TAAAACTATATGATATTTTAAA--TAATTGGTGG-TGA  179

seq1  TAAGGGGAGGACTGAGCCCATTTTCCATAGTGCCATCTCTGGGCTGGTGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGGAGGACTGAGCCCATTTTCCATAGTGCCATCTCTGGGCTGGTGG  229

seq1  TCCTGGCTTTATAAGGAAGCAGGCTAAGCAAGCCATGGGGAGCAAGCCTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGCTTTATAAGGAAGCAGGCTAAGCAAGCCATGGGGAGCAAGCCTG  279

seq1  TAAGCAGCACTCCTCCAGGGCCTCTGCATCAGCTTCTGCCTCTGGTTCCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAGCACTCCTCCAGGGCCTCTGCATCAGCTTCTGCCTCTGGTTCCT  329

seq1  TACAGTCCTGACTTCCTTCAGTGATGGACTCTGATATAGAGGTACTAGCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTCCTGACTTCCTTCAGTGATGGACTCTGATATAGAGGTACTAGCC  379

seq1  AAATGAATCCCTTCTTCCCAAGTTGTTTGTTGTTGTTGTTGCTCATAGTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAATCCCTTCTTCCCAAGTTGTTTGTTGTTGTTGTTGCTCATAGTG  429

seq1  TTTCATTGAAGCAATAGAAACCCCAAATAAAACAATGCCTAAGTCAATTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTGAAGCAATAGAAACCCCAAATAAAACAATGCCTAAGTCAATTA  479

seq1  TGTAATACCAAGATAAATATACCATTAGTTGCAGGGATCAATCATCTTTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATACCAAGATAAATATACCATTAGTTGCAGGGATCAATCATCTTTT  529

seq1  GTTGCTAAGATATAACAGAATTTACTCAACAAAATGCTCTAATATGTTTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTAAGATATAACAGAATTTACTCAACAAAATGCTCTAATATGTTTT  579

seq1  GAACATGATATGCTTCTAAAATTTTAAACCTCATGCTATTGAGGAATTGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATGATATGCTTCTAAAATTTTAAACCTCATGCTATTGAGGAATTGT  629

seq1  CTTGGCTACAATTTAAATAAAAAAATTTCACTGTGATATTTTTGCTGTTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCTACAATTTAAATAAAAAAATTTCACTGTGATATTTTTGCTGTTC  679

seq1  ACAGGAATAATTTGGGAGAAACTGTTACAAGGCTGATTACCAAGTCTGAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAATAATTTGGGAGAAACTGTTACAAGGCTGATTACCAAGTCTGAT  729

seq1  CTGGATTTTCCTGGTTTTCAGTTCCTCAATTGAGTAGAACAGAAACATGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATTTTCCTGGTTTTCAGTTCCTCAATTGAGTAGAACAGAAACATGC  779

seq1  AAGTTCACGTATAGAGAACAATTTACATAAAGGGATATTACTAGAGTTCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCACGTATAGAGAACAATTTACATAAAGGGATATTACTAGAGTTCT  829

seq1  TTAAGTAGGACAGAGTTGAGGAAACAGAAATAAGAGAGACTGAGAGAAAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTAGGACAGAGTTGAGGAAACAGAAATAAGAGAGACTGAGAGAAAG  879

seq1  ATAGTTATGCTGTCAGTGTGTTTAAAGGTGGAACATTTTACTTTGTGCTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTATGCTGTCAGTGTGTTTAAAGGTGGAACATTTTACTTTGTGCTA  929

seq1  GTTTCTGTAAAATGATCTCCCAGAAACAAAGTCAATGACTTTTTTTAAAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGTAAAATGATCTCCCAGAAACAAAGTCAATGACTTTTTTTAAAG  979

seq1  TCACCATATCCATGATTCTTACTGAATGGATGATCACAGTGATTGATTTA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCATATCCATGATTCTTACTGAATGGATGATCACAGTGATTGATTTA  1029

seq1  ACCTTATATAAAAATGAATTGAACGTTGCAGGTTTTTTTCCCTGAGAATT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTATATAAAAATGAATTGAACGTTGCAGGTTTTTTTCCCTGAGAATT  1079

seq1  TCACTAGGTATTTTGAATAAAATTCATTTAAAGTTTAAAATGCTTTCTCA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTAGGTATTTTGAATAAAATTCATTTAAAGTTTAAAATGCTTTCTCA  1129

seq1  AGTTTGTTTGTTTGCTAGTTAGAATTGGGAATTC  1182
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGTTTGTTTGCTAGTTAGAATTGGGAATTC  1163

seq1: chr6_14715214_14716245
seq2: B6Ng01-043M02.g_68_1097

seq1  GAATTCCTCCTTGGCATATTAATAAATAAACAAATGAATAAATGAGTAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCCTTGGCATATTAATAAATAAACAAATGAATAAATGAGTAAG  50

seq1  TTGCTCTCTGGTCTAGTCACCCTTTGCTAGGGTTAAAACACCGGAGATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTCTGGTCTAGTCACCCTTTGCTAGGGTTAAAACACCGGAGATGA  100

seq1  TTCTGATCTGAGCATTTTTTGATGGGATGGTTATACACAGGAGCCAAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATCTGAGCATTTTTTGATGGGATGGTTATACACAGGAGCCAAGGA  150

seq1  GGCTCCACTTCCTTGCTGGTAGCAGCATAGTCAGCCCACAACTACAGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCACTTCCTTGCTGGTAGCAGCATAGTCAGCCCACAACTACAGCTG  200

seq1  GTGGATCCTGGGAGGAGAAGGAAGGCAGGAAGACAAGGAGCAGAAGAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATCCTGGGAGGAGAAGGAAGGCAGGAAGACAAGGAGCAGAAGAGAC  250

seq1  CACAGAGAGTGATGAGCTGAGTGAAAGCAGACTGTCAGGAGGCAGGTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGAGTGATGAGCTGAGTGAAAGCAGACTGTCAGGAGGCAGGTTCA  300

seq1  GGGAGACAGCTTGTTTAATCAGATGAACAAGGGGTTCTTAAATATTTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGACAGCTTGTTTAATCAGATGAACAAGGGGTTCTTAAATATTTGGG  350

seq1  GGAAGAGTAGGTCTTTTAGGTGAGTGTACATTATTAACTGGGGCCAGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGTAGGTCTTTTAGGTGAGTGTACATTATTAACTGGGGCCAGGGT  400

seq1  GCTGGTGTTGCCTCAGTGCACAATGAGGACTTTCAGGTGCTGTCAGACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTGTTGCCTCAGTGCACAATGAGGACTTTCAGGTGCTGTCAGACAT  450

seq1  GGTTATAAGGGAGAGGAAGTTTAGCCTGGCTACTGGGTTACTTGACCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATAAGGGAGAGGAAGTTTAGCCTGGCTACTGGGTTACTTGACCTCC  500

seq1  TGCTTTGGGGTAAACATGGGGCACAGGAATATGAGAACTGGGGCACATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGGGGTAAACATGGGGCACAGGAATATGAGAACTGGGGCACATAG  550

seq1  GCCTAGAATAAAGAGGGGAAAGAGATGTTACTCCTACTGATCTCAGAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGAATAAAGAGGGGAAAGAGATGTTACTCCTACTGATCTCAGAATG  600

seq1  AGATTTCCTTGGGTTTGGACAAGCCTTGACCCCATTTTTGATCTAGGCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTCCTTGGGTTTGGACAAGCCTTGACCCCATTTTTGATCTAGGCTT  650

seq1  GCTCTCTAGGGTTCCACAGATCTCTAGATCACACCCAGGTATATAAATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTAGGGTTCCACAGATCTCTAGATCACACCCAGGTATATAAATTT  700

seq1  CCATTAAGTTTTTCTAAGACATGTTTCACTGGGACACAAGAATGTATATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTAAGTTTTTCTAAGACATGTTTCACTGGGACACAAGAATGTATATA  750

seq1  TTCAATGCTAGAGGCAACTACCAGTTTTCTGAAGAAGGTCAAAATTACAC  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTCAATGCTAGAGGCAACTACCAGTTTTCTGAAGAA-GTCAAAATTACAC  799

seq1  CCCTACAAAACCAAAATGTATCAAAGACTCATCTACCTCCTGTGCTTTCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACAAAACCAAAATGTATCAAAGACTCATCTACCTCCTGTGCTTTCG  849

seq1  GCACTTAAGGTTGTGCTCTTTCTTTGACCATTTGTATGGCTATTTAAGCT  900
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTAA-GTTGTGCTCTTTCTTTGACCATTTGTATGGCTATTTAAGCT  898

seq1  ATCAACCAAGGAGTACTCGTGGCTTCAGCTGCATATGTGGCAGATAATGG  950
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACCAA-GAGTACTCGTGGCTTCAGCTGCATATGTGGCAGATAATGG  947

seq1  CCTTGTCAAGCATCAATGGAACGAGAGGTCCTTGTTCC-TATGAAGGCTC  999
       |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  -CTTGTC-AGCATCAATGGAACGAGAGGTCCTTGTTCCTTATGAAGGCTC  995

seq1  C-ATAGATGCCTCAGTG-TAGGGGAATCAAGGGCA  1032
      | ||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CAATAGATGCCTCAGTGTTAGGGGAATCAAGGGCA  1030