BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-043N07
Chromosome6 (Build37)
Map Location 39,616,252 - 39,727,403
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBraf
Upstream geneLOC665180, Hipk2, Tbxas1, 1700025N23Rik, Parp12, 4930599N23Rik, A630082K20Rik, Slc37a3, Rab19, Mkrn1, ENSMUSG00000068601, Dennd2a, Adck2, Ndufb2, Fth-ps2
Downstream geneMrps33, LOC665247, LOC665254, EG434008, Agk, E330009J07Rik, BC052883, Ssbp1, Tas2r137, Tas2r108, 1700016G05Rik, LOC669661, Olfr461, Olfr460, Clec5a, Tas2r138, Mgam
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-043N07.bB6Ng01-043N07.g
ACCDH869771DH869772
length1,1511,173
definitionDH869771|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043N07, 5' end.DH869772|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043N07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,726,230 - 39,727,403)(39,616,252 - 39,617,426)
sequence
gaattcaacatgcagccaagactggccctgattgcttgatacatttacag
gtataaacacaggtaaatgtataagggaaagccgctggagaccacgtcaa
ggagctgctcatggaaggaatatcagtttcaaatatctgacaggcccaga
cttagaaagccaacttccaatactactagaaaaataacatttatcatgcc
atgccatactgaatgtgaagccaccaggaacaaagggtgccagtgggcca
cacatcaaaatacccttccatggggctagagagatgatggctcattggtc
aagagccattggagtggtgaacattccatcccaactgggatggaaaaaca
aagcaatttctgattctgtctcctacaatttgcttgccaaggaccccacg
ctagatcctgtaagttaatggcctcaatactacatctgtgagttcagtga
atgagcatgctcaatgtgccaggacacaaatcttttgtgagagacacaca
ggtaaacaggtaacggccgtatatacaagctctgcagtagagcaagatgc
tatagaagaacccaatgagagaacatgtccaaccaagatgcttagaaaga
agaggtctgagctaacctggtgaggactagataggttctgtgaagctgcc
gggggaatgtcctagccaaagggaaactgtaggcatgaaagctgggtggg
gaaaggaatcagaaacagaaaaacccagagacacaaagagcagaggtata
aaggccaaggtgctacagggaaaagaaaatggggaggtgttgatcagggg
gtacagagctgcacctatgggatgaccagaccactgcccggagcacagca
atgtgaatagcacactgatactggctcggaggacaattcttgatgttctc
atcatatacaccggagagcagctgtgtgaggtaactgcagtgtggcaatt
atttcacaacggatatgcagcattaaacagagccgccgctagaagctggg
gcaggagagcatttgagcacacctctgggtaaatggcagaccccatctca
aacgaaacaacagttaaaaagaaaaataccaaatcacacacaacaaaact
ccagaagaaaaaaaaaagtccagaaaataagccagccaatgtaccaataa
a
gaattctgtaaacagcacagcattctgggatgagacctctcatcatcagt
gctttctttagactgtctcgaactgtaacaccacatcttgcgggtaccta
tgacataaatacatgcaagaggtaaaggaaggaggttttctttcaaatca
ttttttaaaactgagtcatttaccttataacatctttaaaatatcatatg
gattccttgggtctataatttactcattagtcaaaggaaattataccaag
taactattattttatcagcttgaaacaaagaaaaaaaaagatgtgtacat
cttctattaaaactacatacacatatacatgaatagaaaacataatatcc
actatattgcacataccaatatagtatggttccaccactgaaaatactta
aaggtcaacactcaaagtaaaataaaaaatgttgctgtctgctttttgag
gcagtgcctgttgtagcctaggcttgcctggttctctagatattcctatg
tcagcctcacaactcttgtaagcacacactactatgtctagatgtaaaca
tctattttgaccaaaggtgcaagctgtataataagtccttggttacactg
atgattattaagagatgccttatggactctgaatatagcagaagaaaatg
tgtgtcttaggctatatgggaaggctggatggatgctcagtgggtgaagc
ttttgctgtacaaacataaggatttgagttgggtcctcagtacccactaa
aaagctgagtgtagcagtgcacatctttaactccagtgtggacctggggg
agggctgtgtcatttggtcagccaactggttcacaagagagaccctgtct
cgaaaaacaagttgaacagtgataaaaacaactgccattgatctctgatc
tctacaagtgcatgcactcacagacatacacatgtgcatatgcaccacca
tccaagagagagagacagacagtgagggtgcaggtgaggcagcaggcaca
cacatacagagacaggcatcattctgatattcgatacttacttccctagt
gtctctatctggaactcgacttctctagaatcctcaatattactattggg
gctatcatagcttttctagtatcattgatggtacatgttatgcaggcgtg
ctaattcttatgataagcaatag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_39726230_39727403
seq2: B6Ng01-043N07.b_42_1192 (reverse)

seq1  TTTATTGTGTTACATTGTGCTTGGCTTTATTTTCTGTGAC-TTTTTTTTT  49
      |||||  || ||||||| || |||| |||||||||| ||| |||||||||
seq2  TTTAT--TGGTACATTG-GC-TGGC-TTATTTTCTG-GACTTTTTTTTTT  44

seq1  CTTCTTGGGGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTGTATTTGGTATTTTTCTGTT  99
      |||| ||| |||||  | ||| ||        ||||||||||||||| ||
seq2  CTTC-TGGAGTTTTGTTGTGTGTG--------ATTTGGTATTTTTCT-TT  84

seq1  TTAACTGTTTGTTTTGGTTTGAGATGGGGGTCTTGCCATTTTACCCAGA-  148
      |||||||||   ||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||||| 
seq2  TTAACTGTT--GTTTCGTTTGAGAT-GGGGTC-TGCCA-TTTACCCAGAG  129

seq1  GTGTGCTCAAATGCTCTTCCTGCCCCAGCCTTCTAGCGGCGGCTCTTGTT  198
      |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||   |
seq2  GTGTGCTCAAATGCTC-TCCTGCCCCAG-CTTCTAGCGGCGGCTCT--GT  175

seq1  TTAATGCTGCATATCCGTTGTGAAATAATTGCCACACTGCAGTTACCTCA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGCTGCATATCCGTTGTGAAATAATTGCCACACTGCAGTTACCTCA  225

seq1  CACAGCTGCTCTCCGGTGTATATGATGAGAACATCAAGAATTGTCCTCCG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTGCTCTCCGGTGTATATGATGAGAACATCAAGAATTGTCCTCCG  275

seq1  AGCCAGTATCAGTGTGCTATTCACATTGCTGTGCTCCGGGCAGTGGTCTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGTATCAGTGTGCTATTCACATTGCTGTGCTCCGGGCAGTGGTCTG  325

seq1  GTCATCCCATAGGTGCAGCTCTGTACCCCCTGATCAACACCTCCCCATTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCCCATAGGTGCAGCTCTGTACCCCCTGATCAACACCTCCCCATTT  375

seq1  TCTTTTCCCTGTAGCACCTTGGCCTTTATACCTCTGCTCTTTGTGTCTCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCCCTGTAGCACCTTGGCCTTTATACCTCTGCTCTTTGTGTCTCT  425

seq1  GGGTTTTTCTGTTTCTGATTCCTTTCCCCACCCAGCTTTCATGCCTACAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTTCTGTTTCTGATTCCTTTCCCCACCCAGCTTTCATGCCTACAG  475

seq1  TTTCCCTTTGGCTAGGACATTCCCCCGGCAGCTTCACAGAACCTATCTAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTTTGGCTAGGACATTCCCCCGGCAGCTTCACAGAACCTATCTAG  525

seq1  TCCTCACCAGGTTAGCTCAGACCTCTTCTTTCTAAGCATCTTGGTTGGAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCACCAGGTTAGCTCAGACCTCTTCTTTCTAAGCATCTTGGTTGGAC  575

seq1  ATGTTCTCTCATTGGGTTCTTCTATAGCATCTTGCTCTACTGCAGAGCTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTCTCATTGGGTTCTTCTATAGCATCTTGCTCTACTGCAGAGCTT  625

seq1  GTATATACGGCCGTTACCTGTTTACCTGTGTGTCTCTCACAAAAGATTTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATACGGCCGTTACCTGTTTACCTGTGTGTCTCTCACAAAAGATTTG  675

seq1  TGTCCTGGCACATTGAGCATGCTCATTCACTGAACTCACAGATGTAGTAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGGCACATTGAGCATGCTCATTCACTGAACTCACAGATGTAGTAT  725

seq1  TGAGGCCATTAACTTACAGGATCTAGCGTGGGGTCCTTGGCAAGCAAATT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCCATTAACTTACAGGATCTAGCGTGGGGTCCTTGGCAAGCAAATT  775

seq1  GTAGGAGACAGAATCAGAAATTGCTTTGTTTTTCCATCCCAGTTGGGATG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAGACAGAATCAGAAATTGCTTTGTTTTTCCATCCCAGTTGGGATG  825

seq1  GAATGTTCACCACTCCAATGGCTCTTGACCAATGAGCCATCATCTCTCTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTTCACCACTCCAATGGCTCTTGACCAATGAGCCATCATCTCTCTA  875

seq1  GCCCCATGGAAGGGTATTTTGATGTGTGGCCCACTGGCACCCTTTGTTCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCATGGAAGGGTATTTTGATGTGTGGCCCACTGGCACCCTTTGTTCC  925

seq1  TGGTGGCTTCACATTCAGTATGGCATGGCATGATAAATGTTATTTTTCTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGCTTCACATTCAGTATGGCATGGCATGATAAATGTTATTTTTCTA  975

seq1  GTAGTATTGGAAGTTGGCTTTCTAAGTCTGGGCCTGTCAGATATTTGAAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTATTGGAAGTTGGCTTTCTAAGTCTGGGCCTGTCAGATATTTGAAA  1025

seq1  CTGATATTCCTTCCATGAGCAGCTCCTTGACGTGGTCTCCAGCGGCTTTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATATTCCTTCCATGAGCAGCTCCTTGACGTGGTCTCCAGCGGCTTTC  1075

seq1  CCTTATACATTTACCTGTGTTTATACCTGTAAATGTATCAAGCAATCAGG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATACATTTACCTGTGTTTATACCTGTAAATGTATCAAGCAATCAGG  1125

seq1  GCCAGTCTTGGCTGCATGTTGAATTC  1174
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTCTTGGCTGCATGTTGAATTC  1151

seq1: chr6_39616252_39617426
seq2: B6Ng01-043N07.g_66_1238

seq1  GAATTCTGTAAACAGCACAGCATTCTGGGATGAGACCTCTCATCATCAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTAAACAGCACAGCATTCTGGGATGAGACCTCTCATCATCAGT  50

seq1  GCTTTCTTTAGACTGTCTCGAACTGTAACACCACATCTTGCGGGTACCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTTTAGACTGTCTCGAACTGTAACACCACATCTTGCGGGTACCTA  100

seq1  TGACATAAATACATGCAAGAGGTAAAGGAAGGAGGTTTTCTTTCAAATCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATAAATACATGCAAGAGGTAAAGGAAGGAGGTTTTCTTTCAAATCA  150

seq1  TTTTTTAAAACTGAGTCATTTACCTTATAACATCTTTAAAATATCATATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAAAACTGAGTCATTTACCTTATAACATCTTTAAAATATCATATG  200

seq1  GATTCCTTGGGTCTATAATTTACTCATTAGTCAAAGGAAATTATACCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCTTGGGTCTATAATTTACTCATTAGTCAAAGGAAATTATACCAAG  250

seq1  TAACTATTATTTTATCAGCTTGAAACAAAGAAAAAAAAAGATGTGTACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTATTATTTTATCAGCTTGAAACAAAGAAAAAAAAAGATGTGTACAT  300

seq1  CTTCTATTAAAACTACATACACATATACATGAATAGAAAACATAATATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTATTAAAACTACATACACATATACATGAATAGAAAACATAATATCC  350

seq1  ACTATATTGCACATACCAATATAGTATGGTTCCACCACTGAAAATACTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATTGCACATACCAATATAGTATGGTTCCACCACTGAAAATACTTA  400

seq1  AAGGTCAACACTCAAAGTAAAATAAAAAATGTTGCTGTCTGCTTTTTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCAACACTCAAAGTAAAATAAAAAATGTTGCTGTCTGCTTTTTGAG  450

seq1  GCAGTGCCTGTTGTAGCCTAGGCTTGCCTGGTTCTCTAGATATTCCTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGCCTGTTGTAGCCTAGGCTTGCCTGGTTCTCTAGATATTCCTATG  500

seq1  TCAGCCTCACAACTCTTGTAAGCACACACTACTATGTCTAGATGTAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTCACAACTCTTGTAAGCACACACTACTATGTCTAGATGTAAACA  550

seq1  TCTATTTTGACCAAAGGTGCAAGCTGTATAATAAGTCCTTGGTTACACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTTGACCAAAGGTGCAAGCTGTATAATAAGTCCTTGGTTACACTG  600

seq1  ATGATTATTAAGAGATGCCTTATGGACTCTGAATATAGCAGAAGAAAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTATTAAGAGATGCCTTATGGACTCTGAATATAGCAGAAGAAAATG  650

seq1  TGTGTCTTAGGCTATATGGGAAGGCTGGATGGATGCTCAGTGGGTGAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTTAGGCTATATGGGAAGGCTGGATGGATGCTCAGTGGGTGAAGC  700

seq1  TTTTGCTGTACAAACATAAGGATTTGAGTTGGGTCCTCAGTACCCACTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTGTACAAACATAAGGATTTGAGTTGGGTCCTCAGTACCCACTAA  750

seq1  AAAGCTGAGTGTAGCAGTGCACATCTTTAACTCCAGTGTGGACCTGGGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGAGTGTAGCAGTGCACATCTTTAACTCCAGTGTGGACCTGGGGG  800

seq1  AGGGCTGTGTCATTTGGTCAGCCAACTGGTTCACAAGAGAGACCCTGTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTGTGTCATTTGGTCAGCCAACTGGTTCACAAGAGAGACCCTGTCT  850

seq1  CGAAAAACAAGTTGAACAGTGATAAAAACAACTGCCATTGATCTCTGATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAAAACAAGTTGAACAGTGATAAAAACAACTGCCATTGATCTCTGATC  900

seq1  TCTACAAGTGCATGCACTCACAGACATACACATGTGCATATGCACCACCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAAGTGCATGCACTCACAGACATACACATGTGCATATGCACCACCA  950

seq1  TCCAAGAGAGAGAGACAGACAGGTGAGGGTGCAGGTGAGGCAGGCAGGCA  1000
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCCAAGAGAGAGAGACAGACA-GTGAGGGTGCAGGTGAGGCA-GCAGGCA  998

seq1  CACACATACAGAGACAGGCATCAATCTGATATTCGATACTTACTTCCCTA  1050
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATACAGAGACAGGCATCATTCTGATATTCGATACTTACTTCCCTA  1048

seq1  GTGTCTCTATCTGGGAACTCGACCTTCTCTAGAAT-CTC-ATATTACTAT  1098
      |||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||
seq2  GTGTCTCTATCT-GGAACTCGA-CTTCTCTAGAATCCTCAATATTACTAT  1096

seq1  TGGGGCTATCAATAGCTTTTTCTAGTATTCAATGAT-GTACATGTTAATC  1147
      |||||||||| ||||| |||||||||| ||| |||| ||||||||||  |
seq2  TGGGGCTATC-ATAGC-TTTTCTAGTA-TCATTGATGGTACATGTTATGC  1143

seq1  AG--CTGCTAATTCCTTATGAT-AGCAATAG  1175
      ||   |||||||| |||||||| ||||||||
seq2  AGGCGTGCTAATT-CTTATGATAAGCAATAG  1173