BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044A04
Chromosome6 (Build37)
Map Location 35,939,432 - 36,016,797
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCnot4, Nup205, 1810058I24Rik, Slc13a4, BC064033, 1700065J11Rik, Mtpn, LOC100039312, LOC100039327
Downstream gene9330158H04Rik, Chrm2, EG620863, LOC100039370, Ptn, LOC100039514, Dgki, EG665024
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044A04.bB6Ng01-044A04.g
ACCDH869894DH869895
length1,1751,152
definitionDH869894|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044A04, 5' end.DH869895|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044A04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,939,432 - 35,940,615)(36,015,633 - 36,016,797)
sequence
gaattcaaaggactctgagcaaacattaaacggacatttgttggggtctc
cacattgtgagttattcacagaatgagccattgaacctagatgattttca
ctgtgttttcaaaccgtgaattccctcttttaagcaaaattgctttggtg
ggactgagaatgacaaagaggcaaggtggtaggagaagaggcacagggtt
ttcatgttaaaaagttctcttatgttaaaaatagctattgctattgaaaa
gggactagaaatgcagtactctatcacacttacaaaatactgactttggt
ctgttctcttagaattcaccaggttgacctggcaggcaatgtcctgtatc
tgtctatcaccaaaatatctggtcacagtggtgataaggtcaccagctga
ttactaatttgcattgtcgtgaatgtgcagaagccgacaatggcatcttg
gagggcactcaatacctagtcagtgtgccattttcttcagcaaagtagga
aaacacatgtctaaatctcaccactgtgaaccagcttgaaatttggcaat
tcagagctctttttttgcctgacagctttctcgacatgtattgcaagtgt
gttttgaactaacattgtcaattagaaggctgtttcatttgttcagttca
aggtcagcaaaactatacatagcccccaaacaagttttgccctttgcagg
gtaaagtttgttatacttaaggatctggtattcttcttgggtgaaggcac
agcaagaaacttgctaaggcccaatagtatagttagaaatgtgtagatag
gtatgctttgactggtctctaaaaattttcaatcttcccctttgttagat
tttttaaatatatacattcacagaatgtatcttgatcatattcaccctct
ctctccaggcattcttcgttcatttgcaatctgtccacctatgccttttt
ttttaaatgccccatcaagtccaatttgtgctgcccatatactctcagat
atgtgacctttactggaaggtagtcaacccaccaggggcttcataaagaa
aactgtttttcctctttcagcatgattcagtggtctacagtttcttagta
gggcgaggcttcaatgcagcttccccttcatgctgctattatctgtcctg
agcttggcacatcttagcatgctgt
gaattccagaagtagatgcttcagaacaccaattctatgcataacctgag
ttattacactatgacatctcaagtacctgctaagtaccaaattatagtgg
gacttcatgagcttctaaccaacctcactcatttaccatttcagtaggaa
actatcagacagccaccagctctttgtattgtctagtaactggagtcttt
cctttaaggcagaagaagaacaaatacctaagaaaagaatgtgcagctta
aatactaaccttagaagaaaaaccattgtcctttacccaccataactaca
aaacttgttcccacaaagatgttccctgaacagacaagataaatggaagc
ttaatgctgaacccatcttttacattcctgaagcttctgcttgtggtagt
agtcaaaataatgtccttatcgctttccacctgtattctcactactgaaa
tctttatagtgtcagtaaactaagaataactaggtttgtatattattctc
cttcagccactactgtagaacatcacaggcactggcttaaacaatggaca
tttgtttctcatagttctgatacatgggagtccaatatggaaggcacagt
gcttagtttgtggtgggagccttcttcctaatatacagacaaccacttat
ccctgtgttgttgctttgtagtcaagaagtaaaatacatttccccttcat
ctcttcatttaagggtacaaaccttagcataaagagctcgtcttagcctc
ccctaaacctactttctgaagatctcaccttcagttatcatcacatcaag
agtttaaatcttctgtgcatgaattttgcaggagtgggcactacagtagg
gtcctaagagtaatatcagatccactcttttgcttgagtatgtaactacc
cacccaaatgacacactttcccatatatacatgctgtaaacctcactggc
atgataggtctagctgtctcatactgtatttatcatgttgtttggttata
aacccaaagtcaggcctctatcctggttcttatttcataagaaaattcga
gcatattacattttttatagtaatgtggatttactgaccctcatcccttc
taacacattattaattttcggacataggttctgaacatttagataccttg
ag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_35939432_35940615
seq2: B6Ng01-044A04.b_45_1219

seq1  GAATTCAAAGGACTCTGAGCAAACATTAAACGGACATTTGTTGGGGTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGGACTCTGAGCAAACATTAAACGGACATTTGTTGGGGTCTC  50

seq1  CACATTGTGAGTTATTCACAGAATGAGCCATTGAACCTAGATGATTTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTGTGAGTTATTCACAGAATGAGCCATTGAACCTAGATGATTTTCA  100

seq1  CTGTGTTTTCAAACCGTGAATTCCCTCTTTTAAGCAAAATTGCTTTGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTTTCAAACCGTGAATTCCCTCTTTTAAGCAAAATTGCTTTGGTG  150

seq1  GGACTGAGAATGACAAAGAGGCAAGGTGGTAGGAGAAGAGGCACAGGGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGAGAATGACAAAGAGGCAAGGTGGTAGGAGAAGAGGCACAGGGTT  200

seq1  TTCATGTTAAAAAGTTCTCTTATGTTAAAAATAGCTATTGCTATTGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGTTAAAAAGTTCTCTTATGTTAAAAATAGCTATTGCTATTGAAAA  250

seq1  GGGACTAGAAATGCAGTACTCTATCACACTTACAAAATACTGACTTTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTAGAAATGCAGTACTCTATCACACTTACAAAATACTGACTTTGGT  300

seq1  CTGTTCTCTTAGAATTCACCAGGTTGACCTGGCAGGCAATGTCCTGTATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTCTTAGAATTCACCAGGTTGACCTGGCAGGCAATGTCCTGTATC  350

seq1  TGTCTATCACCAAAATATCTGGTCACAGTGGTGATAAGGTCACCAGCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTATCACCAAAATATCTGGTCACAGTGGTGATAAGGTCACCAGCTGA  400

seq1  TTACTAATTTGCATTGTCGTGAATGTGCAGAAGCCGACAATGGCATCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAATTTGCATTGTCGTGAATGTGCAGAAGCCGACAATGGCATCTTG  450

seq1  GAGGGCACTCAATACCTAGTCAGTGTGCCATTTTCTTCAGCAAAGTAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCACTCAATACCTAGTCAGTGTGCCATTTTCTTCAGCAAAGTAGGA  500

seq1  AAACACATGTCTAAATCTCACCACTGTGAACCAGCTTGAAATTTGGCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACATGTCTAAATCTCACCACTGTGAACCAGCTTGAAATTTGGCAAT  550

seq1  TCAGAGCTCTTTTTTTGCCTGACAGCTTTCTCGACATGTATTGCAAGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCTCTTTTTTTGCCTGACAGCTTTCTCGACATGTATTGCAAGTGT  600

seq1  GTTTTGAACTAACATTGTCAATTAGAAGGCTGTTTCATTTGTTCAGTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGAACTAACATTGTCAATTAGAAGGCTGTTTCATTTGTTCAGTTCA  650

seq1  AGGTCAGCAAAACTATACATAGCCCCCAAACAAGTTTTGCCCTTTGCAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCAGCAAAACTATACATAGCCCCCAAACAAGTTTTGCCCTTTGCAGG  700

seq1  GTAAAGTTTGTTATACTTAAGGATCTGGTATTCTTCTTGGGTGAAGGCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGTTTGTTATACTTAAGGATCTGGTATTCTTCTTGGGTGAAGGCAC  750

seq1  AGCAAGAAACTTGCTAAGGCCCAATAGTATAGTTAGAAATGTGTAGATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAAACTTGCTAAGGCCCAATAGTATAGTTAGAAATGTGTAGATAG  800

seq1  GTATGCTTTGACTGGTCTCTAAAAATTTTCAATCTTCCCCTTTGTTAGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCTTTGACTGGTCTCTAAAAATTTTCAATCTTCCCCTTTGTTAGAT  850

seq1  TTTTTAAATATATACATTCACAGAATGTATCTTGATCATATTCACCCTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAATATATACATTCACAGAATGTATCTTGATCATATTCACCCTCT  900

seq1  CTCTCCAGGCATTCTTCGTTCATTTGCAATCTGTCCACCTATGCCTTTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTCTCCAGGCATTCTTCGTTCATTTGCAATCTGTCCACCTATGCC-TTTT  949

seq1  TTTTTAAATGCCCCATCAAGTCCAATTTGTGCTGCCCATATACTCTCAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAATGCCCCATCAAGTCCAATTTGTGCTGCCCATATACTCTCAGA  999

seq1  TATGTGACCTTTACTGGAAGGTAGTCAACCCACCAGGGGCTTCCATAAAG  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TATGTGACCTTTACTGGAAGGTAGTCAACCCACCAGGGGCTT-CATAAAG  1048

seq1  AAAACTGTTTCTCCCTCTTTCAGCAATGA-TCAGTTGTCTACAGTTCCTT  1099
      |||||||||| | ||||||||||| |||| ||||| |||||||||| |||
seq2  AAAACTGTTT-TTCCTCTTTCAGC-ATGATTCAGTGGTCTACAGTTTCTT  1096

seq1  AGTTAGGGGCGAGGCTTCATGCCAGCCTCCCCTTCCATGCTGCTATTTAT  1149
      |||   |||||||||||||   |||| ||||||| |||||||||| ||||
seq2  AGT--AGGGCGAGGCTTCAATGCAGCTTCCCCTT-CATGCTGCTA-TTAT  1142

seq1  CTGCCCTGAGCTTGGGCACATCTAGGGCATGCTGT  1184
      ||| ||||||||| |||||||||   |||||||||
seq2  CTGTCCTGAGCTT-GGCACATCT-TAGCATGCTGT  1175

seq1: chr6_36015633_36016797
seq2: B6Ng01-044A04.g_66_1217 (reverse)

seq1  CTCAAAGTATCTAAATGTTCAGAACTTATGTCTGAAAAATTAATAATGTG  50
      ||||| ||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||
seq2  CTCAAGGTATCTAAATGTTCAGAACCTATGTCCG-AAAATTAATAATGTG  49

seq1  TTAGAAAGGGAATGAGTGTCAGTAGATCCACATTTTACTAT-AAAAATGT  99
      ||||||  || ||||| ||||||| |||||||  ||||||| ||||||||
seq2  TTAGAA--GGGATGAGGGTCAGTAAATCCACA--TTACTATAAAAAATGT  95

seq1  AATATGCTCTGAATTTTTCCTTTATTGAAATAAGAACCAGGATAGAGGGC  149
      ||||||||| |||||||  |||   ||||||||||||||||||||| |||
seq2  AATATGCTC-GAATTTT--CTT--ATGAAATAAGAACCAGGATAGA-GGC  139

seq1  CTGACTTTGGGTTTATAAACCAAACAACATGATAAATACAGTATGAGACA  199
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTTGGGTTTAT-AACCAAACAACATGATAAATACAGTATGAGACA  188

seq1  GCTAGACCTTATCATGCCAGTGAGGTTTACAGCATGTATAATATGGGAAA  249
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GCTAGACC-TATCATGCCAGTGAGGTTTACAGCATGTAT-ATATGGGAAA  236

seq1  GTGTGTCATTTGGGTGGGTAGTTACATACTCAAGCAAAAGAGTGGATCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCATTTGGGTGGGTAGTTACATACTCAAGCAAAAGAGTGGATCTG  286

seq1  ATATTACTCTTAGGACCCTACTGTAGTGCCCACTCCTGCAAAATTCATGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTACTCTTAGGACCCTACTGTAGTGCCCACTCCTGCAAAATTCATGC  336

seq1  ACAGAAGATTTAAACTCTTGATGTGATGATAACTGAAGGTGAGATCTTCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGATTTAAACTCTTGATGTGATGATAACTGAAGGTGAGATCTTCA  386

seq1  GAAAGTAGGTTTAGGGGAGGCTAAGACGAGCTCTTTATGCTAAGGTTTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTAGGTTTAGGGGAGGCTAAGACGAGCTCTTTATGCTAAGGTTTGT  436

seq1  ACCCTTAAATGAAGAGATGAAGGGGAAATGTATTTTACTTCTTGACTACA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTAAATGAAGAGATGAAGGGGAAATGTATTTTACTTCTTGACTACA  486

seq1  AAGCAACAACACAGGGATAAGTGGTTGTCTGTATATTAGGAAGAAGGCTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAACAACACAGGGATAAGTGGTTGTCTGTATATTAGGAAGAAGGCTC  536

seq1  CCACCACAAACTAAGCACTGTGCCTTCCATATTGGACTCCCATGTATCAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACAAACTAAGCACTGTGCCTTCCATATTGGACTCCCATGTATCAG  586

seq1  AACTATGAGAAACAAATGTCCATTGTTTAAGCCAGTGCCTGTGATGTTCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATGAGAAACAAATGTCCATTGTTTAAGCCAGTGCCTGTGATGTTCT  636

seq1  ACAGTAGTGGCTGAAGGAGAATAATATACAAACCTAGTTATTCTTAGTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAGTGGCTGAAGGAGAATAATATACAAACCTAGTTATTCTTAGTTT  686

seq1  ACTGACACTATAAAGATTTCAGTAGTGAGAATACAGGTGGAAAGCGATAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACACTATAAAGATTTCAGTAGTGAGAATACAGGTGGAAAGCGATAA  736

seq1  GGACATTATTTTGACTACTACCACAAGCAGAAGCTTCAGGAATGTAAAAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATTATTTTGACTACTACCACAAGCAGAAGCTTCAGGAATGTAAAAG  786

seq1  ATGGGTTCAGCATTAAGCTTCCATTTATCTTGTCTGTTCAGGGAACATCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTTCAGCATTAAGCTTCCATTTATCTTGTCTGTTCAGGGAACATCT  836

seq1  TTGTGGGAACAAGTTTTGTAGTTATGGTGGGTAAAGGACAATGGTTTTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGGAACAAGTTTTGTAGTTATGGTGGGTAAAGGACAATGGTTTTTC  886

seq1  TTCTAAGGTTAGTATTTAAGCTGCACATTCTTTTCTTAGGTATTTGTTCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGGTTAGTATTTAAGCTGCACATTCTTTTCTTAGGTATTTGTTCT  936

seq1  TCTTCTGCCTTAAAGGAAAGACTCCAGTTACTAGACAATACAAAGAGCTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGCCTTAAAGGAAAGACTCCAGTTACTAGACAATACAAAGAGCTG  986

seq1  GTGGCTGTCTGATAGTTTCCTACTGAAATGGTAAATGAGTGAGGTTGGTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTGTCTGATAGTTTCCTACTGAAATGGTAAATGAGTGAGGTTGGTT  1036

seq1  AGAAGCTCATGAAGTCCCACTATAATTTGGTACTTAGCAGGTACTTGAGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTCATGAAGTCCCACTATAATTTGGTACTTAGCAGGTACTTGAGA  1086

seq1  TGTCATAGTGTAATAACTCAGGTTATGCATAGAATTGGTGTTCTGAAGCA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATAGTGTAATAACTCAGGTTATGCATAGAATTGGTGTTCTGAAGCA  1136

seq1  TCTACTTCTGGAATTC  1165
      ||||||||||||||||
seq2  TCTACTTCTGGAATTC  1152