BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-045F08
Chromosome6 (Build37)
Map Location 36,851,228 - 37,016,500
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDgki, EG665024
Upstream geneLOC100039327, 9330158H04Rik, Chrm2, EG620863, LOC100039370, Ptn, LOC100039514
Downstream geneCreb3l2, Akr1d1, LOC665046, Ybx1-ps2, LOC100039636, LOC665102, Trim24, Svopl, Atp6v0a4, LOC100039657
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-045F08.bB6Ng01-045F08.g
ACCDH870818DH870819
length1,1501,003
definitionDH870818|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-045F08, 5' end.DH870819|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-045F08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,851,228 - 36,852,397)(37,015,486 - 37,016,500)
sequence
gaattcttaaatcaaaatttcaaaatgagcaaatctgtgttgaaggttgt
aggtaatatctctagacttctgatggactacgttcattctctgaaataga
ggttttccacagaaccatgtgaatatacaaaactgtctaactacaggttt
ttgtaatgtatcgctgtactagatcattctatatgaataggattgtgagg
gaataagacctaagacatccactgaccattggatactttataggacagaa
ctgtatctagattcttcactcctaaagcacaagatcaaagaccattctta
aactgccacccatacacaaatttccattcaaaacctcctatctttcatgt
aggtcaagtcacaaggcctaagaacactgaaaactacatgcctaatttcc
tatgagcaaagtgacaagatatgatagcaaaatgggttagtcaaggctta
tgccttagagtgttaattcttatcccacttcactgctttacctcggtgac
cttggagctaaagtaatagatgccatgactattctagtctttataacctc
gtatgatgctttgcaacaggtcttggagatatgtatttgtggtagttctc
attcgttgctctaaacttttaaggtttatagatttatatattttgaatgt
tagtctctttgatatgtttttgaagcctcaaaacaatgttttattgtttt
atagtgaatgcagttcatagcattcacttaaaagcacctataatttctct
tctttgtccttcctcgggctatatgcatcatttcctccctgagaaactgg
ttgtcaacacaagatagagtggatgaatactaggagcctaccccacactt
aaaaaaaaagaactatctacaaaatgatgcttgtcccccttctcagcatc
accatcatatgtacttaatatttataaatgaccacgtggtgggagaccat
cagaaggatggggttaccacattgagatgagcttaaatgaacattcagat
gggtatgaaagccagttctgagaatgcagagtagaattatcttctgaaat
actcgaagagaatttctaagaggactgttaatggggtaggagaacctctt
taagttatcaaacacaggcttgccagacgacaaacctaacggaaacaaag

gaattctctgaaactgttaatacctcagagatgacttcagcattggcaac
acacccaggcctttacagaaacagtttgtgaacccctcctctagtctttg
ttttaaaatagaatcttaatgatatagaattatgctatccttttgtgacc
ctcctgcttcagccacccgaatgccaggatgatctgctcacactggccta
tcagcctcccatctgccttttggagtgtctgtgtcgatagaagcatagca
cctttgtggtgaaggaaacctgagaagaaagattgtgttgtgttagctag
gttaagggtttacaggtctccacaaagcagatacaactcctcaaactagc
cacagggctggaacaagtgtagtttgaatgaatcgtagttgatgttttta
gtgggtcagagtcttcgcagtataagattcaacctaacagtttccctagg
gccttcatttgtcaagagcctccggttataggaacagcctcactggtctg
gacagttccctgccaccatctcaccacattttgcttttcttgttatttcc
atttcttcccagttgtcacacatgtaacctctgtgcttctagtgaaactc
cacgtcctagggacagcgtctccttctgggattaggtgtcaaccagtctc
tgtgctgctcatgctgctgggtctactgaactggtgagaggctgctgctg
ggacagcatctcatctgttcggataggctcctgtgaccttgggatgacgt
gtcttgttcagggtctgatatttggagcactgtaaggtgaacacctgtgt
cctcttcattatctgccatctgagtcactacagacagtgacttttctctt
gaccattatgggtataattttggccattttcacataattttaatatgcca
gaagtgtggaaattgattttgcagtcaaatatgcaaatatgtgtgcacaa
atatgtatgaaatattttagtagtgcagtaatcttctagaaatttgatgt
caa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_36851228_36852397
seq2: B6Ng01-045F08.b_45_1194

seq1  GAATTCTTAAATCAAAATTTCAAAATGAGCAAATCTGTGTTGAAGGTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAAATCAAAATTTCAAAATGAGCAAATCTGTGTTGAAGGTTGT  50

seq1  AGGTAATATCTCTAGACTTCTGATGGACTACGTTCATTCTCTGAAATAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAATATCTCTAGACTTCTGATGGACTACGTTCATTCTCTGAAATAGA  100

seq1  GGTTTTCCACAGAACCATGTGAATATACAAAACTGTCTAACTACAGGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTCCACAGAACCATGTGAATATACAAAACTGTCTAACTACAGGTTT  150

seq1  TTGTAATGTATCGCTGTACTAGATCATTCTATATGAATAGGATTGTGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATGTATCGCTGTACTAGATCATTCTATATGAATAGGATTGTGAGG  200

seq1  GAATAAGACCTAAGACATCCACTGACCATTGGATACTTTATAGGACAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAGACCTAAGACATCCACTGACCATTGGATACTTTATAGGACAGAA  250

seq1  CTGTATCTAGATTCTTCACTCCTAAAGCACAAGATCAAAGACCATTCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATCTAGATTCTTCACTCCTAAAGCACAAGATCAAAGACCATTCTTA  300

seq1  AACTGCCACCCATACACAAATTTCCATTCAAAACCTCCTATCTTTCATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCCACCCATACACAAATTTCCATTCAAAACCTCCTATCTTTCATGT  350

seq1  AGGTCAAGTCACAAGGCCTAAGAACACTGAAAACTACATGCCTAATTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCAAGTCACAAGGCCTAAGAACACTGAAAACTACATGCCTAATTTCC  400

seq1  TATGAGCAAAGTGACAAGATATGATAGCAAAATGGGTTAGTCAAGGCTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGCAAAGTGACAAGATATGATAGCAAAATGGGTTAGTCAAGGCTTA  450

seq1  TGCCTTAGAGTGTTAATTCTTATCCCACTTCACTGCTTTACCTCGGTGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTAGAGTGTTAATTCTTATCCCACTTCACTGCTTTACCTCGGTGAC  500

seq1  CTTGGAGCTAAAGTAATAGATGCCATGACTATTCTAGTCTTTATAACCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAGCTAAAGTAATAGATGCCATGACTATTCTAGTCTTTATAACCTC  550

seq1  GTATGATGCTTTGCAACAGGTCTTGGAGATATGTATTTGTGGTAGTTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGATGCTTTGCAACAGGTCTTGGAGATATGTATTTGTGGTAGTTCTC  600

seq1  ATTCGTTGCTCTAAACTTTTAAGGTTTATAGATTTATATATTTTGAATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGTTGCTCTAAACTTTTAAGGTTTATAGATTTATATATTTTGAATGT  650

seq1  TAGTCTCTTTGATATGTTTTTGAAGCCTCAAAACAATGTTTTATTGTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTCTTTGATATGTTTTTGAAGCCTCAAAACAATGTTTTATTGTTTT  700

seq1  ATAGTGAATGCAGTTCATAGCATTCACTTAAAAGCACCTATAATTTCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGAATGCAGTTCATAGCATTCACTTAAAAGCACCTATAATTTCTCT  750

seq1  TCTTTGTCCTTCCTCGGGCTATATGCATCATTTCCTCCCTGAGAAACTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTCCTTCCTCGGGCTATATGCATCATTTCCTCCCTGAGAAACTGG  800

seq1  TTGTCAACACAAGATAGAGTGGATGAATACTAGGAGCCTACCCCACACTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAACACAAGATAGAGTGGATGAATACTAGGAGCCTACCCCACACTT  850

seq1  AAAAAAAAAGAACTATCTACAAAATGATGCTTGTCCCCCTTCTCAGCATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAGAACTATCTACAAAATGATGCTTGTCCCCCTTCTCAGCATC  900

seq1  ACCATCATATGTACTTAATATTTATAAATGACCACGTGGTGGGAGACCAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCATATGTACTTAATATTTATAAATGACCACGTGGTGGGAGACCAT  950

seq1  CAGAAGGATGGGGTTACCACATTGAGATGAGCTTAAAATGAACATTCAAG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  CAGAAGGATGGGGTTACCACATTGAGATGAGCTT-AAATGAACATTC-AG  998

seq1  ATGGGTATGAAAGCCAAGTCTGAG-ATGCAGAGTAGAAATTATCTTCTGA  1049
      ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| |||||||||||| 
seq2  ATGGGTATGAAAGCCAGTTCTGAGAATGCAGAGTAG-AATTATCTTCTG-  1046

seq1  AAATACTCAGAAGGGAGGTATTTTTCTAAGAGGGACTGTAGATGGGGTAG  1099
      |||||||| |||| ||      ||||||||| |||||||  |||||||||
seq2  AAATACTC-GAAGAGA-----ATTTCTAAGA-GGACTGTTAATGGGGTAG  1089

seq1  GAGAA-CTCTTAGATAGTTACATCAGACACACAGGCTTGCCCAGTACGAC  1148
      ||||| |||||    ||||  |||  | ||||||||||| |||| |||||
seq2  GAGAACCTCTT--TAAGTT--ATC--AAACACAGGCTTG-CCAG-ACGAC  1131

seq1  AAAATCATAACAGGAAACAAAG  1170
      |||  | |||| ||||||||||
seq2  AAA--CCTAAC-GGAAACAAAG  1150

seq1: chr6_37015486_37016500
seq2: B6Ng01-045F08.g_68_1070 (reverse)

seq1  TTGACATCAAATTTCCTAGAAGGAATTACTTGCACTACTAAAATATATCA  50
      |||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||| || 
seq2  TTGACATCAAATTT-CTAGAAG--ATTAC-TGCACTACTAAAATATTTC-  45

seq1  ATACCATAATTTGTGCACACATATTTTGCATATTTGACCTTGCAAAATCA  100
      ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||
seq2  ATA-CAT-ATTTGTGCACACATA-TTTGCATATTTGAC--TGCAAAATCA  90

seq1  ATTTCCACACTTTCTGGCATATTAAAATTATGTGAAAATGGCCAAAATTA  150
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCACAC-TTCTGGCATATTAAAATTATGTGAAAATGGCCAAAATTA  139

seq1  TACCCATAATGGTCAAGAGAAAAGTCACTGTCTGTAGTGACTCAGATGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCATAATGGTCAAGAGAAAAGTCACTGTCTGTAGTGACTCAGATGGC  189

seq1  AGATAATGAAGAGGACACAGGTGTTCACCTTACAGTGCTCCAAATTATCA  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGATAATGAAGAGGACACAGGTGTTCACCTTACAGTGCTCCAAA-TATCA  238

seq1  GACCCTGAACAAGACACGTCATCCCAAGGTCACAGGAGCCTATCCGAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTGAACAAGACACGTCATCCCAAGGTCACAGGAGCCTATCCGAACA  288

seq1  GATGAGATGCTGTCCCAGCAGCAGCCTCTCACCAGTTCAGTAGACCCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGATGCTGTCCCAGCAGCAGCCTCTCACCAGTTCAGTAGACCCAGC  338

seq1  AGCATGAGCAGCACAGAGACTGGTTGACACCTAATCCCAGAAGGAGACGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGAGCAGCACAGAGACTGGTTGACACCTAATCCCAGAAGGAGACGC  388

seq1  TGTCCCTAGGACGTGGAGTTTCACTAGAAGCACAGAGGTTACATGTGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTAGGACGTGGAGTTTCACTAGAAGCACAGAGGTTACATGTGTGA  438

seq1  CAACTGGGAAGAAATGGAAATAACAAGAAAAGCAAAATGTGGTGAGATGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGGGAAGAAATGGAAATAACAAGAAAAGCAAAATGTGGTGAGATGG  488

seq1  TGGCAGGGAACTGTCCAGACCAGTGAGGCTGTTCCTATAACCGGAGGCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGGGAACTGTCCAGACCAGTGAGGCTGTTCCTATAACCGGAGGCTC  538

seq1  TTGACAAATGAAGGCCCTAGGGAAACTGTTAGGTTGAATCTTATACTGCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAAATGAAGGCCCTAGGGAAACTGTTAGGTTGAATCTTATACTGCG  588

seq1  AAGACTCTGACCCACTAAAAACATCAACTACGATTCATTCAAACTACACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTCTGACCCACTAAAAACATCAACTACGATTCATTCAAACTACACT  638

seq1  TGTTCCAGCCCTGTGGCTAGTTTGAGGAGTTGTATCTGCTTTGTGGAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCAGCCCTGTGGCTAGTTTGAGGAGTTGTATCTGCTTTGTGGAGAC  688

seq1  CTGTAAACCCTTAACCTAGCTAACACAACACAATCTTTCTTCTCAGGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAACCCTTAACCTAGCTAACACAACACAATCTTTCTTCTCAGGTTT  738

seq1  CCTTCACCACAAAGGTGCTATGCTTCTATCGACACAGACACTCCAAAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCACCACAAAGGTGCTATGCTTCTATCGACACAGACACTCCAAAAGG  788

seq1  CAGATGGGAGGCTGATAGGCCAGTGTGAGCAGATCATCCTGGCATTCGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGGGAGGCTGATAGGCCAGTGTGAGCAGATCATCCTGGCATTCGGG  838

seq1  TGGCTGAAGCAGGAGGGTCACAAAAGGATAGCATAATTCTATATCATTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGAAGCAGGAGGGTCACAAAAGGATAGCATAATTCTATATCATTAA  888

seq1  GATTCTATTTTAAAACAAAGACTAGAGGAGGGGTTCACAAACTGTTTCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTATTTTAAAACAAAGACTAGAGGAGGGGTTCACAAACTGTTTCTG  938

seq1  TAAAGGCCTGGGTGTGTTGCCAATGCTGAAGTCATCTCTGAGGTATTAAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGCCTGGGTGTGTTGCCAATGCTGAAGTCATCTCTGAGGTATTAAC  988

seq1  AGTTTCAGAGAATTC  1015
      |||||||||||||||
seq2  AGTTTCAGAGAATTC  1003