BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-046D14
Chromosome6 (Build37)
Map Location 52,524,999 - 52,657,324
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHibadh
Upstream geneSnx10, LOC100041820, Skap2, LOC666391, Hoxa1, Hoxa2, Hoxa3, Hoxa4, Hoxa5, Hoxa6, Hoxa7, Hoxa9, Hoxa10, Hoxa11, Hoxa13, Evx1, EG666487, 1700094M24Rik, EG545841
Downstream geneTax1bp1, Jazf1, LOC666259, LOC666516, D430007I03, Creb5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-046D14.bB6Ng01-046D14.g
ACCDH871452DH871453
length924927
definitionDH871452|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046D14, 5' end.DH871453|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046D14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,656,576 - 52,657,324)(52,524,999 - 52,525,940)
sequence
gaattcaatgaatgatgatttattagcactcaacactgattgatagaata
gatgagaagatgctgtatttataaacatatcacaaggaaatatgaaatta
ctcagtgctatgtactggccatgtttagaagttgacatctattttagtaa
attgtgcaaatttatttaaagttgtttagcatgatatgtcaggttccaag
acaagctgtgagttaatgaaatatcctttctaaaaattcattaatttagt
tatttttgtggtgctaaagatcaaacccagggactcacacatgctagaca
tgtgttccaccactgaacagcaaccccagctcttacttttagattattgt
tttatctggggacatggggacatgtcttctttctaagttactcaggcagg
gctaaaactcaagaccttgcatttctgcttcttgagtagctagggttaaa
agtgagaactgtcaggcctggtgtcttagtcagggtttctattcctgcac
aaacatcatgaccaagaagcaagttgggaggaaagagtttatttggctta
cacttccatactgctgttcatcaccaaggaagtcaggactggaactcaag
caggtcaggaagcaggagctgatgcagaggccatggagggatgtttcttt
ctggcttgcttcccctggcttgctcagcctgctctcttatagaacccaag
actaccatcccagaaatggtcccacctacaagggcccctcccccacacac
acaccttgatcactcattgagaaaataccccacagatggatctcatggag
gcacttccccgactgaagctcctttctctgtgatactccagcctgtgtca
agttgacacccaaaaccagccagtagatctggctaataattcatgtttct
gagacaggatctacaggagtctgg
gaattcatcatgttaccaatacacattagagtgtgtttacatgtaaatgt
gcatgcataaacacacacagaaacaaaaagatcaactcgttgggaaaatg
aagtcaatagaatggtagagggaaccagacagtaatggggtaatgggggt
aaatgtgatcaaaacacattatatatatgcacaaaaatatcataattgtg
taagcaagctagctcagctgagcaagcctgaagacctgagttagacccac
agggcaggtgggaatggctcctataagttgtctatctgacatctgcacac
atgctgtggcacacactcacgaatgtacacacttacacaagataaacaca
taataaaattagtttaagtcattaacattattaggtacaactagtatatg
ctaataaagtctctaaaaaatgtatttggggatcagtgagactggtcatc
agttaaatacacttgctgtgcacagctgacaacctgagcttaaaacccag
atggaggcaggagaatagagttatcctctaccttcatgtgcatgccatga
cacatgattcatcgactataaatatcatgtgcacacacaatgacaggcaa
cattaaatagtttttatctgttttgttttgagacacggtctcactgtgga
gccctagctggcctggaatgctctatgaaaaacagcctggcctccaactt
ggaaatccacttgtctctgactcctgaaggtatatactacattgcatacc
agttttattttaagtcattaaaactattaggtacaactaatatatgctac
taaagatgataaaattatcttttatttgatgtttgtttgtgttgtgacac
tattaatttttgactgcctacacactgctacagcagcactgagctttgtg
agacagatgggctcttgtgtcaacaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_52656576_52657324
seq2: B6Ng01-046D14.b_46_794 (reverse)

seq1  TGTGTGGGGGAGGGGCCCTTGTAGGTGGGACCATTTCTGGGATGGTAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGGGGGAGGGGCCCTTGTAGGTGGGACCATTTCTGGGATGGTAGTC  50

seq1  TTGGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGA  100

seq1  AAGAAACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGC  150

seq1  TTGAGTTCCAGTCCTGACTTCCTTGGTGATGAACAGCAGTATGGAAGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTTCCAGTCCTGACTTCCTTGGTGATGAACAGCAGTATGGAAGTGT  200

seq1  AAGCCAAATAAACTCTTTCCTCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAAATAAACTCTTTCCTCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTG  250

seq1  TGCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACACCAGGCCTGACAGTTCTCACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACACCAGGCCTGACAGTTCTCACTT  300

seq1  TTAACCCTAGCTACTCAAGAAGCAGAAATGCAAGGTCTTGAGTTTTAGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCCTAGCTACTCAAGAAGCAGAAATGCAAGGTCTTGAGTTTTAGCC  350

seq1  CTGCCTGAGTAACTTAGAAAGAAGACATGTCCCCATGTCCCCAGATAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGAGTAACTTAGAAAGAAGACATGTCCCCATGTCCCCAGATAAAA  400

seq1  CAATAATCTAAAAGTAAGAGCTGGGGTTGCTGTTCAGTGGTGGAACACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAATCTAAAAGTAAGAGCTGGGGTTGCTGTTCAGTGGTGGAACACAT  450

seq1  GTCTAGCATGTGTGAGTCCCTGGGTTTGATCTTTAGCACCACAAAAATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGCATGTGTGAGTCCCTGGGTTTGATCTTTAGCACCACAAAAATAA  500

seq1  CTAAATTAATGAATTTTTAGAAAGGATATTTCATTAACTCACAGCTTGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATTAATGAATTTTTAGAAAGGATATTTCATTAACTCACAGCTTGTC  550

seq1  TTGGAACCTGACATATCATGCTAAACAACTTTAAATAAATTTGCACAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAACCTGACATATCATGCTAAACAACTTTAAATAAATTTGCACAATT  600

seq1  TACTAAAATAGATGTCAACTTCTAAACATGGCCAGTACATAGCACTGAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAAATAGATGTCAACTTCTAAACATGGCCAGTACATAGCACTGAGT  650

seq1  AATTTCATATTTCCTTGTGATATGTTTATAAATACAGCATCTTCTCATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCATATTTCCTTGTGATATGTTTATAAATACAGCATCTTCTCATCT  700

seq1  ATTCTATCAATCAGTGTTGAGTGCTAATAAATCATCATTCATTGAATTC  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTATCAATCAGTGTTGAGTGCTAATAAATCATCATTCATTGAATTC  749

seq1: chr6_52524999_52525940
seq2: B6Ng01-046D14.g_65_991

seq1  GAATTCATCATGTTACCAATACACATTAGAGTGTGTTTACATGTAAATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCATGTTACCAATACACATTAGAGTGTGTTTACATGTAAATGT  50

seq1  GCATGCATAAACACACACAGAAACAAAAAGATCAACTCGTTGGGAAAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCATAAACACACACAGAAACAAAAAGATCAACTCGTTGGGAAAATG  100

seq1  AAGTCAATAGAATGGTAGAGGGAACCAGACAGTAATGGGGTAATGGGGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAATAGAATGGTAGAGGGAACCAGACAGTAATGGGGTAATGGGGGT  150

seq1  AAATGTGATCAAAACACATTATATATATGCACAAAAATATCATAATTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGATCAAAACACATTATATATATGCACAAAAATATCATAATTGTG  200

seq1  TAAGCAAGCTAGCTCAGCTGAGCAAGCCTGAAGACCTGAGTTAGACCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAAGCTAGCTCAGCTGAGCAAGCCTGAAGACCTGAGTTAGACCCAC  250

seq1  AGGGCAGGTGGGAATGGCTCCTATAAGTTGTCTATCTGACATCTGCACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGGTGGGAATGGCTCCTATAAGTTGTCTATCTGACATCTGCACAC  300

seq1  ATGCTGTGGCACACACTCACGAATGTACACACTTACACAAGATAAACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTGGCACACACTCACGAATGTACACACTTACACAAGATAAACACA  350

seq1  TAATAAAATTAGTTTAAGTCATTAACATTATTAGGTACAACTAGTATATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAATTAGTTTAAGTCATTAACATTATTAGGTACAACTAGTATATG  400

seq1  CTAATAAAGTCTCTAAAAAATGTATTTGGGGATCAGTGAGACTGGTCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAAAGTCTCTAAAAAATGTATTTGGGGATCAGTGAGACTGGTCATC  450

seq1  AGTTAAATACACTTGCTGTGCACAGCTGACAACCTGAGCTTAAAACCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAATACACTTGCTGTGCACAGCTGACAACCTGAGCTTAAAACCCAG  500

seq1  ATGGAGGCAGGAGAATAGAGTTATCCTCTACCTTCATGTGCATGCCATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGGCAGGAGAATAGAGTTATCCTCTACCTTCATGTGCATGCCATGA  550

seq1  CACATGATTCATCGACTATAAATATCATGTGCACACACAATGACAGGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGATTCATCGACTATAAATATCATGTGCACACACAATGACAGGCAA  600

seq1  CATTAAATAGTTTTTATCTGTTTTGTTTTGAGACACGGTCTCACTGTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAATAGTTTTTATCTGTTTTGTTTTGAGACACGGTCTCACTGTGGA  650

seq1  GCCCTAGCTGGCCTGGAATGCTCTATGAAAAACAGCCTGGCCTCCAACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAGCTGGCCTGGAATGCTCTATGAAAAACAGCCTGGCCTCCAACTT  700

seq1  GGAAATCCACTTGTCTCTGACTCCTGAAGGTATATACTACATTGCATACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATCCACTTGTCTCTGACTCCTGAAGGTATATACTACATTGCATACC  750

seq1  AGTTTTTATTTTAAGTCATTAAAACTATTAGGTACAACTAATATATGCTA  800
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AG-TTTTATTTTAAGTCATTAAAACTATTAGGTACAACTAATATATGCTA  799

seq1  CTAAAGATGATAAAAATTATC-TTTATTTGATGTTTGTTTGTTGTTGTTG  849
      ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  
seq2  CTAAAGATGAT-AAAATTATCTTTTATTTGATGTTTGTTTG-TGTTGT--  845

seq1  AACACTATTAATTTTTGACTTGGCCTACCACACTGCTAACAGCAGCACTG  899
       |||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  GACACTATTAATTTTTGACT--GCCTA-CACACTGCT-ACAGCAGCACTG  891

seq1  AGCTTTGTGAAGGAACAGGATGGGCTCTTTGGTGTCAAACAAA  942
      ||||||||||    ||| |||||||||||  ||||| ||||||
seq2  AGCTTTGTGA---GACA-GATGGGCTCTT--GTGTC-AACAAA  927