BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-047J14
Chromosome6 (Build37)X (Build37)
Map Location 52,967,525 - 52,968,660110,799,828 - 110,800,990
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap geneJazf1
Upstream geneLOC666391, Hoxa1, Hoxa2, Hoxa3, Hoxa4, Hoxa5, Hoxa6, Hoxa7, Hoxa9, Hoxa10, Hoxa11, Hoxa13, Evx1, EG666487, 1700094M24Rik, EG545841, Hibadh, Tax1bp1
Downstream geneLOC666259, LOC666516, D430007I03, Creb5, LOC384386, 1200009O22Rik, Cpvl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-047J14.bB6Ng01-047J14.g
ACCDH872418DH872419
length1,1171,135
definitionDH872418|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047J14, 5' end.DH872419|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047J14, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,967,525 - 52,968,660)(110,799,828 - 110,800,990)
sequence
gaattcctgaacacaatgaccttttcaaaagaaccaaccagtcagaacac
aagatgctgagtcactttcttgggctaaccgatcagtctaagcagaggat
attcttcgaaaactcaggttggagcagacctctgagaagactcactaagt
cctctgttctgacccaaggctgtttttcatgagccttccgccagggctgt
tagattccacctggaggagcactgcttcctgggctggacagaggacaaat
tcatccagcagggcctctgtaaatagtccctgagtattcacagagtatgt
gccttctagccaacatctgagagaaccagagactcatttgtctgtcagta
tttctgacaataatagggtgtgatacagatgtacagttgttacaaacctt
taaaacaaacaagaaacctagaagatacttcagtccttacaaaggatagg
aaatctcaggtcaaagggtggctctcaaactgaattttacaagacaatca
cttgtgatgcctaataaaaatgcagacttgggggtgtggggaagtctcaa
tatgaagcactgtgattgagttggtacgggaagagaggcaggaatgtgct
ttttaaactatgcttaagagattaaaaatatgtatttaagttatcaacac
tgtcccttctgcagctgttcaggaactttgctagagggtaatgagaagat
tttttatttctatatttagggaaataaatcaatatggtagcaaaaagaac
aagtccccccattttctaaatgcatgctaaagcagtcttcattaaactaa
tatttaaccttttcttaatacaaaggttaagcatgatcactataaaaaat
caagaggaatgagagagatataatataaaatacactcacttggtacatta
tattttctagaagaacaagttggccctaacacacaacacacaatggggac
agaatttaagaaaaaaagtatagtatatgtgtctttaattgctacaacat
atcactatcactcctgagtctttaaaataaaatatagaatgataaaactt
tagaatgaaattatattacatagctagcacacaagtacaattatgtgcca
ttgtaggatctgctaaa
gaattcatctgccactatctaatgctgtctgaataaaggggattaagact
ctgatgcaacagagactattgataatttggtataattgggaagaaatgaa
gataaatgaggttgaggatggagaggcaattagttgagctgcctgtacag
ctgtgttctcggcctagctcccctggccttttcttcagtgagatatgtgc
aaattaaccataatgacaaatacacacttcccaaagctctagtactttgt
aaaacttgagaattcacttttcatttctgataactgacgtacttgtttgg
taaagtgattctttcccccataattttctaatggcccttatggcacaggg
ctgtagcacctgctccaattcaggactaattctacccttagccctcaacc
cctagcccattgctgcattttcagttcatggcaggctactgtttgcacta
tgagcatgctaaggagccaaaatctatttttttaaccgtaattgtggctc
agtgtccaggaaagatgggaaatgttttcattcttacatgattaggaaaa
aagaatcccattcaatgaaaagaaacatttcttttaactctacaaacaca
agtcctttatatagtttacaattaatatatagggtcatatttataaagaa
gctcttgcttatcttttaagattggcaaagtcagtattttaaagaaaaat
gtacaaattcatactaagctcattattattgtgcttccttaaagaaagaa
gcacataagtaaatatttattctctattgtgtttaccaagttacttaagt
ctcagattgctttttctgaccttacatgtttaatcatataagacttaaaa
tatttttagtttaagtttctccagttggcagctttttctctaattatttg
caagctgtcagatgagtgtgtgtgtgtgtatccttcactaaatccttgtg
aataaaggtagttttaaatgtatttagatatgttactgttctgtgagtga
ggagtgtctctgtctttctctgaacatgcatgacaagaagacaattatta
ttctattttagattgttgactcaatagtagcatctaaactaaagttcaaa
caaatctagctaatacatgcttatcacttaggcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_52967525_52968660
seq2: B6Ng01-047J14.b_45_1161

seq1  GAATTCCTGAACACAATGACCTTTTCAAAAGAACCAACCAGTCAGAACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGAACACAATGACCTTTTCAAAAGAACCAACCAGTCAGAACAC  50

seq1  AAGATGCTGAGTCACTTTCTTGGGCTAACCGATCAGTCTAAGCAGAGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGCTGAGTCACTTTCTTGGGCTAACCGATCAGTCTAAGCAGAGGAT  100

seq1  ATTCTTCGAAAACTCAGGTTGGAGCAGACCTCTGAGAAGACTCACTAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCGAAAACTCAGGTTGGAGCAGACCTCTGAGAAGACTCACTAAGT  150

seq1  CCTCTGTTCTGACCCAAGGCTGTTTTTCATGAGCCTTCCGCCAGGGCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGTTCTGACCCAAGGCTGTTTTTCATGAGCCTTCCGCCAGGGCTGT  200

seq1  TAGATTCCACCTGGAGGAGCACTGCTTCCTGGGCTGGACAGAGGACAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTCCACCTGGAGGAGCACTGCTTCCTGGGCTGGACAGAGGACAAAT  250

seq1  TCATCCAGCAGGGCCTCTGTAAATAGTCCCTGAGTATTCACAGAGTATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCAGCAGGGCCTCTGTAAATAGTCCCTGAGTATTCACAGAGTATGT  300

seq1  GCCTTCTAGCCAACATCTGAGAGAACCAGAGACTCATTTGTCTGTCAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTAGCCAACATCTGAGAGAACCAGAGACTCATTTGTCTGTCAGTA  350

seq1  TTTCTGACAATAATAGGGTGTGATACAGATGTACAGTTGTTACAAACCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGACAATAATAGGGTGTGATACAGATGTACAGTTGTTACAAACCTT  400

seq1  TAAAACAAACAAGAAACCTAGAAGATACTTCAGTCCTTACAAAGGATAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACAAACAAGAAACCTAGAAGATACTTCAGTCCTTACAAAGGATAGG  450

seq1  AAATCTCAGGTCAAAGGGTGGCTCTCAAACTGAATTTTACAAGACAATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTCAGGTCAAAGGGTGGCTCTCAAACTGAATTTTACAAGACAATCA  500

seq1  CTTGTGATGCCTAATAAAAATGCAGACTTGGGGGTGTGGGGAAGTCTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGATGCCTAATAAAAATGCAGACTTGGGGGTGTGGGGAAGTCTCAA  550

seq1  TATGAAGCACTGTGATTGAGTTGGTACGGGAAGAGAGGCAGGAATGTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAGCACTGTGATTGAGTTGGTACGGGAAGAGAGGCAGGAATGTGCT  600

seq1  TTTTAAACTATGCTTAAGAGATTAAAAATATGTATTTAAGTTATCAACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAACTATGCTTAAGAGATTAAAAATATGTATTTAAGTTATCAACAC  650

seq1  TGTCCCTTCTGCAGCTGTTCAGGAACTTTGCTAGAGGGTAATGAGAAGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTTCTGCAGCTGTTCAGGAACTTTGCTAGAGGGTAATGAGAAGAT  700

seq1  TTTTTATTTCTATATTTAGGGAAATAAATCAATATGGTAGCAAAAAGAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATTTCTATATTTAGGGAAATAAATCAATATGGTAGCAAAAAGAAC  750

seq1  AAGTCCCCCCATTTTCTAAATGCATGCTAAAGCAGTCTTCATTAAACTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCCCCCATTTTCTAAATGCATGCTAAAGCAGTCTTCATTAAACTAA  800

seq1  TATTTAACCTTTTCTTAATACAAAGGTTAAGCATGATCACTATAAAAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TATTTAACCTTTTCTTAATACAAAGGTTAAGCATGATCACTAT-AAAAAA  849

seq1  TCAAGGAGGAATGAGAAGAGATATAATATAAAATACACACCACTTGGTAC  900
      |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  TCAA-GAGGAATGAG-AGAGATATAATATAAAATACAC-TCACTTGGTAC  896

seq1  ATTATATTTTCTAG-AGAACAAGTTGGCCCTAACACAC-ACACACAATGG  948
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATTATATTTTCTAGAAGAACAAGTTGGCCCTAACACACAACACACAATGG  946

seq1  GGACAGAATTTA--GAAAAAAGTATAGTTATTATGTGTCTTTTAATTGCT  996
      ||||||||||||   |||||||||||||   |||||||| ||||||||||
seq2  GGACAGAATTTAAGAAAAAAAGTATAGT--ATATGTGTC-TTTAATTGCT  993

seq1  AACAACATTATCAACTATCACTCCTTGAGTCTTTTAGATATAAAATAATA  1046
       |||||| |||| ||||||||||| |||||||||   | ||||||| |||
seq2  -ACAACA-TATC-ACTATCACTCC-TGAGTCTTT--AAAATAAAAT-ATA  1036

seq1  GAATGATAAAAACTTTAAGAAATTGAAATTATATTTACATAGCTAGCACA  1096
      ||||||| |||||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAATGAT-AAAACTTT-AGAA--TGAAATTATA-TTACATAGCTAGCACA  1081

seq1  CAAGTACAAATATATGTGCCATTTGTAGGAGTCTGCTAAA  1136
      |||||||||   ||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  CAAGTACAA--TTATGTGCCA-TTGTAGGA-TCTGCTAAA  1117

seq1: chrX_110799828_110800990
seq2: B6Ng01-047J14.g_66_1200 (reverse)

seq1  TTGCCTAAGTTGATAAGCATTTGTAATTAGCTTAGTATTTGTTTTGAACT  50
      ||||||||| |||||||||| |   |||||| ||| ||||| ||||||||
seq2  TTGCCTAAG-TGATAAGCATGT---ATTAGC-TAG-ATTTG-TTTGAACT  43

seq1  TTAGTTTTAGATTGCTTACTTATATGAGTCAAACAAATCTAAAATAGGAA  100
      |||| |||||| ||| ||| ||| ||||||||   ||||||||||| |||
seq2  TTAG-TTTAGA-TGC-TAC-TAT-TGAGTCAA--CAATCTAAAATA-GAA  85

seq1  TAAAATTATTTGTCTTCTTGTCATGCCAATGTTCAGAGAAAGACCAGAGA  150
      |||   || |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||
seq2  TAA---TAATTGTCTTCTTGTCATGC--ATGTTCAGAGAAAGA-CAGAGA  129

seq1  CACTCCTCACTCAACAGAACAGTTACATATTCTAAATACATTTAAAAACT  200
      |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||   
seq2  CACTCCTCACTC-ACAGAACAGTAACATA-TCTAAATACATTTAAAA--C  175

seq1  TACCTTTATTCACAAGGATTTAGTGAAGGATACACACACACAACACTCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TACCTTTATTCACAAGGATTTAGTGAAGGATACACACACAC-ACACTCAT  224

seq1  CTGAACAGCTTGCAAATAATTAGAGAAAAAGCTGCCAACTGGAGAAACTT  300
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTG-ACAGCTTGCAAATAATTAGAGAAAAAGCTGCCAACTGGAGAAACTT  273

seq1  AAACTAAAAATATTTTAAGTCTTAATATGATTAAACATGTAAGGTCAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAAAAATATTTTAAGTCTT-ATATGATTAAACATGTAAGGTCAGAA  322

seq1  AAAGCAATCTGAGACTTAAGTAACTTGGTAAACACAATAGAGAATAAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAATCTGAGACTTAAGTAACTTGGTAAACACAATAGAGAATAAATA  372

seq1  TTTACTTATGTGCTTCTTTCTTTAAGGAAGCACAATAATAATGAGCTTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTATGTGCTTCTTTCTTTAAGGAAGCACAATAATAATGAGCTTAG  422

seq1  TATGAATTTGTACATTTTTCTTTAAAATACTGACTTTGCCAATCTTAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATTTGTACATTTTTCTTTAAAATACTGACTTTGCCAATCTTAAAA  472

seq1  GATAAGCAAGAGCTTCTTTATAAATATGACCCTATATATTAATTGTAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGCAAGAGCTTCTTTATAAATATGACCCTATATATTAATTGTAAAC  522

seq1  TATATAAAGGACTTGTGTTTGTAGAGTTAAAAGAAATGTTTCTTTTCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAAAGGACTTGTGTTTGTAGAGTTAAAAGAAATGTTTCTTTTCATT  572

seq1  GAATGGGATTCTTTTTTCCTAATCATGTAAGAATGAAAACATTTCCCATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGGATTCTTTTTTCCTAATCATGTAAGAATGAAAACATTTCCCATC  622

seq1  TTTCCTGGACACTGAGCCACAATTACGGTTAAAAAAATAGATTTTGGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGGACACTGAGCCACAATTACGGTTAAAAAAATAGATTTTGGCTC  672

seq1  CTTAGCATGCTCATAGTGCAAACAGTAGCCTGCCATGAACTGAAAATGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCATGCTCATAGTGCAAACAGTAGCCTGCCATGAACTGAAAATGCA  722

seq1  GCAATGGGCTAGGGGTTGAGGGCTAAGGGTAGAATTAGTCCTGAATTGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGGGCTAGGGGTTGAGGGCTAAGGGTAGAATTAGTCCTGAATTGGA  772

seq1  GCAGGTGCTACAGCCCTGTGCCATAAGGGCCATTAGAAAATTATGGGGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTGCTACAGCCCTGTGCCATAAGGGCCATTAGAAAATTATGGGGGA  822

seq1  AAGAATCACTTTACCAAACAAGTACGTCAGTTATCAGAAATGAAAAGTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATCACTTTACCAAACAAGTACGTCAGTTATCAGAAATGAAAAGTGA  872

seq1  ATTCTCAAGTTTTACAAAGTACTAGAGCTTTGGGAAGTGTGTATTTGTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCAAGTTTTACAAAGTACTAGAGCTTTGGGAAGTGTGTATTTGTCA  922

seq1  TTATGGTTAATTTGCACATATCTCACTGAAGAAAAGGCCAGGGGAGCTAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGTTAATTTGCACATATCTCACTGAAGAAAAGGCCAGGGGAGCTAG  972

seq1  GCCGAGAACACAGCTGTACAGGCAGCTCAACTAATTGCCTCTCCATCCTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGAGAACACAGCTGTACAGGCAGCTCAACTAATTGCCTCTCCATCCTC  1022

seq1  AACCTCATTTATCTTCATTTCTTCCCAATTATACCAAATTATCAATAGTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCATTTATCTTCATTTCTTCCCAATTATACCAAATTATCAATAGTC  1072

seq1  TCTGTTGCATCAGAGTCTTAATCCCCTTTATTCAGACAGCATTAGATAGT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGCATCAGAGTCTTAATCCCCTTTATTCAGACAGCATTAGATAGT  1122

seq1  GGCAGATGAATTC  1163
      |||||||||||||
seq2  GGCAGATGAATTC  1135