BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-048D10
Chromosome6 (Build37)
Map Location 34,024,720 - 34,129,240
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrguk, Slc35b4
Upstream geneGm1401, Exoc4
Downstream geneAkr1b3, Akr1b8, LOC664942, 2310005E10Rik, Akr1b7, Bpgm, LOC100039184, Cald1, Agbl3, Tmem140, 3110062M04Rik, 9530020G05Rik, Stra8, 2010107G12Rik, Cnot4, Nup205
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-048D10.bB6Ng01-048D10.g
ACCDH872839DH872840
length948854
definitionDH872839|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048D10, 5' end.DH872840|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048D10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,024,720 - 34,025,669)(34,128,377 - 34,129,240)
sequence
gaattctaaaataaaaagtgttaacttttctgccatagaatagaaacaca
gacctttatctcattaacagaatttattattattattattagatattttc
tttatttatatttcaaaagttatcccctttcctcatttcccctctgaaac
cccccaatcccgttccccctccccctgctcactaacccacccactcctgc
ttccctgtcctggcattcccctacactggggcattgagccttcacaagac
caagggcctctctttccattgatgtcccacaaggccatcctctgctacat
acgtggctggagccttgagtccctccttgtgtactttatggttggtggtt
tagtccctgggagctctaggggtactgattggtttatattgttattcctc
ctatggggctgcagaccccttcagctccttaggtcctttctctatagctc
ctccattggggaccctgtgcttagtctaatggatggctatgagcatccac
ctctgtattgccaggcactggcagagtctctcatcatttataaacacatt
tgttacctctcttgttttttgatgaagaacttgagactaaagtaaattct
tctattagctgcttttatcacagccaaagaagtcactaatacagcaccat
acacattcacgttgagcatgggtcatatttccctcagttaatcttctctg
gaccaatcctcaaagattcacctaaaagtgtgcctcactgatatcctagg
cttgctttctcaatccaaacagctgagcatcatagctaaccatcacacca
tcattgtaaacccttccttaaccgtgaacagatgttacatacccctgcca
gagagcatcctgtgattcagacttctaggagtccctagagagcccagctc
actcagactagtccctcagagcacgtcagcccgcaggagagcacttgc
gaattctctgaaccagtgagggcaggaatagagcagtttctagagtgagt
taatgaatagtcttctactcactagagtgtggcccacagaccaggagacc
tggcacgaactcaaagcttgttagaaatgtttaacctgtgtttagtttgt
agaagaacccagagtcagcatttgaacaagagcccaggtcatcgatatgt
atagtaaatatattcttactaaaaactgggataggttaagacagaaatac
ggaggaagatccagagcatatgcagacactcagactccttcttcgttcat
ttacttaagtctgttttgatttttatctgagactcaggaagagatgatta
gaacgcccttcaagtacttccaagtttggtgtgtgcatgggagcggtaga
tgagaagtgaagctttgtgtgccgtgaaataatctccagtccaatcagag
ctaaggctcagcttttctctagccagaagcatctacagatgtcaccgctt
agacatcaaacttaggtgtcttccttatttggttggcagtggctctgata
tttttgggcttagtttcgtggttcagcaaattgttaaagtctctcatgtg
gctctatcatgtagccaggcttgagaactgaactaagtcaaagtgaggct
tcccagccttggagtttcaatgacagatgatcctgggttccattccctat
ggatttcagtttaatcagctgagtgacactttaaagatgacctactgatg
tcactgactcgtccctctaagtacttcccttcctcacagctctcagcttc
agctacagaaatcacccgggaaactctgagatgcaacgttcagcactcag
tcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_34024720_34025669
seq2: B6Ng01-048D10.b_45_981

seq1  GAATTCTAAAATAAAAAGTGTTAACTTTTCTGCCATAGAATAGAAACACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAAATAAAAAGTGTTAACTTTTCTGCCATAGAATAGAAACACA  50

seq1  GACCTTTATCTCATTAACAGAATTTATTATTATTATTATTAGATATTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTTATCTCATTAACAGAATTTATTATTATTATTATTAGATATTTTC  100

seq1  TTTATTTATATTTCAAAAGTTATCCCCTTTCCTCATTTCCCCTCTGAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTATATTTCAAAAGTTATCCCCTTTCCTCATTTCCCCTCTGAAAC  150

seq1  CCCCCAATCCCGTTCCCCCTCCCCCTGCTCACTAACCCACCCACTCCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAATCCCGTTCCCCCTCCCCCTGCTCACTAACCCACCCACTCCTGC  200

seq1  TTCCCTGTCCTGGCATTCCCCTACACTGGGGCATTGAGCCTTCACAAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTGTCCTGGCATTCCCCTACACTGGGGCATTGAGCCTTCACAAGAC  250

seq1  CAAGGGCCTCTCTTTCCATTGATGTCCCACAAGGCCATCCTCTGCTACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGCCTCTCTTTCCATTGATGTCCCACAAGGCCATCCTCTGCTACAT  300

seq1  ACGTGGCTGGAGCCTTGAGTCCCTCCTTGTGTACTTTATGGTTGGTGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGGCTGGAGCCTTGAGTCCCTCCTTGTGTACTTTATGGTTGGTGGTT  350

seq1  TAGTCCCTGGGAGCTCTAGGGGTACTGATTGGTTTATATTGTTATTCCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCCTGGGAGCTCTAGGGGTACTGATTGGTTTATATTGTTATTCCTC  400

seq1  CTATGGGGCTGCAGACCCCTTCAGCTCCTTAGGTCCTTTCTCTATAGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGGGCTGCAGACCCCTTCAGCTCCTTAGGTCCTTTCTCTATAGCTC  450

seq1  CTCCATTGGGGACCCTGTGCTTAGTCTAATGGATGGCTATGAGCATCCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTGGGGACCCTGTGCTTAGTCTAATGGATGGCTATGAGCATCCAC  500

seq1  CTCTGTATTGCCAGGCACTGGCAGAGTCTCTCATCATTTATAAACACATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTATTGCCAGGCACTGGCAGAGTCTCTCATCATTTATAAACACATT  550

seq1  TGTTACCTCTCTTGTTTTTTGATGAAGAACTTGAGACTAAAGTAAATTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACCTCTCTTGTTTTTTGATGAAGAACTTGAGACTAAAGTAAATTCT  600

seq1  TCTATTAGCTGCTTTTATCACAGCCAAAGAAGTCACTAATACAGCACCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTAGCTGCTTTTATCACAGCCAAAGAAGTCACTAATACAGCACCAT  650

seq1  ACACATTCACGTTGAGCATGGGTCATATTTCCCTCAGTTAATCTTCTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTCACGTTGAGCATGGGTCATATTTCCCTCAGTTAATCTTCTCTG  700

seq1  GACCAATCCTCAAAGATTCACCTAAAGGTGTGCCTCACTGATATCCTAGG  750
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAATCCTCAAAGATTCACCTAAAAGTGTGCCTCACTGATATCCTAGG  750

seq1  CTTGCTTTCTCAATCCAAACAGGCTGAGCATCATAGCTAACCATCACACC  800
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTTCTCAATCCAAACA-GCTGAGCATCATAGCTAACCATCACACC  799

seq1  ATCAATTGTAAACCCTTCCTTAACCGTGAACAGATGTTACATACCCCTGC  850
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATC-ATTGTAAACCCTTCCTTAACCGTGAACAGATGTTACATACCCCTGC  848

seq1  CAGAGAGCATCCTGTGAATTCAGACTTCTAGGGAGTCCCTAGAAGGAAGC  900
      |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    |||
seq2  CAGAGAGCATCCTGTG-ATTCAGACTTCTA-GGAGTCCCTAGA---GAGC  893

seq1  CCAGCTCACCTCAGACTAGTCCCTTCCAGAGCCACCGTCAGCCCGGCAGG  950
      |||||||| |||||||||||||||  ||||||   ||||||||| |||||
seq2  CCAGCTCA-CTCAGACTAGTCCCT--CAGAGC--ACGTCAGCCC-GCAGG  937

seq1: chr6_34128377_34129240
seq2: B6Ng01-048D10.g_65_918 (reverse)

seq1  TTGACTGGAGTGCTTGAACGTTGGCATTCTCAGAGTTTCCCCGGGTGATT  50
      |||||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  TTGACT-GAGTGC-TGAACGTT-GCA-TCTCAGAGTTT-CCCGGGTGATT  45

seq1  TCTGTAGCTGAAGCTGAGAGCTGTTGAGGAAGGGGAAGTACTTAGAGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAGCTGAAGCTGAGAGCTG-TGAGGAA-GGGAAGTACTTAGAGGGA  93

seq1  CGGAGTCAGTGACATCAGTAGGTCATCTTTAAAGTGTCACCTCAGCCTGA  150
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  C-GAGTCAGTGACATCAGTAGGTCATCTTTAAAGTGTCA-CTCAG-CTGA  140

seq1  TTAAACTGAAATCCATAGGGAATGGAACCCAGGATCATCTGTCATTGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTGAAATCCATAGGGAATGGAACCCAGGATCATCTGTCATTGAAA  190

seq1  CTCCAAGGCTGGGAAGCCTCACTTTGACTTAGTTCAGTTCTCAAGCCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAGGCTGGGAAGCCTCACTTTGACTTAGTTCAGTTCTCAAGCCTGG  240

seq1  CTACATGATAGAGCCACATGAGAGACTTTAACAATTTGCTGAACCACGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATGATAGAGCCACATGAGAGACTTTAACAATTTGCTGAACCACGAA  290

seq1  ACTAAGCCCAAAAATATCAGAGCCACTGCCAACCAAATAAGGAAGACACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGCCCAAAAATATCAGAGCCACTGCCAACCAAATAAGGAAGACACC  340

seq1  TAAGTTTGATGTCTAAGCGGTGACATCTGTAGATGCTTCTGGCTAGAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTTGATGTCTAAGCGGTGACATCTGTAGATGCTTCTGGCTAGAGAA  390

seq1  AAGCTGAGCCTTAGCTCTGATTGGACTGGAGATTATTTCACGGCACACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGAGCCTTAGCTCTGATTGGACTGGAGATTATTTCACGGCACACAA  440

seq1  AGCTTCACTTCTCATCTACCGCTCCCATGCACACACCAAACTTGGAAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCACTTCTCATCTACCGCTCCCATGCACACACCAAACTTGGAAGTA  490

seq1  CTTGAAGGGCGTTCTAATCATCTCTTCCTGAGTCTCAGATAAAAATCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAGGGCGTTCTAATCATCTCTTCCTGAGTCTCAGATAAAAATCAAA  540

seq1  ACAGACTTAAGTAAATGAACGAAGAAGGAGTCTGAGTGTCTGCATATGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTTAAGTAAATGAACGAAGAAGGAGTCTGAGTGTCTGCATATGCT  590

seq1  CTGGATCTTCCTCCGTATTTCTGTCTTAACCTATCCCAGTTTTTAGTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATCTTCCTCCGTATTTCTGTCTTAACCTATCCCAGTTTTTAGTAAG  640

seq1  AATATATTTACTATACATATCGATGACCTGGGCTCTTGTTCAAATGCTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATTTACTATACATATCGATGACCTGGGCTCTTGTTCAAATGCTGA  690

seq1  CTCTGGGTTCTTCTACAAACTAAACACAGGTTAAACATTTCTAACAAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGTTCTTCTACAAACTAAACACAGGTTAAACATTTCTAACAAGCT  740

seq1  TTGAGTTCGTGCCAGGTCTCCTGGTCTGTGGGCCACACTCTAGTGAGTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTTCGTGCCAGGTCTCCTGGTCTGTGGGCCACACTCTAGTGAGTAG  790

seq1  AAGACTATTCATTAACTCACTCTAGAAACTGCTCTATTCCTGCCCTCACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTATTCATTAACTCACTCTAGAAACTGCTCTATTCCTGCCCTCACT  840

seq1  GGTTCAGAGAATTC  864
      ||||||||||||||
seq2  GGTTCAGAGAATTC  854