BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-051H11
Chromosome6 (Build37)
Map Location 48,242,078 - 48,407,506
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665990, Krba1, Zfp467, Sspo
Upstream geneCntnap2, A930035D04Rik, Cul1, Ezh2, Rn4.5s, EG384379, Pdia4, LOC100041154, Zfp786, Zfp398, Zfp282, Zfp212, A230106D06Rik, AI894139, LOC623601, Zfp777, Zfp746
Downstream geneEG666005, Atp6v0e2, Lrrc61, Rarres2, EG330305, Repin1, Zfp775, AI854703, Gimap8, LOC100040560, Gimap9, Gimap4, Gimap6, Gimap7, LOC100041450, Gimap1, Gimap5, Gimap3, Tmem176b, Tmem176a, EG666105, Abp1, 1600015I10Rik, LOC100040589, Doxl2, Svs1, Gpnmb, LOC666011, Igf2bp3, LOC100040626, Tra2a, Ccdc126, D330028D13Rik, Stk31
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-051H11.bB6Ng01-051H11.g
ACCDH875099DH875100
length1,0321,026
definitionDH875099|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-051H11, 5' end.DH875100|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-051H11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,406,474 - 48,407,506)(48,242,078 - 48,243,109)
sequence
gaattcttgagggtccccagggtacaggccactctgcatgtgctgcccca
gccattttaaccccttgtagtgaagaggtatgatggcctggggagtcagg
ggtcacaaggtcatatggtaacaggtgatgggactgagcataccaaatgt
tgcagtcttcctggatggtggcattgggtgggtaccattgcccgttgtgg
cgacagggacaaagatcaggagacacacagtgcttgtcctgcgtgaaggg
taaaagcactgttttgggcatctagggagcagggcaggctccttgtgtag
ggagaggcactttgttgccccatgggtcccttttccagcctcaccagcaa
tacagtgccagggggacagacacagccatcagtgcttccagcccaacagg
aatggttggcacgggggctgtcacaggtgagaaggcaggcaccagggaca
tagatgagctcccgagggcagagagcccactgtcgggggcagtggtgggc
tgtgcagttccagaggcccctctcctggcagatgctgtagaggaaggtaa
ggtggaagagccaggctcagcatgggctcgtctggctatcctatcccctg
gtcagacacaatgaatctcaggaaccgagataccgaggacctctgcaggc
atctggatccactaatactaggacactggtctcagtgctagagactgaaa
cagttctacttccaacaccccagcccctagcataagcgggcaagctattc
aggaagcccacatgcctgggatccacagtccttcttctgtctggcccctg
tggggtggagataccgactctcctaatgtgatgactaatcttgactgtca
atttgatgcgatctagagtcacctagaagactaatctctgggcctgtcca
tgaaggatttttataattgagttagttaagtgtgaagatccacccctgac
tgtgggcagcaccattccatgggctgagttcttggggtaatagaatgtga
gccaaattccagcttccatccctccctgtttc
gaattcactcagataaccggatccttctacggcaaagcttttattgctta
cttctcaggaagaccccgaacccggaaaatggcgctgcttatatagcccg
cagcatgacgttttagcacctgatgtggcgtgacagcacctgattagttg
ctcgcccatcaccccattactacgccccgagatgggcagtgactgggcgt
gaatttactcttgcacttgcgcataaggcttgtttactagttaggcgcag
tggaagccagcgccatcttataatggcgattgctcacagcacagctctcc
acacccaagatactcctctcttccttctctgaagacagatgggctgacta
tcagagttctcacagaaccctagctggcactgtcatcaacatcactgtag
gatccctctcttcttgagacagcagttagacagtctttagcatctaaggg
tgaagcaagtgatcagtgggctcaggaaggaaaagagaaactcacagggg
aaatgtacaccctacacagacagtcaaattctgtgactggcctccttagt
tctaactacagatttatcagagagccacagagccacatccttttatggat
aggctttattattggtccctagacactggctggcactataactgctgggc
ttaaaaagtacctccattattatacttctccattattatacttctcttct
atttagaacccaacagaaccagagaaactaagtatatgcaggtacagggg
agaaagatattaagaatgagagagacagtcagcatgtaaaaaagagatgg
aaggcagccatgtgtccacatgatgcccaggtctttagcttccagatctg
atgaggaccatcactggagagaataaaagaaacagactgagtgttttata
tctccatgagtaaaaacaaccttgtgataggggtacctggatttgaacca
ggacctcttgatctgcagtcaatgttctacccctgagcttacccccactg
ctattaatgtctcatgggcactcaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_48406474_48407506
seq2: B6Ng01-051H11.b_43_1074 (reverse)

seq1  GAAACAGGGAGAGATGGATGCTGGAATTTGGCTCACTTTCTTATTACCCC  50
      ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||
seq2  GAAACAGGGAGGGATGGAAGCTGGAATTTGGCTCACATTC-TATTACCCC  49

seq1  AGGACCTCAGCCCATGGAATGGTGCTGCCCACAGTCA-GGGTGGATCTTC  99
      | || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAGAACTCAGCCCATGGAATGGTGCTGCCCACAGTCAGGGGTGGATCTTC  99

seq1  ACACCTTAACTAACTCAATTATAAAAATCCTTCATGGACAGGCCCAGAGA  149
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACA-CTTAACTAACTCAATTATAAAAATCCTTCATGGACAGGCCCAGAGA  148

seq1  TTAGTCTTCTAGGTGACTCTAGATCGCATCAAATTGACAGTCAAGATTAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCTTCTAGGTGACTCTAGATCGCATCAAATTGACAGTCAAGATTAG  198

seq1  TCATCACATTAGGAGAGTCGGTATCTCCACCCCACAGGGGCCAGACAGAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCACATTAGGAGAGTCGGTATCTCCACCCCACAGGGGCCAGACAGAA  248

seq1  GAAGGACTGTGGATCCCAGGCATGTGGGCTTCCTGAATAGCTTGCCCGCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGACTGTGGATCCCAGGCATGTGGGCTTCCTGAATAGCTTGCCCGCT  298

seq1  TATGCTAGGGGCTGGGGTGTTGGAAGTAGAACTGTTTCAGTCTCTAGCAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTAGGGGCTGGGGTGTTGGAAGTAGAACTGTTTCAGTCTCTAGCAC  348

seq1  TGAGACCAGTGTCCTAGTATTAGTGGATCCAGATGCCTGCAGAGGTCCTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACCAGTGTCCTAGTATTAGTGGATCCAGATGCCTGCAGAGGTCCTC  398

seq1  GGTATCTCGGTTCCTGAGATTCATTGTGTCTGACCAGGGGATAGGATAGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCTCGGTTCCTGAGATTCATTGTGTCTGACCAGGGGATAGGATAGC  448

seq1  CAGACGAGCCCATGCTGAGCCTGGCTCTTCCACCTTACCTTCCTCTACAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACGAGCCCATGCTGAGCCTGGCTCTTCCACCTTACCTTCCTCTACAG  498

seq1  CATCTGCCAGGAGAGGGGCCTCTGGAACTGCACAGCCCACCACTGCCCCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGCCAGGAGAGGGGCCTCTGGAACTGCACAGCCCACCACTGCCCCC  548

seq1  GACAGTGGGCTCTCTGCCCTCGGGAGCTCATCTATGTCCCTGGTGCCTGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTGGGCTCTCTGCCCTCGGGAGCTCATCTATGTCCCTGGTGCCTGC  598

seq1  CTTCTCACCTGTGACAGCCCCCGTGCCAACCATTCCTGTTGGGCTGGAAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCACCTGTGACAGCCCCCGTGCCAACCATTCCTGTTGGGCTGGAAG  648

seq1  CACTGATGGCTGTGTCTGTCCCCCTGGCACTGTATTGCTGGTGAGGCTGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGATGGCTGTGTCTGTCCCCCTGGCACTGTATTGCTGGTGAGGCTGG  698

seq1  AAAAGGGACCCATGGGGCAACAAAGTGCCTCTCCCTACACAAGGAGCCTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGGACCCATGGGGCAACAAAGTGCCTCTCCCTACACAAGGAGCCTG  748

seq1  CCCTGCTCCCTAGATGCCCAAAACAGTGCTTTTACCCTTCACGCAGGACA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCTCCCTAGATGCCCAAAACAGTGCTTTTACCCTTCACGCAGGACA  798

seq1  AGCACTGTGTGTCTCCTGATCTTTGTCCCTGTCGCCACAACGGGCAATGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGTGTGTCTCCTGATCTTTGTCCCTGTCGCCACAACGGGCAATGG  848

seq1  TACCCACCCAATGCCACCATCCAGGAAGACTGCAACATTTGGTATGCTCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCACCCAATGCCACCATCCAGGAAGACTGCAACATTTGGTATGCTCA  898

seq1  GTCCCATCACCTGTTACCATATGACCTTGTGACCCCTGACTCCCCAGGCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCATCACCTGTTACCATATGACCTTGTGACCCCTGACTCCCCAGGCC  948

seq1  ATCATACCTCTTCACTACAAGGGGTTAAAATGGCTGGGGCAGCACATGCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATACCTCTTCACTACAAGGGGTTAAAATGGCTGGGGCAGCACATGCA  998

seq1  GAGTGGCCTGTACCCTGGGGACCCTCAAGAATTC  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGCCTGTACCCTGGGGACCCTCAAGAATTC  1032

seq1: chr6_48242078_48243109
seq2: B6Ng01-051H11.g_67_1092

seq1  GAATTCACTCAGATAACCGGATCCTTCTACGGCAAAGCTTTTATTGCTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCAGATAACCGGATCCTTCTACGGCAAAGCTTTTATTGCTTA  50

seq1  CTTCTCAGGAAGACCCCGAACCCGGAAAATGGCGCTGCTTATATAGCCCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCAGGAAGACCCCGAACCCGGAAAATGGCGCTGCTTATATAGCCCG  100

seq1  CAGCATGACGTTTTAGCACCTGATGTGGCGTGACAGCACCTGATTAGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGACGTTTTAGCACCTGATGTGGCGTGACAGCACCTGATTAGTTG  150

seq1  CTCGCCCATCACCCCATTACTACGCCCCGAGATGGGCAGTGACTGGGCGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGCCCATCACCCCATTACTACGCCCCGAGATGGGCAGTGACTGGGCGT  200

seq1  GAATTTACTCTTGCACTTGCGCATAAGGCTTGTTTACTAGTTAGGCGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTACTCTTGCACTTGCGCATAAGGCTTGTTTACTAGTTAGGCGCAG  250

seq1  TGGAAGCCAGCGCCATCTTATAATGGCGATTGCTCACAGCACAGCTCTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGCCAGCGCCATCTTATAATGGCGATTGCTCACAGCACAGCTCTCC  300

seq1  ACACCCAAGATACTCCTCTCTTCCTTCTCTGAAGACAGATGGGCTGACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCAAGATACTCCTCTCTTCCTTCTCTGAAGACAGATGGGCTGACTA  350

seq1  TCAGAGTTCTCACAGAACCCTAGCTGGCACTGTCATCAACATCACTGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTTCTCACAGAACCCTAGCTGGCACTGTCATCAACATCACTGTAG  400

seq1  GATCCCTCTCTTCTTGAGACAGCAGTTAGACAGTCTTTAGCATCTAAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCTCTCTTCTTGAGACAGCAGTTAGACAGTCTTTAGCATCTAAGGG  450

seq1  TGAAGCAAGTGATCAGTGGGCTCAGGAAGGAAAAGAGAAACTCACAGGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCAAGTGATCAGTGGGCTCAGGAAGGAAAAGAGAAACTCACAGGGG  500

seq1  AAATGTACACCCTACACAGACAGTCAAATTCTGTGACTGGCCTCCTTAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTACACCCTACACAGACAGTCAAATTCTGTGACTGGCCTCCTTAGT  550

seq1  TCTAACTACAGATTTATCAGAGAGCCACAGAGCCACATCCTTTTATGGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACTACAGATTTATCAGAGAGCCACAGAGCCACATCCTTTTATGGAT  600

seq1  AGGCTTTATTATTGGTCCCTAGACACTGGCTGGCACTATAACTGCTGGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTTATTATTGGTCCCTAGACACTGGCTGGCACTATAACTGCTGGGC  650

seq1  TTAAAAAGTACCTCCATTATTATACTTCTCCATTATTATACTTCTCTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAGTACCTCCATTATTATACTTCTCCATTATTATACTTCTCTTCT  700

seq1  ATTTAGAACCCAACAGAACCAGAGAAACTAAGTATATGCAGGTACAGGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGAACCCAACAGAACCAGAGAAACTAAGTATATGCAGGTACAGGGG  750

seq1  AGAAAGATATTAAGAATGAGAGAGACAGTCAGCATGT-AAAAAGAGATGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGAAAGATATTAAGAATGAGAGAGACAGTCAGCATGTAAAAAAGAGATGG  800

seq1  AAGGCAGCCATGTGTCCACATGATGCCCAGGTCTTTAGCTTCCAGATCTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGCCATGTGTCCACATGATGCCCAGGTCTTTAGCTTCCAGATCTG  850

seq1  ATGAGGACCATCACTGGAGAGAATAAAAGAAACAAGACTGAGTGTTTTAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATGAGGACCATCACTGGAGAGAATAAAAGAAAC-AGACTGAGTGTTTTAT  899

seq1  ATCTCCATGAGTAAAAACAACCTTGTGATAGGGGGTACCTGGATTTGAAC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCATGAGTAAAAACAACCTTGTGATA-GGGGTACCTGGATTTGAAC  948

seq1  CAGGGACCTCTTGATCTGCAGTCAAATGCTCTACCCCTGAGCTATACCCC  999
      || |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||
seq2  CA-GGACCTCTTGATCTGCAGTC-AATGTTCTACCCCTGAGCT-TACCCC  995

seq1  CACCTGCTTATTAATGTCTCATGGGCACTCAGA  1032
      || |||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-CTGC-TATTAATGTCTCATGGGCACTCAGA  1026