BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-052A16
Chromosome6 (Build37)
Map Location 99,633,181 - 99,772,492
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGpr27, Prok2, LOC384466
Upstream geneLOC665963, LOC665979, Foxp1, Eif4e3
Downstream geneLOC626503, LOC100043703, Rybp, Shq1, LOC625221, BC049816
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-052A16.bB6Ng01-052A16.g
ACCDH875512DH875513
length1,1921,127
definitionDH875512|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052A16, 5' end.DH875513|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052A16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,633,181 - 99,634,390)(99,771,357 - 99,772,492)
sequence
gaattcaccaaaactataatccctttaataatcaaaatgaaaacatgaga
cttgataaaaattaaaatcccttgctttttcaaatacattaaagaggttt
ccatgacggctcagtgggccaagtgtggtgatctaagtctggtcaccaag
aagcacatggtggaaggttagaaacacctcctgcaagttgtcccctgacc
tgaacacatggcatatgtggcccttggggcatgtgcagcacacatacaaa
caagagtgaatttggtcaaaaacacaataagggacaaaagactcacacaa
tgaaaaaatatgcacacagttttgttttgttttttaacatgaagtgtgtt
tattaggaaaaaccactgctaagattcataagtcgtcctcctgcacttag
tcctaggccaggaatatccagtgactgcccagggaaagaacaccatgttc
tttcggttttgcctacggaaaaggaactttatggcagttcaatgtcaaga
catgaaagctacatctatgatataaagtagcatctaaaaccacggtggct
tcaagagttgccaactctcaaaaaacaaaacaaaacaaaacaacaaaaca
aaacaaaacaataatggatacacagcctgctaaaaaatatgggcaaaaac
tggacaagctcatcagtaaaggatatatagaaatggcaggtgagcatctg
aaaaattgcctgtattgattattcccagtctagtagatctctgtcagcta
tgctgttgggtacaaaagcaaactacaccatttccagatgtctaaaatct
taacctgcagacctccaaagcatctttctcagtactctactggcatctac
agagcatacgaataaggagctaatgggaaaaagaagatgtgagctctgct
ttatgggagtgctgacacacagtaggggtacagacacacagtagggtaca
gaatgctatggaaggatgagggcacagctgagcagagagcagtccagact
agacagggtaatgaaggggagtgggagcatttggaggcgttctgagaggc
gatgaagcttagggactgttattcaggctcgccgtgatcttaggtaggta
tgccagacacagccaaagcaacttcatggccgagtatgttctaactctgt
ttcccctctagggcctcactgttcctcgcaacttatggatca
gaattctgatgtgagatcaactacagaagccacaagccagaaaggaaaga
atcagccaggagtagaggtaccagtgtccccaggtggcctggggaaagcc
ttctgaattgatagttggaaacaattaggacagcagaggcagagtgggca
agtgacaggaggaacctagagcttctcattgtggcatctgcctcctgtag
aactgcctggattccaaagacacctcaaggagtgctccggtgcctagcca
accactttcttttagccttctgtcaatatgacttagagcgcagttccttc
catgaagagtcctggcccacacactcttcacattagccttcctgggggtt
ggaaggacaggctcagttgataaaagcctgaggacctgagttccgatccc
cagaacccatgcagaaagccaggcatggtggaacaacttgcaaacctagc
actggggaaatggaggcaggagtcttgatagggccatactggccatatag
tcttaatcaaaatgctccaggttcagtgagaggctctgtccccaaaagat
aggaggacagtgatagaagaggcacttgacattggcttctgatcaccaca
cacatacacacatatacaaacacatacacacatgaacacacacatacaga
catatacacacatgcagatacatacacgcatacacgcacacacatacccg
cacatgcaaacatacacacatgcaggtagacacacataccccccccccac
cacacacactctaaatgaataaataaatacatttatttaaataaatgcaa
agtagcccttcctagagtttcctaggagatgctcatgttttccaggtaaa
ggtttaaaccaatttcatctttctaatctttctcagaaagaatagggagg
gacataaacaaatgagcccctgtgtgtcgtgtcctgcacaggctgaacac
accgagttccctatcaccactgatccccgcggatgtaactcccagtcccc
tggaggttaaaagcccaggaaaagccaagagcaggtccagaaaggtgagc
tcacctcagcaaccacacctgaggaaagcattagtgcagaaactgaaaga
tgtctagcaagctcctctgtcaccccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_99633181_99634390
seq2: B6Ng01-052A16.b_49_1240

seq1  GAATTCACCAAAACTATAATCCCTTTAATAATCAAAATGAAAACATGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCAAAACTATAATCCCTTTAATAATCAAAATGAAAACATGAGA  50

seq1  CTTGATAAAAATTAAAATCCCTTGCTTTTTCAAATACATTAAAGAGGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATAAAAATTAAAATCCCTTGCTTTTTCAAATACATTAAAGAGGTTT  100

seq1  CCATGACGGCTCAGTGGGCCAAGTGTGGTGATCTAAGTCTGGTCACCAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGACGGCTCAGTGGGCCAAGTGTGGTGATCTAAGTCTGGTCACCAAG  150

seq1  AAGCACATGGTGGAAGGTTAGAAACACCTCCTGCAAGTTGTCCCCTGACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACATGGTGGAAGGTTAGAAACACCTCCTGCAAGTTGTCCCCTGACC  200

seq1  TGAACACATGGCATATGTGGCCCTTGGGGCATGTGCAGCACACATACAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACACATGGCATATGTGGCCCTTGGGGCATGTGCAGCACACATACAAA  250

seq1  CAAGAGTGAATTTGGTCAAAAACACAATAAGGGACAAAAGACTCACACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGTGAATTTGGTCAAAAACACAATAAGGGACAAAAGACTCACACAA  300

seq1  TGAAAAAATATGCACACAGTTTTGTTTTGTTTTTTAACATGAAGTGTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAAATATGCACACAGTTTTGTTTTGTTTTTTAACATGAAGTGTGTT  350

seq1  TATTAGGAAAAACCACTGCTAAGATTCATAAGTCGTCCTCCTGCACTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGGAAAAACCACTGCTAAGATTCATAAGTCGTCCTCCTGCACTTAG  400

seq1  TCCTAGGCCAGGAATATCCAGTGACTGCCCAGGGAAAGAACACCATGTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGGCCAGGAATATCCAGTGACTGCCCAGGGAAAGAACACCATGTTC  450

seq1  TTTCGGTTTTGCCTACGGAAAAGGAACTTTATGGCAGTTCAATGTCAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGGTTTTGCCTACGGAAAAGGAACTTTATGGCAGTTCAATGTCAAGA  500

seq1  CATGAAAGCTACATCTATGATATAAAGTAGCATCTAAAACCACGGTGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAAGCTACATCTATGATATAAAGTAGCATCTAAAACCACGGTGGCT  550

seq1  TCAAGAGTTGCCAACTCTCAAAAAACAAAACAAAACAAAACAACAAAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAGTTGCCAACTCTCAAAAAACAAAACAAAACAAAACAACAAAACA  600

seq1  AAACAAAACAATAATGGATACACAGCCTGCTAAAAAATATGGGCAAAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAACAATAATGGATACACAGCCTGCTAAAAAATATGGGCAAAAAC  650

seq1  TGGACAAGCTCATCAGTAAAGGATATATAGAAATGGCAGGTGAGCATCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAAGCTCATCAGTAAAGGATATATAGAAATGGCAGGTGAGCATCTG  700

seq1  AAAAATTGCCTGTATTGATTATTCCCAGTCTAGTAGATCTCTGTCAGCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTGCCTGTATTGATTATTCCCAGTCTAGTAGATCTCTGTCAGCTA  750

seq1  TGCTGTTGGGTACAAAAGCAAACTACACCATTTCCAGATGTCTAAAATCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTGGGTACAAAAGCAAACTACACCATTTCCAGATGTCTAAAATCT  800

seq1  TAACCTGCAGACCTCCAAAGCATCTTTCTCAGTACTCTACTGGCATCTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTGCAGACCTCCAAAGCATCTTTCTCAGTACTCTACTGGCATCTAC  850

seq1  AGAGCATACGAATAAGGAGCTAATGGGAAAAAAGAAAGATGTGAGCTCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||
seq2  AGAGCATACGAATAAGGAGCTAATGGGAAAAA--GAAGATGTGAGCTCTG  898

seq1  CTTTATGGGAGTGCTGACACACAGTAGGGGGTACAGACACACAGTAGGGG  950
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  CTTTATGGGAGTGCTGACACACAGTA-GGGGTACAGACACACAGTA-GGG  946

seq1  TACAGAATGCTATGGAAGGAATGAGGGCACAGCTGAGCAGAGAGCAGTCC  1000
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAATGCTATGGAAGG-ATGAGGGCACAGCTGAGCAGAGAGCAGTCC  995

seq1  AGACTAGACAAGGGTAATGGAAGGGGAGTGGGAGCATTTGGAGGCGTTCT  1050
      ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAGAC-AGGGTAAT-GAAGGGGAGTGGGAGCATTTGGAGGCGTTCT  1043

seq1  GAGAGGCGATGAAGCTTAGGGACTG-TAATCAGGCCTCG-CGTGATCTTA  1098
      ||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||
seq2  GAGAGGCGATGAAGCTTAGGGACTGTTATTCAGG-CTCGCCGTGATCTTA  1092

seq1  GGTAGGTCATG-CAGACACAAGCCAAAGCACCTTCAGTGGCCTGAGTATG  1147
      ||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||
seq2  GGTAGGT-ATGCCAGACAC-AGCCAAAGCAACTTCA-TGGCC-GAGTATG  1138

seq1  TCCT-ACACTGTTCCCCCTCCTAAGGCCTCCACTCTGTCTCCCACGCCAC  1196
      | || || ||||| ||||| ||| ||||| |||    | | || ||| ||
seq2  TTCTAACTCTGTTTCCCCT-CTAGGGCCT-CAC----TGTTCCTCGCAAC  1182

seq1  CGCATTATGGATCA  1210
          ||||||||||
seq2  ----TTATGGATCA  1192

seq1: chr6_99771357_99772492
seq2: B6Ng01-052A16.g_67_1193 (reverse)

seq1  GGGGGTGACAGAGGAGCATGCTGGACACTTCTTTCAGTTTCTGCCACTAA  50
      ||||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||| ||||||
seq2  GGGGGTGACAGAGGAGCTTGCTAGACA--TCTTTCAGTTTCTG-CACTAA  47

seq1  TGCTTTCCTCA-GTGTGGTTGCTTGAGGTGAGCTCACCTTTTCTGGACCC  99
      ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |
seq2  TGCTTTCCTCAGGTGTGGTTGC-TGAGGTGAGCTCACC-TTTCTGGA--C  93

seq1  CTGCTCCTTGGCTTTTCCCTGGGCTATTAACCTCCAGTGGGACTGTGGAG  149
      ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||
seq2  CTGCT-CTTGGCTTTT-CCTGGGCTTTTAACCTCCAG-GGGACTG-GGAG  139

seq1  TTACATCCGCGGGGATCAGTGGTGATAGGGAACTCGGTGTG-TCAGCCTG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTACATCCGCGGGGATCAGTGGTGATAGGGAACTCGGTGTGTTCAGCCTG  189

seq1  TGCAGGACACGACACACAGGGGCTCATTTGTTTATGTCCCTCCCTATTCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGACACGACACACAGGGGCTCATTTGTTTATGTCCCTCCCTATTCT  239

seq1  TTCTGAGAAAGATTAGAAAGATG-AATTGGTTTAAACCTTTACCTGGAAA  297
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGAAAGATTAGAAAGATGAAATTGGTTTAAACCTTTACCTGGAAA  289

seq1  ACATGAGCATCTCCTAGGAAACTTCTAGGAAGGGCTACTTTGCATTTATT  347
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAGCATCTCCTAGGAAAC-TCTAGGAAGGGCTACTTTGCATTTATT  338

seq1  TAAATAAATGTATTTATTTATTCATTTAGAGTGTGTGTGGTGGGGGGGGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAATGTATTTATTTATTCATTTAGAGTGTGTGTGGTGGGGGGGGG  388

seq1  GTATGTGTGTCTACCTGCATGTGTGTATGTTTGCATGTGCGGGTATGTGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGTGTCTACCTGCATGTGTGTATGTTTGCATGTGCGGGTATGTGT  438

seq1  GTGCGTGTATGCGTGTATGTATCTGCATGTGTGTATATGTCTGTATGTGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGTGTATGCGTGTATGTATCTGCATGTGTGTATATGTCTGTATGTGT  488

seq1  GTGTTCATGTGTGTATGTGTTTGTATATGTGTGTATGTGTGTGGTGATCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCATGTGTGTATGTGTTTGTATATGTGTGTATGTGTGTGGTGATCA  538

seq1  GAAGCCAATGTCAAGTGCCTCTTCTATCACTGTCCTCCTATCTTTTGGGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCAATGTCAAGTGCCTCTTCTATCACTGTCCTCCTATCTTTTGGGG  588

seq1  ACAGAGCCTCTCACTGAACCTGGAGCATTTTGATTAAGACTATATGGCCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCCTCTCACTGAACCTGGAGCATTTTGATTAAGACTATATGGCCA  638

seq1  GTATGGCCCTATCAAGACTCCTGCCTCCATTTCCCCAGTGCTAGGTTTGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGCCCTATCAAGACTCCTGCCTCCATTTCCCCAGTGCTAGGTTTGC  688

seq1  AAGTTGTTCCACCATGCCTGGCTTTCTGCATGGGTTCTGGGGATCGGAAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGTTCCACCATGCCTGGCTTTCTGCATGGGTTCTGGGGATCGGAAC  738

seq1  TCAGGTCCTCAGGCTTTTATCAACTGAGCCTGTCCTTCCAACCCCCAGGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTCCTCAGGCTTTTATCAACTGAGCCTGTCCTTCCAACCCCCAGGA  788

seq1  AGGCTAATGTGAAGAGTGTGTGGGCCAGGACTCTTCATGGAAGGAACTGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAATGTGAAGAGTGTGTGGGCCAGGACTCTTCATGGAAGGAACTGC  838

seq1  GCTCTAAGTCATATTGACAGAAGGCTAAAAGAAAGTGGTTGGCTAGGCAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAAGTCATATTGACAGAAGGCTAAAAGAAAGTGGTTGGCTAGGCAC  888

seq1  CGGAGCACTCCTTGAGGTGTCTTTGGAATCCAGGCAGTTCTACAGGAGGC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGCACTCCTTGAGGTGTCTTTGGAATCCAGGCAGTTCTACAGGAGGC  938

seq1  AGATGCCACAATGAGAAGCTCTAGGTTCCTCCTGTCACTTGCCCACTCTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCCACAATGAGAAGCTCTAGGTTCCTCCTGTCACTTGCCCACTCTG  988

seq1  CCTCTGCTGTCCTAATTGTTTCCAACTATCAATTCAGAAGGCTTTCCCCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCTGTCCTAATTGTTTCCAACTATCAATTCAGAAGGCTTTCCCCA  1038

seq1  GGCCACCTGGGGACACTGGTACCTCTACTCCTGGCTGATTCTTTCCTTTC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACCTGGGGACACTGGTACCTCTACTCCTGGCTGATTCTTTCCTTTC  1088

seq1  TGGCTTGTGGCTTCTGTAGTTGATCTCACATCAGAATTC  1136
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTGTGGCTTCTGTAGTTGATCTCACATCAGAATTC  1127