BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-053A05
Chromosome6 (Build37)
Map Location 140,561,616 - 140,667,264
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAebp2
Upstream geneLOC100043898, Pik3c2g, Plcz1, Capza3, LOC100042680, LOC100039020, LOC269810, Plekha5
Downstream geneEG664868, LOC664875, Pde3a, Slco1c1, Slco1b2, EG435927
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-053A05.bB6Ng01-053A05.g
ACCDH876189DH876190
length1,0621,031
definitionDH876189|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-053A05, 5' end.DH876190|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-053A05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(140,561,616 - 140,562,685)(140,666,231 - 140,667,264)
sequence
gaattcttggccagcttgggctacttaagatcttgtctaaaaccaaacca
aaccaaaagaattccaagcagggcttgcttttaatcccagcactcaggga
gtcagaggcaggagggtctctgttagtttgaggccagcctggtctacata
gtgagttccaggatagccaaggctacacagagaaaccctgtctcaccccc
ccccccccaaaaaaaaaggactggagagatggcttagtggttaagagcac
tgactaccctcccagaggtcctgagttcaattcccagcaaccacatggtg
gctaacaaccatctgtaatgggatctgatgctctcttctgacatacagat
ctacatacagataaaatactcatatacataaaataattacattaatcatt
aaaaaaaaagaaatcattcagagagaagctacaaagtgtgaaagtctgca
tcagaagccagcagggagggagtcttgttctacctaacaagttctaaaat
agagaatttgttttgtgtaaattaacatttgttagttaaaacctcagtta
gctagtgatgatgaagttcacagttacctcaaagcgacacccattttagg
aagggatgaactattgaacaggaggagcggtgaacacatcctgccaggtt
agtccgtggagctatgggtggttgcaaaggtctgcaatcctggctgtggg
gaagcagaactggcagttcaaagccagctggagctatatatggagttcca
cagcttgtctcagttctagggaaatgttttaccctacactggacaccatt
cgcagaccaaacaagtggtccctacaagtctatcttggtaaacctatgag
tttattgtggtaacttatagggccatgcatgactcagacatgcatcactg
gaaaatccacaccagcataaggtgagaacacagagctctgcagccaagga
aatccctgccaatcttgcagcagttccccaggagagtccttggggtagcc
ttatttgatcttgggggagggctttggaggcttttcattacctctttggg
gaaaccttgcaa
gaattccaggaggagatgcagagagtcaggtggtctacgtggaaatgaac
tgagttccagcagaaaatgctgagcttggagaaataaagtaaccacggga
agtgatccagaagccttctgtgctagaaaaggacacttaccctgtgcagt
aggcagccttgcctttactgatccagactgcagctcccagctccatctgc
caaggccatttgtttctcactgctgctgttacaaagtatctcaaaggtgg
ccgcttgacgaatacacactttccttcatgttacaaaggacagataccaa
agtgtgagcagggtgcattacttctgggggcagaggagaccccatttcct
tcaacttttcaaagaaaactacacgtgtatgtatgtgtgtatttgcaaat
acaacgtatatatgtatttagacacagacaacctgactgatcctaggtca
aaggactgccttggtctacgtgggtcaagatggttggtggcaagaattac
gggaggaagaaatgagtgacagatgcttccagcaactgaggatttacttc
attgttagagcacttgcattgtatcttagacagggtcactgtcttaatta
gggttttcattgctgcgcacagacaccatgaccaagaactcttcttatat
agacatttaattggggctggcttacagtttcagaggttcaggccattatc
atcaaggtgggagcatggcagtatccaggcacagtgcagaaggagctgag
aattctacgtcttcatctgaaggctgctagcagaatactgacttccaggc
agctgagataagggtcttaaagcccacacccacagtgacacacttaatcc
aacagggctacatcttctaatagtgccactccttgggcctagcacacaca
aaccatcatagtccctattgctgtgatgaaacaccatgaccaacagcaac
ttagtgaggaaaagtttattctgcttactttccacagcactgattcatca
tcaaagaaggcaggacaggagctcaacaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_140561616_140562685
seq2: B6Ng01-053A05.b_44_1105

seq1  GAATTCTTGGCCAGCTTGGGCTACTTAAGATCTTGTCTAAAACCAAACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGCCAGCTTGGGCTACTTAAGATCTTGTCTAAAACCAAACCA  50

seq1  AACCAAAAGAATTCCAAGCAGGGCTTGCTTTTAATCCCAGCACTCAGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAAGAATTCCAAGCAGGGCTTGCTTTTAATCCCAGCACTCAGGGA  100

seq1  GTCAGAGGCAGGAGGGTCTCTGTTAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAGGCAGGAGGGTCTCTGTTAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACATA  150

seq1  GTGAGTTCCAGGATAGCCAAGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCA-CCCC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTGAGTTCCAGGATAGCCAAGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCACCCCC  200

seq1  CCCCCCCCAAAAAAAAAGGACTGGAGAGATGGCTTAGTGGTTAAGAGCAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCAAAAAAAAAGGACTGGAGAGATGGCTTAGTGGTTAAGAGCAC  250

seq1  TGACTACCCTCCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTACCCTCCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTG  300

seq1  GCTAACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCTCTCTTCTGACATACAGAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCTCTCTTCTGACATACAGAT  350

seq1  CTACATACAGATAAAATACTCATATACATAAAATAATTACATTAATCATT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATACAGATAAAATACTCATATACATAAAATAATTACATTAATCATT  400

seq1  AAAAAAAAAGAAATCATTCAGAGAGAAGCTACAAAGTGTGAAAGTCTGCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAGAAATCATTCAGAGAGAAGCTACAAAGTGTGAAAGTCTGCA  450

seq1  TCAGAAGCCAGCAGGGAGGGAGTCTTGTTCTACCTAACAAGTTCTAAAAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAGCCAGCAGGGAGGGAGTCTTGTTCTACCTAACAAGTTCTAAAAT  500

seq1  AGAGAATTTGTTTTGTGTAAATTAACATTTGTTAGTTAAAACCTCAGTTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATTTGTTTTGTGTAAATTAACATTTGTTAGTTAAAACCTCAGTTA  550

seq1  GCTAGTGATGATGAAGTTCACAGTTACCTCAAAGCGACACCCATTTTAGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTGATGATGAAGTTCACAGTTACCTCAAAGCGACACCCATTTTAGG  600

seq1  AAGGGATGAACTATTGAACAGGAGGAGCGGTGAACACATCCTGCCAGGTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGATGAACTATTGAACAGGAGGAGCGGTGAACACATCCTGCCAGGTT  650

seq1  AGTCCGTGGAGCTATGGGTGGTTGCAAAGGTCTGCAATCCTGGCTGTGGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCGTGGAGCTATGGGTGGTTGCAAAGGTCTGCAATCCTGGCTGTGGG  700

seq1  GAAGCAGAACTGGCAGTTCAAAGCCAGCTGGAGCTATATATGGAGTTCCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGAACTGGCAGTTCAAAGCCAGCTGGAGCTATATATGGAGTTCCA  750

seq1  CAGCTTGTCTCAGTTCTAGGGAAATGTTTTACCCTACACTGGACACCATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTGTCTCAGTTCTAGGGAAATGTTTTACCCTACACTGGACACCATT  800

seq1  CGCAGACCAAACAAGTGGTCCCTACAAGTCTATCTTGGTAAACCTATGAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAGACCAAACAAGTGGTCCCTACAAGTCTATCTTGGTAAACCTATGAG  850

seq1  TTTATTGTGGTAACTTATAGGGCCATGCATGACTCAGACATGCATCACTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGTGGTAACTTATAGGGCCATGCATGACTCAGACATGCATCACTG  900

seq1  GAAAATCCACACCAGCATAAGGGTGAGAACACAGGAGCTCTGCAGCCAAG  949
      |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAAAATCCACACCAGCATAA-GGTGAGAACACA-GAGCTCTGCAGCCAAG  948

seq1  GAAATCCCTGCAGATCTTGCAGGCAGCTCCCCAGGAGAGTCCCTTGGGGT  999
      |||||||||||  |||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||
seq2  GAAATCCCTGCCAATCTTGCA-GCAGTTCCCCAGGAGAGT-CCTTGGGGT  996

seq1  AAGCTTATGTGACCTTGGGGGAGGGGCTTTGGGAGGCTTTTCAGTTACCG  1049
      |  ||||| ||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| 
seq2  AGCCTTATTTGATCTTGGGGGA-GGGCTTT-GGAGGCTTTTCA-TTACCT  1043

seq1  CTTTTGGGGGAAATCTTGCAA  1070
      ||||  ||||||| |||||||
seq2  CTTT--GGGGAAACCTTGCAA  1062

seq1: chr6_140666231_140667264
seq2: B6Ng01-053A05.g_68_1098 (reverse)

seq1  CCCTGTTTGAGCTCCTGTCCTGCCTTCTTTTGATGATG-ATCAGTGCTGT  49
      ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  CCCTG-TTGAGCTCCTGTCCTGCCTTC-TTTGATGATGAATCAGTGCTGT  48

seq1  GGAAGAGTAAGCAGAATAAACCTTTTCCTCACTAAGTTGCTGTTGGTCAT  99
      |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAA-AGTAAGCAGAATAAA-CTTTTCCTCACTAAGTTGCTGTTGGTCAT  96

seq1  GGTGTTTCATCACAGCAATAGGGACTATGATGGTTTGTGTGTGCTAGGCC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTTCATCACAGCAATAGGGACTATGATGGTTTGTGTGTGCTAGGCC  146

seq1  CAAGGAGTGGCACTATTAGAAGATGTAGCCCTGTTGGATTAAGTGTGTCA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAGTGGCACTATTAGAAGATGTAGCCCTGTTGGATTAAGTGTGTCA  196

seq1  CTGTGGGTGTGGGCTTTAAGACCCTTATCTCAGCTGCCTGGAAGTCAGTA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGGTGTGGGCTTTAAGACCCTTATCTCAGCTGCCTGGAAGTCAGTA  246

seq1  TTCTGCTAGCAGCCTTCAGATGAAGACGTAGAATTCTCAGCTCCTTCTGC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTAGCAGCCTTCAGATGAAGACGTAGAATTCTCAGCTCCTTCTGC  296

seq1  ACTGTGCCTGGATACTGCCATGCTCCCACCTTGATGATAATGGCCTGAAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGCCTGGATACTGCCATGCTCCCACCTTGATGATAATGGCCTGAAC  346

seq1  CTCTGAAACTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTCTATATAAGAAGAGTTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAAACTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTCTATATAAGAAGAGTTC  396

seq1  TTGGTCATGGTGTCTGTGCGCAGCAATGAAAACCCTAATTAAGACAGTGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCATGGTGTCTGTGCGCAGCAATGAAAACCCTAATTAAGACAGTGA  446

seq1  CCCTGTCTAAGATACAATGCAAGTGCTCTAACAATGAAGTAAATCCTCAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTCTAAGATACAATGCAAGTGCTCTAACAATGAAGTAAATCCTCAG  496

seq1  TTGCTGGAAGCATCTGTCACTCATTTCTTCCTCCCGTAATTCTTGCCACC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGAAGCATCTGTCACTCATTTCTTCCTCCCGTAATTCTTGCCACC  546

seq1  AACCATCTTGACCCACGTAGACCAAGGCAGTCCTTTGACCTAGGATCAGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATCTTGACCCACGTAGACCAAGGCAGTCCTTTGACCTAGGATCAGT  596

seq1  CAGGTTGTCTGTGTCTAAATACATATATACGTTGTATTTGCAAATACACA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTGTCTGTGTCTAAATACATATATACGTTGTATTTGCAAATACACA  646

seq1  CATACATACACGTGTAGTTTTCTTTGAAAAGTTGAAGGAAATGGGGTCTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATACACGTGTAGTTTTCTTTGAAAAGTTGAAGGAAATGGGGTCTC  696

seq1  CTCTGCCCCCAGAAGTAATGCACCCTGCTCACACTTTGGTATCTGTCCTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCCCCAGAAGTAATGCACCCTGCTCACACTTTGGTATCTGTCCTT  746

seq1  TGTAACATGAAGGAAAGTGTGTATTCGTCAAGCGGCCACCTTTGAGATAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACATGAAGGAAAGTGTGTATTCGTCAAGCGGCCACCTTTGAGATAC  796

seq1  TTTGTAACAGCAGCAGTGAGAAACAAATGGCCTTGGCAGATGGAGCTGGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAACAGCAGCAGTGAGAAACAAATGGCCTTGGCAGATGGAGCTGGG  846

seq1  AGCTGCAGTCTGGATCAGTAAAGGCAAGGCTGCCTACTGCACAGGGTAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCAGTCTGGATCAGTAAAGGCAAGGCTGCCTACTGCACAGGGTAAG  896

seq1  TGTCCTTTTCTAGCACAGAAGGCTTCTGGATCACTTCCCGTGGTTACTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTTTCTAGCACAGAAGGCTTCTGGATCACTTCCCGTGGTTACTTT  946

seq1  ATTTCTCCAAGCTCAGCATTTTCTGCTGGAACTCAGTTCATTTCCACGTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTCCAAGCTCAGCATTTTCTGCTGGAACTCAGTTCATTTCCACGTA  996

seq1  GACCACCTGACTCTCTGCATCTCCTCCTGGAATTC  1034
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACCTGACTCTCTGCATCTCCTCCTGGAATTC  1031