BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-054A06
Chromosome6 (Build37)
Map Location 15,475,467 - 15,607,418
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePpp1r3a, Foxp2, LOC100040568
Downstream geneMdfic, LOC100041116
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-054A06.bB6Ng01-054A06.g
ACCDH876887DH876888
length1,1521,034
definitionDH876887|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054A06, 5' end.DH876888|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054A06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,606,248 - 15,607,418)(15,475,467 - 15,476,503)
sequence
gaattctaagcagtgatatgtctgggatggaggcagagagtcactggcag
cacatgaaattcaaatactgtaaatatgttagttcgtgagtgctgagaca
tggagaagcaagtaggggtctaagtaggggtctatcaggaggatttgctg
acctgaagggatattgcttttttcttctttcttgtctttcttttcttttc
ttttttaaaaagaagacttactctagaacatgtttccagaaaaccagaaa
atgatcaacattcatagctacagattaataaggagtcagagtgtttcaac
tttgtgttcacttgtaacttttctttggaagacatggtgttacaaccaga
aaagtgtggtaaagacaaattatcgcaatatttattaagcaaccttgact
ttctttgtgaccatgaaaggatctctccaattctaagacaactgtgacca
tacgcttaaaccaaatttgcagctggagttcagagtcaagacactgagaa
aattttgacaaattgaaaggatcttccagactttagttatcttgattctt
cagtcttcatatataattcgttttaggcttagattcatcccaaatttaga
ctgagggttgtgtgccctcacttccatttgaatgactggattacaatgaa
attccagaccagcaacaggctatttgctcctggaatttagcagacaacac
tagaaaagatatgccaatatgaagtaggcatagaaaatgtttactttttc
ttcatagttataattatttgatctgtgaatatagctaagggagagaccta
agagaagcaatggggcaatgaaaattatgggaaaacttaggggaaggttt
aaaagaatcgacacgaagtatgaatcgggatataattcatgttgttcaaa
caatacaaagagagctgaaatttatagtagttctgtggtttggatcactc
tagatacatatcttagagcttgatcttgattatagtagtttattgagtcc
atttcaggtagcatcgctgtttctgagcattcatatgtactgaatttact
gtaaaccactaagagcagaagagtaacatcaatatctcctgtccgggatg
acataatcaaataagagaactaggcctgcaggtaactgttctatctctat
gc
gaattccatatgtggactaaactggctgggaactcatagaaatcctttag
ctttgttttctgattaacactgggattaaaggcatgtgacactaggtctg
gctggtggttaaattttatttagatactgcaaactgattttccaaagtca
ctgcttcacagtaacacacgaaagttcccttcagtattttttaagtgatc
atttattatgtagcacatatattttttttctactttgtgacctacattga
tcttctagtagtccatcctgataaatggccattgctagttttctattatc
tagcttaccaactttgtgctttatgccttaatgctttttgtatgtgaatt
atgtaaaaattgaatacaaatttctgaaaactaaaatctatggttgctat
tttccgtgttctatattttgagctaaagtacatttataacatacttgggg
acttaaatggtttgtatgaaggagttaagattcatatttttctccatatg
gatacacaaataatctgagctgagatcatatttttcttcatatggatatt
caaatgatcaggtactcttgattacaaagatccttcctctgtgtgtgctc
tcttagtcaacgattctattcctgcacaaacatcatgaccaagatgccag
ttggggaggaaagggtttattcagcatatacttccaaattgctgtccatc
accaaaggaagtcaggactggaactcaatcaggtcaggaagctgatacag
aggccatagagggatgtttcttactggcttgcttcccctggcttgctcag
cttgtttagaacccaagactaccagcccagggatggcaccaaccacaatg
ggccctccctccttgatcactaattgaaaaagtaccccacagctgtatct
catggaggcatttccccaattgaagcacctttctctgtgatactccagcc
tgtgtcaagttggcacctaaaccagtcagtacatttgttatggtaggagg
agatagtgagcatattctatcatgttatgcgaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_15606248_15607418
seq2: B6Ng01-054A06.b_45_1196 (reverse)

seq1  GCATAGAGATAGAACATGCTACACTGCA-GCCTAG-TCTCTAATTTTGAT  48
      |||||||||||||||| | ||| ||||| |||||| ||||| | ||||||
seq2  GCATAGAGATAGAACA-GTTAC-CTGCAGGCCTAGTTCTCTTA-TTTGAT  47

seq1  TATGTCAATTCCCAGAACAGAGATATTGATGTTACCTCTTTCTGCTTCCT  98
      |||||||  |||| ||   ||||||||||||||| ||| |||||||  ||
seq2  TATGTCA--TCCCGGACAGGAGATATTGATGTTA-CTC-TTCTGCT--CT  91

seq1  ATAGTGGTTTTACAGTTAAATTCAGTAACATATGAATTGCTCAGAAACAG  148
       |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||
seq2  -TAGTGG-TTTACAG-TAAATTCAGT-ACATATGAA-TGCTCAGAAACAG  136

seq1  CGATGCTACCTGAAAATGGGACTCAATAAACTTACTATAATCAAGATTCA  198
      |||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  CGATGCTACCTGAAA--TGGACTCAATAAAC-TACTATAATCAAGA-TCA  182

seq1  AGCTCTAAGATATGTATCTTAGAGTTGATCCAAACCACAGAACTACTATA  248
      |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTAAGATATGTATC-TAGAG-TGATCCAAACCACAGAACTACTATA  230

seq1  AATTTCAGCTCTTCTTTGTATTGTTTGAACAACATGAATTATATCCCGAT  298
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCAGCTC-TCTTTGTATTGTTTGAACAACATGAATTATATCCCGAT  279

seq1  TCATACTTCGTGTCGATTCTTTTAAACCTTCCCCTAAGTTTTCCCATAAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACTTCGTGTCGATTCTTTTAAACCTTCCCCTAAGTTTTCCCATAAT  329

seq1  TTTCATTGCCCCATTGCTTCTCTTAGGTCTCTCCCTTAGCTATATTCACA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTGCCCCATTGCTTCTCTTAGGTCTCTCCCTTAGCTATATTCACA  379

seq1  GATCAAATAATTATAACTATGAAGAAAAAGTAAACATTTTCTATGCCTAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAATAATTATAACTATGAAGAAAAAGTAAACATTTTCTATGCCTAC  429

seq1  TTCATATTGGCATATCTTTTCTAGTGTTGTCTGCTAAATTCCAGGAGCAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATTGGCATATCTTTTCTAGTGTTGTCTGCTAAATTCCAGGAGCAA  479

seq1  ATAGCCTGTTGCTGGTCTGGAATTTCATTGTAATCCAGTCATTCAAATGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCTGTTGCTGGTCTGGAATTTCATTGTAATCCAGTCATTCAAATGG  529

seq1  AAGTGAGGGCACACAACCCTCAGTCTAAATTTGGGATGAATCTAAGCCTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGGGCACACAACCCTCAGTCTAAATTTGGGATGAATCTAAGCCTA  579

seq1  AAACGAATTATATATGAAGACTGAAGAATCAAGATAACTAAAGTCTGGAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGAATTATATATGAAGACTGAAGAATCAAGATAACTAAAGTCTGGAA  629

seq1  GATCCTTTCAATTTGTCAAAATTTTCTCAGTGTCTTGACTCTGAACTCCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTTTCAATTTGTCAAAATTTTCTCAGTGTCTTGACTCTGAACTCCA  679

seq1  GCTGCAAATTTGGTTTAAGCGTATGGTCACAGTTGTCTTAGAATTGGAGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAAATTTGGTTTAAGCGTATGGTCACAGTTGTCTTAGAATTGGAGA  729

seq1  GATCCTTTCATGGTCACAAAGAAAGTCAAGGTTGCTTAATAAATATTGCG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTTTCATGGTCACAAAGAAAGTCAAGGTTGCTTAATAAATATTGCG  779

seq1  ATAATTTGTCTTTACCACACTTTTCTGGTTGTAACACCATGTCTTCCAAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTGTCTTTACCACACTTTTCTGGTTGTAACACCATGTCTTCCAAA  829

seq1  GAAAAGTTACAAGTGAACACAAAGTTGAAACACTCTGACTCCTTATTAAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGTTACAAGTGAACACAAAGTTGAAACACTCTGACTCCTTATTAAT  879

seq1  CTGTAGCTATGAATGTTGATCATTTTCTGGTTTTCTGGAAACATGTTCTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGCTATGAATGTTGATCATTTTCTGGTTTTCTGGAAACATGTTCTA  929

seq1  GAGTAAGTCTTCTTTTTAAAAAAGAAAAGAAAAGAAAGACAAGAAAGAAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAGTCTTCTTTTTAAAAAAGAAAAGAAAAGAAAGACAAGAAAGAAG  979

seq1  AAAAAAGCAATATCCCTTCAGGTCAGCAAATCCTCCTGATAGACCCCTAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGCAATATCCCTTCAGGTCAGCAAATCCTCCTGATAGACCCCTAC  1029

seq1  TTAGACCCCTACTTGCTTCTCCATGTCTCAGCACTCACGAACTAACATAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACCCCTACTTGCTTCTCCATGTCTCAGCACTCACGAACTAACATAT  1079

seq1  TTACAGTATTTGAATTTCATGTGCTGCCAGTGACTCTCTGCCTCCATCCC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGTATTTGAATTTCATGTGCTGCCAGTGACTCTCTGCCTCCATCCC  1129

seq1  AGACATATCACTGCTTAGAATTC  1171
      |||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATATCACTGCTTAGAATTC  1152

seq1: chr6_15475467_15476503
seq2: B6Ng01-054A06.g_66_1099

seq1  GAATTCCATATGTGGACTAAACTGGCTGGGAACTCATAGAAATCCTTTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATATGTGGACTAAACTGGCTGGGAACTCATAGAAATCCTTTAG  50

seq1  CTTTGTTTTCTGATTAACACTGGGATTAAAGGCATGTGACACTAGGTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTTTCTGATTAACACTGGGATTAAAGGCATGTGACACTAGGTCTG  100

seq1  GCTGGTGGTTAAATTTTATTTAGATACTGCAAACTGATTTTCCAAAGTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTGGTTAAATTTTATTTAGATACTGCAAACTGATTTTCCAAAGTCA  150

seq1  CTGCTTCACAGTAACACACGAAAGTTCCCTTCAGTATTTTTTAAGTGATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCACAGTAACACACGAAAGTTCCCTTCAGTATTTTTTAAGTGATC  200

seq1  ATTTATTATGTAGCACATATATTTTTTTTCTACTTTGTGACCTACATTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTATGTAGCACATATATTTTTTTTCTACTTTGTGACCTACATTGA  250

seq1  TCTTCTAGTAGTCCATCCTGATAAATGGCCATTGCTAGTTTTCTATTATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTAGTAGTCCATCCTGATAAATGGCCATTGCTAGTTTTCTATTATC  300

seq1  TAGCTTACCAACTTTGTGCTTTATGCCTTAATGCTTTTTGTATGTGAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTACCAACTTTGTGCTTTATGCCTTAATGCTTTTTGTATGTGAATT  350

seq1  ATGTAAAAATTGAATACAAATTTCTGAAAACTAAAATCTATGGTTGCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAAAATTGAATACAAATTTCTGAAAACTAAAATCTATGGTTGCTAT  400

seq1  TTTCCGTGTTCTATATTTTGAGCTAAAGTACATTTATAACATACTTGGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCGTGTTCTATATTTTGAGCTAAAGTACATTTATAACATACTTGGGG  450

seq1  ACTTAAATGGTTTGTATGAAGGAGTTAAGATTCATATTTTTCTCCATATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAATGGTTTGTATGAAGGAGTTAAGATTCATATTTTTCTCCATATG  500

seq1  GATACACAAATAATCTGAGCTGAGATCATATTTTTCTTCATATGGATATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACACAAATAATCTGAGCTGAGATCATATTTTTCTTCATATGGATATT  550

seq1  CAAATGATCAGGTACTCTTGATTACAAAGATCCTTCCTCTGTGTGTGCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGATCAGGTACTCTTGATTACAAAGATCCTTCCTCTGTGTGTGCTC  600

seq1  TCTTAGTCAACGATTCTATTCCTGCACAAACATCATGACCAAGATGCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGTCAACGATTCTATTCCTGCACAAACATCATGACCAAGATGCCAG  650

seq1  TTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCATATACTTCCAAATTGCTGTCCATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCATATACTTCCAAATTGCTGTCCATC  700

seq1  ACCAAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAATCAGGTCAGGAAGCTGATACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAATCAGGTCAGGAAGCTGATACAG  750

seq1  AGGCCATAGAGGGATGTTTCTTACTGGCTTGCTTCCCCTGGCTTGCTCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCATAGAGGGATGTTTCTTACTGGCTTGCTTCCCCTGGCTTGCTCAG  800

seq1  CTTGTTTAGAACCCAAGACTACCAGCCCAGGGATGGCACCAACCACAATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTAGAACCCAAGACTACCAGCCCAGGGATGGCACCAACCACAATG  850

seq1  GGCCCTCCCTCCTTGATCACTAATTGAAAAAGTACCCCACAGCTGTATCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTCCCTCCTTGATCACTAATTGAAAAAGTACCCCACAGCTGTATCT  900

seq1  CATGGAGGCATTTCCCCAATTGAAGCACCTTTCTCTGTGATAACTCCAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CATGGAGGCATTTCCCCAATTGAAGCACCTTTCTCTGTGAT-ACTCCAGC  949

seq1  CTGTGTCAAGTTGGCACCTAAAACCAGTCAGTACATATGTTATGGTAGGA  1000
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTGTGTCAAGTTGGCACCT-AAACCAGTCAGTACATTTGTTATGGTAGGA  998

seq1  -GAGATAGTGAGCATATTCTATCATGTATATGCAGAGA  1037
       |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  GGAGATAGTGAGCATATTCTATCATGT-TATGC-GAGA  1034