BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-056B06
Chromosome6 (Build37)
Map Location 117,387,909 - 117,504,178
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC621462
Upstream geneAlox5, LOC100043432, Olfr211, Olfr212, Olfr213, EG434080, Olfr214, Olfr215, Zfp422, Rassf4, 8430408G22Rik, C230095G01Rik, LOC100043439, Cxcl12, LOC213422, EG640142, LOC100043777
Downstream geneEG640370, EG621705, LOC100043779, Zfp637, Zfp239, 4933440N22Rik, Hnrpf, Fxyd4, LOC232338, Rasgef1a, Galnact2, Ret, 1700069P05Rik, Bms1, Zfp248, Zfp9, Ankrd26
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-056B06.bB6Ng01-056B06.g
ACCDH878350DH878351
length1,136764
definitionDH878350|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056B06, 5' end.DH878351|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056B06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,387,909 - 117,389,068)(117,503,415 - 117,504,178)
sequence
gaattccaggaaagtggggatgtggcacagccctgtgtggagcaggcgcc
tggcagcccgcccagcacacaatgggcctgtgatagcatcattggctccc
ttggagagaggacaatggaagccaacagccacgcaggccccaagtcggag
ccatcacagtcaacaggacaggcgcaggcacccactccctcacccggaac
aaggattcaaaataggacctggccaggaggcccaaaaagcaggccccagt
tttgtcagaagacttgccaaatgagcaccaaagcaactgggctgtcctct
gcagaagtgatcctgggccctgggagaaagccatagctaggagcagcaag
gaactctgggaagaaaccgagacctggaggctggggctttgtctctgctt
ctgcttcttctgcttcttactcagtgcatcatgagacaggagttgggaag
ggtggggatgctatatccacttccctctcctgactgggtgagcaaaccct
aagcctatgtgcagtggtgagaacatgaagactgtgagtactttgatgat
agccgtggatggataaggtgttgcatgaagggacccacaggctccaacaa
gctggggtttcctgatgctaagtcctccttgggaggtcaggcaaactcag
ccatgatgtgtaacatgtgcctcatgttctcctggacaacatagtcttca
aggcagggccaaactcatccatgccatgttttgaatagcacacatttgca
taaaggcccagtggtgttccagggtgatcctggggtgtgtagagctggat
ctgagcattgataggcccagaggatgagactaagagccaaggtggggctg
ccaggagaggctctataggagcagtgccatgtgggtgagcactatgggac
tatcagcgtatggggtacagaatgacttgattttcaaatcctcataactg
acttgggcttttgtctgtatttttatggatctacagctaggacagcatat
tgggagatcagcttatgctaggactagattccagtagttaaagcttgcct
gcaatggtcatgaaagcagaatggggtaaaccaatgtagtgaaaacctgc
agataagtctacaccctcgcatatcatttctaggtt
gaattcaaatactaggagagcaacagccgggccctgaacaggggacagaa
tgggactcatggttgacttagtcaatatagtaaccatgttaatttattta
gctaacaaaaggatcaccaatggcactgtaactttgcattcttcactggt
gagtataaagaattgagtgtagttaatcagagtttagaaaacatgagaaa
ggactgatactatagtgagggtgacagatcaggtggacagaaatagtagg
ttcaaacagcatcagccacttgtatagcccggatggggaatacacagctt
ctctacatcctcatggagccacatcctcacggagccacatcctcacggag
ccatgtcctcaggacatgaattcccccgagtaactacactcccaccagtg
cccagctttggctcacaaagaccagccagtgcttttgcaaggtccttggg
tgagggctattgtcataggatattaatggagtctgtgatgagcatgtcac
acgatatgaggctgtcagcatgcactcaaaagagaagcagagaagccggg
gactagtcacgagtgcaactcaacccctatacacccgttcttccgtagcc
atggggttccccagcactgatgcaatcaaatggagttagtgtcgccaata
agtagcgtctccagtttgagcagagcattggtttccatagattctcactc
cctcttgggttccaggcatgtggatgtgtttctgaatgctgctgccatgg
tgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_117387909_117389068
seq2: B6Ng01-056B06.b_46_1181

seq1  GAATTCCAGGAAAGTGGGGATGTGGCACAGCCCTGTGTGGAGCAGGCGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGAAAGTGGGGATGTGGCACAGCCCTGTGTGGAGCAGGCGCC  50

seq1  TGGCAGCCCGCCCAGCACACAATGGGCCTGTGATAGCATCATTGGCTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGCCCGCCCAGCACACAATGGGCCTGTGATAGCATCATTGGCTCCC  100

seq1  TTGGAGAGAGGACAATGGAAGCCAACAGCCACGCAGGCCCCAAGTCGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGAGAGGACAATGGAAGCCAACAGCCACGCAGGCCCCAAGTCGGAG  150

seq1  CCATCACAGTCAACAGGACAGGCGCAGGCACCCACTCCCTCACCCGGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCACAGTCAACAGGACAGGCGCAGGCACCCACTCCCTCACCCGGAAC  200

seq1  AAGGATTCAAAATAGGACCTGGCCAGGAGGCCCAAAAAGCAGGCCCCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATTCAAAATAGGACCTGGCCAGGAGGCCCAAAAAGCAGGCCCCAGT  250

seq1  TTTGTCAGAAGACTTGCCAAATGAGCACCAAAGCAACTGGGCTGTCCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCAGAAGACTTGCCAAATGAGCACCAAAGCAACTGGGCTGTCCTCT  300

seq1  GCAGAAGTGATCCTGGGCCCTGGGAGAAAGCCATAGCTAGGAGCAGCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGTGATCCTGGGCCCTGGGAGAAAGCCATAGCTAGGAGCAGCAAG  350

seq1  GAACTCTGGGAAGAAACCGAGACCTGGAGGCTGGGGCTTTGTCTCTGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCTGGGAAGAAACCGAGACCTGGAGGCTGGGGCTTTGTCTCTGCTT  400

seq1  CTGCTTCTTCTGCTTCTTACTCAGTGCATCATGAGACAGGAGTTGGGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCTTCTGCTTCTTACTCAGTGCATCATGAGACAGGAGTTGGGAAG  450

seq1  GGTGGGGATGCTATATCCACTTCCCTCTCCTGACTGGGTGAGCAAACCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGGATGCTATATCCACTTCCCTCTCCTGACTGGGTGAGCAAACCCT  500

seq1  AAGCCTATGTGCAGTGGTGAGAACATGAAGACTGTGAGTACTTTGATGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTATGTGCAGTGGTGAGAACATGAAGACTGTGAGTACTTTGATGAT  550

seq1  AGCCGTGGATGGATAAGGTGTTGCATGAAGGGACCCACAGGCTCCAACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCGTGGATGGATAAGGTGTTGCATGAAGGGACCCACAGGCTCCAACAA  600

seq1  GCTGGGGTTTCCTGATGCTAAGTCCTCCTTGGGAGGTCAGGCAAACTCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGTTTCCTGATGCTAAGTCCTCCTTGGGAGGTCAGGCAAACTCAG  650

seq1  CCATGATGTGTAACATGTGCCTCATGTTCTCCTGGACAACATAGTCTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGATGTGTAACATGTGCCTCATGTTCTCCTGGACAACATAGTCTTCA  700

seq1  AGGCAGGGCCAAACTCATCCATGCCATGTTTTGAATAGCACACATTTGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGGCCAAACTCATCCATGCCATGTTTTGAATAGCACACATTTGCA  750

seq1  TAAAGGCCCAGTGGTGTTCCAGGGTGATCCTGGGGTGTGTAGAGCTGGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGCCCAGTGGTGTTCCAGGGTGATCCTGGGGTGTGTAGAGCTGGAT  800

seq1  CTGAGCATTGATAGGCCCAGAGGATGAGACTAAGAGCCAAGGTGGGGCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCATTGATAGGCCCAGAGGATGAGACTAAGAGCCAAGGTGGGGCTG  850

seq1  CCAGGAGAGGCTCTATAGGAGCAGTGCCATGTGGGTGAGCACTATGGGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGAGGCTCTATAGGAGCAGTGCCATGTGGGTGAGCACTATGGGAC  900

seq1  TATCAGCGTATGGGGTACAGAATGACTTGATTTTCCAAAATCCTCATAAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||
seq2  TATCAGCGTATGGGGTACAGAATGACTTGATTTTC--AAATCCTCAT-AA  947

seq1  CTGACTTGGGCTTTGTCCTGTATTTTTATGGATCTAACAAGCTTAAGGAC  1000
      ||||||||||||||   |||||||||||||||||||   ||||  |||||
seq2  CTGACTTGGGCTTTTGTCTGTATTTTTATGGATCTA--CAGCT--AGGAC  993

seq1  AGCATATTGGGAGATCAGCTTATTGCTAGGACTAGAATTCCAGGTAGTTA  1050
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||
seq2  AGCATATTGGGAGATCAGCTTA-TGCTAGGACTAG-ATTCCA-GTAGTTA  1040

seq1  GAGGCTTGCCTGCCATGGGCCATGAGAGCAAGAATGGGGTAAACAGATGG  1100
       | |||||||||| || || ||||| ||| ||||||||||||||  || |
seq2  -AAGCTTGCCTGCAAT-GGTCATGAAAGC-AGAATGGGGTAAACCAAT-G  1086

seq1  TAGGTTGTATAACCTGACAGATAATGTCTTACCACCTCCGCATATCAGTT  1150
      |||  || | |||||| ||||||| ||||   ||||  |||||||||  |
seq2  TAG--TG-AAAACCTG-CAGATAA-GTCT--ACACCCTCGCATATCA--T  1127

seq1  TTCTTAGGTT  1160
      ||| ||||||
seq2  TTC-TAGGTT  1136

seq1: chr6_117503415_117504178
seq2: B6Ng01-056B06.g_68_831 (reverse)

seq1  CACACACACACACACCATGGCAGCAGCATTCAGAAACACATCCACATGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACCATGGCAGCAGCATTCAGAAACACATCCACATGCC  50

seq1  TGGAACCCAAGAGGGAGTGAGAATCTATGGAAACCAATGCTCTGCTCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACCCAAGAGGGAGTGAGAATCTATGGAAACCAATGCTCTGCTCAAA  100

seq1  CTGGAGACGCTACTTATTGGCGACACTAACTCCATTTGATTGCATCAGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGACGCTACTTATTGGCGACACTAACTCCATTTGATTGCATCAGTG  150

seq1  CTGGGGAACCCCATGGCTACGGAAGAACGGGTGTATAGGGGTTGAGTTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGAACCCCATGGCTACGGAAGAACGGGTGTATAGGGGTTGAGTTGC  200

seq1  ACTCGTGACTAGTCCCCGGCTTCTCTGCTTCTCTTTTGAGTGCATGCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGTGACTAGTCCCCGGCTTCTCTGCTTCTCTTTTGAGTGCATGCTGA  250

seq1  CAGCCTCATATCGTGTGACATGCTCATCACAGACTCCATTAATATCCTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTCATATCGTGTGACATGCTCATCACAGACTCCATTAATATCCTAT  300

seq1  GACAATAGCCCTCACCCAAGGACCTTGCAAAAGCACTGGCTGGTCTTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATAGCCCTCACCCAAGGACCTTGCAAAAGCACTGGCTGGTCTTTGT  350

seq1  GAGCCAAAGCTGGGCACTGGTGGGAGTGTAGTTACTCGGGGGAATTCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAAAGCTGGGCACTGGTGGGAGTGTAGTTACTCGGGGGAATTCATG  400

seq1  TCCTGAGGACATGGCTCCGTGAGGATGTGGCTCCGTGAGGATGTGGCTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGGACATGGCTCCGTGAGGATGTGGCTCCGTGAGGATGTGGCTCC  450

seq1  ATGAGGATGTAGAGAAGCTGTGTATTCCCCATCCGGGCTATACAAGTGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGATGTAGAGAAGCTGTGTATTCCCCATCCGGGCTATACAAGTGGC  500

seq1  TGATGCTGTTTGAACCTACTATTTCTGTCCACCTGATCTGTCACCCTCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCTGTTTGAACCTACTATTTCTGTCCACCTGATCTGTCACCCTCAC  550

seq1  TATAGTATCAGTCCTTTCTCATGTTTTCTAAACTCTGATTAACTACACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTATCAGTCCTTTCTCATGTTTTCTAAACTCTGATTAACTACACTC  600

seq1  AATTCTTTATACTCACCAGTGAAGAATGCAAAGTTACAGTGCCATTGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTTATACTCACCAGTGAAGAATGCAAAGTTACAGTGCCATTGGTG  650

seq1  ATCCTTTTGTTAGCTAAATAAATTAACATGGTTACTATATTGACTAAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTTTGTTAGCTAAATAAATTAACATGGTTACTATATTGACTAAGTC  700

seq1  AACCATGAGTCCCATTCTGTCCCCTGTTCAGGGCCCGGCTGTTGCTCTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATGAGTCCCATTCTGTCCCCTGTTCAGGGCCCGGCTGTTGCTCTCC  750

seq1  TAGTATTTGAATTC  764
      ||||||||||||||
seq2  TAGTATTTGAATTC  764