BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-056B23
Chromosome6 (Build37)
Map Location 36,039,229 - 36,156,634
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCnot4, Nup205, 1810058I24Rik, Slc13a4, BC064033, 1700065J11Rik, Mtpn, LOC100039312, LOC100039327
Downstream gene9330158H04Rik, Chrm2, EG620863, LOC100039370, Ptn, LOC100039514, Dgki, EG665024
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-056B23.bB6Ng01-056B23.g
ACCDH878382DH878383
length3201,135
definitionDH878382|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056B23, 5' end.DH878383|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056B23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,039,229 - 36,039,548)(36,155,481 - 36,156,634)
sequence
ctagtttatcaggaatgcccttgaaagcaggagctgaaaattaggcatta
gacagactgatgagtatacagaataggaaatagcaatgattcaggtgaag
acatgaaagagcagaagcagaggtgcttcagagactcacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacattaattactcattaattgattagt
ataaatttcttcaaattcattaatttgcctgacacttatttaaaatggag
gtgctgctgttaggggtgtggctcagtgttggatctgggaggtgggaaga
gggagacaagaagggaggga
gaattcagttaaaacatttgcatacatacacaaatgatgttttaatttat
tgaataaatttaaaaggattttgaaatgaggagacagagtcaaatgaaag
caaagaattgttctctagtaaggaaactccagtcacattccaatgcctat
ggggagataaaaagtaaaaagacacaatttgccctttaaaagcaattttc
tacctttttgtactgtgatagagtgagcccatttttaagtaatcaaatag
cttaaaagcagaacttataagtcaatattattagcaggtaatattatctc
aaggtcttgctaggtgatagagctggatctgcagtctgagatcacagcat
ggaaactactggacttgaactgtttcagtgattgtgaggagctcatgcca
gcacactgcacttagctgagctttttgtggtcctcaaagtgaaaggcaat
ttccagtgagagcaagggagcaaatctcatttctccctgatgctccttgc
aaggcaccactaaacctcctggaaatcgcccaggaaacaatcaaaggtga
gaactgaacattggaacgaggtcaacaaattgtttaggaaccctggatct
gagtggacaggagagtccatgaaagaggaaggcaatatgactcttacgtg
ttaagaaccttaagctggcagcaggtgattgttacagacagttggcattt
ctctaagtctataggttgaaacccttgcctggtactattatttatttgga
aaaggggactaaggaagggactaagcttgggtgagtttatgagaggaact
ctcatgatgtgcatatgcttgaacaaggaaaggaaaatacattgaagaat
ctcttccatgagcatgaaagcactctgggaaagatggccattatcaaggc
aggagagagccctcactggaacccaaccatggtggcttcctcacgcagcg
tctggcacaggactacataaagctaataagtcatcacatttcattgtggt
agttggtagagtgctgattaaagcagtgaccccaagctcttcttcctatg
gagacatcacactctgctaaactatcagcaaggactgcagtcttagtgga
gggctctcagcagcttcctattcaatttcggagca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_36039229_36039548
seq2: B6Ng01-056B23.b_52_371

seq1  CTAGTTTATCAGGAATGCCCTTGAAAGCAGGAGCTGAAAATTAGGCATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTTATCAGGAATGCCCTTGAAAGCAGGAGCTGAAAATTAGGCATTA  50

seq1  GACAGACTGATGAGTATACAGAATAGGAAATAGCAATGATTCAGGTGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACTGATGAGTATACAGAATAGGAAATAGCAATGATTCAGGTGAAG  100

seq1  ACATGAAAGAGCAGAAGCAGAGGTGCTTCAGAGACTCACACACACACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAAAGAGCAGAAGCAGAGGTGCTTCAGAGACTCACACACACACACA  150

seq1  CACACACACACACACACACACACACATTAATTACTCATTAATTGATTAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACATTAATTACTCATTAATTGATTAGT  200

seq1  ATAAATTTCTTCAAATTCATTAATTTGCCTGACACTTATTTAAAATGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTTCTTCAAATTCATTAATTTGCCTGACACTTATTTAAAATGGAG  250

seq1  GTGCTGCTGTTAGGGGTGTGGCTCAGTGTTGGATCTGGGAGGTGGGAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGCTGTTAGGGGTGTGGCTCAGTGTTGGATCTGGGAGGTGGGAAGA  300

seq1  GGGAGACAAGAAGGGAGGGA  320
      ||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGACAAGAAGGGAGGGA  320

seq1: chr6_36155481_36156634
seq2: B6Ng01-056B23.g_65_1199 (reverse)

seq1  TGCTCCTGGAAATTG-ATAGGAAGCTGCTGAAGAAGCCCT-CACT-AGAC  47
      ||||||  ||||||| |||||||||||||||   |||||| |||| ||||
seq2  TGCTCC--GAAATTGAATAGGAAGCTGCTGA--GAGCCCTCCACTAAGAC  46

seq1  TGCCAGTCTCTGCTGAATAGTGTTAGCAGAGTTGTGATGGTCTCCATAGG  97
      || |||||  ||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||||| |
seq2  TG-CAGTCCTTGCTG-ATAGT-TTAGCAGAG-TGTGAT-GTCTCCATA-G  90

seq1  GAAGAAGAAGCCTTGGGGGTCACTGCTTTAATTCAAGCCACTCTAACCAA  147
      ||||||| |||  | |||||||||||||||| |||   |||||| |||||
seq2  GAAGAAG-AGC--TTGGGGTCACTGCTTTAA-TCA--GCACTCT-ACCAA  133

seq1  CTACCACAATGAAATGTGATGACTTTATTTAGCTTTATGTAGTCCTGTGC  197
      |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCACAATGAAATGTGATGACTT--ATTAGCTTTATGTAGTCCTGTGC  181

seq1  CAGACGCTGCGTGAGGAAGCCACCATGGTTGGGTTCCAGTGAGGGCTCTC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACGCTGCGTGAGGAAGCCACCATGGTTGGGTTCCAGTGAGGGCTCTC  231

seq1  TCCCTGCCTTGATAATGGCCATCTTTTCCCAGAGTGCTTTCATGCTCATG  297
      | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  T-CCTGCCTTGATAATGGCCATC-TTTCCCAGAGTGCTTTCATGCTCAT-  278

seq1  GGAAGAGATTCTTCAATGTATTTTCCTTTCCTTGTTCAAGCATATGCACA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGATTCTTCAATGTATTTTCCTTTCCTTGTTCAAGCATATGCACA  328

seq1  TCATGAGAGTTCCTCTCATAAACTCACCCAAGCTTAGTCCCTTCCTTAGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAGAGTTCCTCTCATAAACTCACCCAAGCTTAGTCCCTTCCTTAGT  378

seq1  CCCCTTTTCCAAATAAATAATAGTACCAGGCAAGGGTTTCAACCTATAGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTTTCCAAATAAATAATAGTACCAGGCAAGGGTTTCAACCTATAGA  428

seq1  CTTAGAGAAATGCCAACTGTCTGTAACAATCACCTGCTGCCAGCTTAAGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAGAAATGCCAACTGTCTGTAACAATCACCTGCTGCCAGCTTAAGG  478

seq1  TTCTTAACACGTAAGAGTCATATTGCCTTCCTCTTTCATGGACTCTCCTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAACACGTAAGAGTCATATTGCCTTCCTCTTTCATGGACTCTCCTG  528

seq1  TCCACTCAGATCCAGGGTTCCTAAACAATTTGTTGACCTCGTTCCAATGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTCAGATCCAGGGTTCCTAAACAATTTGTTGACCTCGTTCCAATGT  578

seq1  TCAGTTCTCACCTTTGATTGTTTCCTGGGCGATTTCCAGGAGGTTTAGTG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTCTCACCTTTGATTGTTTCCTGGGCGATTTCCAGGAGGTTTAGTG  628

seq1  GTGCCTTGCAAGGAGCATCAGGGAGAAATGAGATTTGCTCCCTTGCTCTC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTTGCAAGGAGCATCAGGGAGAAATGAGATTTGCTCCCTTGCTCTC  678

seq1  ACTGGAAATTGCCTTTCACTTTGAGGACCACAAAAAGCTCAGCTAAGTGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAAATTGCCTTTCACTTTGAGGACCACAAAAAGCTCAGCTAAGTGC  728

seq1  AGTGTGCTGGCATGAGCTCCTCACAATCACTGAAACAGTTCAAGTCCAGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGCTGGCATGAGCTCCTCACAATCACTGAAACAGTTCAAGTCCAGT  778

seq1  AGTTTCCATGCTGTGATCTCAGACTGCAGATCCAGCTCTATCACCTAGCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCATGCTGTGATCTCAGACTGCAGATCCAGCTCTATCACCTAGCA  828

seq1  AGACCTTGAGATAATATTACCTGCTAATAATATTGACTTATAAGTTCTGC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTTGAGATAATATTACCTGCTAATAATATTGACTTATAAGTTCTGC  878

seq1  TTTTAAGCTATTTGATTACTTAAAAATGGGCTCACTCTATCACAGTACAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGCTATTTGATTACTTAAAAATGGGCTCACTCTATCACAGTACAA  928

seq1  AAAGGTAGAAAATTGCTTTTAAAGGGCAAATTGTGTCTTTTTACTTTTTA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTAGAAAATTGCTTTTAAAGGGCAAATTGTGTCTTTTTACTTTTTA  978

seq1  TCTCCCCATAGGCATTGGAATGTGACTGGAGTTTCCTTACTAGAGAACAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCCATAGGCATTGGAATGTGACTGGAGTTTCCTTACTAGAGAACAA  1028

seq1  TTCTTTGCTTTCATTTGACTCTGTCTCCTCATTTCAAAATCCTTTTAAAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGCTTTCATTTGACTCTGTCTCCTCATTTCAAAATCCTTTTAAAT  1078

seq1  TTATTCAATAAATTAAAACATCATTTGTGTATGTATGCAAATGTTTTAAC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCAATAAATTAAAACATCATTTGTGTATGTATGCAAATGTTTTAAC  1128

seq1  TGAATTC  1154
      |||||||
seq2  TGAATTC  1135