BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-059M12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 53,748,975 - 53,890,201
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1200009O22Rik, Cpvl
Upstream geneJazf1, LOC666259, LOC666516, D430007I03, Creb5, LOC384386
Downstream geneLOC666305, Chn2, LOC100042056, Prr15, EG640926, Wipf3, Scrn1, Fkbp14, Plekha8, LOC100041292, 2410066E13Rik, Znrf2, Nod1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-059M12.bB6Ng01-059M12.g
ACCDH880955DH880956
length1,1381,115
definitionDH880955|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059M12, 5' end.DH880956|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059M12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,748,975 - 53,750,130)(53,889,071 - 53,890,201)
sequence
gaattccagggaggggcgtgtccttttaccttgattggttagctctatct
ttagggtctggctgattctatgattggttaagctctggagacttccaggg
ggttgcttactcattctagctacctcttcttacttcaggccagatgacaa
ggtgtcctcggatgggctgcccgcagctgtgattggctgaccatgtattc
ctggatcctggttctcatttctgggaaacagaaacttaggcctagtctcc
caaactgcctgtttgctgcctgtcatggagtcagcctggctcagggtaac
tcagtcctctgagttctatgttctgtatcattggtacatatggagcttat
tttcttttgctccccctcctcctcctgctcctcctcctctcacccctcct
cctccttctctcatcccacctgcagtttcttcttcctcctctcctccagt
ttctcccccacccccattcactcctcagtttcccgtcagaaactttagtc
gggcctccctgggatatcaaccaaacatggcatatcaagttgctcccctc
acactgaggctggatgaggcaaccgagtgggagggaaagggcccccaaag
caggcaaagaatgagaaacaggtcccactcctcctgttaggagtcccaca
agaagaccaagctacacaaccataacatgtatgcaaagggcccaggtcag
acccacgcaggccccctgactgtcagttcagtctctgggagtccatatga
gcccaggtgaattggttctgtgggttcctgtggtggccttgacccctgtg
gctcctacaatcctttctgccgtcttctgcaggcttcccaggtcacagtt
cttgctcttagccagaacagtggcggtgtctcacagagcggcacagcatc
tgctccttctcattgctgtatagcattccatcgcatgggtacgtgtatat
taatattgcattgcattccatcgcatgggtacatgtgtttattatattat
gtatataatggggggtggcctggtggtgctacgatttaatgcaaactggg
ttccaaggctcggttgcctcgatagacaattcacacttgcagcctttgtt
gttaagctgactctcagcttaagctctggttaaataaa
ttattgcttctttgagctccagcaaataaagcaagtacaagcacacacag
cccgatgtccctggtctgtctcgctggaggtgagcgtgatgacagtcacc
atggagaaaatgtcctatgcacaagcagtgctcgaattggcagcctgcag
ctcctttaaatctcggagaggacttccaaggcaagactgggatccagatg
tgttgattactaactttgcctgagttgtggtgtgagccatacatgcttat
ctggctgagttccttgttcgaaggtcactgccaaacgctaacataacatg
gtctgttcccggcagcacttttccttttccctctcagaatggctttgatg
ttgccttgagcttttattattggatctggggctggagggctagtgttaac
tttcagacttcaggggctttgttggtcctcagcttcccacactggggagc
gtcactgggaggtcagagaagactggagttctaattgtggtcaccactgt
ccccattaaggacataactcagaaccaaaggtgagtgttcttatgttcag
gtccaagggaataaaacaagcaaccataggctgtttctaatctgaaggca
gacattcctcacccctcagatatgaaggtttgctctattttaaatatata
cagaagtcaggggaggtgaaataaaatatacttgattttgtcaacctgtt
gtctgcccaagtgtttctcacaggcagtgaattattaaactgagaaatga
gtgattccaggatgagacgcctgcttttgcaaacacaaagaaatacaccc
cgacaatgaatgtaaaaataatagaaatctcactatagtgtgttgattcc
cataaaataatcctgtaattgtctactgtgtgacagcctgaatcactcag
ccaacggaatgattaatgaacagacatgagagatttgtcacactgacaca
agcaagggagtgtgagatagtcattaggaacaaggatgagataaactcct
cagcactaggagagccatgtcgaggaatatggaagactggtggcttagaa
gaattataggattatcatccacctgtttgttctgaagtgcctgcctagca
cgatagacagataaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_53748975_53750130
seq2: B6Ng01-059M12.b_48_1185

seq1  GAATTCCAGGGAGGGGCGTGTCCTTTTACCTTGATTGGTTAGCTCTATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGGAGGGGCGTGTCCTTTTACCTTGATTGGTTAGCTCTATCT  50

seq1  TTAGGGTCTGGCTGATTCTATGATTGGTTAAGCTCTGGAGACTTCCAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGTCTGGCTGATTCTATGATTGGTTAAGCTCTGGAGACTTCCAGGG  100

seq1  GGTTGCTTACTCATTCTAGCTACCTCTTCTTACTTCAGGCCAGATGACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCTTACTCATTCTAGCTACCTCTTCTTACTTCAGGCCAGATGACAA  150

seq1  GGTGTCCTCGGATGGGCTGCCCGCAGCTGTGATTGGCTGACCATGTATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCCTCGGATGGGCTGCCCGCAGCTGTGATTGGCTGACCATGTATTC  200

seq1  CTGGATCCTGGTTCTCATTTCTGGGAAACAGAAACTTAGGCCTAGTCTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATCCTGGTTCTCATTTCTGGGAAACAGAAACTTAGGCCTAGTCTCC  250

seq1  CAAACTGCCTGTTTGCTGCCTGTCATGGAGTCAGCCTGGCTCAGGGTAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTGCCTGTTTGCTGCCTGTCATGGAGTCAGCCTGGCTCAGGGTAAC  300

seq1  TCAGTCCTCTGAGTTCTATGTTCTGTATCATTGGTACATATGGAGCTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCCTCTGAGTTCTATGTTCTGTATCATTGGTACATATGGAGCTTAT  350

seq1  TTTCTTTTGCTCCCCCTCCTCCTCCTGCTCCTCCTCCTCTCACCCCTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTGCTCCCCCTCCTCCTCCTGCTCCTCCTCCTCTCACCCCTCCT  400

seq1  CCTCCTTCTCTCATCCCACCTGCAGTTTCTTCTTCCTCCTCTCCTCCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTCTCTCATCCCACCTGCAGTTTCTTCTTCCTCCTCTCCTCCAGT  450

seq1  TTCTCCCCCACCCCCATTCACTCCTCAGTTTCCCGTCAGAAACTTTAGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCCCCACCCCCATTCACTCCTCAGTTTCCCGTCAGAAACTTTAGTC  500

seq1  GGGCCTCCCTGGGATATCAACCAAACATGGCATATCAAGTTGCTCCCCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTCCCTGGGATATCAACCAAACATGGCATATCAAGTTGCTCCCCTC  550

seq1  ACACTGAGGCTGGATGAGGCAACCGAGTGGGAGGGAAAGGGCCCCCAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGAGGCTGGATGAGGCAACCGAGTGGGAGGGAAAGGGCCCCCAAAG  600

seq1  CAGGCAAAGAATGAGAAACAGGTCCCACTCCTCCTGTTAGGAGTCCCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAAAGAATGAGAAACAGGTCCCACTCCTCCTGTTAGGAGTCCCACA  650

seq1  AGAAGACCAAGCTACACAACCATAACATGTATGCAAAGGGCCCAGGTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACCAAGCTACACAACCATAACATGTATGCAAAGGGCCCAGGTCAG  700

seq1  ACCCACGCAGGCCCCCTGACTGTCAGTTCAGTCTCTGGGAGTCCATATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACGCAGGCCCCCTGACTGTCAGTTCAGTCTCTGGGAGTCCATATGA  750

seq1  GCCCAGGTGAATTGGTTCTGTGGGTTCCTGTGGTGGCCTTGACCCCTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGGTGAATTGGTTCTGTGGGTTCCTGTGGTGGCCTTGACCCCTGTG  800

seq1  GCTCCTACAATCCTTTCTGCCGTCTTCTGCAGGCTTCCCAGGTCACAGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTACAATCCTTTCTGCCGTCTTCTGCAGGCTTCCCAGGTCACAGTT  850

seq1  CTTGCTCTTAGCCAGAACAGTGGCGGTGTCTCACAGAGCGGCACAGCATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTCTTAGCCAGAACAGTGGCGGTGTCTCACAGAGCGGCACAGCATC  900

seq1  TGCTCCTTCTCATTGCTGTATAGCATTCCATCGCATGGGTACGTGTATAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCTTCTCATTGCTGTATAGCATTCCATCGCATGGGTACGTGTATAT  950

seq1  TAATATTGCATTGCATTCCATCGCATGGGTACATGTGTATATTAATATTT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||
seq2  TAATATTGCATTGCATTCCATCGCATGGGTACATGTGTTTATT-ATA-TT  998

seq1  ATGTATATAATGGGGGTTGGTCTGGTGTTGCTACGTATTTAAATGCCAAA  1050
      |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||| |||| |||||   |
seq2  ATGTATATAATGGGGGGTGGCCTGGTGGTGCTACG-ATTT-AATGC---A  1043

seq1  TACTGGTTTCCAAGGTCTGGTTGCCTCCAGATGAGCAAATTTCCACACAT  1100
       ||||| ||||||||   |||||||||  ||| ||  ||||  ||||| |
seq2  AACTGGGTTCCAAGGCTCGGTTGCCTC--GAT-AGACAATT--CACACTT  1088

seq1  GCTAGCCTTTGTTGTATAAGCCTGACTTCTCAGCTTAAAGCTACTGGTTA  1150
      || |||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||
seq2  GC-AGCCTTTGTTGT-TAAG-CTGAC-TCTCAGCTT-AAGCT-CTGGTTA  1132

seq1  AATAAA  1156
      ||||||
seq2  AATAAA  1138

seq1: chr6_53889071_53890201
seq2: B6Ng01-059M12.g_79_1193 (reverse)

seq1  TTTATCTGTCCTATGCTTGCTAGGCAGGGCAC-TCAGGACAAACAGGATG  49
      ||||||||| |||| | ||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||
seq2  TTTATCTGT-CTAT-CGTGCTAGGCA-GGCACTTCAGAACAAACAGG-TG  46

seq1  AGATGGATAATCCTATAATTGCTTCTAAAGCCACCACGTTCTTCAATATT  99
       ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||   ||||| |||||
seq2  -GAT-GATAATCCTATAATT-CTTCT-AAGCCACCA--GTCTTCCATATT  90

seq1  CCTCTGACATTGGCTCTCCTAGTGCTGAGGGTGTTTATCTCATCCTTTGT  149
      |||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||
seq2  CCTC-GACA-TGGCTCTCCTAGTGCTGA-GGAGTTTATCTCATCC-TTGT  136

seq1  TCCTAATGACTATCTCACACTCCCTTGCTTTGTGTCAGTGTGACAAATCT  199
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAATGACTATCTCACACTCCCTTGC-TTGTGTCAGTGTGACAAATCT  185

seq1  CTCATTGTCTTGTTCATTAATCATTCCGTTGGCTGAGTGATTCAGGCTGT  249
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCA-TGTC-TGTTCATTAATCATTCCGTTGGCTGAGTGATTCAGGCTGT  233

seq1  CACACAGTAGACAATTACAGGATTATTTTATGGGGAATCAACACACTATA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CACACAGTAGACAATTACAGGATTATTTTAT-GGGAATCAACACACTATA  282

seq1  GTGAGATTTCTATTATTTTTACATTCATTGTCGGGGTGTATTTCTTTGTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGATTTCTATTATTTTTACATTCATTGTCGGGGTGTATTTCTTTGTG  332

seq1  TTTGCAAAAGCAGGCGTCTCATCCTGGAATCACTCATTTCTCAGTTTAAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAAAAGCAGGCGTCTCATCCTGGAATCACTCATTTCTCAGTTTAAT  382

seq1  AATTCACTGCCTGTGAGAAACACTTGGGCAGACAACAGGTTGAC-AAATC  448
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AATTCACTGCCTGTGAGAAACACTTGGGCAGACAACAGGTTGACAAAATC  432

seq1  AAGTATATTTTATTTCACCTCCCCTGACTTCTGTATATATTTAAAATAGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATATTTTATTTCACCTCCCCTGACTTCTGTATATATTTAAAATAGA  482

seq1  GCAAACCTTCATATCTGAGGGGTGAGGAATGTCTGCCTTCAGATTAGAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACCTTCATATCTGAGGGGTGAGGAATGTCTGCCTTCAGATTAGAAA  532

seq1  CAGCCTATGGTTGCTTGTTTTATTCCCTTGGACCTGAACATAAGAACACT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTATGGTTGCTTGTTTTATTCCCTTGGACCTGAACATAAGAACACT  582

seq1  CACCTTTGGTTCTGAGTTATGTCCTTAATGGGGACAGTGGTGACCACAAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTTGGTTCTGAGTTATGTCCTTAATGGGGACAGTGGTGACCACAAT  632

seq1  TAGAACTCCAGTCTTCTCTGACCTCCCAGTGACGCTCCCCAGTGTGGGAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACTCCAGTCTTCTCTGACCTCCCAGTGACGCTCCCCAGTGTGGGAA  682

seq1  GCTGAGGACCAACAAAGCCCCTGAAGTCTGAAAGTTAACACTAGCCCTCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGGACCAACAAAGCCCCTGAAGTCTGAAAGTTAACACTAGCCCTCC  732

seq1  AGCCCCAGATCCAATAATAAAAGCTCAAGGCAACATCAAAGCCATTCTGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCAGATCCAATAATAAAAGCTCAAGGCAACATCAAAGCCATTCTGA  782

seq1  GAGGGAAAAGGAAAAGTGCTGCCGGGAACAGACCATGTTATGTTAGCGTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAAAAGGAAAAGTGCTGCCGGGAACAGACCATGTTATGTTAGCGTT  832

seq1  TGGCAGTGACCTTCGAACAAGGAACTCAGCCAGATAAGCATGTATGGCTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGTGACCTTCGAACAAGGAACTCAGCCAGATAAGCATGTATGGCTC  882

seq1  ACACCACAACTCAGGCAAAGTTAGTAATCAACACATCTGGATCCCAGTCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCACAACTCAGGCAAAGTTAGTAATCAACACATCTGGATCCCAGTCT  932

seq1  TGCCTTGGAAGTCCTCTCCGAGATTTAAAGGAGCTGCAGGCTGCCAATTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTGGAAGTCCTCTCCGAGATTTAAAGGAGCTGCAGGCTGCCAATTC  982

seq1  GAGCACTGCTTGTGCATAGGACATTTTCTCCATGGTGACTGTCATCACGC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTGCTTGTGCATAGGACATTTTCTCCATGGTGACTGTCATCACGC  1032

seq1  TCACCTCCAGCGAGACAGACCAGGGACATCGGGCTGTGTGTGCTTGTACT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTCCAGCGAGACAGACCAGGGACATCGGGCTGTGTGTGCTTGTACT  1082

seq1  TGCTTTATTTGCTGGAGCTCAAAGAAGCAATAA  1131
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTATTTGCTGGAGCTCAAAGAAGCAATAA  1115