BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-060C11
Chromosome6 (Build37)
Map Location 6,611,892 - 6,740,823
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC545826
Upstream geneDync1i1, Slc25a13, EG667462, EG667468, LOC667471, LOC100040096, Shfm1
Downstream geneDlx6as, Dlx5, Acn9, EG667500, Tac1, LOC667511, Asns
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-060C11.bB6Ng01-060C11.g
ACCDH881215DH881216
length1,1321,031
definitionDH881215|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060C11, 5' end.DH881216|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060C11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,611,892 - 6,613,029)(6,739,789 - 6,740,823)
sequence
gaattcattatggtattaattcattgccatttatactcatttgtgtcatt
atttgattgctatactattctaatggttcctcctagaaagcagaaatttt
gatttgggttttttcccccctagtttttctttattctgtaaacatttgga
ttatttccattgaatgaaggaactctttgaattcaaagacatttccttaa
aaattttaagaaatattcatgcattttcatagagaaaaactgcagtagca
aattaaaaacaggctgtcaacaacagaacagataaataactcgtgtacca
ttcataaaacacaatgtgtgctgcagttaaaatgaatgaattagtaccat
atgtgtccatgtggctacattttcaaagcatatacatgaagaaagggttc
ataaaaaaatatatgttgttttattttgctgcacatccatggaagaggtt
acaaacaagaacaattggcagcacaaacaaatatgattaaatatctttcc
ctctattccatgtcactctccagacaggttcaggagtcatgcatggaagg
tctactcttaagccccatccccactacagctccacatctctatttccttt
ctgagaatgtccttaagtgcctttgtgaacaattgtatagaccaaggata
aagttgggagagatataagtagaaaaagaagctctagagagttatacatg
taaagaagaaaatcagtactgtacaaaaatactgaacttagtttgtctat
taaaatattcgatgtaattacattttaactggtggaacaaaccaacacat
ctaacaagatttggaagatcccagggccctcaaagaaaactaaaattaaa
ataatgctgctgctgctgctgctgctgctgctgctgctgataggaatctt
tcttcagtcttcaaatctagacaagaaccatcggagcttgaagtttctaa
tgcattatagctttattcatagtgtgagtctcctctggtgtttgggggac
tgcagcatcttccctaaatattttcctacttgctacagggctatattaat
ttgggtcaatacacctgaagacttctaaaattccaggctaagagtgggca
gaaatgctcttgttatgcaggttatagaagga

gaattctctctctctctttttttaatgactatttcctagatctatttcat
ccctttcttctaacatatcttctgaaggcaaagagatctcttgtatgtac
ctagagattctgctttgagtataaccaaaagccaaaagggggctttgaca
gaatgccggtcagttaggtaagtgcatcgtgaggaaaggatggaccagtt
tcagctgtaaatggccacaactaacatataattaacatctagtacttgct
agctgtgatgcttaatgttatctatcaattttcctgaaccctgctaagat
taagacattattgttggatgtttctaacgctcttcctaaatgaggttagc
atgagggtctcagtaagatgggctgacctcctcagtgcaggcagacacca
tcccacatactgaacagaaccaagagtgaagtggaaggaatttacctctg
tttttctgccttgcttcctgagctgggacagcttgtacctgggctttcaa
tcaataactagatacctgaggtttcaagcattcaggtcttgactgaatta
attatgagctcctgctttcctgggtgtccagctcctgcagacagccaagc
cttcataatcccaggaggtaagtcttcattaataaatatattttctttct
catgtatatccatgtacttaccatccacattttattagcttaatatacac
atccatatgcacatagatgtgtatatctataatatctatgcctatctatc
tatctatctatctatctatctatctatttttgcagagaccatcaactaat
gcatgaatcctcagcaacacacaaaataaattaactaagagatgagtttt
ctctagtcatccttccacttaatacttgagatcacctctggaggacagtg
tacattattgctgatttaagcatgatgaaactcagagagggctcaggaca
atcctataggcaccagtaatacctggcagtgatgtagcggggtgatgttt
gtgtgactcaggtctgtgcttgtaccactta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_6611892_6613029
seq2: B6Ng01-060C11.b_46_1177

seq1  GAATTCATTATGGTATTAATTCATTGCCATTTATACTCATTTGTGTCATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTATGGTATTAATTCATTGCCATTTATACTCATTTGTGTCATT  50

seq1  ATTTGATTGCTATACTATTCTAATGGTTCCTCCTAGAAAGCAGAAATTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGATTGCTATACTATTCTAATGGTTCCTCCTAGAAAGCAGAAATTTT  100

seq1  GATTTGGGTTTTTTCCCCCCTAGTTTTTCTTTATTCTGTAAACATTTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGGGTTTTTTCCCCCCTAGTTTTTCTTTATTCTGTAAACATTTGGA  150

seq1  TTATTTCCATTGAATGAAGGAACTCTTTGAATTCAAAGACATTTCCTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCCATTGAATGAAGGAACTCTTTGAATTCAAAGACATTTCCTTAA  200

seq1  AAATTTTAAGAAATATTCATGCATTTTCATAGAGAAAAACTGCAGTAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTAAGAAATATTCATGCATTTTCATAGAGAAAAACTGCAGTAGCA  250

seq1  AATTAAAAACAGGCTGTCAACAACAGAACAGATAAATAACTCGTGTACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAAAACAGGCTGTCAACAACAGAACAGATAAATAACTCGTGTACCA  300

seq1  TTCATAAAACACAATGTGTGCTGCAGTTAAAATGAATGAATTAGTACCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAAAACACAATGTGTGCTGCAGTTAAAATGAATGAATTAGTACCAT  350

seq1  ATGTGTCCATGTGGCTACATTTTCAAAGCATATACATGAAGAAAGGGTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTCCATGTGGCTACATTTTCAAAGCATATACATGAAGAAAGGGTTC  400

seq1  ATAAAAAAATATATGTTGTTTTATTTTGCTGCACATCCATGGAAGAGGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAAATATATGTTGTTTTATTTTGCTGCACATCCATGGAAGAGGTT  450

seq1  ACAAACAAGAACAATTGGCAGCACAAACAAATATGATTAAATATCTTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAGAACAATTGGCAGCACAAACAAATATGATTAAATATCTTTCC  500

seq1  CTCTATTCCATGTCACTCTCCAGACAGGTTCAGGAGTCATGCATGGAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATTCCATGTCACTCTCCAGACAGGTTCAGGAGTCATGCATGGAAGG  550

seq1  TCTACTCTTAAGCCCCATCCCCACTACAGCTCCACATCTCTATTTCCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTCTTAAGCCCCATCCCCACTACAGCTCCACATCTCTATTTCCTTT  600

seq1  CTGAGAATGTCCTTAAGTGCCTTTGTGAACAATTGTATAGACCAAGGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAATGTCCTTAAGTGCCTTTGTGAACAATTGTATAGACCAAGGATA  650

seq1  AAGTTGGGAGAGATATAAGTAGAAAAAGAAGCTCTAGAGAGTTATACATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGGGAGAGATATAAGTAGAAAAAGAAGCTCTAGAGAGTTATACATG  700

seq1  TAAAGAAGAAAATCAGTACTGTACAAAAATACTGAACTTAGTTTGTCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAAGAAAATCAGTACTGTACAAAAATACTGAACTTAGTTTGTCTAT  750

seq1  TAAAATATTCGATGTAATTACATTTTAACTGGTGGAACAAACCAACACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATTCGATGTAATTACATTTTAACTGGTGGAACAAACCAACACAT  800

seq1  CTAACAAGATTTGGAAGATCCCAGGGCCCTCAAAGAAAACTAAAATTAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAAGATTTGGAAGATCCCAGGGCCCTCAAAGAAAACTAAAATTAAA  850

seq1  ATAATGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGATAGGAATCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGATAGGAATCTT  900

seq1  TCTTCAGTCTTCAAATCTAGACAAGAAACCATCGGAGCTTGAAGTTTCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGTCTTCAAATCTAGACAAG-AACCATCGGAGCTTGAAGTTTCTA  949

seq1  ATGCATTATAGCTTTATTCATAGTGTGAGCTCCCTCTGTGTTTTGGGGGA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||   |||||||||
seq2  ATGCATTATAGCTTTATTCATAGTGTGAGTCTCCTCTGGTGTTTGGGGGA  999

seq1  CTGCAGCATCTTCCCCTAAATATTTTCCTTACTTTGCTACAGTGCTAATA  1050
      |||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||
seq2  CTGCAGCATCTT-CCCTAAATATTTTCC-TAC-TTGCTACAGGGCT-ATA  1045

seq1  TTAATTTTGGTTCAATACACTGAAAGACTCCTAAAACTACAGGCTTAGAG  1100
      |||| ||||| |||||||||   |||||| |||||| | |||||| ||||
seq2  TTAA-TTTGGGTCAATACACCTGAAGACTTCTAAAATTCCAGGCTAAGAG  1094

seq1  T-GGCAGAGATGCT-TTGTTATTGCAGGTTATATGAAGGA  1138
      | |||||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||||
seq2  TGGGCAGAAATGCTCTTGTTA-TGCAGGTTATA-GAAGGA  1132


seq1: chr6_6739789_6740823
seq2: B6Ng01-060C11.g_68_1098 (reverse)

seq1  TAAGTGGTAACAAGCACAGACCTGGAGTCACACAAACATCA-CCCGCTAA  49
      |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |
seq2  TAAGTGGT-ACAAGCACAGACCT-GAGTCACACAAACATCACCCCGCT-A  47

seq1  CATCACTGCCAGGTATTACTGGTGCCCTATAGGATTGTTCCTGAGCCCTC  99
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  CATCACTGCCAGGTATTACTGGTG-CCTATAGGATTG-TCCTGAGCCCTC  95

seq1  TCTGAGTTTCATCATGCTTAAATCAGCAATAATGTACACTGTCCTCCAGA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTTTCATCATGCTTAAATCAGCAATAATGTACACTGTCCTCCAGA  145

seq1  GGTGATCTCAAGTATTAAGTGGAAGGATGACTAGAGAAAACTCATCTCTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATCTCAAGTATTAAGTGGAAGGATGACTAGAGAAAACTCATCTCTT  195

seq1  AGTTAATTTATTTTGTGTGTTGCTGAGGATTCATGCATTAGTTGATGGTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAATTTATTTTGTGTGTTGCTGAGGATTCATGCATTAGTTGATGGTC  245

seq1  TCTGCAAAAATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGGCATA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAAAAATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGGCATA  295

seq1  GATATTATAGATATACACATCTATGTGCATATGGATGTGTATATTAAGCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTATAGATATACACATCTATGTGCATATGGATGTGTATATTAAGCT  345

seq1  AATAAAATGTGGATGGTAAGTACATGGATATACATGAGAAAGAAAATATA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAATGTGGATGGTAAGTACATGGATATACATGAGAAAGAAAATATA  395

seq1  TTTATTAATGAAGACTTACCTCCTGGGATTATGAAGGCTTGGCTGTCTGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAATGAAGACTTACCTCCTGGGATTATGAAGGCTTGGCTGTCTGC  445

seq1  AGGAGCTGGACACCCAGGAAAGCAGGAGCTCATAATTAATTCAGTCAAGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTGGACACCCAGGAAAGCAGGAGCTCATAATTAATTCAGTCAAGA  495

seq1  CCTGAATGCTTGAAACCTCAGGTATCTAGTTATTGATTGAAAGCCCAGGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAATGCTTGAAACCTCAGGTATCTAGTTATTGATTGAAAGCCCAGGT  545

seq1  ACAAGCTGTCCCAGCTCAGGAAGCAAGGCAGAAAAACAGAGGTAAATTCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCTGTCCCAGCTCAGGAAGCAAGGCAGAAAAACAGAGGTAAATTCC  595

seq1  TTCCACTTCACTCTTGGTTCTGTTCAGTATGTGGGATGGTGTCTGCCTGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTTCACTCTTGGTTCTGTTCAGTATGTGGGATGGTGTCTGCCTGC  645

seq1  ACTGAGGAGGTCAGCCCATCTTACTGAGACCCTCATGCTAACCTCATTTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGGAGGTCAGCCCATCTTACTGAGACCCTCATGCTAACCTCATTTA  695

seq1  GGAAGAGCGTTAGAAACATCCAACAATAATGTCTTAATCTTAGCAGGGTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGCGTTAGAAACATCCAACAATAATGTCTTAATCTTAGCAGGGTT  745

seq1  CAGGAAAATTGATAGATAACATTAAGCATCACAGCTAGCAAGTACTAGAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAATTGATAGATAACATTAAGCATCACAGCTAGCAAGTACTAGAT  795

seq1  GTTAATTATATGTTAGTTGTGGCCATTTACAGCTGAAACTGGTCCATCCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATTATATGTTAGTTGTGGCCATTTACAGCTGAAACTGGTCCATCCT  845

seq1  TTCCTCACGATGCACTTACCTAACTGACCGGCATTCTGTCAAAGCCCCCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCACGATGCACTTACCTAACTGACCGGCATTCTGTCAAAGCCCCCT  895

seq1  TTTGGCTTTTGGTTATACTCAAAGCAGAATCTCTAGGTACATACAAGAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTTTTGGTTATACTCAAAGCAGAATCTCTAGGTACATACAAGAGA  945

seq1  TCTCTTTGCCTTCAGAAGATATGTTAGAAGAAAGGGATGAAATAGATCTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTGCCTTCAGAAGATATGTTAGAAGAAAGGGATGAAATAGATCTA  995

seq1  GGAAATAGTCATTAAAAAAAGAGAGAGAGAGAATTC  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATAGTCATTAAAAAAAGAGAGAGAGAGAATTC  1031


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |