BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-060L08
Chromosome6 (Build37)
Map Location 108,489,875 - 108,653,548
singlet/doubletdoublet
Overlap geneItpr1, LOC677205, Bhlhb2
Upstream geneLrrn1, Setmar, Sumf1, LOC100043718
Downstream geneArl8b, Edem1, EG627371, LOC639110, LOC100043720
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-060L08.bB6Ng01-060L08.g
ACCDH881607DH881608
length848896
definitionDH881607|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060L08, 5' end.DH881608|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060L08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,489,875 - 108,490,720)(108,652,655 - 108,653,548)
sequence
gattccttcgtggactcccctgatgttttacattgtgatttgagctgggg
atgtaactcaattggtagaatgcttgcccagagccaccgaagtggacatg
gcagtacatagctataattcaactgtcaagagatagaggctggagcatca
agagttcaaggtcaacttagacacagtgagtttgaggccagcttgggata
catgagatcatgactcccttcccccaccaacatacacacacacacacaca
cacacacacacacacaaagatgtgcaagaacatgggttgccttctttatt
ttgaaccaggtctatgaatggcttctcctgaaagatcaccttaactgatc
tcaactgatatatcatatttagacttaggtctctcaagatatggacacca
ctagttcacaatgcaaacccagtgagccaccagcacttgtaaataatggc
ttttttttttttaagcacacagctgcatctttccttttccatcatgctca
tagatatcttgaagagggcatatggttcataaagacaaaagtagtctgtg
tcagaaaagactggctcccacagaaatgctgggaacccatagtagatcat
tgttcctgcctacaggggtgttctgaaaagtgtgcagtgtgtattgataa
gatcaaagtggtccaggtgagaagacagcggctaggcccagagtgaatcg
ttcccctggatctctgtgcattcctgccccgagtatgaggcatgctgttc
ccgagggaggcttatgggaagaagaactgaggtgagagaatgaaaagtcc
cctctgctaacaatgtgagaagaccgttcacactacaggtgataccca
gaattcacagagagctacctgactcctccacccaagttctggattaaagt
cctgtgccaccaagtgcagcccagcttttctctttctgaacatttagtaa
gtttttttgtttgtttgttttctttgagatagagtctcatttagtcaaag
actggcctcaaacttagtatctacctaaggctggccttgaactcctgatc
ctccagcttctatctcccatgtactgggattgtgtgtatgtttcactatg
actataaaggttaaaactattttgcccaccttccttctctctcctttgct
tgctcaatcttgttctttctcttacacatcccacctccacccccaccccc
aaagatgtgctcaaacacaagaccgtccatatacaaaaaaagtgttctat
ggctgagctgcatctagcctaacacctttggtcatttttaaaggctacct
ttataaatatgactcccagccccaggataatcaccagattttgtctctaa
tccagcacactacctttaccaagactaccaggaagggaaacctgagacag
gtagcaagcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacctacctactgtcttgtgagctctgctctcagcc
ccatccgttcctgctcccctgaggtctagcaggccggtgctgggcgtggt
gggggtgtcccatttgtaattgggcttatacttccctgacccctgcttca
cccttttttccactttccccacttgcccagggagcctgaatagaagagga
aatgaaaagcatgcagagcctggggttttggagatcagcaccttttattt
gggacttgtaactaaaaatgaaagaagactggtattttctgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_108489875_108490720
seq2: B6Ng01-060L08.b_45_882

seq1  ATTCCTTCGTGGACTCCCCTGATGTTTTACATTGTGATTTGAGCTGGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTCGTGGACTCCCCTGATGTTTTACATTGTGATTTGAGCTGGGGA  50

seq1  TGTAACTCAATTGGTAGAATGCTTGCCCAGAGCCACCGAAGTGGACATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACTCAATTGGTAGAATGCTTGCCCAGAGCCACCGAAGTGGACATGG  100

seq1  CAGTACATAGCTATAATTCAGCTGTCAAGAGATAGAGGCTGGAGCATCAA  150
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACATAGCTATAATTCAACTGTCAAGAGATAGAGGCTGGAGCATCAA  150

seq1  GAGTTCAAGGTCAACTTAGACACAGTGAGTTTGAGGCCAGCTTGGGATAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCAAGGTCAACTTAGACACAGTGAGTTTGAGGCCAGCTTGGGATAC  200

seq1  ATGAGATCATGACTCCCTTCCCCCACCAACATACACACACACACACACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATCATGACTCCCTTCCCCCACCAACATACACACACACACACACAC  250

seq1  ACACACACACACACAAAGATGTGCAAGAACATGGGTTGCCTTCTTTATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACAAAGATGTGCAAGAACATGGGTTGCCTTCTTTATTT  300

seq1  TGAACCAGGTCTATGAATGGCTTCTCCTGAAAGATCACCTTAACTGATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCAGGTCTATGAATGGCTTCTCCTGAAAGATCACCTTAACTGATCT  350

seq1  CAACTGATATATCATATTTAGACTTAGGTCTCTCAAGATATGGACACCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGATATATCATATTTAGACTTAGGTCTCTCAAGATATGGACACCAC  400

seq1  TAGTTCACAATGCAAACCCAGTGAGCCACCAGCACTTGTAAATAATGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCACAATGCAAACCCAGTGAGCCACCAGCACTTGTAAATAATGGCT  450

seq1  TTTTTTTTTTTAAGCACACAGCTGCATCTTTCCTTTTCCATCATGCTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTAAGCACACAGCTGCATCTTTCCTTTTCCATCATGCTCAT  500

seq1  AGATATCTTGAAGAGGGCATATGGTTCATAAAGACAAAAGTAGTCTGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATCTTGAAGAGGGCATATGGTTCATAAAGACAAAAGTAGTCTGTGT  550

seq1  CAGAAAAGACTGGCTCCCAGAGAAATGCTGGGAACCCATAGTAGATCATT  600
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAAGACTGGCTCCCACAGAAATGCTGGGAACCCATAGTAGATCATT  600

seq1  GTTCCTGCCTACAGGGGTGTTCTGAAAAGTGTGCAGTGTGTATTGATAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGCCTACAGGGGTGTTCTGAAAAGTGTGCAGTGTGTATTGATAAG  650

seq1  ATCAAAGTGGTCCAGGTGAGAAGACAGCGGCTAGGCCCAGAGTGAATCAG  700
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATCAAAGTGGTCCAGGTGAGAAGACAGCGGCTAGGCCCAGAGTGAATC-G  699

seq1  TTCCCCTGGATCTCTGTGCATTCCTGCCCCGAGTATGAGGCATGCTGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTGGATCTCTGTGCATTCCTGCCCCGAGTATGAGGCATGCTGTTC  749

seq1  AGGAGGGAGGCATCATGGGAAGAAGGAAGTGAGGTGAGAGAAGGAAAAGT  800
        ||||||||| | |||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||
seq2  CCGAGGGAGGC-TTATGGGAAGAA-GAACTGAGGTGAGAGAATGAAAAGT  797

seq1  CCCACTCTGCTAACCAAAGGTGAGAAAGACCGTTCACACGTACAGG  846
      ||| ||||||||||  || ||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  CCC-CTCTGCTAAC--AATGTGAG-AAGACCGTTCACAC-TACAGG  838

seq1: chr6_108652655_108653548
seq2: B6Ng01-060L08.g_67_962 (reverse)

seq1  ACACACAG-AAATACCAAGTCTTC-TTCATTTTTAGTTACAAGTCCCAGA  48
      |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACACACAGAAAATACC-AGTCTTCTTTCATTTTTAGTTACAAGTCCCAAA  49

seq1  TAAAAGGTGCTGATCTCC-AAAGCCCAGGCTCTGCCTGCTTTTCACTTCC  97
      |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  TAAAAGGTGCTGATCTCCAAAACCCCAGGCTCTGCATGCTTTTCATTTCC  99

seq1  TCTTCTATTCAGGCTCCCTGGGCAAGTGGGGAAGGTGG-AAGAAGGGTGA  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||
seq2  TCTTCTATTCAGGCTCCCTGGGCAAGTGGGGAAAGTGGAAAAAAGGGTGA  149

seq1  AGCAGGGGTCAGGGAAGTATAAAGCCCAATTACAAATGGGACACCCCCAC  196
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGGGTCAGGGAAGTAT-AAGCCCAATTACAAATGGGACACCCCCAC  198

seq1  CACGCCCAGCACCGGCCTGCTAGACCTCAGGGGAGCAGGAACGGGTGGGG  246
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CACGCCCAGCACCGGCCTGCTAGACCTCAGGGGAGCAGGAACGGATGGGG  248

seq1  CTGAGAGCAGAGCTCACAAGACAGTAGGTAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGCAGAGCTCACAAGACAGTAGGTAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  298

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTGCTACCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTGCTACCT  348

seq1  GTCTCAGGTTTCCCTTCCTGGTAGTCTTGGTAAAGGTAGTGTGCTGGATT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAGGTTTCCCTTCCTGGTAGTCTTGGTAAAGGTAGTGTGCTGGATT  398

seq1  AGAGACAAAATCTGGTGATTATCCTGGGGCTGGGAGTCATATTTATAAAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAAAATCTGGTGATTATCCTGGGGCTGGGAGTCATATTTATAAAG  448

seq1  GTAGCCTTTAAAAATGACCAAAGGTGTTAGGCTAGATGCAGCTCAGCCAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCTTTAAAAATGACCAAAGGTGTTAGGCTAGATGCAGCTCAGCCAT  498

seq1  AGAACACTTTTTTTGTATATGGACGGTCTTGTGTTTGAGCACATCTTTGG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACACTTTTTTTGTATATGGACGGTCTTGTGTTTGAGCACATCTTTGG  548

seq1  GGGTGGGGGTGGAGGTGGGATGTGTAAGAGAAAGAACAAGATTGAGCAAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGGGTGGAGGTGGGATGTGTAAGAGAAAGAACAAGATTGAGCAAG  598

seq1  CAAAGGAGAGAGAAGGAAGGTGGGCAAAATAGTTTTAACCTTTATAGTCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGAGAGAGAAGGAAGGTGGGCAAAATAGTTTTAACCTTTATAGTCA  648

seq1  TAGTGAAACATACACACAATCCCAGTACATGGGAGATAGAAGCTGGAGGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAAACATACACACAATCCCAGTACATGGGAGATAGAAGCTGGAGGA  698

seq1  TCAGGAGTTCAAGGCCAGCCTTAGGTAGATACTAAGTTTGAGGCCAGTCT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGTTCAAGGCCAGCCTTAGGTAGATACTAAGTTTGAGGCCAGTCT  748

seq1  TTGACTAAATGAGACTCTATCTCAAAGAAAACAAACAAACAAAAAAACTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTAAATGAGACTCTATCTCAAAGAAAACAAACAAACAAAAAAACTT  798

seq1  ACTAAATGTTCAGAAAGAGAAAAGCTGGGCTGCACTTGGTGGCACAGGAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAATGTTCAGAAAGAGAAAAGCTGGGCTGCACTTGGTGGCACAGGAC  848

seq1  TTTAATCCAGAACTTGGGTGGAGGAGTCAGGTAGCTCTCTGTGAATTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATCCAGAACTTGGGTGGAGGAGTCAGGTAGCTCTCTGTGAATTC  896