BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-060M02
Chromosome6 (Build37)
Map Location 108,096,834 - 108,226,246
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSumf1, Itpr1
Upstream geneLrrn1, Setmar, LOC100043718
Downstream geneLOC677205, Bhlhb2, Arl8b, Edem1, EG627371, LOC639110
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-060M02.bB6Ng01-060M02.g
ACCDH881643DH881644
length5111,129
definitionDH881643|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060M02, 5' end.DH881644|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060M02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,225,731 - 108,226,246)(108,096,834 - 108,097,967)
sequence
attcatcataagaacttaccatgaaaggccatctttaaattaacagtaat
actattatcaacaaaagcaaattgtccttatccattaagagccttcagat
ctgacacccatcacctgctccaacctcagcatcacacagagtttattggt
aaaatatagtacatttgtacttcatccatctgtgactatagtcttataat
agcctgggaatatagctcagtggctgaatgcttgcctaaaaggtttaatc
tcgggtaactagggcaaatggcagggagggagggagggaaggaaggaggg
aagaagaaagaagaaggaaaagatttctgtatgagaatggtccctcattc
cagcctcactggctcttcttatctttatctcttactcatctttcatggcc
caacttaatctttgtaagttctctaataatgaccctgtctgtctccaagt
agactttaggcatgttctatgacagttcatacatgaatgaaatagtgctg
gtctttgctta
gaattctcactgttcaaggtcacatgaatcacactaaccaagcttcctcc
caggaacctcacatgaaaacaagtggacaagccaaatccttcttgaaatg
ctaagagctgctaagcattaaaaccaaaatgaattagtgatggtggaacg
gtagaatggcaaaacatccctccatctccctaggttcacagtgtgcaaca
ctcagagtctcaggtgtccggtgctagcctgaccttgtcttaaaaatgag
aacaacccagtaagttagattcttgtcctcgacttccgagagcacggtga
caactgtggtggtttgtataagtacgacccccacagattcatgtgtttga
attccaggccataaggaatagcgctattaagaagtatggccttattggag
gaggtgtgacgatgatgaaggaagtatgtcactgtgtaggtggacactga
ggtctcctatagacaggcttcacccagtgtggaacatagtctcttcccag
ctgcctttggatcaagatgtagaattcttcactccatggtaccatttctg
cctggatgctgccacacttcccaccatgataataatggactgttagaaac
tgcaatgaaactgtaagccagctacaattaaattttatcctttataagag
ctgcctttgtcatagtgtctcatcacagcaatggaaaccctaactaagac
aatataaaggacagttcaggtcaattcgaggtcatttttgtaggcatcaa
ctaaacttaaagacacctaacatagatgtgaccatctgaagccttcccca
tcctttgattaagtctactttaagaacgggtttcttcagagctgctggta
actgtaacagttttatcttggtaactggggggcaatgtctttaggttaag
ttctgcagattacttgctggtcctctttgtcaaacactaatgccaagcat
ggaagggcagagcagggttttgtgtagcttagtgctagtgtggtctaggt
tcatcctaagaaccacataaggtaattaaataaacatctacaagaaggca
tatctcatactgatcggtctctgtctgggtctctaattcggtctctcgtc
ttctgtatggagatctgtagatctgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_108225731_108226246
seq2: B6Ng01-060M02.b_46_561 (reverse)

seq1  AAGCAAAGACCAGCACTATTTCATTCATGTATGAACTGTCATAGAACATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAAGACCAGCACTATTTCATTCATGTATGAACTGTCATAGAACATG  50

seq1  CCTAAAGTCTACTTGGAGACAGACAGGGTCATTATTAGAGAACTTACAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAGTCTACTTGGAGACAGACAGGGTCATTATTAGAGAACTTACAAA  100

seq1  GATTAAGTTGGGCCATGAAAGATGAGTAAGAGATAAAGATAAGAAGAGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAGTTGGGCCATGAAAGATGAGTAAGAGATAAAGATAAGAAGAGCC  150

seq1  AGTGAGGCTGGAATGAGGGACCATTCTCATACAGAAATCTTTTCCTTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGGCTGGAATGAGGGACCATTCTCATACAGAAATCTTTTCCTTCTT  200

seq1  CTTTCTTCTTCCCTCCTTCCTTCCCTCCCTCCCTCCCTGCCATTTGCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTCTTCCCTCCTTCCTTCCCTCCCTCCCTCCCTGCCATTTGCCCT  250

seq1  AGTTACCCGAGATTAAACCTTTTAGGCAAGCATTCAGCCACTGAGCTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACCCGAGATTAAACCTTTTAGGCAAGCATTCAGCCACTGAGCTATA  300

seq1  TTCCCAGGCTATTATAAGACTATAGTCACAGATGGATGAAGTACAAATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGGCTATTATAAGACTATAGTCACAGATGGATGAAGTACAAATGT  350

seq1  ACTATATTTTACCAATAAACTCTGTGTGATGCTGAGGTTGGAGCAGGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATTTTACCAATAAACTCTGTGTGATGCTGAGGTTGGAGCAGGTGA  400

seq1  TGGGTGTCAGATCTGAAGGCTCTTAATGGATAAGGACAATTTGCTTTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGTCAGATCTGAAGGCTCTTAATGGATAAGGACAATTTGCTTTTGT  450

seq1  TGATAATAGTATTACTGTTAATTTAAAGATGGCCTTTCATGGTAAGTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATAGTATTACTGTTAATTTAAAGATGGCCTTTCATGGTAAGTTCT  500

seq1  TATGATGAATGAATTC  516
      ||||||||||||||||
seq2  TATGATGAATGAATTC  516

seq1: chr6_108096834_108097967
seq2: B6Ng01-060M02.g_68_1196

seq1  GAATTCTCACTGTTCAAGGTCACATGAATCACACTAACCAAGCTTCCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACTGTTCAAGGTCACATGAATCACACTAACCAAGCTTCCTCC  50

seq1  CAGGAACCTCACATGAAAACAAGTGGACAAGCCAAATCCTTCTTGAAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAACCTCACATGAAAACAAGTGGACAAGCCAAATCCTTCTTGAAATG  100

seq1  CTAAGAGCTGCTAAGCATTAAAACCAAAATGAATTAGTGATGGTGGAACG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAGCTGCTAAGCATTAAAACCAAAATGAATTAGTGATGGTGGAACG  150

seq1  GTAGAATGGCAAAACATCCCTCCATCTCCCTAGGTTCACAGTGTGCAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAATGGCAAAACATCCCTCCATCTCCCTAGGTTCACAGTGTGCAACA  200

seq1  CTCAGAGTCTCAGGTGTCCGGTGCTAGCCTGACCTTGTCTTAAAAATGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGTCTCAGGTGTCCGGTGCTAGCCTGACCTTGTCTTAAAAATGAG  250

seq1  AACAACCCAGTAAGTTAGATTCTTGTCCTCGACTTCCGAGAGCACGGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACCCAGTAAGTTAGATTCTTGTCCTCGACTTCCGAGAGCACGGTGA  300

seq1  CAACTGTGGTGGTTTGTATAAGTACGACCCCCACAGATTCATGTGTTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGTGGTGGTTTGTATAAGTACGACCCCCACAGATTCATGTGTTTGA  350

seq1  ATTCCAGGCCATAAGGAATAGCGCTATTAAGAAGTATGGCCTTATTGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAGGCCATAAGGAATAGCGCTATTAAGAAGTATGGCCTTATTGGAG  400

seq1  GAGGTGTGACGATGATGAAGGAAGTATGTCACTGTGTAGGTGGACACTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGTGACGATGATGAAGGAAGTATGTCACTGTGTAGGTGGACACTGA  450

seq1  GGTCTCCTATAGACAGGCTTCACCCAGTGTGGAACATAGTCTCTTCCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCCTATAGACAGGCTTCACCCAGTGTGGAACATAGTCTCTTCCCAG  500

seq1  CTGCCTTTGGATCAAGATGTAGAATTCTTCACTCCATGGTACCATTTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTTGGATCAAGATGTAGAATTCTTCACTCCATGGTACCATTTCTG  550

seq1  CCTGGATGCTGCCACACTTCCCACCATGATAATAATGGACTGTTAGAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGATGCTGCCACACTTCCCACCATGATAATAATGGACTGTTAGAAAC  600

seq1  TGCAATGAAACTGTAAGCCAGCTACAATTAAATTTTATCCTTTATAAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATGAAACTGTAAGCCAGCTACAATTAAATTTTATCCTTTATAAGAG  650

seq1  CTGCCTTTGTCATAGTGTCTCATCACAGCAATGGAAACCCTAACTAAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTTGTCATAGTGTCTCATCACAGCAATGGAAACCCTAACTAAGAC  700

seq1  AATATAAAGGACAGTTCAGGTCAATTCGAGGTCATTTTTGTAGGCATCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAAAGGACAGTTCAGGTCAATTCGAGGTCATTTTTGTAGGCATCAA  750

seq1  CTAAACTTAAAGACACCTAACATAGATGTGACCATCTGAAGCCTTCCCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACTTAAAGACACCTAACATAGATGTGACCATCTGAAGCCTTCCCCA  800

seq1  TCC-TTGATTAAGTCTACTTTAAGAACGGGTTCCTTCAGAGCTGCTGGTA  849
      ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGATTAAGTCTACTTTAAGAACGGGTTTCTTCAGAGCTGCTGGTA  850

seq1  ACTGTAACAGTTTTATCTTGGTAACTGGGGGGCAATGTCTTTAGGTTAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAACAGTTTTATCTTGGTAACTGGGGGGCAATGTCTTTAGGTTAAG  900

seq1  TTCTGCAGA-TACCTGCTGG-CCTCTTTGTCAAACACTAATGCCAAGCAA  947
      ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTCTGCAGATTACTTGCTGGTCCTCTTTGTCAAACACTAATGCCAAGC-A  949

seq1  TGGAAGGGCAGAGCAGGGTTTTGTGTAGCTTAGTGCTAGTGTGGTCCTAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGGAAGGGCAGAGCAGGGTTTTGTGTAGCTTAGTGCTAGTGTGGT-CTAG  998

seq1  GTTCAATCCCAAGAACCACAATAAAGGTAATAAAATAAACATCTACAGAG  1047
      |||| |||| ||||||||||   |||||||| ||||||||||||||| ||
seq2  GTTC-ATCCTAAGAACCACA--TAAGGTAATTAAATAAACATCTACA-AG  1044

seq1  AGTGCATATCTCATACTGATCTGTCTCTGTCTCTGTGTCTCTAATTCTGT  1097
      |  |||||||||||||||||| |||||||  |||| ||||||||||| ||
seq2  AAGGCATATCTCATACTGATCGGTCTCTG--TCTGGGTCTCTAATTCGGT  1092

seq1  CTCTCCGTC-TCTGTATGTGAG-TCTGTGAGTCTGTGTG  1134
      |||| |||| |||||||| ||| |||||   ||||||||
seq2  CTCT-CGTCTTCTGTATG-GAGATCTGTAGATCTGTGTG  1129