BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-063I23
Chromosome6 (Build37)
Map Location 32,213,207 - 32,347,585
singlet/doubletdoublet
Overlap genePlxna4
Upstream geneMkln1, Podxl, EG619959, LOC620104, 1700012A03Rik
Downstream geneChchd3, LOC100039118, Gm1401, Exoc4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-063I23.bB6Ng01-063I23.g
ACCDH883615DH883616
length1,0501,182
definitionDH883615|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-063I23, 5' end.DH883616|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-063I23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,346,531 - 32,347,585)(32,213,207 - 32,214,380)
sequence
gaattccagtgatctcagacaaaggttaagcttatcaggagggctgtgcc
aggaaatgccaggagactgggtgccaggtcacctgtgtgcaaagccctga
ggtgccatcccaaacctgggcagctcactctctcccttcccagcgggctc
tccttctactgtggcaaccatctgccccacttctgagagagagaaaaaac
aggctgaaaaacaggcccagagaaggcttcctgccccactggctggaagg
ggagggctgggttaatgaagccaagtgcagttatgaggggaaccgggcca
gctggagctctcccaggcttgacctgcagtcctttggcaggacccgggct
gctgggggagtggctagagacaaaaacatagtctggttttctctcagcag
aggaggtctttgttgctcttggactactgtgagctgtcaggcatactggc
cagccctggtgggatgaccccggggagtgaggactggcaggactggcggg
tcttctttcaaacttgccttcttcctcccattctccagccttgatgtctg
gtcctgagtggaagagctgatagacccttctaatatttagtcattcagcc
agccagtcagtcagtcagccagtcagtcagtcagtcagtcagtcagtcag
ccagtcagtcagtcagtcagtcagttgttggtcaatcatctaggcttttt
gtttgtttgcttgctttgttttgttttttgagactgagtctcactaaata
gcccaggctgctcttaaactcacaatcctttctccatcttcccaagtgct
gagattgctgttgtacaccactgtgcccagctttcattgcctgtcaatag
acggggttctttttgcctttctcttctgagcttcagggaatcccctacat
agagccgcttcatggatgatctcacaatctttactaaatgttaattaaag
tacatcactcagagagcaaaggatcagtggtgaataactatgctccaaat
gatttcacatcattgcagatcacccctccagcattcaaactgaaatgatg

gaattcttactcgtcctccctctggagcatcctgagggctagaattactg
gtgtgtgccactatggccagatccccttttagccttcaaagagaactgtg
cagcacacagtcatatgcacaggcagctttctgtagtaagaataatttct
ggagagagagtggagttgttagcaggaggtaacattggaagatttaggta
gtatggtcaggtagtggcatgcacacccttaattccagcactcaggaggc
agaagcagacagatctctgagtccaggtcagcctggtctacagagtgagt
tccaggtcagtcaaggatacacagtgaaaccctgtctttaaaaaaaagtg
ttagcccacaaagtgtattttaggatccaagctttagttgtgctctgttt
ttagcattcatatgatttcaaaccatccagaacagcaattctcaatcttc
gggggtcactatgaccatcacaaaacaaatatttacattatgattcaaaa
gagtagaaaaatgacagttatgaagtatcagtgaaaataaatatacggtt
ttggctgagaaccgctgctctagggctatggagaggatccatggcttatt
agtgtctcctcttggtccatcttgtgaccagcacaatggactactatcgc
tgtctgtcaaatgttttcccattgaaaatttaaccaactcattggatgga
gaatcaccgtttgacaatgataccaccaagtcaggtccccacagaagatc
ctaggcaaggactaggactcctcgggctgtggtccctacaggcttagaat
caacgatggtgtgtctgggaggttcatttcctcactagacagtccagtca
tggggtgctaagaacagcacttggaagggggggtggggacctaagacctg
catgcaccatctttacattcttccctagtttgctggtgaagacccggagg
catgtgttctcccttcaaaattggctctcttgtggtccttcctaggtaga
accattcctattaacccagttagctggacagtggaaaaagccccaggtgc
ttgctctcaagatctctcccacttcatcccttcctggggactgggtctgt
ctgctattggaatggccagtctgcgctgtgctcttagactttacaaagag
aagaaggccccactctggcatatggcttgaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_32346531_32347585
seq2: B6Ng01-063I23.b_46_1095 (reverse)

seq1  CATCATATCAGTTTTGAATGCTGGAGTGGTTGATCTGCAAATGATGTGAG  50
      |||||| |||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||| 
seq2  CATCATTTCAG-TTTGAATGCTGGAG-GGGTGATCTGC-AATGATGTGAA  47

seq1  ATCATTTGGAGCATAGTTATTCACCACTGATCCCTTTGCTCTCTGAGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTGGAGCATAGTTATTCACCACTGAT-CCTTTGCTCTCTGAGTGA  96

seq1  TTGTACTTTAATTAACATTTAGTAAAGATTGTGAGATCATCCATGAAGCG  150
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TGTACTTTAATTAACATTTAGTAAAGATTGTGAGATCATCCATGAAGCG  145

seq1  GCTCTATGTAGGGGATTCCCTGAAGCTCAGAAGAGAAAGGCAAAAAGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTATGTAGGGGATTCCCTGAAGCTCAGAAGAGAAAGGCAAAAAGAAC  195

seq1  CCCGTCTATTGACAGGCAATGAAAGCTGGGCACAGTGGTGTACAACAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTCTATTGACAGGCAATGAAAGCTGGGCACAGTGGTGTACAACAGCA  245

seq1  ATCTCAGCACTTGGGAAGATGGAGAAAGGATTGTGAGTTTAAGAGCAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAGCACTTGGGAAGATGGAGAAAGGATTGTGAGTTTAAGAGCAGCC  295

seq1  TGGGCTATTTAGTGAGACTCAGTCTCAAAAAACAAAACAAAGCAAGCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTATTTAGTGAGACTCAGTCTCAAAAAACAAAACAAAGCAAGCAAA  345

seq1  CAAACAAAAAGCCTAGATGATTGACCAACAACTGACTGACTGACTGACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAAAAGCCTAGATGATTGACCAACAACTGACTGACTGACTGACTG  395

seq1  ACTGGCTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGGCTGACTGACTGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGGCTGACTGACTGAC  445

seq1  TGGCTGGCTGAATGACTAAATATTAGAAGGGTCTATCAGCTCTTCCACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGGCTGAATGACTAAATATTAGAAGGGTCTATCAGCTCTTCCACTC  495

seq1  AGGACCAGACATCAAGGCTGGAGAATGGGAGGAAGAAGGCAAGTTTGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCAGACATCAAGGCTGGAGAATGGGAGGAAGAAGGCAAGTTTGAAA  545

seq1  GAAGACCCGCCAGTCCTGCCAGTCCTCACTCCCCGGGGTCATCCCACCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACCCGCCAGTCCTGCCAGTCCTCACTCCCCGGGGTCATCCCACCAG  595

seq1  GGCTGGCCAGTATGCCTGACAGCTCACAGTAGTCCAAGAGCAACAAAGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGCCAGTATGCCTGACAGCTCACAGTAGTCCAAGAGCAACAAAGAC  645

seq1  CTCCTCTGCTGAGAGAAAACCAGACTATGTTTTTGTCTCTAGCCACTCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCTGCTGAGAGAAAACCAGACTATGTTTTTGTCTCTAGCCACTCCC  695

seq1  CCAGCAGCCCGGGTCCTGCCAAAGGACTGCAGGTCAAGCCTGGGAGAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGCCCGGGTCCTGCCAAAGGACTGCAGGTCAAGCCTGGGAGAGCT  745

seq1  CCAGCTGGCCCGGTTCCCCTCATAACTGCACTTGGCTTCATTAACCCAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTGGCCCGGTTCCCCTCATAACTGCACTTGGCTTCATTAACCCAGC  795

seq1  CCTCCCCTTCCAGCCAGTGGGGCAGGAAGCCTTCTCTGGGCCTGTTTTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCTTCCAGCCAGTGGGGCAGGAAGCCTTCTCTGGGCCTGTTTTTC  845

seq1  AGCCTGTTTTTTCTCTCTCTCAGAAGTGGGGCAGATGGTTGCCACAGTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGTTTTTTCTCTCTCTCAGAAGTGGGGCAGATGGTTGCCACAGTAG  895

seq1  AAGGAGAGCCCGCTGGGAAGGGAGAGAGTGAGCTGCCCAGGTTTGGGATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAGCCCGCTGGGAAGGGAGAGAGTGAGCTGCCCAGGTTTGGGATG  945

seq1  GCACCTCAGGGCTTTGCACACAGGTGACCTGGCACCCAGTCTCCTGGCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTCAGGGCTTTGCACACAGGTGACCTGGCACCCAGTCTCCTGGCAT  995

seq1  TTCCTGGCACAGCCCTCCTGATAAGCTTAACCTTTGTCTGAGATCACTGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGCACAGCCCTCCTGATAAGCTTAACCTTTGTCTGAGATCACTGG  1045

seq1  AATTC  1055
      |||||
seq2  AATTC  1050

seq1: chr6_32213207_32214380
seq2: B6Ng01-063I23.g_68_1249

seq1  GAATTCTTACTCGTCCTCCCTCTGGAGCATCCTGAGGGCTAGAATTACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACTCGTCCTCCCTCTGGAGCATCCTGAGGGCTAGAATTACTG  50

seq1  GTGTGTGCCACTATGGCCAGATCCCCTTTTAGCCTTCAAAGAGAACTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGCCACTATGGCCAGATCCCCTTTTAGCCTTCAAAGAGAACTGTG  100

seq1  CAGCACACAGTCATATGCACAGGCAGCTTTCTGTAGTAAGAATAATTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACACAGTCATATGCACAGGCAGCTTTCTGTAGTAAGAATAATTTCT  150

seq1  GGAGAGAGAGTGGAGTTGTTAGCAGGAGGTAACATTGGAAGATTTAGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGAGAGTGGAGTTGTTAGCAGGAGGTAACATTGGAAGATTTAGGTA  200

seq1  GTATGGTCAGGTAGTGGCATGCACACCCTTAATTCCAGCACTCAGGAGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGTCAGGTAGTGGCATGCACACCCTTAATTCCAGCACTCAGGAGGC  250

seq1  AGAAGCAGACAGATCTCTGAGTCCAGGTCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAGACAGATCTCTGAGTCCAGGTCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGT  300

seq1  TCCAGGTCAGTCAAGGATACACAGTGAAACCCTGTCTTTAAAAAAAAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGTCAGTCAAGGATACACAGTGAAACCCTGTCTTTAAAAAAAAGTG  350

seq1  TTAGCCCACAAAGTGTATTTTAGGATCCAAGCTTTAGTTGTGCTCTGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCCACAAAGTGTATTTTAGGATCCAAGCTTTAGTTGTGCTCTGTTT  400

seq1  TTAGCATTCATATGATTTCAAACCATCCAGAACAGCAATTCTCAATCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCATTCATATGATTTCAAACCATCCAGAACAGCAATTCTCAATCTTC  450

seq1  GGGGGTCACTATGACCATCACAAAACAAATATTTACATTATGATTCAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTCACTATGACCATCACAAAACAAATATTTACATTATGATTCAAAA  500

seq1  GAGTAGAAAAATGACAGTTATGAAGTATCAGTGAAAATAAATATACGGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGAAAAATGACAGTTATGAAGTATCAGTGAAAATAAATATACGGTT  550

seq1  TTGGCTGAGAACCGCTGCTCTAGGGCTATGGAGAGGATCCATGGCTTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTGAGAACCGCTGCTCTAGGGCTATGGAGAGGATCCATGGCTTATT  600

seq1  AGTGTCTCCTCTTGGTCCATCTTGTGACCAGCACAATGGACTACTATCGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCTCCTCTTGGTCCATCTTGTGACCAGCACAATGGACTACTATCGC  650

seq1  TGTCTGTCAAAATGTTTTCCCATTGAAAATTTAACCAACTCATTGGATGG  700
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTC-AAATGTTTTCCCATTGAAAATTTAACCAACTCATTGGATGG  699

seq1  AGAATCACCGTTTGACAATGATACCACCAAGTCAGGTCCCCACAGAAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCACCGTTTGACAATGATACCACCAAGTCAGGTCCCCACAGAAGAT  749

seq1  CCTAGGCAAGGACTAGGACTCCTCGGGCTGTGGTCCCTACAGGCTTAGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGCAAGGACTAGGACTCCTCGGGCTGTGGTCCCTACAGGCTTAGAA  799

seq1  TCAACGATGGTGTGTCT-GGAGGTTCATTTCCTCACTAGACAGT-CAGTC  848
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCAACGATGGTGTGTCTGGGAGGTTCATTTCCTCACTAGACAGTCCAGTC  849

seq1  ATGGGGTGCT-AGAACAGCACT--GGAGGGTGGGTGGGGACCTAGGACCT  895
      |||||||||| |||||||||||  | |||| ||||||||||||| |||||
seq2  ATGGGGTGCTAAGAACAGCACTTGGAAGGGGGGGTGGGGACCTAAGACCT  899

seq1  GCATGCA-CATC-TTACATTCTTCCCTAGTTTGCT-GTG-AGACCC-GAG  940
      ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||
seq2  GCATGCACCATCTTTACATTCTTCCCTAGTTTGCTGGTGAAGACCCGGAG  949

seq1  GCATGTGTTCTCACTTCAAAA-TGGCTCTC-TGTTGTCCTTCCTA-GTAG  987
      |||||||||||| |||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||
seq2  GCATGTGTTCTCCCTTCAAAATTGGCTCTCTTGTGGTCCTTCCTAGGTAG  999

seq1  AACCATCCCTTATAACCCAG-TAGCTGAACAGTGGAAAAAGCCCCAGGTG  1036
      |||||| |||  |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATTCCTATTAACCCAGTTAGCTGGACAGTGGAAAAAGCCCCAGGTG  1049

seq1  CCTTGCTC-CAGGATCTCTCCCAACTTCATCCCTTTCCTGGGGACTGGGT  1085
       ||||||| || |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  -CTTGCTCTCAAGATCTCTCCC-ACTTCATCCC-TTCCTGGGGACTGGGT  1096

seq1  CTGTCTGCATAATGGTATGCCCAGTTCTGCCCTG-GTTCTTATGACTTTA  1134
      |||||||| || ||| ||| |||| ||||| ||| | ||||| |||||| 
seq2  CTGTCTGC-TATTGGAATGGCCAG-TCTGCGCTGTGCTCTTA-GACTTT-  1142

seq1  ACAAAGTAGGAGGATGGCCCA-TCTGGCATATGCTTTGAAT  1174
      |||||| || || | | |||| |||||||||||  ||||||
seq2  ACAAAG-AGAAGAAGGCCCCACTCTGGCATATGGCTTGAAT  1182