BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-067J20
Chromosome6 (Build37)
Map Location 33,917,466 - 34,050,510
singlet/doubletdoublet
Overlap geneExoc4, Lrguk
Upstream geneChchd3, LOC100039118, Gm1401
Downstream geneSlc35b4, Akr1b3, Akr1b8, LOC664942, 2310005E10Rik, Akr1b7, Bpgm, LOC100039184, Cald1, Agbl3, Tmem140, 3110062M04Rik, 9530020G05Rik, Stra8, 2010107G12Rik, Cnot4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-067J20.bB6Ng01-067J20.g
ACCDH886444DH886445
length1,189949
definitionDH886444|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-067J20, 5' end.DH886445|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-067J20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,049,315 - 34,050,510)(33,917,466 - 33,918,407)
sequence
gaattccacacctaacgtgattaaaatggaaaacgagggctggcacgatt
gcttgctcagtggtcagagctcttgctgccgagattgttgatctgagtct
gagctctggaacccacgtggaggaagggacaatcagttcccacaagctgt
tgactgatcgtcacaagtgcatgtgtgtaagtaaatgtaaaatttgccaa
aaaaaaaaaatgtggcgcgttatagatgcttacaggatgcatgcaacaca
tgtctacaactttaaaagaaaagcataagaagaatgggactcagtgctga
gggagctctccttttaatcttacagtcgggcagacagggttttctttatc
tactttgatgatttaacaactcatgaaatttggctaaatgaccccatgcc
ctttactagaagataacagcaccactttatgggctggcaaattggtccat
tttccctttatcattaatcagaattaggaaaactataatttcattccata
accttgatggcaagactgcaggctgctcgttagttccacttcctcaaagt
ctccccggaagcagcgactaactaagacacaggagctgtaccagtggttc
tcaacctgtgggtcacgacccctgtcaaatgacccttgtgctagagacaa
ctaaggccatcagaaaggacagatatttatgaatcctaacagtagcaaaa
ttacagttatggggaatcgatgaaactaattttatggttgggatgacaac
acgaggatctgtattaaagggttgcagcattatgaaggggagagacaagt
tgctaatcaattgagtttattcttgtttcatagaagctattttgttaact
gcatgctttaaaaacaagcatttccctacatttactatgggaaaagtagg
accgtgccatacttaattggtatgcacttaaaattaatggcacatctaag
gagcttatcatcacggtatagccacagctctttatgcatgcatttggtga
taattcacctagtccatctggcgagggttcaggtttccagggctgggttg
gtggatgctgacgcaggacacagcttctagccttccctttctcattctgt
tcaaccttactgtgcgggaattatcatcgggtccaggacaagcagcagct
tacgatttatataggataaagctgtatatcatgcttcaa
gaattcaactctagtccctatggttggaagaaagcacctttttacctagt
gagccatctcaaatactgttagattcaggtcagtttttcatatcaggacc
ccattcttccttgtgtaacagcctgtcaagtacacacaccatagtttcct
tcttcagacattcagcaataagcactgtaattaattccgtatcttggcta
ttgtgaacactcctgcaataaagaagaaagtgcaagtatctatttgacct
aatgaccttttttcctttggatatgaagtccagagtgggactgctgggtc
atatgagagttctgtgtgtctcaactctctacatctactctatatctact
gtcttctataatggctgtacagagaggcaaccaactttcaaaaagaacac
ttacctcatccgttaccaccttggacagacagacagacagacagggaaaa
gtaaaataggtaacaaaatggaaaagttaggccctgaactctaagtttgg
agccctaaatttcaggtccacagggagctattcagccataactgtgaggt
ttgtctaaacaaagtgtgaactaccacagggctggctgtcacttcagcag
aagatggagctggggtgagttagtctgagaattctgtccagttacactaa
agcacagccaaatggactcagacagtgtttgcagttagtcccttttgcct
tttacactttcatcctctattacctgggcttttggaagacatttaggcct
tgaaatcctttagttttgagaacccagggcaagtcactcatgttctacag
ctgagctgcttctgtgtacagtgtgaattttgatacccatctcagacggt
tgaatatacagaatgaatctacaagttaatattggtaaatattactacag
caaatacagacccaaacacagcaggagctcatagctttcgtacattagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_34049315_34050510
seq2: B6Ng01-067J20.b_48_1236 (reverse)

seq1  TTGAAGCAATGATATACAGCTTTATCC-CTAATAATCGTAAGCTGCCTGC  49
      ||||||| |||||||||||||||||||  ||  |||||||||||| ||||
seq2  TTGAAGC-ATGATATACAGCTTTATCCTATATAAATCGTAAGCTG-CTGC  48

seq1  TTGTCACTGGGGACACGATGATAATGTCCACGCAACAGTAAGGTTGAAAC  99
      ||||| ||  |||| |||||||||| ||| ||| |||||||||||| |||
seq2  TTGTC-CT--GGACCCGATGATAAT-TCC-CGC-ACAGTAAGGTTG-AAC  91

seq1  AGAATGAGAAAGGGAAGGCTAAGAGCTGTGTCCTGCGGTCAGCATCCACC  149
      |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGAATGAGAAAGGGAAGGCTAGAAGCTGTGTCCTGC-GTCAGCATCCACC  140

seq1  AACCCAGCCCTGGAAACCTGAACCCTCGCCAAGATGGGCTAGGTGAATTA  199
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  AACCCAGCCCTGGAAACCTGAACCCTCGCC-AGATGGACTAGGTGAATTA  189

seq1  TCACCAAATGCATGCATAAAGAGCTGTGGCTATACCGTGATGATAAGCTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAAATGCATGCATAAAGAGCTGTGGCTATACCGTGATGATAAGCTC  239

seq1  CTTAGATGTGCCATTAATTTTAAGTGCATACCAATTAAGTATGGCACGGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGATGTGCCATTAATTTTAAGTGCATACCAATTAAGTATGGCACGGT  289

seq1  CCTACTTTTCCCATAGT-AATGTA-GGAAATGCTTGTTTTTAAAGCATGC  347
      ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTTTTCCCATAGTAAATGTAGGGAAATGCTTGTTTTTAAAGCATGC  339

seq1  AGTTAACAATATAGCTTCTATGAAACAAGAATAAACTCAATTGATTAGCA  397
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAACAAAATAGCTTCTATGAAACAAGAATAAACTCAATTGATTAGCA  389

seq1  ACTTGTCTCT-CCCTTCATAATGCTGCAACCCTTTAATACAGATCCTCGT  446
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTCTCTCCCCTTCATAATGCTGCAACCCTTTAATACAGATCCTCGT  439

seq1  GTTGTCATCCCAACCATAAAATTAGTTTCATCGATTCCCCATAACTGTAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCATCCCAACCATAAAATTAGTTTCATCGATTCCCCATAACTGTAA  489

seq1  TTTTGCTACTGTTAGGATTCATAAATATCTGTCCTTTCTGATGGCCTTAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTACTGTTAGGATTCATAAATATCTGTCCTTTCTGATGGCCTTAG  539

seq1  TTGTCTCTAGCACAAGGGTCATTTGACAGGGGTCGTGACCCACAGGTTGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTCTAGCACAAGGGTCATTTGACAGGGGTCGTGACCCACAGGTTGA  589

seq1  GAACCACTGGTACAGCTCCTGTGTCTTAGTTAGTCGCTGCTTCCGGGGAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCACTGGTACAGCTCCTGTGTCTTAGTTAGTCGCTGCTTCCGGGGAG  639

seq1  ACTTTGAGGAAGTGGAACTAACGAGCAGCCTGCAGTCTTGCCATCAAGGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGAGGAAGTGGAACTAACGAGCAGCCTGCAGTCTTGCCATCAAGGT  689

seq1  TATGGAATGAAATTATAGTTTTCCTAATTCTGATTAATGATAAAGGGAAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAATGAAATTATAGTTTTCCTAATTCTGATTAATGATAAAGGGAAA  739

seq1  ATGGACCAATTTGCCAGCCCATAAAGTGGTGCTGTTATCTTCTAGTAAAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACCAATTTGCCAGCCCATAAAGTGGTGCTGTTATCTTCTAGTAAAG  789

seq1  GGCATGGGGTCATTTAGCCAAATTTCATGAGTTGTTAAATCATCAAAGTA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGGGGTCATTTAGCCAAATTTCATGAGTTGTTAAATCATCAAAGTA  839

seq1  GATAAAGAAAACCCTGTCTGCCCGACTGTAAGATTAAAAGGAGAGCTCCC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAGAAAACCCTGTCTGCCCGACTGTAAGATTAAAAGGAGAGCTCCC  889

seq1  TCAGCACTGAGTCCCATTCTTCTTATGCTTTTCTTTTAAAGTTGTAGACA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCACTGAGTCCCATTCTTCTTATGCTTTTCTTTTAAAGTTGTAGACA  939

seq1  TGTGTTGCATGCATCCTGTAAGCATCTATAACGCGCCACATTTTTTTTTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTGCATGCATCCTGTAAGCATCTATAACGCGCCACATTTTTTTTTT  989

seq1  TTGGCAAATTTTACATTTACTTACACACATGCACTTGTGACGATCAGTCA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAAATTTTACATTTACTTACACACATGCACTTGTGACGATCAGTCA  1039

seq1  ACAGCTTGTGGGAACTGATTGTCCCTTCCTCCACGTGGGTTCCAGAGCTC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTTGTGGGAACTGATTGTCCCTTCCTCCACGTGGGTTCCAGAGCTC  1089

seq1  AGACTCAGATCAACAATCTCGGCAGCAAGAGCTCTGACCACTGAGCAAGC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCAGATCAACAATCTCGGCAGCAAGAGCTCTGACCACTGAGCAAGC  1139

seq1  AATCGTGCCAGCCCTCGTTTTCCATTTTAATCACGTTAGGTGTGGAATTC  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCGTGCCAGCCCTCGTTTTCCATTTTAATCACGTTAGGTGTGGAATTC  1189

seq1: chr6_33917466_33918407
seq2: B6Ng01-067J20.g_71_1018

seq1  GAATTCAACTCTAGTCCCTATGGTTGGAAGAAAGCACCTTTTTACCTAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTCTAGTCCCTATGGTTGGAAGAAAGCACCTTTTTACCTAGT  50

seq1  GAGCCATCTCAAATACTGTTAGATTCAGGTCAGTTTTTCATATCAGGACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCATCTCAAATACTGTTAGATTCAGGTCAGTTTTTCATATCAGGACC  100

seq1  CCATTCTTCCTTGTGTAACAGCCTGTCAAGTACACACACCATAGTTTCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCTTCCTTGTGTAACAGCCTGTCAAGTACACACACCATAGTTTCCT  150

seq1  TCTTCAGACATTCAGCAATAAGCACTGTAATTAATTCCGTATCTTGGCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGACATTCAGCAATAAGCACTGTAATTAATTCCGTATCTTGGCTA  200

seq1  TTGTGAACACTCCTGCAATAAAGAAGAAAGTGCAAGTATCTATTTGACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAACACTCCTGCAATAAAGAAGAAAGTGCAAGTATCTATTTGACCT  250

seq1  AATGACCTTTTTTCCTTTGGATATGAAGTCCAGAGTGGGACTGCTGGGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACCTTTTTTCCTTTGGATATGAAGTCCAGAGTGGGACTGCTGGGTC  300

seq1  ATATGAGAGTTCTGTGTGTCTCAACTCTCTACATCTACTCTATATCTACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAGAGTTCTGTGTGTCTCAACTCTCTACATCTACTCTATATCTACT  350

seq1  GTCTTCTATAATGGCTGTACAGAGAGGCAACCAACTTTCAAAAAGAACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCTATAATGGCTGTACAGAGAGGCAACCAACTTTCAAAAAGAACAC  400

seq1  TTACCTCATCCGTTACCACCTTGGACAGACAGACAGACAGACAGGGAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTCATCCGTTACCACCTTGGACAGACAGACAGACAGACAGGGAAAA  450

seq1  GTAAAATAGGTAACAAAATGGAAAAGTTAGGCCCTGAACTCTAAGTTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATAGGTAACAAAATGGAAAAGTTAGGCCCTGAACTCTAAGTTTGG  500

seq1  AGCCCTAAATTTCAGGTCCACAGGGAGCTATTCAGCCATAACTGTGAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTAAATTTCAGGTCCACAGGGAGCTATTCAGCCATAACTGTGAGGT  550

seq1  TTGTCTAAACAAAGTGTGAACTACCACAGGGCTGGCTGTCACTTCAGCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTAAACAAAGTGTGAACTACCACAGGGCTGGCTGTCACTTCAGCAG  600

seq1  AAGATGGAGCTGGGGTGAGTTAGTCTGAGAATTCTGTCCAGTTACACTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGGAGCTGGGGTGAGTTAGTCTGAGAATTCTGTCCAGTTACACTAA  650

seq1  AGCACAGCCAAATGGACTCAGACAGTGTTTGCAGTTAGTCCC-TTTGCCT  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGCACAGCCAAATGGACTCAGACAGTGTTTGCAGTTAGTCCCTTTTGCCT  700

seq1  TTTACACTTTCATCCTCTATTACCTGGGC-TTTGGAAGACATTTAGGCCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTTACACTTTCATCCTCTATTACCTGGGCTTTTGGAAGACATTTAGGCCT  750

seq1  TGAAATCCTTTAG-TTTGAGAA-CCAAGGCAAGTCACTCATGTTCTACAG  796
      ||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCCTTTAGTTTTGAGAACCCAGGGCAAGTCACTCATGTTCTACAG  800

seq1  CTGAGCTGCTTCTGTGTACAGTGTGAATTTTGATACCCATCTCAGACGGT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTGCTTCTGTGTACAGTGTGAATTTTGATACCCATCTCAGACGGT  850

seq1  TGAATATACAG-ATGAATCTACAAGTTAATATTGTTAAATATTACTACAG  895
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGAATATACAGAATGAATCTACAAGTTAATATTGGTAAATATTACTACAG  900

seq1  CAAATACAGACCCAAACACAGCAGGAGCTCATAGC-TTCGTACATTAG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CAAATACAGACCCAAACACAGCAGGAGCTCATAGCTTTCGTACATTAG  948