BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-068N21
Chromosome6 (Build37)
Map Location 52,831,245 - 52,970,118
singlet/doubletdoublet
Overlap geneJazf1
Upstream geneSkap2, LOC666391, Hoxa1, Hoxa2, Hoxa3, Hoxa4, Hoxa5, Hoxa6, Hoxa7, Hoxa9, Hoxa10, Hoxa11, Hoxa13, Evx1, EG666487, 1700094M24Rik, EG545841, Hibadh, Tax1bp1
Downstream geneLOC666259, LOC666516, D430007I03, Creb5, LOC384386, 1200009O22Rik, Cpvl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-068N21.bB6Ng01-068N21.g
ACCDH887335DH887336
length1,167373
definitionDH887335|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068N21, 5' end.DH887336|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068N21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,968,936 - 52,970,118)(52,831,245 - 52,831,623)
sequence
gaattccaaggaagaaatgttttagccatgaagccactgatcacaggggc
agtatgatcaaaggtgttttatcaatgttttatgtgtcagtgtctgtccc
aaatgtcccaggtttgagaggttagtgctgtgaataagaagatctgtgcg
ttgacatttttaatgtcaaaagtcacatctagtttagggaccaaatatct
gcctgtcttccttgttgtctccagggaaaaaggaaagaaatgatatgtat
aattttaaaggaacttcttaaagattttaatgattatatactccagtttt
acttacatacagagagaaggtgaagtgtttggggaagagattgggagtca
tttatttctctaatcttgggtagtctcggagagctcattgtgtatattca
ggtggatgcatttagaagggttccaaccaaagcagagggtgagcttttta
agagccctgtctttgtgagtgtatacattactggcatgcagcactgtcgt
gctgtgctgaatgttcccagccttactgtaactgatagcttttataccct
gaacaattggacctcgagactaccatgatatgataggttctgacattttt
gtatggatttgaatgaaaaacttaaccactgtttgatttgaggactagga
gtctttatttctgaagagctcaccaggtaagggtcatgctgtgccctcta
tgggaccatgccctgtcactctcaaaggacaaatttcctagcatacctag
cttcactattcccaacagtgagaggtctcaggtgtatatctctgttcttt
ggctaacatccatgaatttgatattctttgtgatctcttgtgtttatgag
cacaggggtactgtggaagacaaaaagacagaggaagggtgagtgagcct
cattttcagaaatcactctaccaggctgacttctgttgactcctgagtcc
tgctttagagatgcatagacttcattcatgtcctgttgcacttggcccta
accaaaccctttatactacgcacagttgttcctcagcatcttgtgttcca
gcaacagctagtgttgaagcattacaagctttgggaaatggatgtagtgg
cagtactaactccatacttatatggcctcattttatgccagaatcagctc
tcaggtgtggggagtgc
caaaggtagtcctctaacccttatacacataccaaatgcgttgctttatc
aatcagtcaataaatagaatgtaaaaataaagataatgaagtgactagaa
tatctaagtaaaggagaaatatggatgactcagtaaagtatgttgccaag
aagatatcacccagctataaaaagaatgaagtcgtatttctaggagcatg
gatgaaaatagagtgtatcatttaagtaaaattaggcagacacaggtaga
ctaatattgtattcattaatacgaagaaactattaaaaaagacctgaaag
tagaaaagagcttagtagggaatcagaagagtgctggtgtgtgtgtctgt
gtgtgtgtgtgtgttggggggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_52968936_52970118
seq2: B6Ng01-068N21.b_48_1214 (reverse)

seq1  GCACTCACCACAACCTGAGAGCTGAATTCTTGGGCATTTATAAGTGAGGC  50
      |||||| |||| |||||||||||| |||||  |||||    || ||||||
seq2  GCACTCCCCAC-ACCTGAGAGCTG-ATTCT--GGCAT---AAAATGAGGC  43

seq1  ACTATAAGTATGTGAGTTTAGTTACTGCCCACCTACATCCATATTCCAAA  100
        |||||||||| ||| |||| |||||||   |||||||||| | |||||
seq2  CATATAAGTATG-GAG-TTAG-TACTGCC--ACTACATCCATTTCCCAAA  88

seq1  GCTTGTAATGGCTTCAACACTTAGCTGTTGCTGGAACACAAGATGCTGAG  150
      ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTAAT-GCTTCAACAC-TAGCTGTTGCTGGAACACAAGATGCTGAG  136

seq1  GAACAAACTGTGCGTAGTATTAAGGGTTTGGTTAGGGCCAAGTGCAACAG  200
      |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAC-AACTGTGCGTAGTATAAAGGGTTTGGTTAGGGCCAAGTGCAACAG  185

seq1  GACATGAATGAAGTCTATGCATTCTCTAAAGCAGGACTCAGGAGTCAACA  250
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGAATGAAGTCTATGCA-TCTCTAAAGCAGGACTCAGGAGTCAACA  234

seq1  GAAGTCAGCCTGGTAGAGTGATTTCTGAAAATGAGGCTCACTCACCCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCAGCCTGGTAGAGTGATTTCTGAAAATGAGGCTCACTCACCCTTC  284

seq1  CTCTGTCTTTTTGTCTTCCACAGTACCCCTGTGCTCATAAACACAAGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTCTTTTTGTCTTCCACAGTACCCCTGTGCTCATAAACACAAGAGA  334

seq1  TCACAAAGAATATCAAATTCATGGATGTTAGCCAAAGAACAGAGATATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAAGAATATCAAATTCATGGATGTTAGCCAAAGAACAGAGATATAC  384

seq1  ACCTGAGACCTCTCACTGTTGGGAATAGTGAAGCTAGGTATGCTAGGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAGACCTCTCACTGTTGGGAATAGTGAAGCTAGGTATGCTAGGAAA  434

seq1  TTTGTCCTTTGAGAGTGACAGGGCATGGTCCCATAGAGGGCACAGCATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCCTTTGAGAGTGACAGGGCATGGTCCCATAGAGGGCACAGCATGA  484

seq1  CCCTTACCTGGTGAGCTCTTCAGAAATAAAGACTCCTAGTCCTCAAATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTACCTGGTGAGCTCTTCAGAAATAAAGACTCCTAGTCCTCAAATCA  534

seq1  AACAGTGGTTAAGTTTTTCATTCAAATCCATACAAAAATGTCAGAACCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTGGTTAAGTTTTTCATTCAAATCCATACAAAAATGTCAGAACCTA  584

seq1  TCATATCATGGTAGTCTCGAGGTCCAATTGTTCAGGGTATAAAAGCTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATCATGGTAGTCTCGAGGTCCAATTGTTCAGGGTATAAAAGCTATC  634

seq1  AGTTACAGTAAGGCTGGGAACATTCAGCACAGCACGACAGTGCTGCATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACAGTAAGGCTGGGAACATTCAGCACAGCACGACAGTGCTGCATGC  684

seq1  CAGTAATGTATACACTCACAAAGACAGGGCTCTTAAAAAGCTCACCCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAATGTATACACTCACAAAGACAGGGCTCTTAAAAAGCTCACCCTCT  734

seq1  GCTTTGGTTGGAACCCTTCTAAATGCATCCACCTGAATATACACAATGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGGTTGGAACCCTTCTAAATGCATCCACCTGAATATACACAATGAG  784

seq1  CTCTCCGAGACTACCCAAGATTAGAGAAATAAATGACTCCCAATCTCTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCGAGACTACCCAAGATTAGAGAAATAAATGACTCCCAATCTCTTC  834

seq1  CCCAAACACTTCACCTTCTCTCTGTATGTAAGTAAAACTGGAGTATATAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAACACTTCACCTTCTCTCTGTATGTAAGTAAAACTGGAGTATATAA  884

seq1  TCATTAAAATCTTTAAGAAGTTCCTTTAAAATTATACATATCATTTCTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAAAATCTTTAAGAAGTTCCTTTAAAATTATACATATCATTTCTTT  934

seq1  CCTTTTTCCCTGGAGACAACAAGGAAGACAGGCAGATATTTGGTCCCTAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTTCCCTGGAGACAACAAGGAAGACAGGCAGATATTTGGTCCCTAA  984

seq1  ACTAGATGTGACTTTTGACATTAAAAATGTCAACGCACAGATCTTCTTAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGATGTGACTTTTGACATTAAAAATGTCAACGCACAGATCTTCTTAT  1034

seq1  TCACAGCACTAACCTCTCAAACCTGGGACATTTGGGACAGACACTGACAC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCACTAACCTCTCAAACCTGGGACATTTGGGACAGACACTGACAC  1084

seq1  ATAAAACATTGATAAAACACCTTTGATCATACTGCCCCTGTGATCAGTGG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACATTGATAAAACACCTTTGATCATACTGCCCCTGTGATCAGTGG  1134

seq1  CTTCATGGCTAAAACATTTCTTCCTTGGAATTC  1183
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGGCTAAAACATTTCTTCCTTGGAATTC  1167

seq1: chr6_52831245_52831623
seq2: B6Ng01-068N21.g_70_448

seq1  GAATTCCAAAGGTAGTCCTCTAACCCTTATACACATACCAAATGCGTTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAGGTAGTCCTCTAACCCTTATACACATACCAAATGCGTTGC  50

seq1  TTTATCAATCAGTCAATAAATAGAATGTAAAAATAAAGATAATGAAGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCAATCAGTCAATAAATAGAATGTAAAAATAAAGATAATGAAGTGA  100

seq1  CTAGAATATCTAAGTAAAGGAGAAATATGGATGACTCAGTAAAGTATGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAATATCTAAGTAAAGGAGAAATATGGATGACTCAGTAAAGTATGTT  150

seq1  GCCAAGAAGATATCACCCAGCTATAAAAAGAATGAAGTCGTATTTCTAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGAAGATATCACCCAGCTATAAAAAGAATGAAGTCGTATTTCTAGG  200

seq1  AGCATGGATGAAAATAGAGTGTATCATTTAAGTAAAATTAGGCAGACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGGATGAAAATAGAGTGTATCATTTAAGTAAAATTAGGCAGACACA  250

seq1  GGTAGACTAATATTGTATTCATTAATACGAAGAAACTATTAAAAAAGACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGACTAATATTGTATTCATTAATACGAAGAAACTATTAAAAAAGACC  300

seq1  TGAAAGTAGAAAAGAGCTTAGTAGGGAATCAGAAGAGTGCTGGTGTGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTAGAAAAGAGCTTAGTAGGGAATCAGAAGAGTGCTGGTGTGTGT  350

seq1  GTCTGTGTGTGTGTGTGTGTTGGGGGGAG  379
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGTGTGTGTGTGTGTTGGGGGGAG  379