BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-071D12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 77,496,034 - 77,590,658
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtnna2
Upstream geneLOC100042956, Lrrtm1
Downstream geneLOC668169, EG434050, Pap, Reg3d, Reg3a, Reg2, Reg1, Reg3g, LOC621716, Ppia-ps6_789.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-071D12.bB6Ng01-071D12.g
ACCDH888978DH888979
length1,1971,174
definitionDH888978|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071D12, 5' end.DH888979|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071D12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,496,034 - 77,497,235)(77,589,483 - 77,590,658)
sequence
gaattcacagggaagattgtatatgttcgtggagtacctttcttccatgt
gaacatcatgcaagttaaaagaccaaagcaaataacagcatcctatagaa
atgaaagcgggtatctgttttacatacactgttttagataccattgcttt
caatactgtactcagaataaaaacaccaacttttctaactcatgacacat
ttatccttgtcatccttataattcagatgggttggtttcttcttgaactt
caaaggtgtcagggaccactgtagcatgtaagccgtggctgtatattttc
aaactgcaccattactctggatagatggtaacacaatatgtgcttaatga
attctgttatggaaacagggaaactatggacatcacgaccagtcttgtga
tggactattaatgtggagctaagctagaaagccagaattgattttctgtg
tttggtctcctctttttcaatctggccagccgtctggtctgctagataaa
agaatgtttaagatgctctagtatctcttacatattgctaacctactaca
aagagaaattatgcagagaaacaatggtacccagacaactagtccagatg
gaaagcaagccaggaagtaggctatatctgtgtattcacctttgatagaa
cttttagcctcagcaggttgccccagctgttgcacaatgaattgttcttg
ccaggcctttctcgtgttacagaatcagaagaaatgaataaaacgacaga
agccacaatgccttgagagtgtgttccatagcacttttgcttcttaaata
ccacacatttagtacacaggtacaatatagcgcttaggcaagagaccaga
gttcaagtccctctggtatccccttgtatgactgaggagcaccatgttta
agctttattttccattcccaaagagagataacaatatcagatttctcaag
tttagcgaaatgaacgcaattagatgggttatgagattaaccaaatatga
gtcttaatgtaagcaagcagcacaactagcatttacagattattgcatgg
gggggtggggagcaagaacttatcttaaaaatagcatccattcggaaaat
agctccatgtaaacaaatatagaaatatatttactgatagtactactgca
tggtgtatcttatgaagaaaaaaagaatgatcaagaaaatttttttt
gaattcttcaccatttggaccaatgccatactgtctttcccatgttctat
atcccaacacttccatctgctctatatggaagtgatgctgaaattacaaa
tgtccgataggcagcagacactcaggcaggattttagtttgtgtgattat
ctttaggtttacctgaataagtctgttgtttgatgtctgtccagtgttag
tccactgggcagtcactcttaagtgtgtgtttttgcagagggaaagctgt
ttctcagtgaaataactggatgtagtatttaatatcaaaggattaaggga
gagggagtcaggggagtgggaagttagatagaagtgcatcacgtggtgtc
tggtcttgttatagagtatttggctgctattgtaagcatgttgttcaaag
tccagcatccacgtctaagatttctgttttagcatcattcaaaatatttt
gctgaaatagaagcagtgggagggtataaacagactggatgcagcaatgg
tctctatcactgagaaggaatgaaggtggatgaaacataaaggaaggaaa
tgtgttttgaaaagctgtctttgcttcagaggtgagaagttatttctctg
ccagttaaatgagccagctcaagccaggatagagtatataaaagcaaact
gattgggaaacagctcttggggtgggctagttcactgttctcaagaaact
agactagggatgatgccatgagaaagggagactgggagaaaaaaaagaaa
gatagaaagcaggcaggcagagagagggagaaaagagagagaaaaagttg
gaaagacctaaaatgtctggatggtatagaatggagtccctgggggaagg
gcagtccagcccctgggctggaaagttctgagttgggggcagggtatacc
aggtagtgactgagaaattctggggagaacttggagatcaggtctgcttt
ggtatgtaaaatatccaccttagccagtagtcctgggtcttgaaacccaa
caaaaaagtgtgtgattgacagcaatgagtttccttcaagctcttgtata
agctaaatgagtagagggccagtattgattacatgagaagaattgaatgg
ggctctattagggttagaatcattttccacttttacggcacagttggaat
tgcttaagaccttcctcctgaagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_77496034_77497235
seq2: B6Ng01-071D12.b_46_1242

seq1  GAATTCACAGGGAAGATTGTATATGTTCGTGGAGTACCTTTCTTCCATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGGGAAGATTGTATATGTTCGTGGAGTACCTTTCTTCCATGT  50

seq1  GAACATCATGCAAGTTAAAAGACCAAAGCAAATAACAGCATCCTATAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATCATGCAAGTTAAAAGACCAAAGCAAATAACAGCATCCTATAGAA  100

seq1  ATGAAAGCGGGTATCTGTTTTACATACACTGTTTTAGATACCATTGCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAGCGGGTATCTGTTTTACATACACTGTTTTAGATACCATTGCTTT  150

seq1  CAATACTGTACTCAGAATAAAAACACCAACTTTTCTAACTCATGACACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACTGTACTCAGAATAAAAACACCAACTTTTCTAACTCATGACACAT  200

seq1  TTATCCTTGTCATCCTTATAATTCAGATGGGTTGGTTTCTTCTTGAACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCTTGTCATCCTTATAATTCAGATGGGTTGGTTTCTTCTTGAACTT  250

seq1  CAAAGGTGTCAGGGACCACTGTAGCATGTAAGCCGTGGCTGTATATTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGTGTCAGGGACCACTGTAGCATGTAAGCCGTGGCTGTATATTTTC  300

seq1  AAACTGCACCATTACTCTGGATAGATGGTAACACAATATGTGCTTAATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGCACCATTACTCTGGATAGATGGTAACACAATATGTGCTTAATGA  350

seq1  ATTCTGTTATGGAAACAGGGAAACTATGGACATCACGACCAGTCTTGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTTATGGAAACAGGGAAACTATGGACATCACGACCAGTCTTGTGA  400

seq1  TGGACTATTAATGTGGAGCTAAGCTAGAAAGCCAGAATTGATTTTCTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTATTAATGTGGAGCTAAGCTAGAAAGCCAGAATTGATTTTCTGTG  450

seq1  TTTGGTCTCCTCTTTTTCAATCTGGCCAGCCGTCTGGTCTGCTAGATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTCTCCTCTTTTTCAATCTGGCCAGCCGTCTGGTCTGCTAGATAAA  500

seq1  AGAATGTTTAAGATGCTCTAGTATCTCTTACATATTGCTAACCTACTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTTTAAGATGCTCTAGTATCTCTTACATATTGCTAACCTACTACA  550

seq1  AAGAGAAATTATGCAGAGAAACAATGGTACCCAGACAACTAGTCCAGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAAATTATGCAGAGAAACAATGGTACCCAGACAACTAGTCCAGATG  600

seq1  GAAAGCAAGCCAGGAAGTAGGCTATATCTGTGTATTCACCTTTGATAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCAAGCCAGGAAGTAGGCTATATCTGTGTATTCACCTTTGATAGAA  650

seq1  CTTTTAGCCTCAGCAGGTTGCCCCAGCTGTTGCACAATGAATTGTTCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAGCCTCAGCAGGTTGCCCCAGCTGTTGCACAATGAATTGTTCTTG  700

seq1  CCAGGCCTTTCTCGTGTTACAGAATCAGAAGAAATGAATAAAACGACAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCCTTTCTCGTGTTACAGAATCAGAAGAAATGAATAAAACGACAGA  750

seq1  AGCCACAATGCCTTGAGAGTGTGTTCCATAGCACTTTTGCTTCTTAAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACAATGCCTTGAGAGTGTGTTCCATAGCACTTTTGCTTCTTAAATA  800

seq1  CCACACATTTAGTACACAGGTACAATATAGCGCTTAGGCAAGAGACCAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACATTTAGTACACAGGTACAATATAGCGCTTAGGCAAGAGACCAGA  850

seq1  GTTCAAGTCCCTCTGGTATCCCCTTGTATGACTGAGGAGCACCATGTTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAGTCCCTCTGGTATCCCCTTGTATGACTGAGGAGCACCATGTTTA  900

seq1  AGCTTTATTTTCCATTCCCAAAGAGAGATAACAATATCAGATTTCTCAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTATTTTCCATTCCCAAAGAGAGATAACAATATCAGATTTCTCAAG  950

seq1  TTTAGCGAAATGAACGCAATTAGATGGGTTATGAGATTAACCAAATATGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCGAAATGAACGCAATTAGATGGGTTATGAGATTAACCAAATATGA  1000

seq1  GTCTTAATGTAAGCAAGCAGCAACAACTAGCATTTACAGA-TATTGCAT-  1048
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  GTCTTAATGTAAGCAAGCAGC-ACAACTAGCATTTACAGATTATTGCATG  1049

seq1  GGGGGGTGGGGAGCAAAGACTTATCTTAAAAATAGCATCCATTCGGAAAA  1098
      ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGTGGGGAGCAAGAACTTATCTTAAAAATAGCATCCATTCGGAAAA  1099

seq1  TAGGCTCCCAATGTAAAACAATATAGATATATA-TTACTGATAGTACTAC  1147
      || |||||  |||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  TA-GCTCC--ATGTAAACAAATATAGAAATATATTTACTGATAGTACTAC  1146

seq1  TGCAT-GTGTATCTTAGTGAAGAAAAAAAGAATTGGATTCAAAGAAAATA  1196
      ||||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||   |||||||| 
seq2  TGCATGGTGTATCTTA-TGAAGAAAAAAAGAAT--GAT--CAAGAAAATT  1191

seq1  TTTTTT  1202
      ||||||
seq2  TTTTTT  1197

seq1: chr6_77589483_77590658
seq2: B6Ng01-071D12.g_67_1240 (reverse)

seq1  ACTTCAGTGTGGATGTCTTAAGCATCTCAAAACTGTGCCTGTAAAGGTCG  50
      |||||||   | | ||||||||||  ||  ||||||||| ||||| || |
seq2  ACTTCAGGAGGAAGGTCTTAAGCAATTC-CAACTGTGCC-GTAAAAGTGG  48

seq1  AATATTGATTTCTAACCCTAATTAGGCCCCATTCAA-TCTTCTTCATGTC  99
      || | ||| |||||||||||||   ||||||||||| ||||| |||||| 
seq2  AA-AATGA-TTCTAACCCTAATAGAGCCCCATTCAATTCTTC-TCATGT-  94

seq1  AATCAAACTACT-GCCCTCTACTCATTT-GCTTATACCAGAGCTTTGAAG  147
      ||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||
seq2  AATCAA--TACTGGCCCTCTACTCATTTAGCTTATACAAGAGC-TTGAAG  141

seq1  GAAACTCATTGCTGTCAATCACACAC-TTTTTGTTGGGTTTC-AGACCCA  195
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  GAAACTCATTGCTGTCAATCACACACTTTTTTGTTGGGTTTCAAGACCCA  191

seq1  GGACTACTGGCTAAGGTGGATATTTTACATACCAAAGCAGACCTGATCTC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTACTGGCTAAGGTGGATATTTTACATACCAAAGCAGACCTGATCTC  241

seq1  CAAGTTCT-CCCAGAATTTCTCAGTCACTACCTGGTATACCCTGCCCCCA  294
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTCTCCCCAGAATTTCTCAGTCACTACCTGGTATACCCTGCCCCCA  291

seq1  ACTCAGAACTTTCCAGCCCAGGGGCTGGACTGCCCTTCCCCCAGGGACTC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGAACTTTCCAGCCCAGGGGCTGGACTGCCCTTCCCCCAGGGACTC  341

seq1  CATTCTATACCATCCAGACATTTTAGGTCTTTCCAACTTTTTCTCTCTCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTATACCATCCAGACATTTTAGGTCTTTCCAACTTTTTCTCTCTCT  391

seq1  TTTCTCCCTCTCTCTGCCTGCCTGCTTTCTATCTTTCTTTTTTTTCTCCC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCCTCTCTCTGCCTGCCTGCTTTCTATCTTTCTTTTTTTTCTCCC  441

seq1  AGTCTCCC-TTCTCATGGCATCATCCCTAGTCTAGTTTCTTGAGAACAGT  493
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCCCTTTCTCATGGCATCATCCCTAGTCTAGTTTCTTGAGAACAGT  491

seq1  GAACTAGCCCACCCCAAGAGCTGTTTCCCAATCAGTTTGCTTTTATATAC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTAGCCCACCCCAAGAGCTGTTTCCCAATCAGTTTGCTTTTATATAC  541

seq1  TCTATCCTGGCTTGAGCTGGCTCATTTAACTGGCAGAGAAATAACTTCTC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCCTGGCTTGAGCTGGCTCATTTAACTGGCAGAGAAATAACTTCTC  591

seq1  ACCTCTGAAGCAAAGACAGCTTTTCAAAACACATTTCCTTCCTTTATGTT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGAAGCAAAGACAGCTTTTCAAAACACATTTCCTTCCTTTATGTT  641

seq1  TCATCCACCTTCATTCCTTCTCAGTGATAGAGACCATTGCTGCATCCAGT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCACCTTCATTCCTTCTCAGTGATAGAGACCATTGCTGCATCCAGT  691

seq1  CTGTTTATACCCTCCCACTGCTTCTATTTCAGCAAAATATTTTGAATGAT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTATACCCTCCCACTGCTTCTATTTCAGCAAAATATTTTGAATGAT  741

seq1  GCTAAAACAGAAATCTTAGACGTGGATGCTGGACTTTGAACAACATGCTT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAAACAGAAATCTTAGACGTGGATGCTGGACTTTGAACAACATGCTT  791

seq1  ACAATAGCAGCCAAATACTCTATAACAAGACCAGACACCACGTGATGCAC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAGCAGCCAAATACTCTATAACAAGACCAGACACCACGTGATGCAC  841

seq1  TTCTATCTAACTTCCCACTCCCCTGACTCCCTCTCCCTTAATCCTTTGAT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATCTAACTTCCCACTCCCCTGACTCCCTCTCCCTTAATCCTTTGAT  891

seq1  ATTAAATACTACATCCAGTTATTTCACTGAGAAACAGCTTTCCCTCTGCA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATACTACATCCAGTTATTTCACTGAGAAACAGCTTTCCCTCTGCA  941

seq1  AAAACACACACTTAAGAGTGACTGCCCAGTGGACTAACACTGGACAGACA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACACACTTAAGAGTGACTGCCCAGTGGACTAACACTGGACAGACA  991

seq1  TCAAACAACAGACTTATTCAGGTAAACCTAAAGATAATCACACAAACTAA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACAACAGACTTATTCAGGTAAACCTAAAGATAATCACACAAACTAA  1041

seq1  AATCCTGCCTGAGTGTCTGCTGCCTATCGGACATTTGTAATTTCAGCATC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTGCCTGAGTGTCTGCTGCCTATCGGACATTTGTAATTTCAGCATC  1091

seq1  ACTTCCATATAGAGCAGATGGAAGTGTTGGGATATAGAACATGGGAAAGA  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCATATAGAGCAGATGGAAGTGTTGGGATATAGAACATGGGAAAGA  1141

seq1  CAGTATGGCATTGGTCCAAATGGTGAAGAATTC  1176
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATGGCATTGGTCCAAATGGTGAAGAATTC  1174