BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-076M16
Chromosome6 (Build37)
Map Location 5,262,241 - 5,392,455
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAsb4
Upstream geneLOC667381, LOC100039965, Col1a2, Casd1, Sgce, Peg10, LOC100040018, Ppp1r9a, Pon1, Pon3, Pon2
Downstream genePdk4, Dync1i1, Slc25a13, EG667462, EG667468, LOC667471, LOC100040096
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-076M16.bB6Ng01-076M16.g
ACCDH892952DH892953
length1,1491,154
definitionDH892952|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-076M16, 5' end.DH892953|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-076M16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,262,241 - 5,263,355)(5,391,304 - 5,392,455)
sequence
gaattctttgttcagttctgagccccattttttaatggggttgttcgatt
ttctgaagtccaccttcttgagttctttatatatgttggatattagcccc
ctatctgatttaggataggtaaagatcctttcccaatctgttggtggtct
ttttgtcttgttgacggtgtcttttgccttgcagaaactttggagtttca
ttaggtcccatttgtcaattctcgatcttacagcacatgccattgctgtt
ctgttcaggaatttttcccctgtgcccatatcttcaaggcttttccccac
tttctcctctataagtttcagtgtctctggttttatgtgaagttctttga
tccacttagatttgaccttagtacaaggagataagtatggatcgattcgc
attcttctacatgataacaaccagttgtgccagcaccaattgttgaaaat
gctgtctttcttccactggatggttttagctcccttgtcgaagatcaagt
gaccataggtgtgtgggttcattacaactatgcatcttataatctgttta
taagagtatcaaaactttaacaactgtatgtgaaacatttttaattaatg
ttaaaggctgatccataagcacaggtatctagacttttttgtgctaaatt
atgttcatgaaaccaatattttatttttaaagtctacatttagcaaatga
tattttcctgagtaattagctaattcatatattaaataaataacgttcat
taaacaattgctttttagattatctcaagatttctgtgatgttataaaac
taacatattaatttaaaatcactaacctcaaatacacattgtatattatt
gtatataaaatgtataataatacattttaaaattaaaaccaagagacttt
catccttgtaaagtactgttctactgaaccgaagtatactgattattgga
atgcatcatacaagtgtctagttttaaaaatatattattttggattcttt
ttcaaatggtgtcttgtggtacaggtcttgtgccaaataagtgttaagta
gctttgagttcaggagaagggtgtcggaccccctgggggctgcttagcct
gccggaacatgggtggctgcgaccagagccttacaaggggcgatctgtt
gaattctccctcctgatccataaacctctcaaatttaagaggaccacagt
tagttatgacatgagagatgtatatgtttaaatatgtgcatatgtatctg
tacatatgtatatgagtgtttgtgtgtgtaacaacacagaacatgagcag
acattgtttgtttgtaattaagcttgtatcctatctacacttctaattag
ctgtgtgacactggacaatgacatgatttgtctgtgctacagtttcatca
tctagatgatgaaaactgtagtattcgtagggttggagtacaaataaatc
aaattgtctgttcagtcagcgtcactagatctctgtatttatagcccccc
cccaaactgaagtaagagaattaatgatgatccctgtgtttgattcatca
agctactaataactaaagacaaaaaatggaaaacaatagatgtgggaatt
ccagacatgatcagcacattcgacagtatgacgccatgatcttgataaag
tcgtggaacttggggctggagagatggctcagcggttaagagcactgact
actcttccaaaggtcctgagttcaaatcccagcaaccacatggtggttca
caatctgatgccctcttctggcgcatctgaagacagctacagtgtactta
catataataaataaataaatttaaaaaaaagtcgtggaactctgcagttt
cttgtctcctcaagcgtgaagtaagggttcagtttatgaactgtttcatg
gtgactctgccagcagcacttagctgaggcctctgtgagcacatgctcat
cgttttcaaataaccagcaatgacaaacgacacaccattccttcagtcac
aagacttggtatcaagtgtcccctgtccctagcaatggcagcaacaaata
acatcgtccctcagaaaggcctcgctgctgtgtgagatgggctttctctc
tcctactttttgttccagtgaggccccagcctgcttgagagtgccactcc
catgtgaggagggccttcttcgctctatggtgcctcacacagcattcatc
tctggaacagaatttacagaccttcgcagaagtttgctttgccaagtttt
aagtgctcttttgcccagggaggctgtacagcccattaaaccatcatagc
aagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_5262241_5263355
seq2: B6Ng01-076M16.b_68_1193

seq1  CCCATTTTTTAATGGGGTTGTTCGATTTTCTGAAGTCCACCTTCTTGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTTTTAATGGGGTTGTTCGATTTTCTGAAGTCCACCTTCTTGAGT  50

seq1  TCTTTATATATGTTGGATATTAGCCCCCTATCTGATTTAGGATAGGTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATATATGTTGGATATTAGCCCCCTATCTGATTTAGGATAGGTAAA  100

seq1  GATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGTCTTTTTGTCTTGTTGACGGTGTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGTCTTTTTGTCTTGTTGACGGTGTCTT  150

seq1  TTGCCTTGCAGAAACTTTGGAGTTTCATTAGGTCCCATTTGTCAATTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTGCAGAAACTTTGGAGTTTCATTAGGTCCCATTTGTCAATTCTC  200

seq1  GATCTTACAGCACATGCCATTGCTGTTCTGTTCAGGAATTTTTCCCCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTACAGCACATGCCATTGCTGTTCTGTTCAGGAATTTTTCCCCTGT  250

seq1  GCCCATATCTTCAAGGCTTTTCCCCACTTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATATCTTCAAGGCTTTTCCCCACTTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTG  300

seq1  TCTCTGGTTTTATGTGAAGTTCTTTGATCCACTTAGATTTGACCTTAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGTTTTATGTGAAGTTCTTTGATCCACTTAGATTTGACCTTAGTA  350

seq1  CAAGGAGATAAGTATGGATCGATTCGCATTCTTCTACATGATAACAACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAGATAAGTATGGATCGATTCGCATTCTTCTACATGATAACAACCA  400

seq1  GTTGTGCCAGCACCAATTGTTGAAAATGCTGTCTTTCTTCCACTGGATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGCCAGCACCAATTGTTGAAAATGCTGTCTTTCTTCCACTGGATGG  450

seq1  TTTTAGCTCCCTTGTCGAAGATCAAGTGACCATAGGTGTGTGGGTTCATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGCTCCCTTGTCGAAGATCAAGTGACCATAGGTGTGTGGGTTCATT  500

seq1  ACAACTATGCATCTTATAATCTGTTTATAAGAGTATCAAAACTTTAACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTATGCATCTTATAATCTGTTTATAAGAGTATCAAAACTTTAACAA  550

seq1  CTGTATGTGAAACATTTTTAATTAATGTTAAAGGCTGATCCATAAGCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATGTGAAACATTTTTAATTAATGTTAAAGGCTGATCCATAAGCACA  600

seq1  GGTATCTAGACTTTTTTGTGCTAAATTATGTTCATGAAACCAATATTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCTAGACTTTTTTGTGCTAAATTATGTTCATGAAACCAATATTTTA  650

seq1  TTTTTAAAGTCTACATTTAGCAAATGATATTTTCCTGAGTAATTAGCTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAAGTCTACATTTAGCAAATGATATTTTCCTGAGTAATTAGCTAA  700

seq1  TTCATATATTAAATAAATAACGTTCATTAAACAATTGCTTTTTAGATTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATATTAAATAAATAACGTTCATTAAACAATTGCTTTTTAGATTAT  750

seq1  CTCAAGATTTCTGTGATGTTATAAAACTAACATATTAATTTAAAATCACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGATTTCTGTGATGTTATAAAACTAACATATTAATTTAAAATCACT  800

seq1  AACCTCAAATACACATTGTATATTATTGTATATAAAATGTATAATAATAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCAAATACACATTGTATATTATTGTATATAAAATGTATAATAATAC  850

seq1  A-TTTAAAATTAAAACCAAGAGACTTTCATCCTTGTAAAGTACTGTTCTA  899
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAAATTAAAACCAAGAGACTTTCATCCTTGTAAAGTACTGTTCTA  900

seq1  CTGAACCGAAGTATACTGATTATTGGAATGCATCATACAAGTGTCTAGTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACCGAAGTATACTGATTATTGGAATGCATCATACAAGTGTCTAGTT  950

seq1  TTAAAAATATATTATTTT-GATTC-TTTTCAAAT-GTGTC-TGT-GTACA  994
      |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| ||| |||||
seq2  TTAAAAATATATTATTTTGGATTCTTTTTCAAATGGTGTCTTGTGGTACA  1000

seq1  GGTC-TGTG-CACATAAGTG-TAGGTAGCTTTGGAGTTCAGGAAGAGGGT  1041
      |||| |||| || ||||||| || |||||||| ||||||||||  |||||
seq2  GGTCTTGTGCCAAATAAGTGTTAAGTAGCTTT-GAGTTCAGGAGAAGGGT  1049

seq1  GTCAGACCCCCT-GGGGCTGCTGAG-CTGCCGG-ACATGGGT-GCTGCGA  1087
      ||| |||||||| ||||||||| || ||||||| |||||||| |||||||
seq2  GTCGGACCCCCTGGGGGCTGCTTAGCCTGCCGGAACATGGGTGGCTGCGA  1099

seq1  ACCCAGAGCTTTACAA-GGGCGGTCTGTT  1115
        ||||||| |||||| ||||| ||||||
seq2  --CCAGAGCCTTACAAGGGGCGATCTGTT  1126

seq1: chr6_5391304_5392455
seq2: B6Ng01-076M16.g_72_1225 (reverse)

seq1  ACTTGCTATGATAGTTTATTGTGCTGT-CAGCCTTCCTGGGTGAAAAGGC  49
      |||||||||||| ||||| || ||||| |||||| ||||||  |||  ||
seq2  ACTTGCTATGATGGTTTAATGGGCTGTACAGCCTCCCTGGGCAAAAGAGC  50

seq1  ACTTAGAAACTTGGCAAGACAAACTTCTGCGAAGGTCTGTAAAATTCTG-  98
      ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  ACTTA-AAACTTGGCAAAGCAAACTTCTGCGAAGGTCTGT-AAATTCTGT  98

seq1  TCCAGAGATGACTGCTGTGTGAGGCACCATAGAGCG-AGAAGGCCCTCCT  147
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCCAGAGATGAATGCTGTGTGAGGCACCATAGAGCGAAGAAGGCCCTCCT  148

seq1  CACATGGGAGTGGCACTCTCAAGCAGGCTGGGGCCTCACTGGAACAAAAA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGGAGTGGCACTCTCAAGCAGGCTGGGGCCTCACTGGAACAAAAA  198

seq1  GTAGGAGAGAG-AAGCCCATTCTCACACAGCAGCGAGGCCTTTCTGAGGG  246
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAGAGAGAAAGCCCA-TCTCACACAGCAGCGAGGCCTTTCTGAGGG  247

seq1  ACGATGTTATTTGTTGCTGCCATTGCTAGGGACAGGGGACACTTGATACC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATGTTATTTGTTGCTGCCATTGCTAGGGACAGGGGACACTTGATACC  297

seq1  AAGTCTTGTGACTGAAGGAATGGTGTGTCGTTTGTCATTGCTGGTTATTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTTGTGACTGAAGGAATGGTGTGTCGTTTGTCATTGCTGGTTATTT  347

seq1  GAAAACGATGAGCATGTGCTCACAGAGGCCTCAGCTAAGTGCTGCTGGCA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACGATGAGCATGTGCTCACAGAGGCCTCAGCTAAGTGCTGCTGGCA  397

seq1  GAGTCACCATGAAACAGTTCATAAACTGAACCCTTACTTCACGCTTGAGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCACCATGAAACAGTTCATAAACTGAACCCTTACTTCACGCTTGAGG  447

seq1  AGACAAG-AACTGCAGAGTTCCACGACTTTTTTTTAAATTTATTTATTTA  495
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGAAACTGCAGAGTTCCACGACTTTTTTTTAAATTTATTTATTTA  497

seq1  TTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGATGCGCCAGAAGAGGGCAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGATGCGCCAGAAGAGGGCAT  547

seq1  CAGATTGTGAACCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTTG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTGTGAACCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTTG  597

seq1  GAAGAGTAGTCAGTGCTCTTAACCGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCCAAGT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGTAGTCAGTGCTCTTAACCGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCCAAGT  647

seq1  TCCACGACTTTATCAAGATCATGGCGTCATACTGTCGAATGTGCTGATCA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACGACTTTATCAAGATCATGGCGTCATACTGTCGAATGTGCTGATCA  697

seq1  TGTCTGGAATTCCCACATCTATTGTTTTCCATTTTTTGTCTTTAGTTATT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGGAATTCCCACATCTATTGTTTTCCATTTTTTGTCTTTAGTTATT  747

seq1  AGTAGCTTGATGAATCAAACACAGGGATCATCATTAATTCTCTTACTTCA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCTTGATGAATCAAACACAGGGATCATCATTAATTCTCTTACTTCA  797

seq1  GTTTGGGGGGGGGCTATAAATACAGAGATCTAGTGACGCTGACTGAACAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGGGGGGGGCTATAAATACAGAGATCTAGTGACGCTGACTGAACAG  847

seq1  ACAATTTGATTTATTTGTACTCCAACCCTACGAATACTACAGTTTTCATC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTTGATTTATTTGTACTCCAACCCTACGAATACTACAGTTTTCATC  897

seq1  ATCTAGATGATGAAACTGTAGCACAGACAAATCATGTCATTGTCCAGTGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGATGATGAAACTGTAGCACAGACAAATCATGTCATTGTCCAGTGT  947

seq1  CACACAGCTAATTAGAAGTGTAGATAGGATACAAGCTTAATTACAAACAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGCTAATTAGAAGTGTAGATAGGATACAAGCTTAATTACAAACAA  997

seq1  ACAATGTCTGCTCATGTTCTGTGTTGTTACACACACAAACACTCATATAC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGTCTGCTCATGTTCTGTGTTGTTACACACACAAACACTCATATAC  1047

seq1  ATATGTACAGATACATATGCACATATTTAAACATATACATCTCTCATGTC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTACAGATACATATGCACATATTTAAACATATACATCTCTCATGTC  1097

seq1  ATAACTAACTGTGGTCCTCTTAAATTTGAGAGGTTTATGGATCAGGAGGG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTAACTGTGGTCCTCTTAAATTTGAGAGGTTTATGGATCAGGAGGG  1147

seq1  AGAATTC  1152
      |||||||
seq2  AGAATTC  1154