BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-080G06
Chromosome6 (Build37)
Map Location 54,073,079 - 54,199,748
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666305
Upstream geneLOC666516, D430007I03, Creb5, LOC384386, 1200009O22Rik, Cpvl
Downstream geneChn2, LOC100042056, Prr15, EG640926, Wipf3, Scrn1, Fkbp14, Plekha8, LOC100041292, 2410066E13Rik, Znrf2, Nod1, A030007L17Rik, Gars, Crhr2, Inmt, C330043M08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-080G06.bB6Ng01-080G06.g
ACCDH895545DH895546
length5631,217
definitionDH895545|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080G06, 5' end.DH895546|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080G06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,073,079 - 54,073,606)(54,198,504 - 54,199,748)
sequence
ggaattcaaaccaccacaaatgtccctagttccctaagtacagcagagaa
aacatggaggcaacaaaagctgtcaggttttcaaacaacctaagataggg
caggaggagaagtggatttctgccttctgctccttgggaaggtttgcagg
tatcatggacagctatgaatttgaattgaagggctgaacttctgatgtat
ttaaagagttcttaagaatctacaaggaatggctggagagatggctcagt
ggataaagcatgaggacctgagttccagtccccaggaccccaagaaaaag
ctggatggagttgcatatgtcaggaacccagcttctatggcaaaatgaga
ggcagagacagcagaattcccagaagttctcaggtcagctagcgtggcct
ggcataggtagcagctaagagaacctgtctcaaataaagtggatggtaaa
gaccaacagcagtggttttcctctgtcatacaaatctctctctctctctc
tctctctctctctctctctctctctctcacacacacacacacacacacac
acacacacacaca
gaattcaatgacgattgaatactcggggcttaacgagagggaatcgtcag
ggaaaatctgagctggcaaggcacacagaaagaaatgaatatttatattg
ctgacttaaaggactttaacttttgtttcacacatctgcatgctttgcct
gcacgtctgtctgtgtaccatatacatgctcggtgtccacagcggcagaa
aagtgggtttggatttcctgacactgaagttacagatggttatgaatcac
catgtgtgtgctggaaacagagctcagacctctgtcagagcagcaagagt
ccttaattgccaagccatctctccgtttcctgtattactgtcttaaagtg
acctataaattctttcaggtgaacttgggtacaatataccctcatgcctt
ctgggtccagagaccagatctgaagcagaaacccactgggtacacactgg
aagctggctgtgtgtaaaagctcccagagagactccagtgagggatcatg
cagttgctgaaacattattgttataaatgatacagcatggagctaaataa
atgagcttttgaaacactggtaagtgggagcagctaggacagacagccaa
gccaccttcgtgataaacatcctgagcccagagtgtacagatcaggttgc
agttggccctgcacagcctataatcctatttggatggctcatctccaccc
tccctcccacgcataccaatataacttcataggtggttgtaacctgagcc
gagatctcttttgagtcatgaggatttgcctggatggggagttatatgcc
tgctttagcttctgaaggcttgctttcctttattggcttgagacaaaatt
cataggacataaagtagcagctgtaaactgtgcaactctccgaggtccat
gcatgttgtatcgtctatttaatatcattctattttcagggcgagcagta
ttccacacatgtgtatatccacacttgctaatccactcatctgtgggtgg
atatttaagtgcttcctcctctggcctattgtgaacatgaacattgtaac
atctgtgtggggtgatggcctcagcacctgtttttattcttcaggttgta
cctactcacaaatgctagccaatgggtaaattgttgattcagacgtgcat
gcgctgttacagagaccattcacttcagtctacgcgtggaaggacctcca
atgaccagcttccctaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_54073079_54073606
seq2: B6Ng01-080G06.b_46_573

seq1  GGAATTCAAACCACCACAAATGTCCCTAGTTCCCTAAGTACAGCAGAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCAAACCACCACAAATGTCCCTAGTTCCCTAAGTACAGCAGAGAA  50

seq1  AACATGGAGGCAACAAAAGCTGTCAGGTTTTCAAACAACCTAAGATAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGAGGCAACAAAAGCTGTCAGGTTTTCAAACAACCTAAGATAGGG  100

seq1  CAGGAGGAGAAGTGGATTTCTGCCTTCTGCTCCTTGGGAAGGTTTGCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGAGAAGTGGATTTCTGCCTTCTGCTCCTTGGGAAGGTTTGCAGG  150

seq1  TATCATGGACAGCTATGAATTTGAATTGAAGGGCTGAACTTCTGATGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATGGACAGCTATGAATTTGAATTGAAGGGCTGAACTTCTGATGTAT  200

seq1  TTAAAGAGTTCTTAAGAATCTACAAGGAATGGCTGGAGAGATGGCTCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAGTTCTTAAGAATCTACAAGGAATGGCTGGAGAGATGGCTCAGT  250

seq1  GGATAAAGCATGAGGACCTGAGTTCCAGTCCCCAGGACCCCAAGAAAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAAGCATGAGGACCTGAGTTCCAGTCCCCAGGACCCCAAGAAAAAG  300

seq1  CTGGATGGAGTTGCATATGTCAGGAACCCAGCTTCTATGGCAAAATGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATGGAGTTGCATATGTCAGGAACCCAGCTTCTATGGCAAAATGAGA  350

seq1  GGCAGAGACAGCAGAATTCCCAGAAGTTCTCAGGTCAGCTAGCGTGGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGACAGCAGAATTCCCAGAAGTTCTCAGGTCAGCTAGCGTGGCCT  400

seq1  GGCATAGGTAGCAGCTAAGAGAACCTGTCTCAAATAAAGTGGATGGTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATAGGTAGCAGCTAAGAGAACCTGTCTCAAATAAAGTGGATGGTAAA  450

seq1  GACCAACAGCAGTGGTTTTCCTCTGTCATACAAATCTCTCTCTCTCTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAACAGCAGTGGTTTTCCTCTGTCATACAAATCTCTCTCTCTCTCTC  500

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  528
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  528

seq1: chr6_54198504_54199748
seq2: B6Ng01-080G06.g_67_1283 (reverse)

seq1  TTAGGGAAGCTGTGGTCATTGGA-GTCCTCCTACACTGCTGGTGGGAACT  49
      ||||||||||  ||||||||||| ||||| | || |     || |  |||
seq2  TTAGGGAAGC--TGGTCATTGGAGGTCCTTCCACGC-----GTAG--ACT  41

seq1  GGAGTGGGATGGTCTCTGTGAACAGCAGCCTAGCAGCTCCTTAGAAATCA  99
      | ||| | ||||||||||| |||||| || | |||    | |   |||| 
seq2  GAAGT-GAATGGTCTCTGT-AACAGC-GCAT-GCA----CGTCTGAATC-  82

seq1  AACAAATTACCCCATGGCCTAGCAACTCTGTGAGTAGGTACATACCCTGA  149
      ||||| ||| ||||| | ||||||  | |||||||||||||  | |||||
seq2  AACAATTTA-CCCATTGGCTAGCA--TTTGTGAGTAGGTAC--AACCTGA  127

seq1  AGAATTAAAAACAGGTGCTGAGGCCATCACCCCACACAGATGTTCACAGT  199
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
seq2  AGAA-TAAAAACAGGTGCTGAGGCCATCACCCCACACAGATGTT-ACAAT  175

seq1  GTTCATGTTCACAATAGCCCAGAGGAGGAAGCAACTTAAATATCCACCCA  249
      ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTTCATGTTCACAATAGGCCAGAGGAGGAAGC-ACTTAAATATCCACCCA  224

seq1  CAGATGAGTGGATAAGCAAGTGTGGATATACACATGTGTGGAATACTGCT  299
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGAGTGGATTAGCAAGTGTGGATATACACATGTGTGGAATACTGCT  274

seq1  CGCTCCTGAAAATAGAATGATATTTAAATAGACGATACAACATGCATGGA  349
      ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGC-CCTGAAAATAGAATGATA-TTAAATAGACGATACAACATGCATGGA  322

seq1  CCTCGGAGAGTTGCACAGTTTACAGCTGCTAACTTTATGTCCTATGAATT  399
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCTCGGAGAGTTGCACAGTTTACAGCTGCT-ACTTTATGTCCTATGAATT  371

seq1  TTGTCTCAAGCCAATAAAGGAAAGCAAGCCTTCCGAAGCTAAAGCAGGCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTGTCTCAAGCCAATAAAGGAAAGCAAGCCTTCAGAAGCTAAAGCAGGCA  421

seq1  TATAACTCCCCATCCAGGCAAATCCTCATGACTCAAAAGAGATCTCGGCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACTCCCCATCCAGGCAAATCCTCATGACTCAAAAGAGATCTCGGCT  471

seq1  CAGGTTACAACCACCTATGAAGTTATATTGGTATGCGTGGGAGGGAGGGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTACAACCACCTATGAAGTTATATTGGTATGCGTGGGAGGGAGGGT  521

seq1  GGAGATGAGCCATCCAAATAGGATTATAGGCTGTGCAGGGCCAACTGCAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGAGCCATCCAAATAGGATTATAGGCTGTGCAGGGCCAACTGCAA  571

seq1  CCTGATCTGTACACTCTGGGCTCAGGATGTTTATCACGAAGGTGGCTTGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATCTGTACACTCTGGGCTCAGGATGTTTATCACGAAGGTGGCTTGG  621

seq1  CTGTCTGTCCTAGCTGCTCCCACTTACCAGTGTTTCAAAAGCTCATTTAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGTCCTAGCTGCTCCCACTTACCAGTGTTTCAAAAGCTCATTTAT  671

seq1  TTAGCTCCATGCTGTATCATTTATAACAATAATGTTTCAGCAACTGCATG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTCCATGCTGTATCATTTATAACAATAATGTTTCAGCAACTGCATG  721

seq1  ATCCCTCACTGGAGTCTCTCTGGGAGCTTTTACACACAGCCAGCTTCCAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTCACTGGAGTCTCTCTGGGAGCTTTTACACACAGCCAGCTTCCAG  771

seq1  TGTGTACCCAGTGGGTTTCTGCTTCAGATCTGGTCTCTGGACCCAGAAGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTACCCAGTGGGTTTCTGCTTCAGATCTGGTCTCTGGACCCAGAAGG  821

seq1  CATGAGGGTATATTGTACCCAAGTTCACCTGAAAGAATTTATAGGTCACT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGGGTATATTGTACCCAAGTTCACCTGAAAGAATTTATAGGTCACT  871

seq1  TTAAGACAGTAATACAGGAAACGGAGAGATGGCTTGGCAATTAAGGACTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGACAGTAATACAGGAAACGGAGAGATGGCTTGGCAATTAAGGACTC  921

seq1  TTGCTGCTCTGACAGAGGTCTGAGCTCTGTTTCCAGCACACACATGGTGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCTCTGACAGAGGTCTGAGCTCTGTTTCCAGCACACACATGGTGA  971

seq1  TTCATAACCATCTGTAACTTCAGTGTCAGGAAATCCAAACCCACTTTTCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAACCATCTGTAACTTCAGTGTCAGGAAATCCAAACCCACTTTTCT  1021

seq1  GCCGCTGTGGACACCGAGCATGTATATGGTACACAGACAGACGTGCAGGC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGCTGTGGACACCGAGCATGTATATGGTACACAGACAGACGTGCAGGC  1071

seq1  AAAGCATGCAGATGTGTGAAACAAAAGTTAAAGTCCTTTAAGTCAGCAAT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATGCAGATGTGTGAAACAAAAGTTAAAGTCCTTTAAGTCAGCAAT  1121

seq1  ATAAATATTCATTTCTTTCTGTGTGCCTTGCCAGCTCAGATTTTCCCTGA  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATATTCATTTCTTTCTGTGTGCCTTGCCAGCTCAGATTTTCCCTGA  1171

seq1  CGATTCCCTCTCGTTAAGCCCCGAGTATTCAATCGTCATTGAATTC  1245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATTCCCTCTCGTTAAGCCCCGAGTATTCAATCGTCATTGAATTC  1217