BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-082D07
Chromosome6 (Build37)
Map Location 114,005,323 - 114,154,261
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc6a11, LOC666491
Upstream geneThumpd3, EG434078, Setd5, Lhfpl4, Mtmr14, Cpne9, Brpf1, Ogg1, Camk1, Tada3l, Arpc4, Ttll3, Rpusd3, Cidec, Jagn1, Il17re, Il17rc, Creld1, Prrt3, Tmem111, Fancd2, 4931417G12Rik, 6720456B07Rik, Vhlh, Irak2, Tatdn2, Ghrl, Sec13, Atp2b2
Downstream geneSlc6a1, Hrh1, Atg7, Vgll4, 1500001M20Rik, LOC100043420, Syn2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-082D07.bB6Ng01-082D07.g
ACCDH896831DH896832
length1,1321,094
definitionDH896831|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082D07, 5' end.DH896832|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082D07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,005,323 - 114,006,480)(114,153,163 - 114,154,261)
sequence
gaattcagtataatgaaagaaagcctcttaacattctatatggtgaaaaa
gagcaggccataaactaaatcggcaaagacaaatgtcaaactggagtcac
aaaggtttgatcctggaaatatctatgttgttctagaagaccacatggaa
aagatgagtcatctaacagaaagtgcacaaaagggcgtgggcaggcaggt
ccccgagtacagattcacatagcagctgccgttccccagtggcaggctcg
gattctgttgttgctttggtttattaatgacgggccttgctatgcgttct
aggacagttcaagtttgcagcaatccccctgcctcagctcccccaagttc
tgggatcacagtactgcatcaccatgcccagttgagagacaacacaccca
tgaggcctgggaagcacactcccacacgttgtcctgggagcctgaaagcc
agcacagcccacagggtgagctttgtgatgcctgtaagaagtctcggggc
cactcctctgactctggagtggtctatgttaagatgctattgtctgtagc
atccagggttggagatcattcctagtgtccagtggcaggtgatttcatat
gatggaattttctggagctatagaaggaatgaagactcggaagcagtgat
tggcaaagagcagcaggctagactgtgaaacaggaatagaccatgaaatg
aaagagcagagggtgaaatgttcacatgcatgcagacttggggcctccac
cttgttttcccacactccatttcatgtgtgtgtttatgtgctttccccac
gcacgtagttacccatgcctaaagttgatgccagtcactctccactttat
acatcgaggcatggtctctcagtcaaacccagatcttgccacatgctaag
tcttcctagtcagcttgctctggggagccttgtctctgtcttccaaggct
agcattgtgggtgggtcgcttgcacatggcatttacagagcttcctgggt
ggggattcaactcagtctcatgtttgtgggacaaacttaatggctgagca
tttgccactgccttatgttcatgattactgagactatatcatagatgtaa
tatacctacttgggtgacaatcgagattcagg
gaattctgggaatttttcaaagggtatataaatgctagggccccatgaga
cagggtttgtggtcatccagggggcttggttaatagtcgtgctcaaggaa
gaaagaagagagaaattagattcacagattctctccctccactttatcct
tctttctcccctacagagtgataggaggtgaaacatggggtggggacaaa
gggtgggaaaaagaaaaacccacaaagtagcaaagaggctacaggaaaca
aagtcattcagattttctgctttctatttttgtaagcttgaaacaccccc
aaagtaaaacatattcacgaaaggccagccccaaattaaaacttctgtcc
cagaaaacatagactatatctacctacctgttcctccactcagtcccaca
gtggccagccagtggctagcaggagtgggcacttggtctatgaaaacaga
accagggacaatacttcataaacatgttctggacaaataaggtcagggag
gaatccagccaacagcaagtctgaggtaattagacagggctgatatgctt
ctcttggtaccactgagcacatgtcatgagggaaattttgtatctcctgg
aagtgaccctactacctctttcctgtcaagccttctgagcttctgccaca
gccacctataatgtcatagctggtatgcttttctcatgaccctacagcac
acaagacctccttcatcctcagcacctagatgtttactttgctaaacccc
aacaacccactagatacatggccccacttctccgtcctccctcttccctg
ctctgtcctttctagactcctgaagaggctaataaccagctgtctcacct
agcctgaccacaaccatgtggtccagaagacaagtaaaatgggtcttctg
ccctcaaggtgcacacaacaggacagtcctgaaggcgagagagggtaagt
ttctagacatagcaacagggaaagcaaaaagcagatgcaaaagcagccaa
cttcctacactctgcctggcttcactcagtcttcccttgagctagaagct
tctaaaatacaagatctcttcaaccaatcacttcccacacagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_114005323_114006480
seq2: B6Ng01-082D07.b_48_1179

seq1  GAATTCAGTATAATGAAAGAAAGCCTCTTAACATTCTATATGGTGAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTATAATGAAAGAAAGCCTCTTAACATTCTATATGGTGAAAAA  50

seq1  GAGCAGGCCATAAACTAAATCGGCAAAGACAAATGTCAAACTGGAGTCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGGCCATAAACTAAATCGGCAAAGACAAATGTCAAACTGGAGTCAC  100

seq1  AAAGGTTTGATCCTGGAAATATCTATGTTGTTCTAGAAGACCACATGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTTTGATCCTGGAAATATCTATGTTGTTCTAGAAGACCACATGGAA  150

seq1  AAGATGAGTCATCTAACAGAAAGTGCACAAAAGGGCGTGGGCAGGCAGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGAGTCATCTAACAGAAAGTGCACAAAAGGGCGTGGGCAGGCAGGT  200

seq1  CCCCGAGTACAGATTCACATAGCAGCTGCCGTTCCCCAGTGGCAGGCTCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGAGTACAGATTCACATAGCAGCTGCCGTTCCCCAGTGGCAGGCTCG  250

seq1  GATTCTGTTGTTGCTTTGGTTTATTAATGACGGGCCTTGCTATGCGTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTGTTGTTGCTTTGGTTTATTAATGACGGGCCTTGCTATGCGTTCT  300

seq1  AGGACAGTTCAAGTTTGCAGCAATCCCCCTGCCTCAGCTCCCCCAAGTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAGTTCAAGTTTGCAGCAATCCCCCTGCCTCAGCTCCCCCAAGTTC  350

seq1  TGGGATCACAGTACTGCATCACCATGCCCAGTTGAGAGACAACACACCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATCACAGTACTGCATCACCATGCCCAGTTGAGAGACAACACACCCA  400

seq1  TGAGGCCTGGGAAGCACACTCCCACACGTTGTCCTGGGAGCCTGAAAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCCTGGGAAGCACACTCCCACACGTTGTCCTGGGAGCCTGAAAGCC  450

seq1  AGCACAGCCCACAGGGTGAGCTTTGTGATGCCTGTAAGAAGTCTCGGGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGCCCACAGGGTGAGCTTTGTGATGCCTGTAAGAAGTCTCGGGGC  500

seq1  CACTCCTCTGACTCTGGAGTGGTCTATGTTAAGATGCTATTGTCTGTAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCTCTGACTCTGGAGTGGTCTATGTTAAGATGCTATTGTCTGTAGC  550

seq1  ATCCAGGGTTGGAGATCATTCCTAGTGTCCAGTGGCAGGTGATTTCATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGGGTTGGAGATCATTCCTAGTGTCCAGTGGCAGGTGATTTCATAT  600

seq1  GATGGAATTTTCTGGAGCTATAGAAGGAATGAAGACTCGGAAGCAGTGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAATTTTCTGGAGCTATAGAAGGAATGAAGACTCGGAAGCAGTGAT  650

seq1  TGGCAAAGAGCAGCAGGCTAGACTGTGAAACAGGAATAGACCATGAAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAAGAGCAGCAGGCTAGACTGTGAAACAGGAATAGACCATGAAATG  700

seq1  AAAGAGCAGAGGGTGAAATGTTCACATGCATGCAGACTTGGGGCCTCCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGCAGAGGGTGAAATGTTCACATGCATGCAGACTTGGGGCCTCCAC  750

seq1  CTTGTTTTCCCACACTCCATTTCATGTGTGTGTTTATGTGCTTTCCCCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTTCCCACACTCCATTTCATGTGTGTGTTTATGTGCTTTCCCCAC  800

seq1  GCACGTAGTTACCCATGCCTAAAGTTGATGCCAGTCACTCTCCACTTTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGTAGTTACCCATGCCTAAAGTTGATGCCAGTCACTCTCCACTTTAT  850

seq1  ACATCGAGGCATGGTCTCTCAGTCAAACCCAGATCTTGCCACATGCTAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCGAGGCATGGTCTCTCAGTCAAACCCAGATCTTGCCACATGCTAAG  900

seq1  TCTTCCTAGTCAGCTTGCTCTGGGGAGCCTTGTCTCTGTCTTCCAAGGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTAGTCAGCTTGCTCTGGGGAGCCTTGTCTCTGTCTTCCAAGGCT  950

seq1  AGCATTGTGGGTGGGTCGCCTTGCCAACATGGCATTTACAGAGCTTCCTG  1000
      |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTGTGGGTGGGTCG-CTTGC--ACATGGCATTTACAGAGCTTCCTG  997

seq1  GGTGGGGATTCAAACTCCAGTCCTCATGTTTGTGGGACAAAACTTTAATG  1050
      ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||   ||||||
seq2  GGTGGGGATTC-AACT-CAGT-CTCATGTTTGTGGGACAAA--CTTAATG  1042

seq1  GCTGAGCCATTTGCCCACTGCCTTATGTTTCAATGAATTTACTGAGACAT  1100
      |||||| |||||| |||||||||||||||   ||||  ||||||||||  
seq2  GCTGAG-CATTTG-CCACTGCCTTATGTT--CATGA--TTACTGAGAC--  1084

seq1  AATAT-TCATTAGTAATGTAATATTTACCTACTTTGGGTGACAAATCAGA  1149
        ||| ||| |||  ||||||||  ||||||| ||||||||| |||| ||
seq2  --TATATCA-TAG--ATGTAATA--TACCTAC-TTGGGTGAC-AATC-GA  1124

seq1  GATTTCAGG  1158
      || ||||||
seq2  GA-TTCAGG  1132

seq1: chr6_114153163_114154261
seq2: B6Ng01-082D07.g_71_1164 (reverse)

seq1  TCCTGTGTGAGAAGTTGATTGGTGTGAAGAGATCTGTAATTTTAGAAGGC  50
      ||||||||| |||| |||||||| |||||||||||   ||||||||| ||
seq2  TCCTGTGTGGGAAG-TGATTGGT-TGAAGAGATCTTGTATTTTAGAA-GC  47

seq1  TGTCTAGCTC-AGGGAAGACTGAGTGAAGCCAGGCAGAGTGTTAGGGAGT  99
      | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
seq2  T-TCTAGCTCAAGGGAAGACTGAGTGAAGCCAGGCAGAGTG-TAGGAAGT  95

seq1  TGGCTGCTTTTGCATCTGCTCTTTGCTTTCCTGTGTGGCTATGTCTTAGA  149
      |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| |||||||| ||||
seq2  TGGCTGCTTTTGCATCTGCTTTTTGCTTTCC-CTGTTGCTATGTC-TAGA  143

seq1  AACTTACCCTCTCTCGCCTTCA-GACTGTCCTGTTGTGTGCACCTTGAGG  198
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTACCCTCTCTCGCCTTCAGGACTGTCCTGTTGTGTGCACCTTGAGG  193

seq1  GCAG-AGACCCATTTTTACTTGTCTCCTGGACCACATGGTTGTGGTCAGG  247
      |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGACCCA-TTTTACTTGTCTTCTGGACCACATGGTTGTGGTCAGG  242

seq1  CTAGGTGAGACAGCTGG-TATTAGCCTCTTCAGGAGTCTAGAAAGGACAG  296
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTGAGACAGCTGGTTATTAGCCTCTTCAGGAGTCTAGAAAGGACAG  292

seq1  AGCAGGGAAGAGGGAGGACGGAGAAGTGGGGCCATGTATCTAGTGGGTTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGGAAGAGGGAGGACGGAGAAGTGGGGCCATGTATCTAGTGGGTTG  342

seq1  TTGGGGTTTTAGCAAAGTAAACATCTAGGTGCTGAGGATGAAGGAGGTCT  396
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGG-TTTAGCAAAGTAAACATCTAGGTGCTGAGGATGAAGGAGGTCT  391

seq1  TGTGTGCTGTAGGGTCATGAGAAAAGCATACCAGCTATGACATTATAGGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCTGTAGGGTCATGAGAAAAGCATACCAGCTATGACATTATAGGT  441

seq1  GGCTGTGGCAGAAGCTCAGAAGGCTTGACAGGAAAGAGGTAGTAGGGTCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGGCAGAAGCTCAGAAGGCTTGACAGGAAAGAGGTAGTAGGGTCA  491

seq1  CTTCCAGGAGATACAAAATTTCCCTCATGACATGTGCTCAGTGGTACCAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGGAGATACAAAATTTCCCTCATGACATGTGCTCAGTGGTACCAA  541

seq1  GAGAAGCATATCAGCCCTGTCTAATTACCTCAGACTTGCTGTTGGCTGGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCATATCAGCCCTGTCTAATTACCTCAGACTTGCTGTTGGCTGGA  591

seq1  TTCCTCCCTGACCTTATTTGTCCAGAACATGTTTATGAAGTATTGTCCCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCCTGACCTTATTTGTCCAGAACATGTTTATGAAGTATTGTCCCT  641

seq1  GGTTCTGTTTTCATAGACCAAGTGCCCACTCCTGCTAGCCACTGGCTGGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTGTTTTCATAGACCAAGTGCCCACTCCTGCTAGCCACTGGCTGGC  691

seq1  CACTGTGGGACTGAGTGGAGGAACAGGTAGGTAGATATAGTCTATGTTTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGGGACTGAGTGGAGGAACAGGTAGGTAGATATAGTCTATGTTTT  741

seq1  CTGGGACAGAAGTTTTAATTTGGGGCTGGCCTTTCGTGAATATGTTTTAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGACAGAAGTTTTAATTTGGGGCTGGCCTTTCGTGAATATGTTTTAC  791

seq1  TTTGGGGGTGTTTCAAGCTTACAAAAATAGAAAGCAGAAAATCTGAATGA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGGGTGTTTCAAGCTTACAAAAATAGAAAGCAGAAAATCTGAATGA  841

seq1  CTTTGTTTCCTGTAGCCTCTTTGCTACTTTGTGGGTTTTTCTTTTTCCCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTTCCTGTAGCCTCTTTGCTACTTTGTGGGTTTTTCTTTTTCCCA  891

seq1  CCCTTTGTCCCCACCCCATGTTTCACCTCCTATCACTCTGTAGGGGAGAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTGTCCCCACCCCATGTTTCACCTCCTATCACTCTGTAGGGGAGAA  941

seq1  AGAAGGATAAAGTGGAGGGAGAGAATCTGTGAATCTAATTTCTCTCTTCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGATAAAGTGGAGGGAGAGAATCTGTGAATCTAATTTCTCTCTTCT  991

seq1  TTCTTCCTTGAGCACGACTATTAACCAAGCCCCCTGGATGACCACAAACC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCTTGAGCACGACTATTAACCAAGCCCCCTGGATGACCACAAACC  1041

seq1  CTGTCTCATGGGGCCCTAGCATTTATATACCCTTTGAAAAATTCCCAGAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCATGGGGCCCTAGCATTTATATACCCTTTGAAAAATTCCCAGAA  1091

seq1  TTC  1099
      |||
seq2  TTC  1094