BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-083F22
Chromosome6 (Build37)
Map Location 106,684,062 - 106,814,032
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIl5ra, Trnt1, Crbn
Upstream geneLOC100043350, Cntn4
Downstream genePpia-ps6_1128.1, Lrrn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-083F22.bB6Ng01-083F22.g
ACCDH897652DH897653
length7871,186
definitionDH897652|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083F22, 5' end.DH897653|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083F22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,684,062 - 106,684,836)(106,812,835 - 106,814,032)
sequence
gaattctttatttagctctgtaccccatttttaatgggattatttgaatt
tctggaatccagcttcttgagctctttgtatatattggatattagtttgt
ctctttaatcatttttagatgcatctatttatgtatgtgcatgtatgcca
cagcacacgtgtggaggtgagaggataacttgagacagtctattctctcc
ttccaccttggaggctccaggaagcgaactcctggaagcattctgaacag
cgagtgcctttatctgctgagccatctcacaggctcttaatttcttctat
tgtaaggcatgaggtgaaatcctgacttctcagatttgtgactgtattca
agtgggtagggcagaaatggaaaagagccatgctgctgtgcaagcgacta
catcatgcttttcttcttgcatgactgagagcttcctggctgggggtatg
tgtcatgctctgcatgcacgagaccctctgttcagttcacttcacccagt
gattaaagcctcacattggtccctcattttccattccccacttcctggca
gccgtgatactacgttctgtttatatgtgtttttacgacccttggcatct
cactaaaggcagaatcatatcctagtcatatactatttgtccattgtcat
gtgtttatttcaccttgcttgctgtccttaggtttattcataacatgtat
cagaatttcctttcaaagactgaataatgtctctttgttcatgcatgcgt
gcgtgtgtgtgtgtatgataactatcgtgtgtgtgtg
gaattcatcatacatagtctcacagtagacaggagcaaatgatcttaaaa
ctgtgtctatatggagactaaggggaaggctcggtggctttaaagaagct
ttcaatagaagctgagtaccacatgacttccatttgttgatgacagatct
gattctcttagctatggtgtttttaagtccaggttggtaggttgttcact
aagcacaaaatatgcagtacatgagtattcccttcatcatccactgaatt
attaactcaattgttttcatctcttagcttacattttcttttataatcat
cctgaatggtgattatcattgttctgacttttgcatttttatttataaat
tatgtatttgtggggacaagagtatgaattcctaaaagtattggtgtcca
tgaaaaccaaaggtatcagaactctctgaaactggagttacaggcaccca
acatggatgctgggaactgaacttgtagagtagaatatgttcttaaacac
tgagctgtttgctattttgatttgaaaggtggtgaaggcattaagttata
caagctcagaatcttagaatctgaatttaagtgcaaagctcttagtttct
gtatcacttgtttctttctcatgagcacatttattgtcagagggttgggt
aatgctgacaagaatactacctttaccacccaaccctgaacatttcattc
aagttcaagttcaagggtgtctcaagtgcacacttttgatgggcatgaca
ttaaagattcattaacatccaaaaaaatttgtcaggaagagcttagagac
tatctggtctaacttttattttgtggattcattgttattcaatacatgtt
tctttacatctgctatgtgctggctaactaagaatagttcaaacctctgt
gccttcagacttcactacagtgcagtaaaaataaaaatacagatcattaa
agtcatattatgcgagggctaggatcttcatggatcttatggaacccatg
acagtcactcatgctgatgtgagaaatgggtgatggtattacttattctt
tagtaggagtctatgaaatggtaaataggagctcagaaatagcattgagt
cttgggggtggagtagggaggatttgcatcacctagtccaaaagttgtct
gcttgaatctagacttattctcagttccagaggcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_106684062_106684836
seq2: B6Ng01-083F22.b_44_830

seq1  GAATTCTTTATTTAGCTCTGTACCCCATTTTTAATGGGATTATTTGAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTATTTAGCTCTGTACCCCATTTTTAATGGGATTATTTGAATT  50

seq1  TCTGGAATCCAGCTTCTTGAGCTCTTTGTATATATTGGATATTAGTTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAATCCAGCTTCTTGAGCTCTTTGTATATATTGGATATTAGTTTGT  100

seq1  CTCTTTAATCATTTTTAGATGCATCTATTTATGTATGTGCATGTATGCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTAATCATTTTTAGATGCATCTATTTATGTATGTGCATGTATGCCA  150

seq1  CAGCACACGTGTGGAGGTGAGAGGATAACTTGAGACAGTCTATTCTCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACACGTGTGGAGGTGAGAGGATAACTTGAGACAGTCTATTCTCTCC  200

seq1  TTCCACCTTGGAGGCTCCAGGAAGCGAACTCCTGGAAGCATTCTGAACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACCTTGGAGGCTCCAGGAAGCGAACTCCTGGAAGCATTCTGAACAG  250

seq1  CGAGTGCCTTTATCTGCTGAGCCATCTCACAGGCTCTTAATTTCTTCTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTGCCTTTATCTGCTGAGCCATCTCACAGGCTCTTAATTTCTTCTAT  300

seq1  TGTAAGGCATGAGGTGAAATCCTGACTTCTCAGATTTGTGACTGTATTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGGCATGAGGTGAAATCCTGACTTCTCAGATTTGTGACTGTATTCA  350

seq1  AGTGGGTAGGGCAGAAATGGAAAAGAGCCATGCTGCTGTGCAAGCGACTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGTAGGGCAGAAATGGAAAAGAGCCATGCTGCTGTGCAAGCGACTA  400

seq1  CATCATGCTTTTCTTCTTGCATGACTGAGAGCTTCCTGGCTGGGGGTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATGCTTTTCTTCTTGCATGACTGAGAGCTTCCTGGCTGGGGGTATG  450

seq1  TGTCATGCTCTGCATGCACGAGACCCTCTGTTCAGTTCACTTCACCCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATGCTCTGCATGCACGAGACCCTCTGTTCAGTTCACTTCACCCAGT  500

seq1  GATTAAAGCCTCACATTGGTCCCTCATTTTCCATTCCCCACTTCCTGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAAGCCTCACATTGGTCCCTCATTTTCCATTCCCCACTTCCTGGCA  550

seq1  GCCGTGATACTACGTTCTGTTTATATGTGTTTTTACGACCCTTGGCATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTGATACTACGTTCTGTTTATATGTGTTTTTACGACCCTTGGCATCT  600

seq1  CACTAAAGGCAGAATCATATCCTAGTCATATACTATTTGTCCATTGTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAAGGCAGAATCATATCCTAGTCATATACTATTTGTCCATTGTCAT  650

seq1  GTGTTTATTTCACCTTGCTTGCTGTCCTTAGGTTTATTCATAACATGTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTATTTCACCTTGCTTGCTGTCCTTAGGTTTATTCATAACATGTAT  700

seq1  CAGAATTTCCTTTCAAAGACTGAATAATGTCTCTTTGTTCATGCATGCGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATTTCCTTTCAAAGACTGAATAATGTCTCTTTGTTCATGCATGCGT  750

seq1  GCGTGTGTGTGTGT------------GTGTGTGTGTG  775
      ||||||||||||||            |||||||||||
seq2  GCGTGTGTGTGTGTATGATAACTATCGTGTGTGTGTG  787

seq1: chr6_106812835_106814032
seq2: B6Ng01-083F22.g_69_1254 (reverse)

seq1  AGGCCTCTGTGGAACTGAGGATGAGAGCCTAGATTCAAGCCAGACACATT  50
      |||||||  |||||||||| ||   || ||||||||||| ||||||  ||
seq2  AGGCCTC--TGGAACTGAGAAT--AAGTCTAGATTCAAG-CAGACAACTT  45

seq1  TTGGACATAGTTAATGCAAATCTTTCCCTACTC--ACCCCAAGACTCAAT  98
      |||||| ||| | |||||||||  |||||||||   ||||||||||||||
seq2  TTGGAC-TAGGTGATGCAAATC-CTCCCTACTCCACCCCCAAGACTCAAT  93

seq1  GCTATTTCTGAGCTACTATTTACCATTTCATTAGACTCCTACTAAGGAAT  148
      |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
seq2  GCTATTTCTGAGCTCCTATTTACCATTTCA-TAGACTCCTACTAAAGAAT  142

seq1  AAGTAATGACATCACCCATTTCTCACATCAGCATGGAGTGACTTGTCATT  198
      |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |
seq2  AAGTAATACCATCACCCATTTCTCACATCAGCAT-GAGTGAC-TGTCA-T  189

seq1  GGGTTCCATTAAGATCCATGAAGATCCTAGCCCTCGCATAATTATGACTT  248
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GGGTTCCA-TAAGATCCATGAAGATCCTAGCCCTCGCATAA-TATGACTT  237

seq1  TAATGATCTGTATTTTTATTTTTACTGCACTGTAGTGAAGTCTGAAGGCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGATCTGTATTTTTATTTTTACTGCACTGTAGTGAAGTCTGAAGGCA  287

seq1  CAGAGGTTTG-ACTATTCTTAGTTAGCCAGCACATAGCAGGTGTATAGAA  347
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |
seq2  CAGAGGTTTGAACTATTCTTAGTTAGCCAGCACATAGCAGATGTAAAG-A  336

seq1  AACATGTATTGAATAAACAATGAATCCACAAAATAAAAGTTAGACCAGAT  397
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGTATTGAAT-AACAATGAATCCACAAAATAAAAGTTAGACCAGAT  385

seq1  AGTCTCTAAGCTCTTCCTGACAAATTTTTTTGGATGTTAATGAATCTTTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCTAAGCTCTTCCTGACAAATTTTTTTGGATGTTAATGAATCTTTA  435

seq1  ATGTCATGCCCATCAAAAGTGTGCACTTGAGACACCCTTGAACTTGAACT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCATGCCCATCAAAAGTGTGCACTTGAGACACCCTTGAACTTGAACT  485

seq1  TGAATGAAATGTTCAGGGTTGGGTGGTAAAGGTAGTATTCTTGTCAGCAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGAAATGTTCAGGGTTGGGTGGTAAAGGTAGTATTCTTGTCAGCAT  535

seq1  TACCCAACCCTCTGACAATAAATGTGCTCATGAGAAAGAAACAAGTGATA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAACCCTCTGACAATAAATGTGCTCATGAGAAAGAAACAAGTGATA  585

seq1  CAGAAACTAAGAGCTTTGCACTTAAATTCAGATTCTAAGATTCTGAGCTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACTAAGAGCTTTGCACTTAAATTCAGATTCTAAGATTCTGAGCTT  635

seq1  GTATAACTTAATGCCTTCACCACCTTTCAAATCAAAATAGCAAACAGCTC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAACTTAATGCCTTCACCACCTTTCAAATCAAAATAGCAAACAGCTC  685

seq1  AGTGTTTAAGAACATATTCTACTCTACAAGTTCAGTTCCCAGCATCCATG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTAAGAACATATTCTACTCTACAAGTTCAGTTCCCAGCATCCATG  735

seq1  TTGGGTGCCTGTAACTCCAGTTTCAGAGAGTTCTGATACCTTTGGTTTTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGCCTGTAACTCCAGTTTCAGAGAGTTCTGATACCTTTGGTTTTC  785

seq1  ATGGACACCAATACTTTTAGGAATTCATACTCTTGTCCCCACAAATACAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACACCAATACTTTTAGGAATTCATACTCTTGTCCCCACAAATACAT  835

seq1  AATTTATAAATAAAAATGCAAAAGTCAGAACAATGATAATCACCATTCAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATAAATAAAAATGCAAAAGTCAGAACAATGATAATCACCATTCAG  885

seq1  GATGATTATAAAAGAAAATGTAAGCTAAGAGATGAAAACAATTGAGTTAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATTATAAAAGAAAATGTAAGCTAAGAGATGAAAACAATTGAGTTAA  935

seq1  TAATTCAGTGGATGATGAAGGGAATACTCATGTACTGCATATTTTGTGCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCAGTGGATGATGAAGGGAATACTCATGTACTGCATATTTTGTGCT  985

seq1  TAGTGAACAACCTACCAACCTGGACTTAAAAACACCATAGCTAAGAGAAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAACAACCTACCAACCTGGACTTAAAAACACCATAGCTAAGAGAAT  1035

seq1  CAGATCTGTCATCAACAAATGGAAGTCATGTGGTACTCAGCTTCTATTGA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTGTCATCAACAAATGGAAGTCATGTGGTACTCAGCTTCTATTGA  1085

seq1  AAGCTTCTTTAAAGCCACCGAGCCTTCCCCTTAGTCTCCATATAGACACA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTCTTTAAAGCCACCGAGCCTTCCCCTTAGTCTCCATATAGACACA  1135

seq1  GTTTTAAGATCATTTGCTCCTGTCTACTGTGAGACTATGTATGATGAATT  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAAGATCATTTGCTCCTGTCTACTGTGAGACTATGTATGATGAATT  1185

seq1  C  1198
      |
seq2  C  1186