BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-085B06
Chromosome6 (Build37)
Map Location 38,735,687 - 38,853,075
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHipk2
Upstream geneLOC100039636, LOC665102, Trim24, Svopl, Atp6v0a4, LOC100039657, D630002J15Rik, D630045J12Rik, LOC665125, Zc3hav1l, Zc3hav1, Rpl30-ps1, Ttc26, D130059P03Rik, 3110054G05Rik, 1110001J03Rik, LOC621228, Luc7l2, Klrg2, LOC665180
Downstream geneTbxas1, 1700025N23Rik, Parp12, 4930599N23Rik, A630082K20Rik, Slc37a3, Rab19, Mkrn1, ENSMUSG00000068601, Dennd2a, Adck2, Ndufb2, Braf, Fth-ps2, Mrps33, LOC665247, LOC665254
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-085B06.bB6Ng01-085B06.g
ACCDH898847DH898848
length1,2021,070
definitionDH898847|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085B06, 5' end.DH898848|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085B06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,735,687 - 38,736,893)(38,852,004 - 38,853,075)
sequence
gaattctaggctcacccatgtcaatttccttggctgcctactccctgcct
tgcgtccttaagcagtcttcatcatcattactgactctcaccagatctca
gcacccactacatcttcctgtttgccctgctgctcttcaagagatatctg
ccagggacctcctgtatgctaaggactaatgctggtttctcagagtggat
gacaggcatttttttctgggtttgtgggcattatgacagaggcagggtga
caggaaggtagaagacctgctgtttggttcaggactgatgccaagttccc
cttcctttcagccaccactattccttctctctacaatcaaacaccaggaa
gaaagggtgagcagcacagtgccaggaaatgcctcccacagctccttgta
cactgcatactctaagcacacgtgctacattgaactgagagaaatctaaa
ttattcatgccctattaattgatatgtaagtacacatttcaaaatcttac
tttttcgttttttgagacagggggtttctctgtgtagttctggcaatctt
ggaactctgtagaccaggctggcctctgcctcccgagtgctgggattaaa
ggagtgctccaccactgcccagctccttactattttttaatgtatacatt
actacattaggatgtaagggtagacttctaaggtctatgcccataaggga
aaccagaaataaacacaagcctgaggtacacacacatatatatttgtatg
tatttattagccaatagtaacaatgaaatgacaacagtatgaccaccctc
cggctgaataaaataccttttatttaaacagataagcaattatgaagatt
ttaggctaaagagaaagggctacttttagcatatggaatggagcgaaaga
attatatatagatacactcacatgctcggatgtatccatctttaaacagc
ctatcaaactgtctaacacactgctggctataaatgtgctatacctgaca
ggagaaaattccatgaaagattataaaagcttgctagaagcattaaaaat
ttccagccatttcattatttgtcattcagccacctgtaatattacttttt
gtattcttagtgaagcttggaattaacatggctttttgtttatttcttca
tttctgcacccttgtcagctctatctcagaaatgcatttagctggcttac
tg
gaattccaaagtcttttgcctttagactctggactcaatgcctacccccg
ctttactctagtcgtcaggcctttggccctgtactgaggtctgtatcaca
cggttccctgcttatgagatcttcagacttgggtcgagcaaactactggc
attgctaggactccaggttccagacaacctatcatgggactcctcgagct
cccgggctatgggacctagtcctcatagtgagctcctcttgtctgtccct
catccacccacctacccacccacccaacctcttgactccatctctcacaa
gagccctgactaaaacagccactttcccacaagtcatgaatttgtattct
gtagcctaagccatggtagtcatgcgcatagagatctcatgtctggcaac
cagctgggagagcaacccctatcctactccaaatggatacaagtcaactg
ctcctcctcatggatgcccggtgcaagggcctgtcatatatcagtttccc
gagcgattagatagagataatgaaataaagatgttgcaaacataaaacac
cctctctgcatctattgtggcatctatcctgcaccgtaccgggatgacaa
agaggaaacgtggcctctgatgtcaggatgctcttgtaacaagaggaaca
acaggcccttgtccttataacatggtgagaggtctgttagagtgggagag
aggctcatcccagtgcagccgagttggctgaagggcagaacgaccctcaa
agaccagagatcttccaagtaagagatgaaatgagccacacccacagctg
tctagaataggttgagagaagatgattactccgtgttttggaaccttacc
agctggttgttaagtgtagccattgttaaaaattaaattgtataaaaatt
aaattataattaagtggagaaatagagatataaatattaaaataccctaa
ttattttcttgcatttttaccattatctctgctctggggggagatctttt
taggtttgtgcaccttggtgaaatttatctaatgatagctactgaattct
ctctctcagtccacagaaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_38735687_38736893
seq2: B6Ng01-085B06.b_45_1246

seq1  GAATTCTAGGCTCACCCATGTCAATTTCCTTGGCTGCCTACTCCCTGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGCTCACCCATGTCAATTTCCTTGGCTGCCTACTCCCTGCCT  50

seq1  TGCGTCCTTAAGCAGTCTTCATCATCATTACTGACTCTCACCAGATCTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTCCTTAAGCAGTCTTCATCATCATTACTGACTCTCACCAGATCTCA  100

seq1  GCACCCACTACATCTTCCTGTTTGCCCTGCTGCTCTTCAAGAGATATCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCACTACATCTTCCTGTTTGCCCTGCTGCTCTTCAAGAGATATCTG  150

seq1  CCAGGGACCTCCTGTATGCTAAGGACTAATGCTGGTTTCTCAGAGTGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGACCTCCTGTATGCTAAGGACTAATGCTGGTTTCTCAGAGTGGAT  200

seq1  GACAGGCATTTTTTTCTGGGTTTGTGGGCATTATGACAGAGGCAGGGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGCATTTTTTTCTGGGTTTGTGGGCATTATGACAGAGGCAGGGTGA  250

seq1  CAGGAAGGTAGAAGACCTGCTGTTTGGTTCAGGACTGATGCCAAGTTCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGGTAGAAGACCTGCTGTTTGGTTCAGGACTGATGCCAAGTTCCC  300

seq1  CTTCCTTTCAGCCACCACTATTCCTTCTCTCTACAATCAAACACCAGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTTCAGCCACCACTATTCCTTCTCTCTACAATCAAACACCAGGAA  350

seq1  GAAAGGGTGAGCAGCACAGTGCCAGGAAATGCCTCCCACAGCTCCTTGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGTGAGCAGCACAGTGCCAGGAAATGCCTCCCACAGCTCCTTGTA  400

seq1  CACTGCATACTCTAAGCACACGTGCTACATTGAACTGAGAGAAATCTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCATACTCTAAGCACACGTGCTACATTGAACTGAGAGAAATCTAAA  450

seq1  TTATTCATGCCCTATTAATTGATATGTAAGTACACATTTCAAAATCTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCATGCCCTATTAATTGATATGTAAGTACACATTTCAAAATCTTAC  500

seq1  TTTTTCGTTTTTTGAGACAGGGGGTTTCTCTGTGTAGTTCTGGCAATCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCGTTTTTTGAGACAGGGGGTTTCTCTGTGTAGTTCTGGCAATCTT  550

seq1  GGAACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAA  600

seq1  GGAGTGCTCCACCACTGCCCAGCTCCTTACTATTTTTTAATGTATACATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGCTCCACCACTGCCCAGCTCCTTACTATTTTTTAATGTATACATT  650

seq1  ACTACATTAGGATGTAAGGGTAGACTTCTAAGGTCTATGCCCATAAGGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACATTAGGATGTAAGGGTAGACTTCTAAGGTCTATGCCCATAAGGGA  700

seq1  AACCAGAAATAAACACAAGCCTGAGGTACACACACATATATATTTGTATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGAAATAAACACAAGCCTGAGGTACACACACATATATATTTGTATG  750

seq1  TATTTATTAGCCAATAGTAACAATGAAATGACAACAGTATGACCACCCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTAGCCAATAGTAACAATGAAATGACAACAGTATGACCACCCTC  800

seq1  CGGCTGAATAAAATACCTTTTATTTAAACAGATAAGCAATTATGAAGATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTGAATAAAATACCTTTTATTTAAACAGATAAGCAATTATGAAGATT  850

seq1  TTAGGCTAAGGAGAAAGGGCTACTTTTAGCATATGGAATGGAGCGAAAGA  900
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCTAAAGAGAAAGGGCTACTTTTAGCATATGGAATGGAGCGAAAGA  900

seq1  ATTATATATAGATACACTCACATGCTCGGATGTATCCATCTTTAAACAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATATAGATACACTCACATGCTCGGATGTATCCATCTTTAAACAGC  950

seq1  CTATCAAAACTGTCTAACACACTGCTGGCTATAAATGTGCTATACCTGAC  1000
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATC-AAACTGTCTAACACACTGCTGGCTATAAATGTGCTATACCTGAC  999

seq1  AGGGAGAAAATTCCATGAAAGATTATAAAAGCTTGCTAGAAGCATTAAAA  1050
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GGAGAAAATTCCATGAAAGATTATAAAAGCTTGCTAGAAGCATTAAAA  1048

seq1  ATTTCCAGCCATTTCATTATTTGTCATTCAGCAACTGTTAATATTACTTT  1100
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||
seq2  ATTTCCAGCCATTTCATTATTTGTCATTCAGCCACCTGTAATATTACTTT  1098

seq1  TTGTATTCTTAGTGAAGCTTGAAATTAACATGGCTTTTTGTTTATTTCTT  1150
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTCTTAGTGAAGCTTGGAATTAACATGGCTTTTTGTTTATTTCTT  1148

seq1  CATTTCTGCACCCTTGTCAGCTC-ATCTCAGGAATGCAGTTTGTTAGCTG  1199
      ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||     |||||||
seq2  CATTTCTGCACCCTTGTCAGCTCTATCTCAGAAATGCA----TTTAGCTG  1194

seq1  GCTTACTG  1207
      ||||||||
seq2  GCTTACTG  1202

seq1: chr6_38852004_38853075
seq2: B6Ng01-085B06.g_71_1140 (reverse)

seq1  CTTTCTGTGGACTTGAGAGAGA-TATACAGTAGCTATCATTAGATAATAT  49
      |||||||||||| |||||||||  || |||||||||||||||||||| ||
seq2  CTTTCTGTGGAC-TGAGAGAGAGAATTCAGTAGCTATCATTAGATAA-AT  48

seq1  TTCCACCAGGTGCAACAAACCTAAAAAGATCT-CCCCCAGAGCAGAGATA  98
      |||  | |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTCACCAAGGTGC-ACAAACCTAAAAAGATCTCCCCCCAGAGCAGAGATA  97

seq1  ATGGTAAAAATGCAAGAAAATAATTAGGGTATTTTAATATTTATTATCTC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATGGTAAAAATGCAAGAAAATAATTAGGGTATTTTAATATTTA-TATCTC  146

seq1  TATTTCTCCACTTAATTATAAATTAATTTTTATACAATTTAATTTTTAAC  198
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTCCACTTAATTATAATTTAATTTTTATACAATTTAATTTTTAAC  196

seq1  AATGGCTACACTTAACAACCAGCTGGTAAGGTTCCAAAACACGGAGTAAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCTACACTTAACAACCAGCTGGTAAGGTTCCAAAACACGGAGTAAT  246

seq1  CATCTTCTCTCAACCTATTCTAGACAGCTGTGGGTGTGGCTCATTTCATC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTCTCTCAACCTATTCTAGACAGCTGTGGGTGTGGCTCATTTCATC  296

seq1  TCTTACTTGGAAGATCTCTGGTCTTTGAGGGTCGTTCTGCCCTTCAGCCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACTTGGAAGATCTCTGGTCTTTGAGGGTCGTTCTGCCCTTCAGCCA  346

seq1  ACTCGGCTGCACTGGGATGAGCCTCTCTCCCACTCTAACAGACCTCTCAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGGCTGCACTGGGATGAGCCTCTCTCCCACTCTAACAGACCTCTCAC  396

seq1  CATGTTATAAGGACAAGGGCCTGTTGTTCCTCTTGTTACAAGAGCATCCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTATAAGGACAAGGGCCTGTTGTTCCTCTTGTTACAAGAGCATCCT  446

seq1  GACATCAGAGGCCACGTTTCCTCTTTGTCATCCCGGTACGGTGCAGGATA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCAGAGGCCACGTTTCCTCTTTGTCATCCCGGTACGGTGCAGGATA  496

seq1  GATGCCACAATAGATGCAGAGAGGGTGTTTTATGTTTGCAACATCTTTAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCACAATAGATGCAGAGAGGGTGTTTTATGTTTGCAACATCTTTAT  546

seq1  TTCATTATCTCTATCTAATCGCTCGGGAAACTGATATATGACAGGCCCTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTATCTCTATCTAATCGCTCGGGAAACTGATATATGACAGGCCCTT  596

seq1  GCACCGGGCATCCATGAGGAGGAGCAGTTGACTTGTATCCATTTGGAGTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCGGGCATCCATGAGGAGGAGCAGTTGACTTGTATCCATTTGGAGTA  646

seq1  GGATAGGGGTTGCTCTCCCAGCTGGTTGCCAGACATGAGATCTCTATGCG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGGGGTTGCTCTCCCAGCTGGTTGCCAGACATGAGATCTCTATGCG  696

seq1  CATGACTACCATGGCTTAGGCTACAGAATACAAATTCATGACTTGTGGGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACTACCATGGCTTAGGCTACAGAATACAAATTCATGACTTGTGGGA  746

seq1  AAGTGGCTGTTTTAGTCAGGGCTCTTGTGAGAGATGGAGTCAAGAGGTTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGCTGTTTTAGTCAGGGCTCTTGTGAGAGATGGAGTCAAGAGGTTG  796

seq1  GGTGGGTGGGTAGGTGGGTGGATGAGGGACAGACAAGAGGAGCTCACTAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGTGGGTAGGTGGGTGGATGAGGGACAGACAAGAGGAGCTCACTAT  846

seq1  GAGGACTAGGTCCCATAGCCCGGGAGCTCGAGGAGTCCCATGATAGGTTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACTAGGTCCCATAGCCCGGGAGCTCGAGGAGTCCCATGATAGGTTG  896

seq1  TCTGGAACCTGGAGTCCTAGCAATGCCAGTAGTTTGCTCGACCCAAGTCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAACCTGGAGTCCTAGCAATGCCAGTAGTTTGCTCGACCCAAGTCT  946

seq1  GAAGATCTCATAAGCAGGGAACCGTGTGATACAGACCTCAGTACAGGGCC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATCTCATAAGCAGGGAACCGTGTGATACAGACCTCAGTACAGGGCC  996

seq1  AAAGGCCTGACGACTAGAGTAAAGCGGGGGTAGGCATTGAGTCCAGAGTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCCTGACGACTAGAGTAAAGCGGGGGTAGGCATTGAGTCCAGAGTC  1046

seq1  TAAAGGCAAAAGACTTTGGAATTC  1072
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGCAAAAGACTTTGGAATTC  1070