BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-085D10
Chromosome6 (Build37)
Map Location 98,912,499 - 99,064,361
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFoxp1
Upstream geneMitf, Gm765, LOC666019, LOC665963, LOC665979
Downstream geneEif4e3, Gpr27, Prok2, LOC384466, LOC626503, LOC100043703
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-085D10.bB6Ng01-085D10.g
ACCDH898948DH898949
length509985
definitionDH898948|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085D10, 5' end.DH898949|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085D10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,063,847 - 99,064,361)(98,912,499 - 98,913,487)
sequence
tttggcttattttataaagttggccatcactggagaacctcgcccatgtc
taggcttttgctcaacactgaacctcatctctagccattgtatttctaag
cagggtcttggaacctgacatgaaactgacatgatcagtttgctcttggc
aattacataagacaagggctccttatgtagcccaggctggcctaaccttc
ttggtcttgtaacctcagctctctattctaccacactgagccaaagaaga
gattcttgaggagcttgaagaaaagtaaagagagggttacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacacaaggggtggggaggaaggga
ggaaagactgtgtacccgcttaggactgtggtcggtagatttagggttgc
atatagatttctgcaatggttaagatctacttatcatggctacagtgccc
agccatgctggctcttaaaatacatgcattttgaaactggaacattaaag
gtcggccac
gaattctcaggcaaactcaaactgggagtgcagctcaggggtagacagct
gaccagctgacttaatccccagcaccagctgactagacttaatcgccagc
accacagaaacaagtcaaataggaatgactcaacgtttcgattgcctgat
ggaagaactaagctagttttggctggtccctttctagtcctggaacactc
ctttgggtacctttctgctgttgtgaagaacccaggtcaactaattgccc
agccaatggcagtcctgcttgttatctatgaggtattttgtcatgctttg
ttttttatttgagacagggtattgctacctagctctggctagcctggaac
tctgtgtacaccaggccggctttgaactcccaaagatccagctgcttttg
cctcctgagggctggtattaaggttatgcacctccagcccagctcactca
tggttttggaagatttatttattttatttataattcgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtggcgcgtgagtttatgtacaccgtgtatgcaaaggtgcccgcgg
ggctagaggaacgtgtcagatcccctgtagctgcagttccagacagttgt
gagccgtcacgtggatactgggaatctccatcctttggaagggccattaa
gagctcttaactgctgaggcactgtctagcttcccacgtgccatctattt
tatagttcaattttccttgtagaatacaagaaacaggaaggcagctttac
ccacttctaaccattaccatccttcacagagcctccaaagagggctgccc
tctgcaaggagatgaataaacgagccagtatccctcatcaaaggtgggca
agcgcttgtcttatgaagttgctgggatgttgccctgactgatgtagaac
tgaaggttttacacgttatggctgagaggcatatggagggtagcagagct
gtagacagccaggaaccccggggggggggggggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_99063847_99064361
seq2: B6Ng01-085D10.b_46_560 (reverse)

seq1  GTGGCCGACCTTTGATGTTCCAGTTTCAAAATGCATGTATTTTAAGAGCC  50
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCGACCTTTAATGTTCCAGTTTCAAAATGCATGTATTTTAAGAGCC  50

seq1  AGCATGGCTGGGCACTGTAGCCATGATAAGTAGATCTTAACCATTGCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGGCTGGGCACTGTAGCCATGATAAGTAGATCTTAACCATTGCAGA  100

seq1  AATCTCTATGCAACCCTAAATCTACCGACCACAGTCCTAAGCGGGTACAC  150
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTATATGCAACCCTAAATCTACCGACCACAGTCCTAAGCGGGTACAC  150

seq1  AGTCTTTCCTCCCTTCCTCCCCACCCCTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTCCTCCCTTCCTCCCCACCCCTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  200

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAACCCTCTCTTTACTTTTCTTCAAGCTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAACCCTCTCTTTACTTTTCTTCAAGCTCC  250

seq1  TCAAGAATCTCTTCTTTGGCTCAGTGTGGTAGAATAGAGAGCTGAGGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAATCTCTTCTTTGGCTCAGTGTGGTAGAATAGAGAGCTGAGGTTA  300

seq1  CAAGACCAAGAAGGTTAGGCCAGCCTGGGCTACATAAGGAGCCCTTGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACCAAGAAGGTTAGGCCAGCCTGGGCTACATAAGGAGCCCTTGTCT  350

seq1  TATGTAATTGCCAAGAGCAAACTGATCATGTCAGTTTCATGTCAGGTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAATTGCCAAGAGCAAACTGATCATGTCAGTTTCATGTCAGGTTCC  400

seq1  AAGACCCTGCTTAGAAATACAATGGCTAGAGATGAGGTTCAGTGTTGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCCTGCTTAGAAATACAATGGCTAGAGATGAGGTTCAGTGTTGAGC  450

seq1  AAAAGCCTAGACATGGGCGAGGTTCTCCAGTGATGGCCAACTTTATAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCCTAGACATGGGCGAGGTTCTCCAGTGATGGCCAACTTTATAAAA  500

seq1  TAAGCCAAAGAATTC  515
      |||||||||||||||
seq2  TAAGCCAAAGAATTC  515

seq1: chr6_98912499_98913487
seq2: B6Ng01-085D10.g_69_1053

seq1  GAATTCTCAGGCAAACTCAAACTGGGAGTGCAGCTCAGGGGTAGACAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGGCAAACTCAAACTGGGAGTGCAGCTCAGGGGTAGACAGCT  50

seq1  GACCAGCTGACTTAATCCCCAGCACCAGCTGACTAGACTTAATCGCCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGCTGACTTAATCCCCAGCACCAGCTGACTAGACTTAATCGCCAGC  100

seq1  ACCACAGAAACAAGTCAAATAGGAATGACTCAACGTTTCGATTGCCTGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAGAAACAAGTCAAATAGGAATGACTCAACGTTTCGATTGCCTGAT  150

seq1  GGAAGAACTAAGCTAGTTTTGGCTGGTCCCTTTCTAGTCCTGGAACACTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAACTAAGCTAGTTTTGGCTGGTCCCTTTCTAGTCCTGGAACACTC  200

seq1  CTTTGGGTACCTTTCTGCTGTTGTGAAGAACCCAGGTCAACTAATTGCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGGTACCTTTCTGCTGTTGTGAAGAACCCAGGTCAACTAATTGCCC  250

seq1  AGCCAATGGCAGTCCTGCTTGTTATCTATGAGGTATTTTGTCATGCTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAATGGCAGTCCTGCTTGTTATCTATGAGGTATTTTGTCATGCTTTG  300

seq1  TTTTTTATTTGAGACAGGGTATTGCTACCTAGCTCTGGCTAGCCTGGAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTATTTGAGACAGGGTATTGCTACCTAGCTCTGGCTAGCCTGGAAC  350

seq1  TCTGTGTACACCAGGCCGGCTTTGAACTCCCAAAGATCCAGCTGCTTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTACACCAGGCCGGCTTTGAACTCCCAAAGATCCAGCTGCTTTTG  400

seq1  CCTCCTGAGGGCTGGTATTAAGGTTATGCACCTCCAGCCCAGCTCACTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGAGGGCTGGTATTAAGGTTATGCACCTCCAGCCCAGCTCACTCA  450

seq1  TGGTTTTGGAAGATTTATTTATTTTATTTATAATTCGTGTGTGTGTGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTGGAAGATTTATTTATTTTATTTATAATTCGTGTGTGTGTGTGT  500

seq1  GTGTGTGGCGCGTGAGTTTATGTACACCGTGTATGCAAAGGTGCCCGCGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGGCGCGTGAGTTTATGTACACCGTGTATGCAAAGGTGCCCGCGG  550

seq1  GGCTAGAGGAACGTGTCAGATCCCCTGTAGCTGCAGTTCCAGACAGTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGAGGAACGTGTCAGATCCCCTGTAGCTGCAGTTCCAGACAGTTGT  600

seq1  GAGCCGTCACGTGGATACTGGGAATCTCCATCCTTTGGAAGGGCCATTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCGTCACGTGGATACTGGGAATCTCCATCCTTTGGAAGGGCCATTAA  650

seq1  GAGCTCTTAACTGCTGAGGCACTGTCTAGCTTCCCACGTGCCATCTATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCTTAACTGCTGAGGCACTGTCTAGCTTCCCACGTGCCATCTATTT  700

seq1  TATAGTTCAATTTTCCTTGTAGAATACAAGAAACAGGAAGGCAGCTTTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTCAATTTTCCTTGTAGAATACAAGAAACAGGAAGGCAGCTTTAC  750

seq1  CCACTTCTAACCATTACCATCCTTCACAGAGCCTCCAAAGAGGGCTGCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTCTAACCATTACCATCCTTCACAGAGCCTCCAAAGAGGGCTGCCC  800

seq1  TCTGCAAGGAGATGAATAAACGAGCCAGTATCCCTCAATCAAAGGTGGGC  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTGCAAGGAGATGAATAAACGAGCCAGTATCCCTC-ATCAAAGGTGGGC  849

seq1  AAGCGCTTGTCTTATGAAGTTGCTGGGATGTTGCCCTGACTGATGTAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCGCTTGTCTTATGAAGTTGCTGGGATGTTGCCCTGACTGATGTAGAA  899

seq1  CTGAAGGTTTTACACGTTATGGCTGAGGAGGCATATGGAGGGGTAGGCAG  950
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||
seq2  CTGAAGGTTTTACACGTTATGGCTGA-GAGGCATATGGA-GGGTA-GCAG  946

seq1  AGCTGTAGACAGCCAGGAACCCCGGTGGGGGGGGGGGAG  989
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGCTGTAGACAGCCAGGAACCCCGGGGGGGGGGGGGGAG  985