BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-086D19
Chromosome6 (Build37)
Map Location 95,025,831 - 95,193,442
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKbtbd8
Upstream geneMagi1, LOC100043262, LOC665856, Slc25a26, Lrig1, LOC625941, EG665865, LOC100043276, LOC100043680
Downstream geneLOC435912, Suclg2, LOC665886, LOC545867, C630007B19Rik, LOC100043685, 1700123L14Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-086D19.bB6Ng01-086D19.g
ACCDH899689DH899690
length1,1641,209
definitionDH899689|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086D19, 5' end.DH899690|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086D19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,025,831 - 95,027,008)(95,192,220 - 95,193,442)
sequence
gaattctctttttctatcccactcccagtgctactgagagacagttatgt
taatttggggctacctttctccttttccgccacctgagacccagcccatt
ccatggtattgcctgtatttattgtgtatctccacctatgcccctcctgg
ttaatcctctctggaaaagcctttgaccagacccaaaagtatacctacat
ctcctaagtgattctaaatccaatcaagcatgacaataaaaaatttacta
tcacaacatctggaccacataggtccttcacccagagaagtatccttcat
gcaaggcactggaagtacccttgtgaggcagacaggaagtcagggttcct
gctccggggacttatttagtctcattgcattggttacttttcttgttatg
acaaaataacctgatgagagcaacttaggggagtgtttattctggctcaa
agtttgggagcacagtctattgtagtgatattgtttcaagaacacatgca
tatgtccatgttgcattaataatcaaatcaatagagatgcttagaagcca
agagctgctctttccagaggacctgtgtttgattcccggcacccatggtg
gctcacaaccaattctaactccagttccagggggccaaatgttctcttct
ggccaggtatagaggacttcgagggtccaaatcagggatgctcctgtgtc
aggctttctatcaggacagcatctagagatcttggctaaaagctttatgg
catggggtaagctgctgtcaaatagctgttagtcatataagctagcaata
aagctgtagttaatgagagcaaccttgagctgttatggaaaaaaaagttc
aagagtcatgtcatggtcatgacacatgagcatgaagggaatagcattag
attctttcgataggatatttaaagagaatgcctctttggtgacccactgg
actggaagactataccttgatttgtacataacttggaaggatgactaaca
tctccattagtgagttagtttgtattcttatcactgaaaacaaaacacat
gacagacatgaagctttacatcagctcatggttcagatgattcgaattgg
ttccatttttggggctctgcagttgtgtgcaagtctattggcctcataga
gccgaagcaaagag
gaattcagattcctagcacccacatcagtgccagacaggcatggcagcca
agctgtaagcacagcatttgagaaatggaggcagggaatccccacagcac
gctagctgtcttagacttgccagaactggcaagctccaggggttcaagtg
agagaccttaactcaatctataaggctgagagtgatcaaagatatctaac
atcagcctctggtctccacatgcacagcacacacacataacacacacatg
tacacctgctcccacccacgttctcacacacatacaaacatgtgcacaca
gacgcagcatgtacaggaagataatataaaataaacgattcatgttagaa
ataagttttagtgaacatgaatgcatgaagcaaccctgaagatgtctgtt
ctggattgtggctatcgtcacttctcgggacatgtacatcctaaactgta
actttggcaagaagtcctctttcctaatgaatccaaaagaatagatagcc
taccacacaggtctaaaattaagggccataagtccatctaacaagctgct
atcatacttgggcaaatatgttttcatgatgtaaaaataaatgtatgcaa
aggtttttctctgtgttacttgttatcaggtcaaaggcttatcttctagg
tattaaaatagcaatatgtaaataagcaaggttataatgaaaattcttgc
tattatagacttttgataaaaagttaccaaaattactaattccattatta
tagttataatttttatttactttataatctacttgcagcaataaggtgat
tgatttttaaaatgatatctaatagtcttcaatatactcacattttaatg
tatatcatcaagaatgcaaattaaatccagtgataaatattgcccttaca
atcaaaaaagtttcccaaaaaagttatttttcttacttatctagatacag
ttgttaaatttaaagtcaaaactactgattatgagtataatattatagct
caaatatgttccacttctgtacactcattaaatcaccttgtctacatgta
taaagaatggtctcttttcatgcaagctcctttgcctgtgtcgtgcatgt
gacatcagtgattctcatccacatgtagcatgtgtaacagcgacgaatag
catgattttattggcagttaactgaacatttccagcacactacggtggta
tgtaaaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_95025831_95027008
seq2: B6Ng01-086D19.b_47_1210

seq1  GAATTCTCTTTTTCTATCCCACTCCCAGTGCTACTGAGAGACAGTTATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTTTTCTATCCCACTCCCAGTGCTACTGAGAGACAGTTATGT  50

seq1  TAATTTGGGGCTACCTTTCTCCTTTTCCGCCACCTGAGACCCAGCCCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTGGGGCTACCTTTCTCCTTTTCCGCCACCTGAGACCCAGCCCATT  100

seq1  CCATGGTATTGCCTGTATTTATTGTGTATCTCCACCTATGCCCCTCCTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGTATTGCCTGTATTTATTGTGTATCTCCACCTATGCCCCTCCTGG  150

seq1  TTAATCCTCTCTGGAAAAGCCTTTGACCAGACCCAAAAGTATACCTACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCTCTCTGGAAAAGCCTTTGACCAGACCCAAAAGTATACCTACAT  200

seq1  CTCCTAAGTGATTCTAAATCCAATCAAGCATGACAATAAAAAATTTACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTAAGTGATTCTAAATCCAATCAAGCATGACAATAAAAAATTTACTA  250

seq1  TCACAACATCTGGACCACATAGGTCCTTCACCCAGAGAAGTATCCTTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAACATCTGGACCACATAGGTCCTTCACCCAGAGAAGTATCCTTCAT  300

seq1  GCAAGGCACTGGAAGTACCCTTGTGAGGCAGACAGGAAGTCAGGGTTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGCACTGGAAGTACCCTTGTGAGGCAGACAGGAAGTCAGGGTTCCT  350

seq1  GCTCCGGGGACTTATTTAGTCTCATTGCATTGGTTACTTTTCTTGTTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCGGGGACTTATTTAGTCTCATTGCATTGGTTACTTTTCTTGTTATG  400

seq1  ACAAAATAACCTGATGAGAGCAACTTAGGGGAGTGTTTATTCTGGCTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATAACCTGATGAGAGCAACTTAGGGGAGTGTTTATTCTGGCTCAA  450

seq1  AGTTTGGGAGCACAGTCTATTGTAGTGATATTGTTTCAAGAACACATGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGGGAGCACAGTCTATTGTAGTGATATTGTTTCAAGAACACATGCA  500

seq1  TATGTCCATGTTGCATTAATAATCAAATCAATAGAGATGCTTAGAAGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCCATGTTGCATTAATAATCAAATCAATAGAGATGCTTAGAAGCCA  550

seq1  AGAGCTGCTCTTTCCAGAGGACCTGTGTTTGATTCCCGGCACCCATGGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGCTCTTTCCAGAGGACCTGTGTTTGATTCCCGGCACCCATGGTG  600

seq1  GCTCACAACCAATTCTAACTCCAGTTCCAGGGGGCCAAATGTTCTCTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACAACCAATTCTAACTCCAGTTCCAGGGGGCCAAATGTTCTCTTCT  650

seq1  GGCCAGGTATAGAGGACTTCGAGGGTCCAAATCAGGGATGCTCCTGTGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGGTATAGAGGACTTCGAGGGTCCAAATCAGGGATGCTCCTGTGTC  700

seq1  AGGCTTTCTATCAGGACAGCATCTAGAGATCTTGGCTAAAAGCTTTATGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTTCTATCAGGACAGCATCTAGAGATCTTGGCTAAAAGCTTTATGG  750

seq1  CATGGGGTAAGCTGCTGTCAAATAGCTGTTAGTCATATAAGCTAGCAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGGTAAGCTGCTGTCAAATAGCTGTTAGTCATATAAGCTAGCAATA  800

seq1  AAGCTGTAGTTAATGAGAGCAACCTTGAGCTGTTATGGAAAAAAAAGTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTAGTTAATGAGAGCAACCTTGAGCTGTTATGGAAAAAAAAGTTC  850

seq1  AAGAGTCATGTCATGGTCATGACACATGAGCATGAAGGGAATAGCATTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTCATGTCATGGTCATGACACATGAGCATGAAGGGAATAGCATTAG  900

seq1  ATTCTTTCGATAGGATATTTAAAAGAGAATGCCTCTTTGGTGACCCACTG  950
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTCGATAGGATATTT-AAAGAGAATGCCTCTTTGGTGACCCACTG  949

seq1  GACTGGAAGAACTATACCTTGATTTGTACATAACTTGGAAGGATGACTAA  1000
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGAAG-ACTATACCTTGATTTGTACATAACTTGGAAGGATGACTAA  998

seq1  CATCTCCATTAGTGAGTTAGTTTGTATTCTTATCACTGAAAACAAAACAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCATTAGTGAGTTAGTTTGTATTCTTATCACTGAAAACAAAACAC  1048

seq1  ATGACAGACATGAAGCTTTACATCAGCTCATGGTTTTCAGGATGGTTCGA  1100
      |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| |||||
seq2  ATGACAGACATGAAGCTTTACATCAGCTCATGG--TTCA-GATGATTCGA  1095

seq1  TTTGGTTCCATGTTTTGGGGGCTCTGCAGGGTTGTGTGGCAGAGTCTATT  1150
       |||||||||  |||| |||||||||||  ||||||| ||| ||||||||
seq2  ATTGGTTCCA--TTTTTGGGGCTCTGCA--GTTGTGT-GCA-AGTCTATT  1139

seq1  TGCCTCATAGTAGACAGGAAGCAAAGAG  1178
       ||||||||| || |  |||||||||||
seq2  GGCCTCATAG-AGCC--GAAGCAAAGAG  1164

seq1: chr6_95192220_95193442
seq2: B6Ng01-086D19.g_67_1275 (reverse)

seq1  GGGTT--CATACCACCGTA--GTGCTGAGAAATAGTTTCTAAGGTTAAAT  46
      |||||  ||||||||||||  |||||| ||||| |||      |||||  
seq2  GGGTTTACATACCACCGTAGTGTGCTG-GAAAT-GTT----CAGTTAA--  42

seq1  TTGCCCATATAAATATCATGCTTATCTGTCGCTGTTACACATGCTACATG  96
       |||| ||   || ||||||| |||  |||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAAT---AAAATCATGC-TATTCGTCGCTGTTACACATGCTACATG  88

seq1  TGGATGAG-ATCACTGATGGTCTACATTGGCAACGACACAGGC-AAGGAG  144
      |||||||| ||||||||| ||| ||||  || ||||||||||| ||||||
seq2  TGGATGAGAATCACTGAT-GTC-ACAT--GC-ACGACACAGGCAAAGGAG  133

seq1  CCTGGCATGGAAAAGAGGACCATTCTTTATACATGTAGACAAGGTGATTT  194
       || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CTTGCAT-GAAAAGA-GACCATTCTTTATACATGTAGACAAGGTGATTT  180

seq1  AATGAGTTGTACAGAAGTGG-ACATATTTTGAGCTATAATA-TATACTCA  242
      |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  AATGAG-TGTACAGAAGTGGAACATA-TTTGAGCTATAATATTATACTCA  228

seq1  TAATCAGTAGTTTTGACTTTAATTTTAACAACTGTATCTAGATAAGTAAG  292
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAGTAGTTTTGACTTTAAATTTAACAACTGTATCTAGATAAGTAAG  278

seq1  AAAAATAACTTTTTTGGGAAACTTTTTTGATTGTAAGGGCAATATTTATC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAACTTTTTTGGGAAACTTTTTTGATTGTAAGGGCAATATTTATC  328

seq1  ACTGGATTTAATTTGCATTCTTGATGATATACATTAAAATGTGAGTATAT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGATTTAATTTGCATTCTTGATGATATACATTAAAATGTGAGTATAT  378

seq1  TGAAGACTATTAGATATCATTTTAAAAATCAATCACCTTATTGCTGCAAG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGACTATTAGATATCATTTTAAAAATCAATCACCTTATTGCTGCAAG  428

seq1  TAGATTATAAAGTAAATAAAAATTATAACTATAATAATGGAATTAGTAAT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTATAAAGTAAATAAAAATTATAACTATAATAATGGAATTAGTAAT  478

seq1  TTTGGTAACTTTTTATCAAAAGTCTATAATAGCAAGAATTTTCATTATAA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTAACTTTTTATCAAAAGTCTATAATAGCAAGAATTTTCATTATAA  528

seq1  CCTTGCTTATTTACATATTGCTATTTTAATACCTAGAAGATAAGCCTTTG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTTATTTACATATTGCTATTTTAATACCTAGAAGATAAGCCTTTG  578

seq1  ACCTGATAACAAGTAACACAGAGAAAAACCTTTGCATACATTTATTTTTA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGATAACAAGTAACACAGAGAAAAACCTTTGCATACATTTATTTTTA  628

seq1  CATCATGAAAACATATTTGCCCAAGTATGATAGCAGCTTGTTAGATGGAC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATGAAAACATATTTGCCCAAGTATGATAGCAGCTTGTTAGATGGAC  678

seq1  TTATGGCCCTTAATTTTAGACCTGTGTGGTAGGCTATCTATTCTTTTGGA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGCCCTTAATTTTAGACCTGTGTGGTAGGCTATCTATTCTTTTGGA  728

seq1  TTCATTAGGAAAGAGGACTTCTTGCCAAAGTTACAGTTTAGGATGTACAT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTAGGAAAGAGGACTTCTTGCCAAAGTTACAGTTTAGGATGTACAT  778

seq1  GTCCCGAGAAGTGACGATAGCCACAATCCAGAACAGACATCTTCAGGGTT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCGAGAAGTGACGATAGCCACAATCCAGAACAGACATCTTCAGGGTT  828

seq1  GCTTCATGCATTCATGTTCACTAAAACTTATTTCTAACATGAATCGTTTA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCATGCATTCATGTTCACTAAAACTTATTTCTAACATGAATCGTTTA  878

seq1  TTTTATATTATCTTCCTGTACATGCTGCGTCTGTGTGCACATGTTTGTAT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATATTATCTTCCTGTACATGCTGCGTCTGTGTGCACATGTTTGTAT  928

seq1  GTGTGTGAGAACGTGGGTGGGAGCAGGTGTACATGTGTGTGTTATGTGTG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGAGAACGTGGGTGGGAGCAGGTGTACATGTGTGTGTTATGTGTG  978

seq1  TGTGCTGTGCATGTGGAGACCAGAGGCTGATGTTAGATATCTTTGATCAC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGTGCATGTGGAGACCAGAGGCTGATGTTAGATATCTTTGATCAC  1028

seq1  TCTCAGCCTTATAGATTGAGTTAAGGTCTCTCACTTGAACCCCTGGAGCT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCCTTATAGATTGAGTTAAGGTCTCTCACTTGAACCCCTGGAGCT  1078

seq1  TGCCAGTTCTGGCAAGTCTAAGACAGCTAGCGTGCTGTGGGGATTCCCTG  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGTTCTGGCAAGTCTAAGACAGCTAGCGTGCTGTGGGGATTCCCTG  1128

seq1  CCTCCATTTCTCAAATGCTGTGCTTACAGCTTGGCTGCCATGCCTGTCTG  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATTTCTCAAATGCTGTGCTTACAGCTTGGCTGCCATGCCTGTCTG  1178

seq1  GCACTGATGTGGGTGCTAGGAATCTGAATTC  1223
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGATGTGGGTGCTAGGAATCTGAATTC  1209