BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-086M02
Chromosome6 (Build37)
Map Location 58,721,849 - 58,827,381
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHerc3
Upstream geneAW146242, V1rc28, LOC626582, V1rc23, V1rc24, LOC100041514, V1rc18, V1rc8, V1rc17, EG633683, LOC626649, LOC626659, LOC626672, LOC666893, LOC100041571, V1rc33, LOC626724, V1rc25, V1rc2, LOC666928, V1rc22, LOC626817, EG626828, LOC666954, Abcg2
Downstream geneNap1l5, D430015B01Rik, Tigd2, Gprin3, EG634166
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-086M02.bB6Ng01-086M02.g
ACCDH900067DH900068
length1,1351,052
definitionDH900067|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086M02, 5' end.DH900068|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086M02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,826,218 - 58,827,381)(58,721,849 - 58,722,905)
sequence
gaattctagaactatctcagcatggtgacctggaacctaaaatgcattaa
aaacaactggagtttcccagtgcctccagaccgcctctgccaaccagcca
ctgtctgcgtttaccaatctgactgctttagatacttggatttacctacc
taccttccttccttccttccttccttccttccttccttcctttttaaata
tagtactcaggataaaacctagagccctgagcatgctaagcaagaagtct
accactaagttacaaccctagccccacatacccgatgaaacttatgacgc
ttatggttacctaaaatacttccaagtttcaagaattccaaagtcaactg
agtgaaatagataggtgtgttagcagcattcaagccaaaggcaaggtgta
tggctcaagtgcacgattcaaacacaaacaaacaaacaaacaaaaaaggc
taaagccttaaaatatgctttacaggaaattcttaccatcccagattgat
gcaaaaaccacatgaggtagtcttcctgaatgtccacaagactagaaatc
tcagggatataaaacttatcgtattccacatgcttcaccttaagatttac
ctggtgaagaacaaagaagaagaactaaaacccaagaattggaaaatctc
cgagagaaagccccggcagaatcctgcatccctccacaccctcactctcc
atcccccagggataccttgtacaacttctccagaagcttgagggtttgca
gtcatgtagttgttaaacagtaccgggattaggaatgtcttccttcccct
taggaggtaaaggacggcacctttatacagggttaccagcttcatgaaat
atttggggcatgcctgagaccaccagttatcttaagaaaggaagagagaa
agacatgtcttagcacataaccctggacagtgtcttaggttgtcttcctg
ctagctacaattcctgtggctagaagataatattagtctatatgcagctt
ccaaaatggttttcaaaggagtcattaaacattgtgtgaatggtggctca
caccatctgtaatggggatctgatgccctcatctggtgtgtctggagact
gcattagttgtgcaatacatgtaacaaatgaataa
gaattcttaagagaagtcgactcaaactgaaagtggcagaaaatatatga
gagacgaaatattttagataaagtagcaagtggtgttctactcagactaa
ggctagatgtgaatctagtaaaatgctaattgacaaataataccatatgc
aatgatttgatctgaattctatatagtaaataacctatgaatttatttta
cagcagcagagcatcaagatatataaatcacatctgctaataaggggaga
attagcaacactgaaaatgaaactctcctgatgattctttatacagcctg
actttggtgttttcatgttatttttgattctctgccttttttgttgtctg
gcaccatctagtgtatgagaaacgccactgctcctatggatgggcatttc
ctaaagaactgttaatccagggagcatgattgatccaacaagatcagtga
aaaattatgaaggaactctgctgctcatataaccttggaacagcatcatt
atccaccttagtcactcatgatgttggaaaagactaatgtcctcaatcta
aacagttgccagggcctgtgttctctgttcctacagtaacccaggaggta
gaactatcactacttgacctagtaaaggggagggagacatgcattcctcg
gagagtattgacaattaaattttactcagattcaccccatcaagaatata
catatgatcccatgtttgctgatatcttctcaagatacacagatgcctat
gccactctgactgcaagttcaaaaacaacaatagttcctcctttgaggct
cagtggcctctgtattaaccacacagaggtcattgacagctattaactgt
ccttaaaagttcttgtcgagcaagagaaaactgctctctggcgtcttata
tgtaaagataagttgctctctaagtctagcagtagtgtctttcttttata
tctgaatgcttccattgctttaattcaagaccaaaaaaatatttaaagtc
taatttagtgacactttaaagtatttacactctcctatgttatggttaat
at
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_58826218_58827381
seq2: B6Ng01-086M02.b_41_1175 (reverse)

seq1  TTATTTATTTGTTTCATGTATGTGCACATACTAATGCTGTCTTCAGACAC  50
      ||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||| |||||||
seq2  TTATTCATTTGTTACATGTAT-TGCACA-ACTAATGCAGTCTCCAGACAC  48

seq1  ACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATT  100
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACCAGATGAGGGCATCAGATCCCCATTACAGATGG-TGTGAGCCACCATT  97

seq1  CACACATGTTTTAATGACTCCTTTGAAAAACCATTTTTGGGAAGCTGCAT  150
      ||||||   |||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| 
seq2  CACACAATGTTTAATGACTCCTTTG-AAAACCATTTT--GGAAGCTGCA-  143

seq1  TATAGACTAATATTTATCTTCTAGCCACAGGAATTGTAGCTAGCAGGAAG  200
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGACTAATA-TTATCTTCTAGCCACAGGAATTGTAGCTAGCAGGAAG  192

seq1  ACAACCTAAGAACACTTGTCCAGGGTTATGTGCTAAGACATGTCTTTCTC  250
      |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCTAAG-ACAC-TGTCCAGGGTTATGTGCTAAGACATGTCTTTCTC  240

seq1  TCTTCCTTTCTTAAGATAACTGGTGGTCTCAGGCATGCCCCAAATATTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTTTCTTAAGATAACTGGTGGTCTCAGGCATGCCCCAAATATTTC  290

seq1  ATGAAGCTGGTAACCCTGTATAAAGGTGCCGTCCTTTACCTCCTAAGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGCTGGTAACCCTGTATAAAGGTGCCGTCCTTTACCTCCTAAGGGG  340

seq1  AAGGAAGACATTCCTAATCCCGGTACTGTTTAACAACTACATGACTGC-A  399
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAGGAAGACATTCCTAATCCCGGTACTGTTTAACAACTACATGACTGCAA  390

seq1  ACCCTCAAGCTTCTGGAGAAGTTGTACAAGGTATCCCTGGGGGATGGAGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCAAGCTTCTGGAGAAGTTGTACAAGGTATCCCTGGGGGATGGAGA  440

seq1  GTGAGGGTGTGGAGGGATGCAGGATTCTGCCGGGGCTTTCTCTCGGAGAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGGTGTGGAGGGATGCAGGATTCTGCCGGGGCTTTCTCTCGGAGAT  490

seq1  TTTCCAATTCTTGGGTTTTAGTTCTTCTTCTTTGTTCTTCACCAGGTAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAATTCTTGGGTTTTAGTTCTTCTTCTTTGTTCTTCACCAGGTAAA  540

seq1  TCTTAAGGTGAAGCATGTGGAATACGATAAGTTTTATATCCCTGAGATTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAGGTGAAGCATGTGGAATACGATAAGTTTTATATCCCTGAGATTT  590

seq1  CTAGTCTTGTGGACATTCAGGAAGACTACCTCATGTGGTTTTTGCATCAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCTTGTGGACATTCAGGAAGACTACCTCATGTGGTTTTTGCATCAA  640

seq1  TCTGGGATGGTAAGAATTTCCTGTAAAGCATATTTTAAGGCTTTAGCCTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGATGGTAAGAATTTCCTGTAAAGCATATTTTAAGGCTTTAGCCTT  690

seq1  TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTGTTTGAATCGTGCACTTGAGCCATACAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTGTTTGAATCGTGCACTTGAGCCATACAC  740

seq1  CTTGCCTTTGGCTTGAATGCTGCTAACACACCTATCTATTTCACTCAGTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCTTTGGCTTGAATGCTGCTAACACACCTATCTATTTCACTCAGTT  790

seq1  GACTTTGGAATTCTTGAAACTTGGAAGTATTTTAGGTAACCATAAGCGTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTGGAATTCTTGAAACTTGGAAGTATTTTAGGTAACCATAAGCGTC  840

seq1  ATAAGTTTCATCGGGTATGTGGGGCTAGGGTTGTAACTTAGTGGTAGACT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTTTCATCGGGTATGTGGGGCTAGGGTTGTAACTTAGTGGTAGACT  890

seq1  TCTTGCTTAGCATGCTCAGGGCTCTAGGTTTTATCCTGAGTACTATATTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTTAGCATGCTCAGGGCTCTAGGTTTTATCCTGAGTACTATATTT  940

seq1  AAAAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAG  999
      |||                    |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAA--------------------AAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAG  970

seq1  GAAGGAAGGAAGGTAGGTAGGTAAATCCAAGTATCTAAAGCAGTCAGATT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAAGGAAGGTAGGTAGGTAAATCCAAGTATCTAAAGCAGTCAGATT  1020

seq1  GGTAAACGCAGACAGTGGCTGGTTGGCAGAGGCGGTCTGGAGGCACTGGG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAACGCAGACAGTGGCTGGTTGGCAGAGGCGGTCTGGAGGCACTGGG  1070

seq1  AAACTCCAGTTGTTTTTAATGCATTTTAGGTTCCAGGTCACCATGCTGAG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCCAGTTGTTTTTAATGCATTTTAGGTTCCAGGTCACCATGCTGAG  1120

seq1  ATAGTTCTAGAATTC  1164
      |||||||||||||||
seq2  ATAGTTCTAGAATTC  1135

seq1: chr6_58721849_58722905
seq2: B6Ng01-086M02.g_66_1117

seq1  GAATTCTTAAGAGAAGTCGACTCAAACTGAAAGTGGCAGAAAATATATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAAGAGAAGTCGACTCAAACTGAAAGTGGCAGAAAATATATGA  50

seq1  GAGACGAAATATTTTAGATAAAGTAGCAAGTGGTGTTCTACTCAGACTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACGAAATATTTTAGATAAAGTAGCAAGTGGTGTTCTACTCAGACTAA  100

seq1  GGCTAGATGTGAATCTAGTAAAATGCTAATTGACAAATAATACCATATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGATGTGAATCTAGTAAAATGCTAATTGACAAATAATACCATATGC  150

seq1  AATGATTTGATCTGAATTCTATATAGTAAATAACCTATGAATTTATTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATTTGATCTGAATTCTATATAGTAAATAACCTATGAATTTATTTTA  200

seq1  CAGCAGCAGAGCATCAAGATATATAAATCACATCTGCTAATAAGGGGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCAGAGCATCAAGATATATAAATCACATCTGCTAATAAGGGGAGA  250

seq1  ATTAGCAACACTGAAAATGAAACTCTCCTGATGATTCTTTATACAGCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCAACACTGAAAATGAAACTCTCCTGATGATTCTTTATACAGCCTG  300

seq1  ACTTTGGTGTTTTCATGTTATTTTTGATTCTCTGCCTTTTTTGTTGTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGGTGTTTTCATGTTATTTTTGATTCTCTGCCTTTTTTGTTGTCTG  350

seq1  GCACCATCTAGTGTATGAGAAACGCCACTGCTCCTATGGATGGGCATTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCATCTAGTGTATGAGAAACGCCACTGCTCCTATGGATGGGCATTTC  400

seq1  CTAAAGAACTGTTAATCCAGGGAGCATGATTGATCCAACAAGATCAGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGAACTGTTAATCCAGGGAGCATGATTGATCCAACAAGATCAGTGA  450

seq1  AAAATTATGAAGGAACTCTGCTGCTCATATAACCTTGGAACAGCATCATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATGAAGGAACTCTGCTGCTCATATAACCTTGGAACAGCATCATT  500

seq1  ATCCACCTTAGTCACTCATGATGTTGGAAAAGACTAATGTCCTCAATCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACCTTAGTCACTCATGATGTTGGAAAAGACTAATGTCCTCAATCTA  550

seq1  AACAGTTGCCAGGGCCTGTGTTCTCTGTTCCTACAGTAACCCAGGAGGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTTGCCAGGGCCTGTGTTCTCTGTTCCTACAGTAACCCAGGAGGTA  600

seq1  GAACTATCACTACTTGACCTAGTAAAGGGGAGGGAGACATGCATTCCTCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTATCACTACTTGACCTAGTAAAGGGGAGGGAGACATGCATTCCTCG  650

seq1  GAGAGTATTGACAATTAAATTTTACTCAGATTCACCCCATCAAGAATATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTATTGACAATTAAATTTTACTCAGATTCACCCCATCAAGAATATA  700

seq1  CATATGATCCCATGTTTGCTGATATCTTCTCAAGATACACAGATGCCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGATCCCATGTTTGCTGATATCTTCTCAAGATACACAGATGCCTAT  750

seq1  GCCACTCTGACTGCAAGTTCAAAAACAACAATAGTTCCTCCTTTGAGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTCTGACTGCAAGTTCAAAAACAACAATAGTTCCTCCTTTGAGGCT  800

seq1  CAGTGGCCTCTGTATTAACCACACAGAGGTCATTGACAGCTATTAACTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGCCTCTGTATTAACCACACAGAGGTCATTGACAGCTATTAACTGT  850

seq1  CCTTAAAAGTTCTTGTCGAGCAAGAGAAAACTGCTCTCTGGCGTCTTATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAAAGTTCTTGTCGAGCAAGAGAAAACTGCTCTCTGGCGTCTTATA  900

seq1  TGTAAAGATAAGTTGCTCTCTAAGTCTAGCAGTAGTGTCTTTC-TTTATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGTAAAGATAAGTTGCTCTCTAAGTCTAGCAGTAGTGTCTTTCTTTTATA  950

seq1  TCTTGAATGCTTCCATTGCTTTAATTCAGGAACCAAAAAAATATTTTAAA  999
      || ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  ||
seq2  TC-TGAATGCTTCCATTGCTTTAATTCAAG-ACCAAAAAAATATTT--AA  996

seq1  GGTCTAATTTAGTGACACTTTAAAGGTATTTACAACTCTCCTATGTTATG  1049
       ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGTCTAATTTAGTGACACTTTAAA-GTATTTAC-ACTCTCCTATGTTATG  1044

seq1  GTTAATAT  1057
      ||||||||
seq2  GTTAATAT  1052