BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-087D01
Chromosome6 (Build37)
Map Location 80,767,420 - 80,919,736
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043392, Lrrtm4, LOC100043390
Downstream geneLOC100042991, LOC232143, 1700009C05Rik, AW146020, Mrpl19
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-087D01.bB6Ng01-087D01.g
ACCDH900389DH900390
length1,1781,091
definitionDH900389|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087D01, 5' end.DH900390|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087D01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,767,420 - 80,768,612)(80,918,645 - 80,919,736)
sequence
gaattctgagataatctgaatgtatgtataaggaaaagtacactgtttat
tttctgacttagttgtatgtgatactaaataaggtcatactggaaataaa
tcagctatgctttctaaagaactttcatttttaaaatgtattgtgatgtt
gagaacaagaccatgttccaggttgattttgcacaagccctacattgtgt
ctgataccaagagggatacatggccaagtacccttaaaaatggttacatt
ttactactccatgcccatatccctgctacattaatatattaaaaggtctt
gtagcaagtaacccactttaattcagcacttccctattttattagatttt
ggaatatgcctctccaaaataaaagctatggagaacctgtggagtttgtt
ttccacagggtacatttgggaacacattctatatctgttaatgggctcac
ctagggaagggaagtaggactattagtgtgggtgtagatactaaagccac
cagtggaactttctgagaacattcagttctaaattaggtatttaattttt
catctaaactaagtatttatatctctggtcacagtgtactgcatagcatc
taaagtctcatttcctatttcatttgcaccaaaatggagacgttcttttt
aaaaatcattttattgaagtttgagaatttgatatgttgcactttgatca
ttacatcttcccagattcactccatgctccacacaatataactttgtgtc
ctgatttattttctgaatccatgaagttccattagtgctgcctatacaca
gatgtgtagccatctactggagtgtggacttattaggggccataccatta
aagaaaaatcactcttccctttctgaaagctcttaattagcagtagttcc
tcagcagtgaagggcttggtgcatgcctttcccctctatgctatattaga
ctcgagctgcacaggcttcgcatatgacacaagcaactgtgagtttatgt
atccaactgtactgcctatgaatataaaagtttccacttccttgctctat
catatttctatttcttctaccacatagatctgagcttgggagagcaggta
tgtttataaatgttggatatagcaagcatatacagtatttttcctggaac
tgatcagtgtgggttctcctggttaatc
gaattctgctggtaagtttcttggttctctctaattttgaaagttataca
tatattcattaaattaatatcttcttcatgggatgctcttcataaattga
ggtaaacagagcagaacacataaaatcaagactcagtttcccacctattt
atttatttatttattgccattctgactaaatgtaacattgcttttctttt
ttaaaatctgctttagtgatgccatatatatatatgtagagagagagaga
gagagaacttacatttgaaatttccaggctcagtatagaaaggcacttac
agcttatcctgaaaagctgagtttggttcctaggatgcatgttgtgtgag
ggagaaccaatccccatatactgtcctgaccttctcacaaatgcaaacaa
gctcacatactcacaggcaaacatatacacagcatacacacatgcaagca
cacacattcatgcatacaggcacacatccacggatgtgtatgtgtgcaca
aacacacacacacacacacacacaaataaatagctataatattttgcaag
tatcaatttcacattctttcctctatgataagtatatgtggcatttcctt
tgcctgcaaaaacttattactgaaaatgaaattggtaatttgaagttata
ttcataattaatcaagcagtattaagaaggtctaagcaatgtggcagaaa
tccgtgctaagtgcctaaagttttactaaattctacacgatgggtcacaa
acgcctgtttacttactttgaaggtgggagttggtacttgaactttgttt
ctaggacgggtgaaaagtgagatgttaaatcgtttcaacaattttacatt
ttattctatttttagcaacctgactaacttttaagaaagtttactcagta
aagtaactctctgaatatttgtggctttctaagtcattttagtctcctat
tgcctattgtaatagcagatatatttttacacagtgaatagtttttacca
ccatttttacttagccactttctattatactagtacttgacaggagaagc
ttctctcagcccttcagatggtggagcgttgcagacaccaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_80767420_80768612
seq2: B6Ng01-087D01.b_44_1221

seq1  GAATTCTGAGATAATCTGAATGTATGTATAAGGAAAAGTACACTGTTTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAGATAATCTGAATGTATGTATAAGGAAAAGTACACTGTTTAT  50

seq1  TTTCTGACTTAGTTGTATGTGATACTAAATAAGGTCATACTGGAAATAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGACTTAGTTGTATGTGATACTAAATAAGGTCATACTGGAAATAAA  100

seq1  TCAGCTATGCTTTCTAAAGAACTTTCATTTTTAAAATGTATTGTGATGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTATGCTTTCTAAAGAACTTTCATTTTTAAAATGTATTGTGATGTT  150

seq1  GAGAACAAGACCATGTTCCAGGTTGATTTTGCACAAGCCCTACATTGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACAAGACCATGTTCCAGGTTGATTTTGCACAAGCCCTACATTGTGT  200

seq1  CTGATACCAAGAGGGATACATGGCCAAGTACCCTTAAAAATGGTTACATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATACCAAGAGGGATACATGGCCAAGTACCCTTAAAAATGGTTACATT  250

seq1  TTACTACTCCATGCCCATATCCCTGCTACATTAATATATTAAAAGGTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTACTCCATGCCCATATCCCTGCTACATTAATATATTAAAAGGTCTT  300

seq1  GTAGCAAGTAACCCACTTTAATTCAGCACTTCCCTATTTTATTAGATTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAAGTAACCCACTTTAATTCAGCACTTCCCTATTTTATTAGATTTT  350

seq1  GGAATATGCCTCTCCAAAATAAAAGCTATGGAGAACCTGTGGAGTTTGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATGCCTCTCCAAAATAAAAGCTATGGAGAACCTGTGGAGTTTGTT  400

seq1  TTCCACAGGGTACATTTGGGAACACATTCTATATCTGTTAATGGGCTCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACAGGGTACATTTGGGAACACATTCTATATCTGTTAATGGGCTCAC  450

seq1  CTAGGGAAGGGAAGTAGGACTATTAGTGTGGGTGTAGATACTAAAGCCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGAAGGGAAGTAGGACTATTAGTGTGGGTGTAGATACTAAAGCCAC  500

seq1  CAGTGGAACTTTCTGAGAACATTCAGTTCTAAATTAGGTATTTAATTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGAACTTTCTGAGAACATTCAGTTCTAAATTAGGTATTTAATTTTT  550

seq1  CATCTAAACTAAGTATTTATATCTCTGGTCACAGTGTACTGCATAGCATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAAACTAAGTATTTATATCTCTGGTCACAGTGTACTGCATAGCATC  600

seq1  TAAAGTCTCATTTCCTATTTCATTTGCACCAAAATGGAGACGTTCTTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTCTCATTTCCTATTTCATTTGCACCAAAATGGAGACGTTCTTTTT  650

seq1  AAAAATCATTTTATTGAAGTTTGAGAATTTGATATGTTGCACTTTGATCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCATTTTATTGAAGTTTGAGAATTTGATATGTTGCACTTTGATCA  700

seq1  TTACATCTTCCCAGATTCACTCCATGCTCCACACAATATAACTTTGTGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATCTTCCCAGATTCACTCCATGCTCCACACAATATAACTTTGTGTC  750

seq1  CTGATTTATTTTCTGAATCCATGAAGTTCCATTAGTGCTGCCTATACACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTTATTTTCTGAATCCATGAAGTTCCATTAGTGCTGCCTATACACA  800

seq1  GATGTGTAGCCATCTACTGGAGTGTGGACTTATTAGGGGCCATACCATTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGTAGCCATCTACTGGAGTGTGGACTTATTAGGGGCCATACCATTA  850

seq1  AAGAAAAATCACTCTTCCCTTTCTGAAAGCTCTTAATTAGCAGTAGTTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAATCACTCTTCCCTTTCTGAAAGCTCTTAATTAGCAGTAGTTCC  900

seq1  TCAGCAGGTGAAGGGCTTGGTGCATGCCTTTCCCCCTCTATGCTATATTA  950
      |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCAGCA-GTGAAGGGCTTGGTGCATGCCTTT-CCCCTCTATGCTATATTA  948

seq1  GACTCGAGCTGCACAGGCTTCGCATATGACACAAGCAACTGTGAGTTTAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCGAGCTGCACAGGCTTCGCATATGACACAAGCAACTGTGAGTTTAT  998

seq1  GTATCCAACTGTACTGCCTATGAATATAAAAGTTTCCACTTCCTTTGGCT  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||
seq2  GTATCCAACTGTACTGCCTATGAATATAAAAGTTTCCACTTCCTT--GCT  1046

seq1  CTTATCATATTTCTATTTCTTCTACCACATAGATTCCTGAGCCTTGGGAA  1100
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||| |
seq2  C-TATCATATTTCTATTTCTTCTACCACATAGAT--CTGAG-CTTGGG-A  1091

seq1  GAGCAGGGGTATG-TTATAGATGTTGGATATAGCAAAGCAATATACAGTT  1149
      |||||  |||||| ||||| |||||||||||||| |||| |||||||| |
seq2  GAGCA--GGTATGTTTATAAATGTTGGATATAGC-AAGC-ATATACAG-T  1136

seq1  ATTTTTCTCTGTATCCTGATCAGTTGTGGTTCTCTGTGTTAATC  1193
      ||||||| ||| |  |||||||||   |||||||   |||||||
seq2  ATTTTTC-CTGGA-ACTGATCAGTGTGGGTTCTCCTGGTTAATC  1178

seq1: chr6_80918645_80919736
seq2: B6Ng01-087D01.g_69_1159 (reverse)

seq1  TTGGT-TCTGCAAACGCT-CACCATCTGGAAAGGCTGGAGAGAAGCTTCC  48
      ||||| ||||| |||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||| |
seq2  TTGGTGTCTGC-AACGCTCCACCATCT-GAAGGGCT-GAGAGAAGCTT-C  46

seq1  TCCTGTCAAGTACTAGTTATATAGAAAGTGGCTAAGTAAAAATGGTGGTA  98
      |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTCAAGTACTAGTATAATAGAAAGTGGCTAAGTAAAAATGGTGGTA  96

seq1  AAAACTATTCACTGTGTTAAAAATATATCTGCTATTACAATAGGCAATAG  148
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTATTCACTGTG-TAAAAATATATCTGCTATTACAATAGGCAATAG  145

seq1  GAGACTAAAAATGACTAAGAAAGCCACAAATA-TCAGAGAGTTACTTTAC  197
      |||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAGACT-AAAATGACTTAGAAAGCCACAAATATTCAGAGAGTTACTTTAC  194

seq1  TGAGTAAAC-TTCTTAAAAGTTAGTCAGGTTGCTAAAAATAGAAT-AAAT  245
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGAGTAAACTTTCTTAAAAGTTAGTCAGGTTGCTAAAAATAGAATAAAAT  244

seq1  GTAAAATTGTTGAAACGATTTAACATCTCACTTTTCACCCGTCCTAGAAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATTGTTGAAACGATTTAACATCTCACTTTTCACCCGTCCTAGAAA  294

seq1  CAAAGTTCAAGTACCAACTCCCACCTTCAAAGTAAGTAAACAGGCGTTTG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTTCAAGTACCAACTCCCACCTTCAAAGTAAGTAAACAGGCGTTTG  344

seq1  TGACCCATCGTGTAGAATTTAGTAAAACTTTAGGCACTTAGCACGGATTT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCATCGTGTAGAATTTAGTAAAACTTTAGGCACTTAGCACGGATTT  394

seq1  CTGCCACATTGCTTAGACCTTCTTAATACTGCTTGATTAATTATGAATAT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCACATTGCTTAGACCTTCTTAATACTGCTTGATTAATTATGAATAT  444

seq1  AACTTCAAATTACCAATTTCATTTTCAGTAATAAGTTTTTGCAGGCAAAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCAAATTACCAATTTCATTTTCAGTAATAAGTTTTTGCAGGCAAAG  494

seq1  GAAATGCCACATATACTTATCATAGAGGAAAGAATGTGAAATTGATACTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGCCACATATACTTATCATAGAGGAAAGAATGTGAAATTGATACTT  544

seq1  GCAAAATATTATAGCTATTTATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATATTATAGCTATTTATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGT  594

seq1  GCACACATACACATCCGTGGATGTGTGCCTGTATGCATGAATGTGTGTGC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACATACACATCCGTGGATGTGTGCCTGTATGCATGAATGTGTGTGC  644

seq1  TTGCATGTGTGTATGCTGTGTATATGTTTGCCTGTGAGTATGTGAGCTTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATGTGTGTATGCTGTGTATATGTTTGCCTGTGAGTATGTGAGCTTG  694

seq1  TTTGCATTTGTGAGAAGGTCAGGACAGTATATGGGGATTGGTTCTCCCTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATTTGTGAGAAGGTCAGGACAGTATATGGGGATTGGTTCTCCCTC  744

seq1  ACACAACATGCATCCTAGGAACCAAACTCAGCTTTTCAGGATAAGCTGTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAACATGCATCCTAGGAACCAAACTCAGCTTTTCAGGATAAGCTGTA  794

seq1  AGTGCCTTTCTATACTGAGCCTGGAAATTTCAAATGTAAGTTCTCTCTCT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCTTTCTATACTGAGCCTGGAAATTTCAAATGTAAGTTCTCTCTCT  844

seq1  CTCTCTCTCTACATATATATATATGGCATCACTAAAGCAGATTTTAAAAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTACATATATATATATGGCATCACTAAAGCAGATTTTAAAAA  894

seq1  AGAAAAGCAATGTTACATTTAGTCAGAATGGCAATAAATAAATAAATAAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGCAATGTTACATTTAGTCAGAATGGCAATAAATAAATAAATAAA  944

seq1  TAGGTGGGAAACTGAGTCTTGATTTTATGTGTTCTGCTCTGTTTACCTCA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGGGAAACTGAGTCTTGATTTTATGTGTTCTGCTCTGTTTACCTCA  994

seq1  ATTTATGAAGAGCATCCCATGAAGAAGATATTAATTTAATGAATATATGT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGAAGAGCATCCCATGAAGAAGATATTAATTTAATGAATATATGT  1044

seq1  ATAACTTTCAAAATTAGAGAGAACCAAGAAACTTACCAGCAGAATTC  1092
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTTTCAAAATTAGAGAGAACCAAGAAACTTACCAGCAGAATTC  1091