BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-089C12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 72,818,158 - 72,891,437
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcmf1
Upstream geneImmt, Ptcd3, Rpo1-4, LOC668057, St3gal5, Atoh8, Sftpb, Usp39, 0610030E20Rik, Tmem150, 2500002L14Rik, Vamp5, Vamp8, Ggcx, Mat2a, Sh2d6, Capg, Rbed1, Retsat, Tgoln1, LOC100038890, Tcf3
Downstream geneTmsb10, Dnahc6, Suclg1, Olfr210-ps1, 4931417E11Rik, LOC100043338
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-089C12.bB6Ng01-089C12.g
ACCDH901806DH901807
length1,1271,021
definitionDH901806|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089C12, 5' end.DH901807|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089C12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,818,158 - 72,819,291)(72,890,399 - 72,891,437)
sequence
gaattcaacactagcagcaaaggggctaacctgagtgagtggaagagcac
gtgtgtggcatgcagaaggcccaaggttcaacccactacaccacaaacga
cacaagagcacaatgtgtagtcagctgtatgtgcagtactgtactggctc
ctatggttaaactgtctcatcaacactggggtggcacactgcctcatgtc
agcctggaggaatttttaagcctttgtcttttgttccactggttgttgtt
tttttctagacaaggtctcactctgtagcccaggctggcctcaaactcag
agatccttctgcctctgcctaccatgtgctgggattaaagtgctcagaaa
ctttgtttccgtagtggtgcaggtggaaccaggcaactaattctatgtta
gagcaaaagatgacttttactgacaggaggactggtttataatgaggcat
aagtgggtaaaacagttgacctggcaaatgtattcattaaaactgtggtt
gtgtgttgttttgagaactgaattctgaagctcatacttgtctaactcct
atagaaccagtcacgtctccaggtcactgagtagctcctccacgagctga
gctaggcgcgctaggaaacctagggtgtgcagactgcttgagcacagggc
cagcagctgcccgcagctgaggctgctcacatgcctttgccagcaaaagg
acctaaagtaaaacacaatctggatccttgatcccccctctcactggagt
gccttgacctactgtcaaaacttttaaactgtgtgtttgttttaaaaatg
aaagcaatgagggaaagagaaaagcagaagtccttgatgtacttgataca
agcaggccacagaaaacacactgttcacacactgcttttaatgctacttg
agcttaaaaaaatctgcatatgcacttgagaccagttcttggtcaagttc
cttctactacattacaagaatattttttctggtctgctttggagacattt
acttgatgtagtctctctttttgttatgattctgtacaagcagttcccca
atacttgcctctctaaaaacactcgaatcgatgccaattctttcatgttt
ttacacccccccagttattggaaaatg
gaattcactaaccagtagccaaggctggcctcaaatttaagaattagatt
ccaggtatgagcaaccacagctagccctgttcagttaaaagaacaagcaa
acaacaacaataacaacaaacctgagacaggatcttatgtagcccaggct
ggcctcagacttataatatggcaagagtgaccttgggctgcttgaatctc
ctgcctctatctcccaagaggtaggattacaggggtgagtcgctaagaaa
ggcttctttcaagcaattttgaagttgaatccctttaaatggcactttct
ctctcaccagaccccaccactgcccactaaatgcacccttacattgtcaa
ttttcccagaggcatctccctctgtgacaaggaaggcccatgagtaactt
tttatggtgccagaatccagttcctgttagtgatgttgggggagtagccc
ctctatcactatcattgtacaactgtgggtgcccaagctcccaatcacag
attgcttggctaaaccctacctggctttcagacgtggaactaaagggcag
ctctcctgttcacctttatcatcactgtgatgtcccatttccaagatacc
atcaccttccctcaactggaattcagttctgcccgggaatgcccaatgaa
ttctgtgtggttttgaggggaaacagatagcttttatacaaagttacaag
gatctcaatccacctaggctgtggaaccaggctaagcaagaccagacctg
agaaagggcgaaagtccaccatctagtggcccttgctggtatagcaacag
ataaatggacacatttcatattggcttttctgtgatcatgaacaaaatta
aaactcagagaatagtctaatactagagaccacaccataccagagacagc
aacaaaggatagacggagcacagtagcataagcttgtgatctagactagg
agcagttcagacagcaggattatgtggaaggactgtcttaaaacaaacag
acaaactatttctatttattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_72818158_72819291
seq2: B6Ng01-089C12.b_44_1170

seq1  GAATTCAACACTAGCAGCAAAGGGGCTAACCTGAGTGAGTGGAAGAGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACACTAGCAGCAAAGGGGCTAACCTGAGTGAGTGGAAGAGCAC  50

seq1  GTGTGTGGCATGCAGAAGGCCCAAGGTTCAACCCACTACACCACAAACGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGGCATGCAGAAGGCCCAAGGTTCAACCCACTACACCACAAACGA  100

seq1  CACAAGAGCACAATGTGTAGTCAGCTGTATGTGCAGTACTGTACTGGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGAGCACAATGTGTAGTCAGCTGTATGTGCAGTACTGTACTGGCTC  150

seq1  CTATGGTTAAACTGTCTCATCAACACTGGGGTGGCACACTGCCTCATGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGTTAAACTGTCTCATCAACACTGGGGTGGCACACTGCCTCATGTC  200

seq1  AGCCTGGAGGAATTTTTAAGCCTTTGTCTTTTGTTCCACTGGTTGTTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGAGGAATTTTTAAGCCTTTGTCTTTTGTTCCACTGGTTGTTGTT  250

seq1  TTTTTCTAGACAAGGTCTCACTCTGTAGCCCAGGCTGGCCTCAAACTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTAGACAAGGTCTCACTCTGTAGCCCAGGCTGGCCTCAAACTCAG  300

seq1  AGATCCTTCTGCCTCTGCCTACCATGTGCTGGGATTAAAGTGCTCAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCTTCTGCCTCTGCCTACCATGTGCTGGGATTAAAGTGCTCAGAAA  350

seq1  CTTTGTTTCCGTAGTGGTGCAGGTGGAACCAGGCAACTAATTCTATGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTTCCGTAGTGGTGCAGGTGGAACCAGGCAACTAATTCTATGTTA  400

seq1  GAGCAAAAGATGACTTTTACTGACAGGAGGACTGGTTTATAATGAGGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAAAGATGACTTTTACTGACAGGAGGACTGGTTTATAATGAGGCAT  450

seq1  AAGTGGGTAAAACAGTTGACCTGGCAAATGTATTCATTAAAACTGTGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGGTAAAACAGTTGACCTGGCAAATGTATTCATTAAAACTGTGGTT  500

seq1  GTGTGTTGTTTTGAGAACTGAATTCTGAAGCTCATACTTGTCTAACTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTGTTTTGAGAACTGAATTCTGAAGCTCATACTTGTCTAACTCCT  550

seq1  ATAGAACCAGTCACGTCTCCAGGTCACTGAGTAGCTCCTCCACGAGCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAACCAGTCACGTCTCCAGGTCACTGAGTAGCTCCTCCACGAGCTGA  600

seq1  GCTAGGCGCGCTAGGAAACCTAGGGTGTGCAGACTGCTTGAGCACAGGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGCGCGCTAGGAAACCTAGGGTGTGCAGACTGCTTGAGCACAGGGC  650

seq1  CAGCAGCTGCCCGCAGCTGAGGCTGCTCACATGCCTTTGCCAGCAAAAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCTGCCCGCAGCTGAGGCTGCTCACATGCCTTTGCCAGCAAAAGG  700

seq1  ACCTAAAGTAAAACACAATCTGGATCCTTGATCCCCCCTCTCACTGGAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAAGTAAAACACAATCTGGATCCTTGATCCCCCCTCTCACTGGAGT  750

seq1  GCCTTGACCTACTGTCAAAACTTTTAAACTGTGTGTTTGTTTTAAAAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGACCTACTGTCAAAACTTTTAAACTGTGTGTTTGTTTTAAAAATG  800

seq1  AAAGCAATGAGGGAAAGAGAAAAGCAGAAGTCCTTGATGTACTTGATACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAATGAGGGAAAGAGAAAAGCAGAAGTCCTTGATGTACTTGATACA  850

seq1  AGCAGGCCACAGAAAACACACTGTTCACACACTGCTTTTAATGCTACTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGCCACAGAAAACACACTGTTCACACACTGCTTTTAATGCTACTTG  900

seq1  AGCTTAAAAAAATCTGCATATGCACTTGAGACCAGTTCTTGGTCAAGTTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAAAAAAATCTGCATATGCACTTGAGACCAGTTCTTGGTCAAGTTC  950

seq1  CTTCTACTACATTACAAGAATATTTTTTCCTGGTCTGCTTTGGAGACATT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  CTTCTACTACATTACAAGAATATTTTTT-CTGGTCTGCTTTGGAGACA-T  998

seq1  TTACTTGATGTAGTCTCTCTCTCTGTCATGATTCTGTACAAAGCAGTCTC  1050
      |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||| |||||||  |
seq2  TTACTTGATGTAGTCTCTCTTTTTGTTATGATTCTGTAC-AAGCAGTTCC  1047

seq1  CCAATACTTG-CTCTCTACAAAACACTCGAATTCGATGCCAATTCTTCCA  1099
      |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||
seq2  CCAATACTTGCCTCTCTA-AAAACACTCGAA-TCGATGCCAATTCTTTCA  1095

seq1  TGTTTTCTACACACACACCAAGTTATTGTAAAATG  1134
      ||||||    |||| | || |||||||| ||||||
seq2  TGTTTT---TACACCCCCCCAGTTATTGGAAAATG  1127

seq1: chr6_72890399_72891437
seq2: B6Ng01-089C12.g_69_1089 (reverse)

seq1  AAATAAATAGAAATAGTTTTGTCTGTTTGTTTTTAAAGACAGGTTCTTTC  50
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||  || |||
seq2  AAATAAATAGAAATAG-TTTGTCTGTTTGTTTT--AAGACAG--TCCTTC  45

seq1  CACATAGTCCTGGCTGTCTTGAAACTGCCTCCCTAGTTCTGAGATCACAA  100
      |||||| |||| |||||||   ||||||   ||||| ||| |||||||||
seq2  CACATAATCCT-GCTGTCT--GAACTGC--TCCTAG-TCT-AGATCACAA  88

seq1  GCTTATGCTACTGTGCTTCGTTCTATTCCTTTGTTTGCTGTCTCTGGTAT  150
      ||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCTTATGCTACTGTGCTCCG-TCTA-TCCTTTG-TTGCTGTCTCTGGTAT  135

seq1  GGTGTGGTCTCTAGGTATTAGACTATTCTCTGAGTTTTAATTTTTGTTCA  200
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGTGTGGTCTCTA-GTATTAGACTATTCTCTGAGTTTTAA-TTTTGTTCA  183

seq1  TGATCACAGAAAAGCCAATATGAAATGTGTCCATTTATCTGTTGCTATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCACAGAAAAGCCAATATGAAATGTGTCCATTTATCTGTTGCTATAC  233

seq1  CAGCAAGGGCCACTAGATGGTGGACTTTCGCCCTTTCTCAGGTCTGGTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAGCAAGGGCCACTAGATGGTGGACTTTCGCCCTTTCTCAGGTCTGGTC-  282

seq1  TTGCTTAGCCTGGTTCCACAGCCTAGGTGGATTGAGATCCTTGTAACCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTGCTTAGCCTGGTTCCACAGCCTAGGTGGATTGAGATCCTTGTAACTTT  332

seq1  GTATAAAAGCTATCTGTTTCCCCTCAAAACCACACAGAATTCATTGGGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAAAGCTATCTGTTTCCCCTCAAAACCACACAGAATTCATTGGGCA  382

seq1  TTCCCGGGCAGAACTGAATTCCAGTTGAGGGAAGGTGATGGTATCTTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCGGGCAGAACTGAATTCCAGTTGAGGGAAGGTGATGGTATCTTGGA  432

seq1  AATGGGACATCACAGTGATGATAAAGGTGAACAGGAGAGCTGCCCTTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGACATCACAGTGATGATAAAGGTGAACAGGAGAGCTGCCCTTTAG  482

seq1  TTCCACGTCTGAAAGCCAGGTAGGGTTTAGCCAAGCAATCTGTGATTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACGTCTGAAAGCCAGGTAGGGTTTAGCCAAGCAATCTGTGATTGGG  532

seq1  AGCTTGGGCACCCACAGTTGTACAATGATAGTGATAGAGGGGCTACTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGGGCACCCACAGTTGTACAATGATAGTGATAGAGGGGCTACTCCC  582

seq1  CCAACATCACTAACAGGAACTGGATTCTGGCACCATAAAAAGTTACTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACATCACTAACAGGAACTGGATTCTGGCACCATAAAAAGTTACTCAT  632

seq1  GGGCCTTCCTTGTCACAGAGGGAGATGCCTCTGGGAAAATTGACAATGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTTCCTTGTCACAGAGGGAGATGCCTCTGGGAAAATTGACAATGTA  682

seq1  AGGGTGCATTTAGTGGGCAGTGGTGGGGTCTGGTGAGAGAGAAAGTGCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGCATTTAGTGGGCAGTGGTGGGGTCTGGTGAGAGAGAAAGTGCCA  732

seq1  TTTAAAGGGATTCAACTTCAAAATTGCTTGAAAGAAGCCTTTCTTAGCGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGGGATTCAACTTCAAAATTGCTTGAAAGAAGCCTTTCTTAGCGA  782

seq1  CTCACCCCTGTAATCCTACCTCTTGGGAGATAGAGGCAGGAGATTCAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCCCTGTAATCCTACCTCTTGGGAGATAGAGGCAGGAGATTCAAGC  832

seq1  AGCCCAAGGTCACTCTTGCCATATTATAAGTCTGAGGCCAGCCTGGGCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAAGGTCACTCTTGCCATATTATAAGTCTGAGGCCAGCCTGGGCTA  882

seq1  CATAAGATCCTGTCTCAGGTTTGTTGTTATTGTTGTTGTTTGCTTGTTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGATCCTGTCTCAGGTTTGTTGTTATTGTTGTTGTTTGCTTGTTCT  932

seq1  TTTAACTGAACAGGGCTAGCTGTGGTTGCTCATACCTGGAATCTAATTCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACTGAACAGGGCTAGCTGTGGTTGCTCATACCTGGAATCTAATTCT  982

seq1  TAAATTTGAGGCCAGCCTTGGCTACTGGTTAGTGAATTC  1039
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTGAGGCCAGCCTTGGCTACTGGTTAGTGAATTC  1021