BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-091F11
Chromosome6 (Build37)
Map Location 72,551,470 - 72,689,034
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRetsat, Tgoln1, LOC100038890, Tcf3
Upstream geneJmjd1a, Ppia-ps6_731.1, LOC668029, LOC668034, Reep1, Mrpl35, Immt, Ptcd3, Rpo1-4, LOC668057, St3gal5, Atoh8, Sftpb, Usp39, 0610030E20Rik, Tmem150, 2500002L14Rik, Vamp5, Vamp8, Ggcx, Mat2a, Sh2d6, Capg, Rbed1
Downstream geneKcmf1, Tmsb10, Dnahc6, Suclg1, Olfr210-ps1, 4931417E11Rik, LOC100043338
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-091F11.bB6Ng01-091F11.g
ACCDH903390DH903391
length8451,135
definitionDH903390|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-091F11, 5' end.DH903391|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-091F11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,551,470 - 72,552,325)(72,687,898 - 72,689,034)
sequence
gaattcattatattggacgaatgcgggagggcaacattggccgttttatc
ttggaccagatcactgaagggcaactggactgggcccccatggcctcccc
ttttgacttgatgatactagaagggcccaatggccgaaaggagttcccca
tgtacagtgggaggaaagaatacatccagggccttaagaagaagttcccc
aaggaagaagctgtcattgacaagtacatggagttggttaaggtagtatg
caccatgattagcatccctagtttatttccaacaagactggccttttcat
tagtgaagaaactggtggggtaggaggagagggctgagttggggaggcag
gaaggaatggtcatgtctgtcctggttccagtgtaagcttgtgtttgcct
gtgccctgcttggctccccagctgcagtcctcacactggcctctagatgg
tacccttgctaagtcaggctttgaggaagttagatgtcctctgagatatg
ccagacttttgtgtatttgaggtagagtctcacaatgctgccctggctgg
tctggaactcagcagagatccacctgcctctgccgagcatatgaaatcat
aacctgctttctggaccaggatgtttggaaggaatctgaatgctggggat
gtggctcagcttagcacattcaactctgaattatatcccaagcaccttag
catctggatatgatggtgtagcctgtatccagcattggggaggcagaagc
aggaagttcagagttcaaggtcactggaatatttggaactctctatataa
agaaaacatactttttgagcatgaatggagagcaatagtctcatt
gaattccaacttttcccttactaatggagctgggagatgacttttttggg
aaagtgcttgccatgcaagtatgaggacctgagttcaaatcctcagtatc
cacatatataaataggcacagcagtatgctcctgtaatcctagttctgga
aagggggagacaggaggacccctgggccttgatgggcatcagatgagcca
aattgagagggttcactgagagaccctgcctccaaaaaatagagaacccg
aggaagatatcagcactggacatggcttctgcatgaatgtccacacgtgg
acgtcgacttgcacatagacacatacacatgtacatgcacacacagagac
acatacacaggtgccaaaagagaaagaagatagatcatggctagaaccat
tactgaatgtccagttctgtgtgcaggtcatcgacaacaggcatctcggg
ctggagagatggctcccctcttagagagcacttgctgctcttgcagagaa
cagagtttagttcctagcaccatcacggggccgtggggcatctcacagtt
gtcatagcacaagctccaggtcaccagcatgtacaaatatacacatgcag
gcagatacatacacataacttaaaacaagcaggttcctcaggcacagaaa
tggttctgatgctctggcccagccaccggatcctgggccaaaggaagcac
actgtaagttgtagtcttgtcgttcttgcacacaatggatttgactctga
tggttccttcttggtgtcctttctcatcactgttgtctcctgaccctaag
acccttacaacactagcctaaatggggtttattcttttattcatgttgta
gttcagccctgatgttaagggatcgtcactgtggcatggtcagttatttt
ttgtgttccctcccagcacggctaagcttgaagaactaaagggtctcgag
taaaataaagcagggttcgagttggctttgggttggcatggaggtggtat
tttatcgggcagagggttggactattactgctcaaatcgctatgggactc
caggcctcacctggccgggggtagggtcagggttcccgcttgaacaaagt
gaagaaggcagataagactgggggtgtggggagcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_72551470_72552325
seq2: B6Ng01-091F11.b_44_888

seq1  GAATTCATTATATTGGACGAATGCGGGAGGGCAACATTGGCCGTTTTATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTATATTGGACGAATGCGGGAGGGCAACATTGGCCGTTTTATC  50

seq1  TTGGACCAGATCACTGAAGGGCAACTGGACTGGGCCCCCATGGCCTCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACCAGATCACTGAAGGGCAACTGGACTGGGCCCCCATGGCCTCCCC  100

seq1  TTTTGACTTGATGATACTAGAAGGGCCCAATGGCCGAAAGGAGTTCCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGACTTGATGATACTAGAAGGGCCCAATGGCCGAAAGGAGTTCCCCA  150

seq1  TGTACAGTGGGAGGAAAGAATACATCCAGGGCCTTAAGAAGAAGTTCCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAGTGGGAGGAAAGAATACATCCAGGGCCTTAAGAAGAAGTTCCCC  200

seq1  AAGGAAGAAGCTGTCATTGACAAGTACATGGAGTTGGTTAAGGTAGTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGAAGCTGTCATTGACAAGTACATGGAGTTGGTTAAGGTAGTATG  250

seq1  CACCATGATTAGCATCCCTAGTTTATTTCCAACAAGACTGGCCTTTTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATGATTAGCATCCCTAGTTTATTTCCAACAAGACTGGCCTTTTCAT  300

seq1  TAGTGAAGAAACTGGTGGGGTAGGAGGAGAGGGCTGAGTTGGGGAGGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAAGAAACTGGTGGGGTAGGAGGAGAGGGCTGAGTTGGGGAGGCAG  350

seq1  GAAGGAATGGTCATGTCTGTCCTGGTTCCAGTGTAAGCTTGTGTTTGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAATGGTCATGTCTGTCCTGGTTCCAGTGTAAGCTTGTGTTTGCCT  400

seq1  GTGCCCTGCTTGGCTCCCCAGCTGCAGTCCTCACACTGGCCTCTAGATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCTGCTTGGCTCCCCAGCTGCAGTCCTCACACTGGCCTCTAGATGG  450

seq1  TACCCTTGCTAAGTCAGGCTTTGAGGAAGTTAGATGTCCTCTGAGATATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTTGCTAAGTCAGGCTTTGAGGAAGTTAGATGTCCTCTGAGATATG  500

seq1  CCAGACTTTTGTGTATTTGAGGTAGAGTCTCACAATGCTGCCCTGGCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACTTTTGTGTATTTGAGGTAGAGTCTCACAATGCTGCCCTGGCTGG  550

seq1  TCTGGAACTCAGCAGAGATCCACCTGCCTCTGCCGAGCATATGAAATCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAACTCAGCAGAGATCCACCTGCCTCTGCCGAGCATATGAAATCAT  600

seq1  AACCTGCTTTCTGGACCAGGATGTTTGGAAGGAATCTGAATGCTGGGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGCTTTCTGGACCAGGATGTTTGGAAGGAATCTGAATGCTGGGGAT  650

seq1  GTGGCTCAGGCTTAGCACATACAACTCTGAATTATATCCCAAGCACCTTA  700
      |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTCA-GCTTAGCACATTCAACTCTGAATTATATCCCAAGCACCTTA  699

seq1  GCATCTGGATATGATGGTGTAGCCTGTAATCCCAGCATTGGGGAGGCAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||
seq2  GCATCTGGATATGATGGTGTAGCCTGTA--TCCAGCATTGGGGAGGCAGA  747

seq1  AGCAGGAAGTTCAGGAGTTCAAGGTCACTGGAATATTTGGAACTCTCTAT  800
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGAAGTTCA-GAGTTCAAGGTCACTGGAATATTTGGAACTCTCTAT  796

seq1  ATAAAAGAAAAACAATACTTTTTGGAGCATGAAATGGAAGAGCAAATAGT  850
      || ||||||||   ||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||
seq2  AT-AAAGAAAA--CATACTTTTT-GAGCATG-AATGG-AGAGC-AATAGT  839

seq1  CTCATT  856
      ||||||
seq2  CTCATT  845

seq1: chr6_72687898_72689034
seq2: B6Ng01-091F11.g_66_1200 (reverse)

seq1  GGCTCCCCACACCCCCAGTCTTATCTCTGCCTCCTTCACTTTGTTCAAGC  50
      |||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| 
seq2  GGCTCCCCACACCCCCAGTCTTA--TCTGCCTTCTTCACTTTGTTCAAG-  47

seq1  CGTGACCCCTGACCCTACCCCC-GCCAGGTGA-GCCTGGAGTTCCCATAG  98
      || || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  CGGGAACCCTGACCCTACCCCCGGCCAGGTGAGGCCTGGAG-TCCCATAG  96

seq1  CGATCTGAGCAGTAATAGTCCAACCCTCTGCCCGAT-ACATACCACCTCC  147
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
seq2  CGATTTGAGCAGTAATAGTCCAACCCTCTGCCCGATAAAATACCACCTCC  146

seq1  ATGCCAACCCAAAGCCAACTCGAACCCTTGCTTTATTTTACTCGAGACCC  197
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAACCCAAAGCCAACTCGAACCC-TGCTTTATTTTACTCGAGACCC  195

seq1  TTTAGTTCTTCAAGCTTAGCCGTGCTGGGAGGGAACACAAAAAATAACTG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTTCTTCAAGCTTAGCCGTGCTGGGAGGGAACACAAAAAATAACTG  245

seq1  ACCATGCCACAGTGACGATCCCTTAACATCAGGGCTGAACTACAACATGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGCCACAGTGACGATCCCTTAACATCAGGGCTGAACTACAACATGA  295

seq1  ATAAAAGAATAAACCCCATTTAGGCTAGTGTTGTAAGGGTCTTAGGGTCA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGAATAAACCCCATTTAGGCTAGTGTTGTAAGGGTCTTAGGGTCA  345

seq1  GGAGACAACAGTGATGAGAAAGGACACCAAGAAGGAACCATCAGAGTCAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACAACAGTGATGAGAAAGGACACCAAGAAGGAACCATCAGAGTCAA  395

seq1  ATCCATTGTGTGCAAGAACGACAAGACTACAACTTACAGTGTGCTTCCTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATTGTGTGCAAGAACGACAAGACTACAACTTACAGTGTGCTTCCTT  445

seq1  TGGCCCAGGATCCGGTGGCTGGGCCAGAGCATCAGAACCATTTCTGTGCC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCAGGATCCGGTGGCTGGGCCAGAGCATCAGAACCATTTCTGTGCC  495

seq1  TGAGGAACCTGCTTGTTTTAAGTTATGTGTATGTATCTGCCTGCATGTGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAACCTGCTTGTTTTAAGTTATGTGTATGTATCTGCCTGCATGTGT  545

seq1  ATATTTGTACATGCTGGTGACCTGGAGCTTGTGCTATGACAACTGTGAGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGTACATGCTGGTGACCTGGAGCTTGTGCTATGACAACTGTGAGA  595

seq1  TGCCCCACGGCCCCGTGATGGTGCTAGGAACTAAACTCTGTTCTCTGCAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCACGGCCCCGTGATGGTGCTAGGAACTAAACTCTGTTCTCTGCAA  645

seq1  GAGCAGCAAGTGCTCTCTAAGAGGGGAGCCATCTCTCCAGCCCGAGATGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGCAAGTGCTCTCTAAGAGGGGAGCCATCTCTCCAGCCCGAGATGC  695

seq1  CTGTTGTCGATGACCTGCACACAGAACTGGACATTCAGTAATGGTTCTAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGTCGATGACCTGCACACAGAACTGGACATTCAGTAATGGTTCTAG  745

seq1  CCATGATCTATCTTCTTTCTCTTTTGGCACCTGTGTATGTGTCTCTGTGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGATCTATCTTCTTTCTCTTTTGGCACCTGTGTATGTGTCTCTGTGT  795

seq1  GTGCATGTACATGTGTATGTGTCTATGTGCAAGTCGACGTCCACGTGTGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGTACATGTGTATGTGTCTATGTGCAAGTCGACGTCCACGTGTGG  845

seq1  ACATTCATGCAGAAGCCATGTCCAGTGCTGATATCTTCCTCGGGTTCTCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCATGCAGAAGCCATGTCCAGTGCTGATATCTTCCTCGGGTTCTCT  895

seq1  ATTTTTTGGAGGCAGGGTCTCTCAGTGAACCCTCTCAATTTGGCTCATCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTGGAGGCAGGGTCTCTCAGTGAACCCTCTCAATTTGGCTCATCT  945

seq1  GATGCCCATCAAGGCCCAGGGGTCCTCCTGTCTCCCCCTTTCCAGAACTA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCCATCAAGGCCCAGGGGTCCTCCTGTCTCCCCCTTTCCAGAACTA  995

seq1  GGATTACAGGAGCATACTGCTGTGCCTATTTATATATGTGGATACTGAGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTACAGGAGCATACTGCTGTGCCTATTTATATATGTGGATACTGAGG  1045

seq1  ATTTGAACTCAGGTCCTCATACTTGCATGGCAAGCACTTTCCCAAAAAAG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAACTCAGGTCCTCATACTTGCATGGCAAGCACTTTCCCAAAAAAG  1095

seq1  TCATCTCCCAGCTCCATTAGTAAGGGAAAAGTTGGAATTC  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCCCAGCTCCATTAGTAAGGGAAAAGTTGGAATTC  1135