BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-091P16
Chromosome6 (Build37)
Map Location 102,105,981 - 102,271,481
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntn3, EG666123
Upstream genePdzrn3, EG666084
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-091P16.bB6Ng01-091P16.g
ACCDH903866DH903867
length1,1551,131
definitionDH903866|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-091P16, 5' end.DH903867|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-091P16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,270,311 - 102,271,481)(102,105,981 - 102,106,891)
sequence
gaattcatgaataagtggcattcaaacctggaagaagtacagagaactct
acccgaattggcattgtgaaaaaccaacttttccaggttaactatgaacc
tgaatttgaaatgtcacatgactggtcacggtgatatgttgctcttattt
tgctatcattagatgaagaatttccatcatgtgactatgatccaatgaga
aatttttagttacatgatcaatcagctgacttgttatttgtgattggcta
aagctaatggttccatgttaagttccagcttgtatacatctgaccctggt
tacagagcagcctcaggctaatggcttcctcttaccaaagtttctgggac
tgagatgaattcccataaggaaggtcacagcacatgtcccttgggtataa
gcaatcatcttgtacagattttcctcaaggaaaacttgacaaggtttctt
ttgagcttgatacagtgtgttgacaaaagatgtagagaagttttggagta
tgatagaaacacacctatgtattgtgtatttagtagtcagaggtcttact
caagtgttctctgccttatgttttcaagacaaaattatctcacggggacc
tgaagctcatccattaagctcaactggctagccagtgatccccagggatc
cagctgcctctgactccagagcaatgagatgaaatttgcatgctaccaca
cccaactttcttacatggatcctggggaatgtacaggaactaagttaggt
tctcaggtttgtatggcaagcattttactgatagctatcctgacagccca
aactagagaaacattaatttttaaatctgataagtctaatagaattgaga
attgcatgggcaattatgctctcttgaaagggctaataagattaggagaa
acaaacttcaattggattcatagacagaatgatagataagctatagagac
atattttagaatcagactttcaagtttatatactgcaggggatagtcttt
atgataaaaagttgtcccttacaaagctacatatgtatcatctacaactc
ctaggtatgtgctaaatgatgctaaatctatttcaaagatcaatacgagt
ctgctccatgagaaatgactgccaaactggcctgttagaatgaatctttg
taaaa
gaattctttgcattgcaacagtcaggaagcagaatgaatgtttgtgttag
caggctgtcaactttctccttgttattccatctggggccagcagagcaca
ctgctgatggttaaggtggtattttcttccctagtactggcccgttcata
cctgggaataccctcatcgtcacacctggagatgtacttaactaatgatt
caggcatctcccactccaatcaagttcacaagattaaccattacacagag
cacagaagtaaacccagggatctacatacactgattaaccacaaaagtgc
taagaacatggattggagagaggacaggcttctccatacgcagttctgtg
aaaattgtatatgcatctgttgaagaatgaaatcaagttggccctttcct
ctaattacaagcatcaactcaaaacggcttattgccataactataagatt
ggaaactatgaaacttctagaagaaagtatagcagaaatactttaggata
ctggaatgataggttcttttttgaagaataccccctgccattgcaagcac
aaaagaaaaaaaagaaaaaagaaaaaagagagatataaataaataaataa
ataaatcgggaagcttgactccagcaagaaaaacaacaaaataaggagaa
gaactataattgtcaagtgcacatctgataaggatttacatctattgtgt
gtagggagctcaaaagactttattgcaaacaataataacctgatatgaac
taggtaatatgctgaatgaaaagggccctcacaggctcgtctatttgaat
gttattttttttttccatagttggtgtaaatgtttgggaagtattaggag
ccattacctttgctggaagagttgtgtcactgggggtgggcgctgaggtc
ttaatgctctgccattcccaattagctttctctctctacttgatacatct
cagcatataggtcttagctactgctcagcatcatgcatgctgcaccctct
gcatgccctgcacgtcctgtcatgatggtcatggacttatccttgacaga
gccccaataatactttcctttcttagattctagtcatgatggtcttcaag
caataaagtgcctaagagacatacatcttgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_102270311_102271481
seq2: B6Ng01-091P16.b_47_1201 (reverse)

seq1  TTTTACAAAAGATTCATTTCTAAAACAGGCAAGGTTTTGGCAGTCA-TTC  49
      |||||| ||||||||| ||||  ||||||| ||  ||||||||||| |||
seq2  TTTTAC-AAAGATTCA-TTCT--AACAGGCCAG--TTTGGCAGTCATTTC  44

seq1  TCATGGGAGCAGACTCTGTATTGATCTTTTGAAATTAGATTTAGCATCAT  99
      |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  TCAT-GGAGCAGACTC-GTATTGATC-TTTGAAA-TAGATTTAGCATCAT  90

seq1  TTAGCACATACCCTAGAGTTTGTAGATGATACATATGTTAGCTTTGTAAG  149
      |||||||||| |||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTAGCACATA-CCTAGGAGTTGTAGATGATACATATG-TAGCTTTGTAAG  138

seq1  GGAC-ACTTTTTAATTCATAAAGACTATCCCCTGCAGTTATATAAACTTG  198
      |||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGACAACTTTTTA--TCATAAAGACTATCCCCTGCAG-TATATAAACTTG  185

seq1  AAAGTTCTGATTCTAAAATATGTCTCTATAGCTTATCTATCATTCTGTCT  248
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAG-TCTGATTCTAAAATATGTCTCTATAGCTTATCTATCATTCTGTCT  234

seq1  ATGAATCCAATTTGAAGTTTGTTTCTCCTAATCTTATTAGCCCTTTTCAA  298
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATGAATCCAA-TTGAAGTTTGTTTCTCCTAATCTTATTAGCCC-TTTCAA  282

seq1  GAGAGCATAATTGCCCATGCAATTCTCAATTCTATTAGACTTATCAGATT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCATAATTGCCCATGCAATTCTCAATTCTATTAGACTTATCAGATT  332

seq1  TAAAAATTAATGTTTCTCTAGTTTGGGCTGTCAGGATAGCTATCAGTAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATTAATGTTTCTCTAGTTTGGGCTGTCAGGATAGCTATCAGTAAA  382

seq1  ATGCTTGCCATACAAACCTGAGAACCTAACTTAGTTCCTGTACATTCCCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTGCCATACAAACCTGAGAACCTAACTTAGTTCCTGTACATTCCCC  432

seq1  AGGATCCATGTAAGAAAGTTGGGTGTGGTAGCATGCAAATTTCATCTCAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCCATGTAAGAAAGTTGGGTGTGGTAGCATGCAAATTTCATCTCAT  482

seq1  TGCTCTGGAGTCAGAGGCAGCTGGATCCCTGGGGATCACTGGCTAGCCAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGGAGTCAGAGGCAGCTGGATCCCTGGGGATCACTGGCTAGCCAG  532

seq1  TTGAGCTTAATGGATGAGCTTCAGGTCCCCGTGAGATAATTTTGTCTTGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCTTAATGGATGAGCTTCAGGTCCCCGTGAGATAATTTTGTCTTGA  582

seq1  AAACATAAGGCAGAGAACACTTGAGTAAGACCTCTGACTACTAAATACAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATAAGGCAGAGAACACTTGAGTAAGACCTCTGACTACTAAATACAC  632

seq1  AATACATAGGTGTGTTTCTATCATACTCCAAAACTTCTCTACATCTTTTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATAGGTGTGTTTCTATCATACTCCAAAACTTCTCTACATCTTTTG  682

seq1  TCAACACACTGTATCAAGCTCAAAAGAAACCTTGTCAAGTTTTCCTTGAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACACACTGTATCAAGCTCAAAAGAAACCTTGTCAAGTTTTCCTTGAG  732

seq1  GAAAATCTGTACAAGATGATTGCTTATACCCAAGGGACATGTGCTGTGAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATCTGTACAAGATGATTGCTTATACCCAAGGGACATGTGCTGTGAC  782

seq1  CTTCCTTATGGGAATTCATCTCAGTCCCAGAAACTTTGGTAAGAGGAAGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTATGGGAATTCATCTCAGTCCCAGAAACTTTGGTAAGAGGAAGC  832

seq1  CATTAGCCTGAGGCTGCTCTGTAACCAGGGTCAGATGTATACAAGCTGGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGCCTGAGGCTGCTCTGTAACCAGGGTCAGATGTATACAAGCTGGA  882

seq1  ACTTAACATGGAACCATTAGCTTTAGCCAATCACAAATAACAAGTCAGCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAACATGGAACCATTAGCTTTAGCCAATCACAAATAACAAGTCAGCT  932

seq1  GATTGATCATGTAACTAAAAATTTCTCATTGGATCATAGTCACATGATGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGATCATGTAACTAAAAATTTCTCATTGGATCATAGTCACATGATGG  982

seq1  AAATTCTTCATCTAATGATAGCAAAATAAGAGCAACATATCACCGTGACC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTTCATCTAATGATAGCAAAATAAGAGCAACATATCACCGTGACC  1032

seq1  AGTCATGTGACATTTCAAATTCAGGTTCATAGTTAACCTGGAAAAGTTGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATGTGACATTTCAAATTCAGGTTCATAGTTAACCTGGAAAAGTTGG  1082

seq1  TTTTTCACAATGCCAATTCGGGTAGAGTTCTCTGTACTTCTTCCAGGTTT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCACAATGCCAATTCGGGTAGAGTTCTCTGTACTTCTTCCAGGTTT  1132

seq1  GAATGCCACTTATTCATGAATTC  1171
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCCACTTATTCATGAATTC  1155

seq1: chr6_102105981_102106891
seq2: B6Ng01-091P16.g_312_1198

seq1  ACAGAGCACAGAAGTAAACCCAGGGATCTACATACACTGATTAACCACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCACAGAAGTAAACCCAGGGATCTACATACACTGATTAACCACAA  50

seq1  AAGTGCTAAGAACATGGATTGGAGAGAGGACAGGCTTCTCCATACGCAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTAAGAACATGGATTGGAGAGAGGACAGGCTTCTCCATACGCAGT  100

seq1  TCTGTGAAAATTGTATATGCATCTGTTGAAGAATGAAATCAAGTTGGCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGAAAATTGTATATGCATCTGTTGAAGAATGAAATCAAGTTGGCCC  150

seq1  TTTCCTCTAATTACAAGCATCAACTCAAAACGGCTTATTGCCATAACTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCTAATTACAAGCATCAACTCAAAACGGCTTATTGCCATAACTAT  200

seq1  AAGATTGGAAACTATGAAACTTCTAGAAGAAAGTATAGCAGAAATACTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTGGAAACTATGAAACTTCTAGAAGAAAGTATAGCAGAAATACTTT  250

seq1  AGGATACTGGAATGATAGGTTCTTTTTTGAAGAATACCCCCTGCCATTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATACTGGAATGATAGGTTCTTTTTTGAAGAATACCCCCTGCCATTGC  300

seq1  AAGCACAAAAGAAAAAAAAGAAAAAAGAAAAAAGAGAGATATAAATAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACAAAAGAAAAAAAAGAAAAAAGAAAAAAGAGAGATATAAATAAAT  350

seq1  AAATAAATAAATCGGGAAGCTTGACTCCAGCAAGAAAAACAACAAAATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATAAATCGGGAAGCTTGACTCCAGCAAGAAAAACAACAAAATAA  400

seq1  GGAGAAGAACTATAATTGTCAAGTGCACATCTGATAAGGATTTACATCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGAACTATAATTGTCAAGTGCACATCTGATAAGGATTTACATCTA  450

seq1  TTGTGTGTAGGGAGCTCAAAAGACTTTATTGCAAACAATAATAACCTGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGTAGGGAGCTCAAAAGACTTTATTGCAAACAATAATAACCTGAT  500

seq1  ATGAACTAGGTAATATGCTGAATGAAAAGGGCCCTCACAGGCTCGTCTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACTAGGTAATATGCTGAATGAAAAGGGCCCTCACAGGCTCGTCTAT  550

seq1  TTGAATGTTATTTTTTTTTTCCATAGTTGGTGTAAATGTTTGGGAAGTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATGTTATTTTTTTTTTCCATAGTTGGTGTAAATGTTTGGGAAGTAT  600

seq1  TAGGAGCCATTACC-TTGCTGGAAGAGTTGTGTCACT-GGGGTGGGCGCT  648
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAGGAGCCATTACCTTTGCTGGAAGAGTTGTGTCACTGGGGGTGGGCGCT  650

seq1  GAGGTCTTAAATGCTCTGCCATTCCCAATTAGCTTTCTCTCTCTACCTTG  698
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAGGTCTT-AATGCTCTGCCATTCCCAATTAGCTTTCTCTCTCTA-CTTG  698

seq1  ATACCATCTCAGCATATAAGGTCTTAGCTACTGCTCCAGCATCATGCATG  748
      ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATA-CATCTCAGCATAT-AGGTCTTAGCTACTGCT-CAGCATCATGCATG  745

seq1  CCTGCCACCCTCCTGCCATGCCCCTGCCACGTCCCTGTCATGATGGTCAT  798
       ||| |||||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||
seq2  -CTG-CACCCT-CTG-CATG-CCCTG-CACGT-CCTGTCATGATGGTCAT  788

seq1  GGACTTTATCCCTCTGGAACCAAGAGCCCCAATAAATACTTTCTTTCCTA  848
      |||| |||||   || ||    ||||||||||| ||||||||| || || 
seq2  GGAC-TTATC---CTTGA---CAGAGCCCCAAT-AATACTTTCCTTTCTT  830

seq1  AGATTTCCTAGTCATGATGTGTCTTCATAGCAATAAAAAGTGGCTAAGAG  898
      |||||  |||||||||||| ||||||| ||||||  |||||| |||||||
seq2  AGATT--CTAGTCATGATG-GTCTTCA-AGCAAT--AAAGTGCCTAAGAG  874

seq1  ACATACATCTTGC  911
      |||||||||||||
seq2  ACATACATCTTGC  887