BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-092P10
Chromosome6 (Build37)
Map Location 90,501,302 - 90,679,309
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAldh1l1, Slc41a3, Iqsec1
Upstream geneChchd6, Txnrd3, V1r-ps1, V1rb7, V1rb9, V1r-ps2, V1r-ps3, V1ra6, V1ra5, V1rb4, V1r-ps4, V1ra2, V1rb8, V1ra4, V1ra3, V1rb2, V1rb1, V1ra1, LOC625050, V1ra7, V1ra8, V1rb3, LOC100043191, V1r-ps5, V1ra9, BC048671, Chst13, Uroc1, Zxdc, Ccdc37, Klf15
Downstream geneLOC100043646, EG665685, Nup210, Hdac11, Fbln2, LOC665716, Wnt7a, LOC100043659, LOC625420, Chchd4, Tmem43, Xpc, Lsm3, Slc6a6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-092P10.bB6Ng01-092P10.g
ACCDH904581DH904582
length7961,093
definitionDH904581|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-092P10, 5' end.DH904582|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-092P10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,501,302 - 90,502,099)(90,678,215 - 90,679,309)
sequence
gaattctggtcctaggcagctggtggtgagtgttggcactgtcctctgtc
catataagttctctgtgcccaggagacagcagggacatattttacagagg
catttgagacacagggaaggtgaagttcactaaggccttgcaggcttgag
agctgggttgctctattgttccctgtagccacacccaggatcatggaagt
gtctgatcttgactccctgagggacttatccaccccccacctggagccag
ggcaaagaggctatcataggagagggtcagccttgagcagttataggagg
gggttccttgcagaatgtctggccatggggtgaactctgactaccactag
gtctgctcccagcatgggactgcagcaggctatagagggagggctcctgc
cactgttctgctgtcctgacccaggggctagaagaagggacctgcggaac
aggagccctctgagtccctgaaggcccaaggcttcagcagcccctggggg
tgtcccatgacaagaagacaggggtgggagtctgcaccctatagcctggg
gctcagtagaccctccagaccctcatttgctatctgtgtggccaaaggcc
agctttatgtgacagtcctcactccatgttccttcttgtccctgagctgt
gataacggctgatctgcagccatcctgactgaagccagaagtggggtttt
tgttgttttgtttgcttgtgtttttctcccttactctatctataataaca
gatgtcagagggaagggaggcaggtgagggagcacagactgaaata
gaattcttacaaaagaacccttggcaaatgccttgtgaattccggtcaaa
aagagccgtgcagcattttgcttttgcccttctggttgtgcatctggtca
gggcatctctgtggagattctagccctctgtttgtccagcctaagcatta
aaaagcccccttgcttctgtgtctgttccaagagtgagggtatggacaag
gactcacattgagccagcataactcacttcacccacaaaaacttgtttac
aaccagtagcactaaatctgtgctgagcctagggacagatacacagacag
cctatctttatccagagaaagggccatgttccctcacaggtcacccagga
actgagtcactgaaggtaggtttgggttagccaggtcctgaggcagtagt
acctctgggctcaaccagtctccaggctgggccagccaagatgcagttct
ccagcaaggcagcaggtggcaccagcctctagcggtggtgagtagtctgg
cctagcaggcctaggacaaatggggctggagactgctccctcctgaactt
gctaggcttctctgcccctcacccacacaccatccctgagccccaaatgc
agctatcaacaacccatctttcatcccctctgaagattgttccaccagct
gtggtctggctatcttcttaagccaatataaatttgccccagggtctgtc
ctagagacagatggagacagctgtttggaatccctgttacaggcagtgga
gctcaggagctagagtgcctgggttcagatcccagcttttgcagacttca
agataaatgctggttccaggagagtgagcatgagggtccctgtgagtgag
cctgtgtcatgcagggagtgctagatgccatgccattctatctgtgcaca
ggaaggactgcttgaacttggtgactatggtcaggacttacctcttcagc
tgcagcatttaaggtatcttggtccagcacccagcactgcctcttgcaag
ctgagcacattgggctgaatcttaggttcctaatgcactgcagggctcat
gcactgcatgttcgatcttcaaatgtgctgtggtgtggggtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_90501302_90502099
seq2: B6Ng01-092P10.b_39_833

seq1  GAATTCTGGTCCTAGGCAGCTGGTGGTGAGTGTTGGCACTGTCCTCTGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGTCCTAGGCAGCTGGTGGTGAGTGTTGGCACTGTCCTCTGTC  50

seq1  CATATAAGTTCTCTGTGCCCAGGAGACAGCAGGGACATATTTTACAGAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAAGTTCTCTGTGCCCAGGAGACAGCAGGGACATATTTTACAGAGG  100

seq1  CATTTGAGACACAGGGAAGGTGAAGTTCACTAAGGCCTTGCAGGCTTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGAGACACAGGGAAGGTGAAGTTCACTAAGGCCTTGCAGGCTTGAG  150

seq1  AGCTGGGTTGCTCTATTGTTCCCTGTAGCCACACCCAGGATCATGGAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGGTTGCTCTATTGTTCCCTGTAGCCACACCCAGGATCATGGAAGT  200

seq1  GTCTGATCTTGACTCCCTGAGGGACTTATCCACCCCCCACCTGGAGCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGATCTTGACTCCCTGAGGGACTTATCCACCCCCCACCTGGAGCCAG  250

seq1  GGCAAAGAGGCTATCATAGGAGAGGGTCAGCCTTGAGCAGTTATAGGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAGAGGCTATCATAGGAGAGGGTCAGCCTTGAGCAGTTATAGGAGG  300

seq1  GGGTTCCTTGCAGAATGTCTGGCCATGGGGTGAACTCTGACTACCACTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCCTTGCAGAATGTCTGGCCATGGGGTGAACTCTGACTACCACTAG  350

seq1  GTCTGCTCCCAGCATGGGACTGCAGCAGGCTATAGAGGGAGGGCTCCTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCTCCCAGCATGGGACTGCAGCAGGCTATAGAGGGAGGGCTCCTGC  400

seq1  CACTGTTCTGCTGTCCTGACCCAGGGGCTAGAAGAAGGGACCTGCGGAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTTCTGCTGTCCTGACCCAGGGGCTAGAAGAAGGGACCTGCGGAAC  450

seq1  AGGAGCCCTCTGAGTCCCTGAAGGCCCAAGGCTTCAGCAGCCCCTGGGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCCCTCTGAGTCCCTGAAGGCCCAAGGCTTCAGCAGCCCCTGGGGG  500

seq1  TGTCCCATGACAAGAAGACAGGGGTGGGAGTCTGCACCCTATAGCCTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCATGACAAGAAGACAGGGGTGGGAGTCTGCACCCTATAGCCTGGG  550

seq1  GCTCAGTAGACCCTCCAGACCCTCATTTGCTATCTGTGTGGCCAAAGGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGTAGACCCTCCAGACCCTCATTTGCTATCTGTGTGGCCAAAGGCC  600

seq1  AGCTTTATGTGACAGTCCTCACTCCATGTTCCTTCTTGTCCCTGAGCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTATGTGACAGTCCTCACTCCATGTTCCTTCTTGTCCCTGAGCTGT  650

seq1  GATAACGGCTGATCTGCAGCCATCCTGACTGAAGCCAGAAGTGGGGTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACGGCTGATCTGCAGCCATCCTGACTGAAGCCAGAAGTGGGGTTTT  700

seq1  TGTTGTTTTGTTTGCTTGTGTTTTTCTCCCTTACTCTTTCTATAAATAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  TGTTGTTTTGTTTGCTTGTGTTTTTCTCCCTTACTCTATCTAT-AATAAC  749

seq1  AGATGTTCAGAGGGAAGGGAGGCAGGTGAGGGAGCACAGAGCTGAAAT  798
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGATG-TCAGAGGGAAGGGAGGCAGGTGAGGGAGCACAGA-CTGAAAT  795

seq1: chr6_90678215_90679309
seq2: B6Ng01-092P10.g_68_1160 (reverse)

seq1  CCACCCCAC-CCACAGCACAATCTGAGGCTCTGACATGCAGTGCATGAGC  49
      ||||||||| ||||||||| || ||| | ||  |||||||||||||||| 
seq2  CCACCCCACACCACAGCAC-ATTTGAAGATCGAACATGCAGTGCATGAG-  48

seq1  CCCTGCCAGGTGCCTTAGGAACCTAAGATTCAGCCCAAATGTGCTCAGCT  99
      ||||||   |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCCTGC--AGTGCATTAGGAACCTAAGATTCAGCCC-AATGTGCTCAGCT  95

seq1  TGCAAGAGGCAGTGCTGGGGTGCTGGACC-AGATACCTT-AATGCTGCAG  147
      |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  TGCAAGAGGCAGTGCT-GGGTGCTGGACCAAGATACCTTAAATGCTGCAG  144

seq1  CTGAGGAGGTAAGTCCTGACCATAGTCACCAAGTTCCAGCAGTCCTTCCT  197
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTGAAGAGGTAAGTCCTGACCATAGTCACCAAGTTCAAGCAGTCCTTCCT  194

seq1  GTGCACAGATAGAATGGCATGGCATCTAGCACTCCCTGCCTGACACCGGC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  GTGCACAGATAGAATGGCATGGCATCTAGCACTCCCTGCATGACACAGGC  244

seq1  TCACTCACAGGGACCCTCATGCTCACTCTCCTGGAACCAGCATTTAATCT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCACTCACAGGGACCCTCATGCTCACTCTCCTGGAACCAGCATTT-ATCT  293

seq1  TGAAGTCTGC-AAAGCTGGGATCTGAACCCAGGCACTCTAGCTCCTGAGC  346
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTCTGCAAAAGCTGGGATCTGAACCCAGGCACTCTAGCTCCTGAGC  343

seq1  TCCACTGCCTGTAACAGGGATTCC-AACAGCTGTCTCCATCTGTCTCTAG  395
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTGCCTGTAACAGGGATTCCAAACAGCTGTCTCCATCTGTCTCTAG  393

seq1  GACAGACCCTGGGGCAAATTTATATTGGCTTAAGAAGATAGCCAGACCAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACCCTGGGGCAAATTTATATTGGCTTAAGAAGATAGCCAGACCAC  443

seq1  AGCTGGTGGAACAATCTTCAGAGGGGATGAAAGATGGGTTGTTGATAGCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGTGGAACAATCTTCAGAGGGGATGAAAGATGGGTTGTTGATAGCT  493

seq1  GCATTTGGGGCTCAGGGATGGTGTGTGGGTGAGGGGCAGAGAAGCCTAGC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTGGGGCTCAGGGATGGTGTGTGGGTGAGGGGCAGAGAAGCCTAGC  543

seq1  AAGTTCAGGAGGGAGCAGTCTCCAGCCCCATTTGTCCTAGGCCTGCTAGG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCAGGAGGGAGCAGTCTCCAGCCCCATTTGTCCTAGGCCTGCTAGG  593

seq1  CCAGACTACTCACCACCGCTAGAGGCTGGTGCCACCTGCTGCCTTGCTGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACTACTCACCACCGCTAGAGGCTGGTGCCACCTGCTGCCTTGCTGG  643

seq1  AGAACTGCATCTTGGCTGGCCCAGCCTGGAGACTGGTTGAGCCCAGAGGT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTGCATCTTGGCTGGCCCAGCCTGGAGACTGGTTGAGCCCAGAGGT  693

seq1  ACTACTGCCTCAGGACCTGGCTAACCCAAACCTACCTTCAGTGACTCAGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTGCCTCAGGACCTGGCTAACCCAAACCTACCTTCAGTGACTCAGT  743

seq1  TCCTGGGTGACCTGTGAGGGAACATGGCCCTTTCTCTGGATAAAGATAGG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGTGACCTGTGAGGGAACATGGCCCTTTCTCTGGATAAAGATAGG  793

seq1  CTGTCTGTGTATCTGTCCCTAGGCTCAGCACAGATTTAGTGCTACTGGTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGTGTATCTGTCCCTAGGCTCAGCACAGATTTAGTGCTACTGGTT  843

seq1  GTAAACAAGTTTTTGTGGGTGAAGTGAGTTATGCTGGCTCAATGTGAGTC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACAAGTTTTTGTGGGTGAAGTGAGTTATGCTGGCTCAATGTGAGTC  893

seq1  CTTGTCCATACCCTCACTCTTGGAACAGACACAGAAGCAAGGGGGCTTTT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCCATACCCTCACTCTTGGAACAGACACAGAAGCAAGGGGGCTTTT  943

seq1  TAATGCTTAGGCTGGACAAACAGAGGGCTAGAATCTCCACAGAGATGCCC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCTTAGGCTGGACAAACAGAGGGCTAGAATCTCCACAGAGATGCCC  993

seq1  TGACCAGATGCACAACCAGAAGGGCAAAAGCAAAATGCTGCACGGCTCTT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAGATGCACAACCAGAAGGGCAAAAGCAAAATGCTGCACGGCTCTT  1043

seq1  TTTGACCGGAATTCACAAGGCATTTGCCAAGGGTTCTTTTGTAAGAATTC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACCGGAATTCACAAGGCATTTGCCAAGGGTTCTTTTGTAAGAATTC  1093